genome.fa.s323.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168148.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_39, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  321909

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196984--199092	181	11.8	181	75	8	1435	40	7	9	42	1.66
198931--199246	170	1.9	168	84	4	420	40	8	10	40	1.70
202933--207488	181	25.2	180	74	9	2848	41	8	9	40	1.68
204375--204752	206	1.8	204	80	8	444	40	9	10	39	1.72
207512--208228	181	4.0	179	77	6	644	43	10	7	38	1.68
208237--211759	179	19.7	180	72	10	1703	41	9	8	40	1.68
208246--211759	357	9.8	355	73	10	2008	41	9	8	40	1.69
208258--209786	715	2.1	706	79	6	1529	41	9	8	39	1.69
208246--210255	178	11.3	179	72	11	534	41	9	8	40	1.69
210300--210591	161	1.8	162	85	4	376	42	11	8	37	1.71
210981--211355	201	1.9	203	84	3	506	42	8	7	41	1.64
211183--211759	181	3.2	176	81	5	636	42	8	8	40	1.65
211931--213964	181	11.4	174	70	13	563	41	10	8	39	1.69
212895--213964	181	6.0	178	74	9	761	42	10	7	39	1.67
213944--214013	34	2.1	34	88	0	104	37	7	10	45	1.65
214288--214580	156	1.9	156	82	6	369	40	9	8	41	1.68
214470--215963	182	8.2	178	73	9	463	42	9	8	39	1.67
214470--218005	361	9.8	356	73	9	1809	42	9	8	39	1.68
214909--230813	541	29.4	536	69	13	3923	41	9	8	40	1.69
214446--218005	181	19.8	181	75	6	2428	42	9	8	39	1.68
216075--216122	17	2.7	18	78	12	55	37	8	4	50	1.52
214420--230659	717	22.8	714	70	12	3503	41	9	8	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214434--221048	538	12.3	531	72	11	2756	41	10	8	39	1.69
217997--221030	177	17.0	176	72	10	1672	40	10	8	40	1.70
217995--221053	356	8.5	359	73	10	1628	40	10	8	40	1.70
217997--221046	181	17.0	180	72	11	1401	40	10	8	40	1.70
219323--219774	180	2.5	176	74	6	428	41	10	7	40	1.67
220674--221089	177	2.3	176	81	5	392	41	11	7	38	1.70
221114--222462	181	7.4	180	74	7	887	41	9	9	40	1.68
222616--229250	181	37.2	179	73	9	3164	41	9	8	40	1.68
222843--223902	533	2.0	533	80	4	1181	42	9	7	40	1.67
223874--224197	162	2.0	163	80	6	363	40	6	8	44	1.62
224037--229250	180	29.2	178	70	13	741	41	9	8	40	1.68
224625--225013	178	2.2	180	77	13	399	38	11	8	40	1.73
225631--230838	182	28.8	182	72	10	2474	41	9	8	40	1.68
228327--228631	168	1.8	168	84	1	423	42	9	7	40	1.64
228499--230812	180	12.7	180	72	10	747	41	10	8	39	1.69
229236--230813	180	8.8	178	76	8	1116	41	10	8	39	1.69
228495--230170	932	1.8	929	80	6	2037	41	10	8	40	1.68
229236--230811	176	8.8	176	74	8	872	41	10	8	39	1.69
229253--230811	537	2.9	534	79	7	1389	41	10	8	39	1.69
231225--234444	181	17.9	180	76	7	2358	40	8	9	41	1.68
231194--234444	362	9.1	361	76	7	2608	40	8	9	41	1.68
232862--232905	23	1.9	23	82	17	56	36	6	2	54	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233413--234444	179	5.8	173	75	8	658	40	7	10	41	1.68
234390--234479	35	2.6	35	89	6	132	44	8	12	34	1.73
234624--234656	18	1.9	17	88	11	50	42	6	12	39	1.67
234532--235040	180	2.8	181	77	2	556	40	8	11	40	1.71
235170--235495	180	1.8	181	82	6	428	40	11	12	35	1.79
234603--235504	481	1.9	481	80	2	1060	40	9	11	37	1.75
235455--235507	19	3.0	18	78	10	56	43	5	11	39	1.64
235524--237306	181	9.9	179	76	7	1352	41	9	8	40	1.69
235524--237306	359	5.0	357	75	10	1232	41	9	8	40	1.69
237967--238005	18	2.2	17	86	13	53	46	5	2	46	1.38
237638--239031	179	7.7	181	79	6	1341	40	9	8	41	1.68
237638--239032	361	3.9	355	78	8	1297	40	9	8	41	1.68
237638--239032	720	1.9	721	82	5	1716	40	9	8	41	1.68
