genome.fa.s390.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168215.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_45, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  205015

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1214--1279	34	1.9	34	84	6	89	50	1	1	46	1.20
1228--1275	15	3.3	13	81	18	51	50	2	2	45	1.25
1368--1406	17	2.4	17	86	4	53	51	0	0	48	1.00
1410--1470	25	2.3	26	81	16	72	47	3	0	49	1.18
1534--1588	25	2.2	26	90	3	85	50	0	0	49	1.00
1556--1604	15	3.5	13	76	17	53	51	0	2	46	1.12
1530--1633	18	5.7	19	73	16	76	50	0	1	47	1.19
2200--2246	23	2.0	24	87	4	69	48	0	6	44	1.28
2523--2571	23	2.1	24	88	3	73	44	0	0	55	0.99
3418--3475	24	2.4	23	75	16	55	50	1	5	43	1.35
5364--5408	20	2.2	20	88	7	65	75	4	17	2	1.07
5358--5411	25	2.2	25	83	9	67	74	3	18	3	1.12
5365--5419	25	2.2	25	80	6	67	70	3	23	1	1.12
6504--6643	63	2.2	63	85	0	199	32	12	28	26	1.92
7060--7293	22	10.5	22	77	10	208	40	9	13	36	1.77
7062--7293	66	3.5	65	80	9	240	40	9	13	36	1.77
7325--7471	43	3.4	42	71	15	127	36	14	16	32	1.89
7341--7480	43	3.2	43	74	21	144	37	14	15	32	1.88
7952--8020	35	2.0	35	85	0	93	24	28	27	18	1.98
8986--9037	19	2.5	20	81	12	61	55	0	0	44	0.99
9314--9354	19	2.1	20	86	4	57	43	2	2	51	1.28
9520--9559	14	2.7	15	84	7	55	40	0	2	57	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10034--10071	19	2.0	20	84	5	51	44	5	0	50	1.24
10117--10167	19	2.8	18	77	13	52	50	1	0	47	1.12
10175--10225	19	2.6	19	81	9	59	41	0	1	56	1.10
10927--10980	22	2.5	22	80	11	58	48	3	5	42	1.44
11707--11803	38	2.6	35	76	19	81	50	2	3	44	1.29
12055--12105	24	2.1	25	85	3	68	43	1	0	54	1.11
12294--12345	22	2.2	25	83	10	74	55	0	0	44	0.99
12294--12338	17	2.6	17	82	6	56	55	0	0	44	0.99
12325--12429	34	3.1	34	75	18	103	51	0	0	48	1.00
12361--12385	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
12310--12416	17	6.2	17	67	21	71	51	0	0	48	1.00
12437--12497	17	3.3	19	80	19	67	39	4	0	55	1.21
12681--13873	181	6.7	180	76	8	895	41	10	7	40	1.68
12691--13673	355	2.7	361	76	8	840	41	10	7	40	1.68
13322--13700	179	2.1	181	80	6	412	43	9	7	40	1.65
14053--14094	14	3.1	14	81	18	54	61	0	0	38	0.96
14501--14583	38	2.1	41	82	13	102	46	4	1	46	1.31
14600--14646	17	2.7	18	81	15	55	61	0	0	38	0.96
15270--15330	19	3.3	18	72	16	54	47	3	0	49	1.18
15408--15483	14	5.3	15	76	13	63	52	1	1	44	1.17
16427--16537	34	3.2	34	74	16	95	51	2	0	45	1.15
16450--16495	15	3.0	16	81	9	51	47	2	0	50	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16609--16642	15	2.3	15	90	10	52	44	2	0	52	1.16
16663--16715	27	1.9	28	81	11	65	50	3	0	45	1.19
16913--16971	8	7.4	8	73	21	52	52	0	1	45	1.10
16942--16992	17	3.1	17	84	15	63	54	0	1	43	1.11
17040--17099	27	2.3	24	75	11	57	51	3	1	43	1.28
17357--17412	13	4.2	13	80	8	60	48	0	0	51	1.00
17511--17561	22	2.3	22	75	18	52	45	1	3	49	1.32
17528--17578	18	2.8	18	77	13	52	41	5	3	49	1.45
17890--17915	7	3.7	7	100	0	52	46	0	0	53	1.00
18030--18068	20	2.0	20	85	9	55	38	7	2	51	1.44
18300--18405	47	2.2	49	75	14	114	47	2	1	48	1.27
20138--20193	19	3.0	19	76	10	53	51	0	1	46	1.11
20288--20323	16	2.2	16	90	9	56	58	2	0	38	1.13
20343--20394	24	2.2	24	83	13	63	48	0	5	46	1.26
