genome.fa.s390.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168215.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_45, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  205015

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122088--122151	33	1.9	33	81	6	76	43	6	0	50	1.27
122106--122181	21	3.4	22	78	12	66	47	2	1	48	1.24
122132--122242	11	9.8	12	70	15	69	54	1	0	43	1.17
122150--122217	33	2.0	36	82	8	88	52	2	1	42	1.25
122192--122236	19	2.4	19	84	0	54	57	0	0	42	0.98
122183--122236	14	3.7	15	74	18	51	57	1	0	40	1.09
122678--122745	26	2.6	28	77	17	74	55	2	1	39	1.24
122854--122884	12	2.6	12	94	0	53	35	0	0	64	0.94
122926--122968	17	2.5	17	85	7	52	48	0	0	51	1.00
122866--122983	33	3.7	33	75	10	95	46	0	1	51	1.11
123002--123057	17	2.9	21	75	17	59	46	1	0	51	1.11
123009--123063	17	2.9	18	84	13	67	47	0	0	52	1.00
123009--123085	43	1.9	41	85	15	108	46	0	1	51	1.09
123021--123119	16	6.0	17	69	17	66	49	1	1	48	1.14
123763--123834	30	2.4	29	80	17	85	50	0	5	44	1.25
123921--123970	11	4.9	10	75	20	50	48	0	2	50	1.12
124141--124864	181	4.0	179	75	9	543	38	7	10	42	1.69
124214--124701	178	2.7	180	78	6	429	38	6	10	43	1.66
125286--125349	16	4.0	16	82	11	78	53	0	3	43	1.16
125285--125349	32	2.1	31	88	8	96	52	0	3	44	1.16
127052--127096	14	3.1	15	79	17	51	55	4	0	40	1.20
127252--127314	18	3.4	19	70	18	60	41	4	0	53	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127358--127403	18	2.5	18	82	3	56	45	2	2	50	1.26
127736--127800	29	2.2	30	83	8	80	50	3	1	44	1.26
128220--128260	21	2.0	21	90	0	64	43	0	0	56	0.99
128560--128655	27	3.7	26	70	21	76	50	2	1	46	1.20
128970--129004	12	2.9	12	100	0	70	48	0	0	51	1.00
135080--135155	40	1.9	40	94	0	134	28	6	31	32	1.83
137667--137705	17	2.3	17	86	8	53	53	5	0	41	1.23
137665--137712	14	3.3	14	80	13	53	50	4	0	45	1.21
137684--137723	14	2.9	13	88	7	53	50	2	0	47	1.14
138209--138259	21	2.6	21	87	9	72	52	0	0	47	1.00
138209--138256	11	4.8	11	78	21	61	54	0	0	45	0.99
138674--138720	17	2.8	17	84	12	62	48	0	0	51	1.00
138673--138735	26	2.4	26	79	12	83	52	0	0	47	1.00
139955--140049	40	2.5	39	77	13	99	43	1	3	52	1.24
140290--140331	19	2.2	20	82	4	50	59	0	2	38	1.10
140465--140521	26	2.2	25	81	12	62	45	1	5	47	1.35
140507--140574	27	2.5	27	80	7	75	50	1	2	45	1.26
140667--140727	27	2.3	27	86	8	81	52	0	1	45	1.10
140550--140719	94	1.8	93	80	8	202	48	2	1	47	1.25
140994--141034	14	2.6	16	77	18	50	39	7	0	53	1.29
141060--141106	19	2.3	20	85	7	60	44	0	4	51	1.21
141362--141404	20	2.0	20	86	8	59	51	2	2	44	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141678--141733	23	2.4	23	76	5	60	51	1	0	46	1.11
141747--141796	24	2.2	21	79	10	55	50	0	2	48	1.12
141913--141960	23	2.1	22	88	3	69	41	0	2	56	1.11
142059--142457	176	2.2	178	78	8	411	40	8	11	40	1.70
142585--142648	6	11.0	6	77	15	64	50	0	0	50	1.00
142597--142692	20	5.0	20	68	26	64	46	0	1	52	1.07
142585--142666	36	2.3	35	80	12	96	48	0	0	51	1.00
142585--142663	25	3.1	25	78	15	72	49	0	0	50	1.00
143004--143041	13	2.8	13	81	18	51	52	0	0	47	1.00
142980--143024	22	2.0	22	83	8	56	46	2	2	48	1.26
144050--144088	17	2.3	17	86	8	53	53	5	0	41	1.23
144048--144095	14	3.3	14	80	13	53	50	4	0	45	1.21
144067--144106	14	2.9	13	88	7	53	50	2	0	47	1.14
144592--144642	21	2.6	21	87	9	72	52	0	0	47	1.00
144592--144639	11	4.8	11	78	21	61	54	0	0	45	0.99