239208--239496	154	1.9	156	80	1	348	41	12	7	38	1.72
239364--240366	527	1.9	527	87	2	1476	42	10	8	39	1.68
239523--240184	344	1.9	350	80	6	790	42	10	7	39	1.68
239876--240506	182	3.5	178	79	8	590	42	9	7	40	1.67
240990--241042	27	2.0	27	85	7	72	45	7	3	43	1.50
240536--241537	181	5.6	180	75	8	677	42	8	7	40	1.65
240576--241597	361	2.8	359	78	5	814	42	8	7	41	1.65
242221--242253	17	2.0	17	88	5	50	39	12	0	48	1.40
242206--242679	154	3.0	154	77	9	445	41	10	7	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242529--242881	181	2.0	180	86	2	503	41	9	8	41	1.66
242719--243009	161	1.8	160	82	5	372	40	8	7	42	1.65
242005--244443	519	4.7	510	72	13	1413	41	9	8	40	1.67
242892--247544	180	26.2	177	69	13	1772	42	9	7	40	1.67
242892--243784	181	5.0	181	77	6	789	41	10	8	40	1.68
243758--243804	19	2.5	19	82	0	58	40	19	4	36	1.71
243615--243946	164	2.0	165	80	5	368	42	9	9	38	1.69
243850--244800	362	2.7	350	79	7	892	43	8	7	40	1.63
243779--245495	179	9.6	176	72	11	1013	41	9	7	40	1.67
249716--250370	361	1.8	360	84	3	895	40	7	10	42	1.66
249716--250487	361	2.1	362	81	4	880	40	7	10	41	1.68
249518--250509	181	5.5	179	77	6	783	40	8	9	41	1.68
250758--251493	181	4.1	177	76	9	546	40	10	8	40	1.70
250747--251409	181	3.7	178	77	10	632	40	9	9	40	1.69
250739--251409	361	1.9	362	83	5	874	40	9	9	41	1.68
250739--251493	361	2.1	361	80	6	843	40	10	8	41	1.69
251755--252498	181	4.1	180	77	5	662	40	9	9	40	1.70
252759--253504	180	4.1	180	79	5	702	40	8	9	40	1.69
252770--253504	361	2.0	361	80	3	827	40	8	9	40	1.69
253764--254330	181	3.1	179	77	10	510	40	8	9	40	1.69
254778--255453	180	3.8	176	79	7	630	41	7	10	41	1.67
254778--255520	359	2.1	359	81	4	852	40	7	9	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254778--255542	180	4.2	177	77	9	494	40	8	9	41	1.68
255854--255999	3	44.7	3	70	17	53	30	4	0	65	1.14
255857--255930	24	3.3	22	80	17	73	36	4	0	59	1.16
255854--255998	20	7.6	20	71	17	85	30	4	0	64	1.14
255940--256014	20	3.5	23	80	14	88	22	4	0	73	1.00
255963--256033	6	11.0	6	78	11	52	16	5	0	77	0.95
255963--256023	13	4.6	13	82	10	52	18	3	0	78	0.88
256799--256838	3	13.0	3	84	5	53	30	2	0	67	1.04
256858--256910	10	4.9	11	77	8	56	20	1	0	77	0.87
256879--256921	10	4.3	10	82	17	54	11	2	0	86	0.67
256887--256922	8	4.5	8	86	13	56	13	0	0	86	0.58
256933--257159	59	3.8	58	79	7	240	41	7	14	37	1.72
259544--259682	3	42.7	3	70	17	57	31	5	0	63	1.16
259543--259682	16	9.6	15	67	23	68	31	5	0	63	1.16
259519--259683	22	7.5	22	68	25	61	30	4	0	64	1.14
259589--259682	48	2.0	48	81	8	111	28	5	0	65	1.14
259620--259674	20	2.8	20	88	2	76	29	5	0	65	1.15
260499--260530	3	10.7	3	93	0	55	31	3	0	65	1.08
260486--260539	18	3.1	17	82	17	74	31	1	0	66	1.02
260559--260593	16	2.1	17	89	5	54	20	8	0	71	1.11
260565--260618	11	4.8	11	77	4	63	20	3	0	75	0.95
260556--260618	17	3.8	16	79	10	72	20	4	0	74	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260556--260618	6	11.0	6	79	8	53	20	4	0	74	0.99
260580--260624	16	2.7	17	83	10	58	22	4	0	73	1.01
260637--260978	58	5.8	58	85	4	443	41	6	13	38	1.71
260637--260973	59	5.7	59	87	6	450	42	6	13	37	1.71
261510--262291	181	4.3	181	78	5	674	40	8	9	41	1.67
261537--262307	361	2.1	361	80	4	869	40	8	9	41	1.67
262357--263329	181	5.4	180	76	4	728	40	9	9	40	1.70
262407--263290	362	2.4	357	76	7	886	41	8	10	39	1.70
263409--263676	146	1.8	145	82	2	340	41	5	11	41	1.65
263063--263974	447	2.0	447	91	1	1468	38	9	10	41	1.73

Tables:   1   2   3   4