20384--20415	14	2.4	14	94	5	57	50	0	0	50	1.00
21052--21094	15	2.8	16	86	6	54	44	0	0	55	0.99
21050--21105	13	4.1	13	78	17	51	48	0	0	51	1.00
21063--21106	22	2.0	21	82	4	52	50	0	0	50	1.00
21550--21612	27	2.3	28	78	15	69	47	1	0	50	1.10
21717--21794	30	2.5	32	78	17	85	51	0	2	46	1.14
22914--22964	25	2.0	26	81	11	61	49	1	5	43	1.38
23101--23149	21	2.4	19	80	16	53	51	2	0	46	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23094--23136	11	4.0	10	82	11	50	55	2	0	41	1.12
24064--24110	21	2.2	21	85	7	60	55	0	2	42	1.12
24142--24189	14	3.5	14	75	13	55	54	0	2	43	1.12
24226--24278	7	7.9	7	76	16	58	58	1	0	39	1.09
24609--24647	20	2.0	19	85	5	51	46	2	5	46	1.38
25074--25116	13	3.2	13	80	9	50	48	0	0	51	1.00
25382--26765	181	7.7	179	77	6	1170	42	10	7	39	1.67
25382--26753	361	3.8	359	77	7	981	42	10	7	39	1.68
25410--26770	542	2.5	537	81	5	1399	42	10	7	39	1.67
27998--28038	12	3.3	12	83	6	55	56	0	0	43	0.99
28289--28335	21	2.2	21	84	0	58	51	0	2	46	1.13
29866--29960	33	3.0	32	77	7	95	43	1	4	51	1.28
30209--30254	18	2.3	21	89	10	71	54	0	0	45	0.99
30210--30260	21	2.4	21	83	3	66	54	0	0	45	0.99
30209--30256	11	4.8	11	78	21	61	54	0	0	45	0.99
30648--30707	21	3.1	21	73	22	69	41	3	3	51	1.35
30675--30723	21	2.3	22	85	3	64	42	2	2	53	1.24
30860--30920	18	3.3	19	77	15	65	45	1	0	52	1.10
31288--31387	5	20.4	5	67	22	52	42	1	4	53	1.26
31275--31422	9	16.1	9	69	21	78	42	0	3	53	1.22
31280--31386	37	2.9	36	79	5	115	42	0	3	52	1.25
31275--31379	16	6.4	17	72	21	64	42	0	3	52	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32114--32156	22	2.0	22	86	9	61	41	2	2	53	1.26
32199--32264	29	2.3	30	84	10	84	48	1	0	50	1.10
32167--32266	31	3.2	31	72	16	82	46	2	1	51	1.19
32736--32785	22	2.3	23	83	16	70	50	0	0	50	1.00
35112--35186	14	5.5	14	73	20	52	46	0	0	53	1.00
35128--35175	13	3.4	14	80	16	55	47	0	0	52	1.00
35333--35412	28	2.8	28	76	18	85	51	1	0	47	1.08
35359--35420	24	2.7	24	80	9	67	50	1	1	46	1.20
35436--35479	23	2.0	23	86	4	63	38	2	4	54	1.33
35472--35529	23	2.5	24	80	11	66	48	1	1	48	1.22
35486--35534	13	4.0	13	76	12	50	51	2	0	46	1.12
35557--35611	27	2.1	26	86	3	74	52	3	1	41	1.29
35582--35659	25	3.2	23	75	12	66	50	1	2	46	1.23
36479--36530	23	2.3	23	82	0	59	46	0	5	48	1.26
37853--37884	17	1.9	16	93	6	55	46	0	6	46	1.27
37853--37922	14	4.8	15	69	22	51	48	2	5	42	1.41
37945--38044	19	4.8	21	72	19	61	48	5	2	45	1.36
37987--38037	20	2.6	19	87	6	66	49	3	0	47	1.20
38003--38065	19	3.5	19	79	12	62	50	0	0	49	1.00
38159--38205	21	2.2	22	85	11	62	48	0	4	46	1.21
38748--38796	13	3.6	14	77	17	50	48	0	2	48	1.12
38844--38892	22	2.1	24	85	7	66	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38850--38886	17	2.2	17	90	9	58	51	0	0	48	1.00
38844--38919	21	3.6	20	74	12	64	51	1	0	47	1.09
38853--38972	41	2.9	41	76	7	116	50	0	0	48	1.06
38894--38978	34	2.5	33	83	7	100	50	0	0	49	1.00
38903--38947	13	2.9	16	75	25	51	51	0	0	48	1.00
40035--40122	24	3.4	26	74	24	80	47	0	1	51	1.08
40049--40122	24	2.9	28	75	20	81	48	0	0	51	1.00
40669--40750	25	3.4	24	76	20	73	47	1	1	50	1.16
40861--40925	29	2.3	27	79	10	69	49	1	1	47	1.20
41766--41803	14	2.9	13	81	11	51	55	0	0	44	0.99

Tables:   1   2   3   4   5