144743--144771	4	7.5	4	92	7	51	75	0	0	24	0.80
145087--147002	181	10.6	180	77	7	1631	40	10	8	40	1.70
145073--147002	361	5.4	359	77	6	1641	41	10	8	40	1.69
145073--147006	542	3.6	535	78	8	1742	41	10	8	40	1.69
147569--147622	18	2.8	20	75	18	60	57	0	3	38	1.17
147917--147984	16	4.1	16	71	17	57	51	1	1	45	1.19
148029--148064	10	3.5	11	88	11	58	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148060--148114	21	2.6	21	77	16	60	43	1	7	47	1.41
148543--148585	15	3.0	14	83	10	52	44	2	0	53	1.13
148806--149672	181	4.9	179	74	8	558	41	8	9	40	1.68
149635--149708	36	2.1	36	97	0	139	39	2	6	51	1.43
149313--150049	394	1.9	387	80	8	866	39	8	9	41	1.69
149674--151066	180	7.8	178	77	8	1107	39	7	10	42	1.67
149674--151066	181	7.8	180	78	6	1278	39	7	10	42	1.67
149674--151066	537	2.6	539	81	6	1513	39	7	10	42	1.67
151334--151366	18	1.9	17	88	11	50	42	6	12	39	1.67
151087--151739	183	3.6	180	78	7	581	42	9	10	36	1.73
151698--151730	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
151693--151739	19	2.7	18	80	12	62	44	4	10	40	1.59
152312--152386	23	3.3	23	94	0	123	24	16	22	37	1.93
153153--154788	181	9.0	179	73	10	1063	42	9	8	40	1.67
153651--153702	18	2.9	18	75	13	54	40	7	7	44	1.62
153153--154782	357	4.5	361	74	11	1072	42	9	8	39	1.67
154890--154939	10	4.9	10	80	9	57	56	0	2	42	1.11
155067--155128	24	2.6	24	83	16	69	46	0	0	53	1.00
155218--155286	18	3.7	18	72	14	59	49	4	0	46	1.21
156647--156697	26	2.0	26	85	7	70	19	11	7	60	1.55
158799--158842	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
159223--159259	14	2.6	15	87	8	51	51	8	0	40	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160263--160315	17	3.1	17	79	12	56	54	1	0	43	1.11
160265--160320	22	2.6	23	86	8	73	55	1	0	42	1.10
161372--161420	19	2.5	20	81	18	59	53	0	0	46	1.00
161380--161417	12	3.2	12	88	7	51	52	0	0	47	1.00
161575--161629	20	2.6	21	74	11	58	45	0	3	50	1.19
164612--164661	23	2.2	23	82	13	59	48	0	0	52	1.00
164593--164666	29	2.7	26	81	14	69	45	1	0	52	1.09
170113--170148	10	3.6	10	88	0	54	52	11	27	8	1.65
170741--170782	20	2.1	20	100	0	84	54	14	14	16	1.71
170828--170868	20	2.0	21	85	4	57	60	12	0	26	1.31
172108--172155	20	2.3	20	79	13	53	39	16	0	43	1.48
174555--174596	12	3.6	12	81	15	52	47	0	0	52	1.00
174557--174605	23	2.1	24	88	3	73	48	0	0	51	1.00
174946--174975	14	2.1	14	93	0	51	46	3	0	50	1.18
175510--175534	13	1.9	13	100	0	50	52	0	8	40	1.31
175660--175722	11	5.8	11	76	22	62	39	0	0	60	0.97
175664--175713	15	2.9	18	85	14	70	40	0	0	60	0.97
175732--175810	31	2.5	32	78	15	85	49	0	3	46	1.19
175965--176049	40	2.2	37	83	8	98	44	4	5	44	1.49
176367--176541	92	1.9	92	82	2	217	42	11	12	33	1.78
176460--176787	181	1.8	180	84	3	444	42	10	8	38	1.70
177193--177236	22	2.0	22	95	0	79	31	11	13	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178902--178970	18	3.7	18	72	14	59	46	0	2	50	1.16
179060--179123	24	2.7	25	84	13	75	53	0	0	46	1.00
179078--179123	22	2.0	22	87	8	65	56	0	0	43	0.99
179252--179301	10	4.9	10	80	9	57	42	2	0	56	1.11
179294--179727	182	2.4	182	80	5	443	38	6	9	44	1.63
180465--180520	18	3.2	18	75	12	62	50	7	7	35	1.57
180088--181018	359	2.6	361	79	6	933	41	7	8	43	1.63
180099--181018	181	5.1	179	78	7	844	41	7	8	43	1.63
181264--181293	8	3.8	8	90	0	51	3	13	0	83	0.77
181261--181304	22	2.0	21	87	12	63	4	15	0	79	0.89

Tables:   1   2   3   4   5