genome.fa.s512.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168337.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_56, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  149304

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47796--47847	17	2.9	18	85	8	70	76	7	7	7	1.15
48252--48284	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
48247--48293	19	2.7	18	80	12	62	44	4	10	40	1.59
48323--50957	181	14.6	178	73	9	1465	42	9	7	40	1.66
48821--48853	17	2.0	17	88	5	50	39	12	0	48	1.40
48332--50957	531	4.8	535	75	7	1508	42	9	7	40	1.66
48323--50676	356	6.6	351	73	10	1360	42	9	8	40	1.66
50797--50829	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
51497--51597	49	2.1	49	83	10	127	44	3	3	47	1.40
52003--52071	26	2.6	26	75	8	68	37	1	1	59	1.15
52701--53324	181	3.5	180	87	2	788	40	8	10	40	1.70
53391--53427	7	5.1	7	90	6	56	43	0	0	56	0.99
53876--53919	23	1.9	23	100	0	88	31	4	4	59	1.38
53900--54329	175	2.4	174	78	5	420	42	10	7	40	1.66
54277--54406	65	2.0	67	90	6	212	36	14	6	42	1.73
54556--54619	31	2.1	31	96	0	119	50	3	4	42	1.39
55953--57702	181	9.6	176	72	11	765	43	8	8	39	1.66
55953--57584	359	4.5	356	73	11	959	42	8	8	39	1.67
56920--57710	182	4.4	181	74	7	551	44	9	7	38	1.65
57879--57949	20	3.4	22	76	18	71	45	0	0	54	0.99
57878--57952	25	3.0	26	79	14	70	45	0	0	54	0.99
57881--57940	5	12.8	5	72	24	51	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57905--57942	13	2.7	14	84	8	51	44	0	0	55	0.99
57878--57951	34	2.2	33	82	17	91	44	0	0	55	0.99
58044--58112	18	3.7	18	72	14	59	49	4	0	46	1.21
59478--59526	26	2.0	25	88	8	73	20	20	8	51	1.73
59443--59987	279	2.0	278	94	1	948	29	14	11	44	1.80
60087--60129	22	2.0	22	90	0	68	41	11	11	34	1.78
60500--60564	31	2.1	31	86	11	89	52	3	0	44	1.16
61464--61510	25	1.9	24	82	4	58	38	2	2	57	1.23
61521--61598	29	2.6	29	78	11	86	48	2	0	48	1.15
61609--61664	22	2.6	23	86	8	73	55	3	0	41	1.17
61797--61821	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
62350--62379	14	2.1	14	93	0	51	50	0	3	46	1.18
62912--62966	20	2.6	21	74	11	58	45	0	3	50	1.19
63562--63595	16	2.1	16	100	0	68	47	5	5	41	1.52
63618--63690	22	3.3	22	81	11	87	50	0	4	45	1.20
63628--63693	6	11.7	6	76	15	61	50	0	3	46	1.16
63756--63810	22	2.4	24	82	11	62	49	3	1	45	1.30
64071--64447	181	2.1	181	83	3	472	41	7	9	42	1.64
64964--65460	182	2.7	178	81	7	509	40	8	9	41	1.67
65033--65459	180	2.4	182	80	6	472	40	8	9	41	1.68
66006--66079	13	6.1	13	71	15	59	47	2	0	50	1.15
65994--66067	25	3.3	21	74	17	60	47	1	0	51	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65992--66055	19	3.4	19	76	20	62	46	1	0	51	1.10
66606--66634	14	2.1	14	100	0	58	41	0	6	51	1.28
67000--67034	12	2.8	13	83	16	56	48	5	0	45	1.26
68060--68605	180	3.0	180	76	4	476	43	8	7	40	1.64
68746--68786	21	2.0	21	85	0	55	56	2	0	41	1.13
70042--71526	357	4.2	353	75	8	1199	40	8	9	41	1.67
70042--71526	177	8.3	174	74	10	922	40	8	9	41	1.67
70070--71526	533	2.7	531	80	5	1587	41	8	9	41	1.67
71589--71616	14	2.0	14	100	0	56	57	7	0	35	1.26
71631--71670	21	1.9	21	89	0	62	50	5	0	45	1.23
77196--77244	22	2.3	21	82	3	62	48	2	0	48	1.12
77568--77683	30	3.9	29	70	22	80	49	0	1	49	1.11
77567--77651	25	3.4	25	76	15	77	47	0	0	52	1.00
77809--77849	16	2.6	16	88	0	64	43	0	0	56	0.99
77827--77860	12	2.8	12	91	8	52	44	0	0	55	0.99
78035--78071	17	2.2	17	90	0	56	64	0	0	35	0.94
78174--78224	15	3.3	15	78	10	57	47	3	1	47	1.32
80090--80159	21	3.4	20	75	13	70	22	21	25	30	1.99
81021--81091	14	5.5	12	75	17	54	59	1	1	38	1.15
81057--81089	17	1.9	17	93	0	57	63	0	0	36	0.95
81229--81270	19	2.2	20	86	4	59	50	2	2	45	1.27
81560--81613	25	2.1	26	83	10	67	46	1	0	51	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81602--81643	8	5.2	8	80	11	50	52	0	0	47	1.00
81549--81648	32	3.4	30	73	15	84	48	1	0	51	1.07
82123--82191	32	2.0	33	83	10	86	43	4	2	49	1.37
82287--82316	14	2.1	15	93	6	53	0	13	20	66	1.24
82359--82431	16	4.6	16	78	11	71	45	4	0	50	1.20
82717--82758	17	2.5	17	78	14	52	38	7	2	52	1.42
83228--83289	15	3.8	16	78	10	63	56	1	0	41	1.09
83953--84035	31	2.6	31	77	12	89	45	1	1	51	1.16
84178--84228	9	5.7	9	84	9	59	60	0	0	39	0.97
84167--84218	18	2.9	18	78	10	54	59	0	0	40	0.97
84174--84222	12	3.8	12	82	15	62	61	0	0	38	0.96
84168--84220	14	3.9	14	80	14	65	60	0	0	39	0.97
84149--84227	15	5.5	14	75	13	72	55	0	1	43	1.07
84510--84560	11	4.5	11	82	4	57	54	0	0	45	0.99
84757--84799	10	4.4	9	85	5	50	51	4	0	44	1.22
85037--85070	16	2.1	16	89	10	52	55	0	0	44	0.99
85433--85481	20	2.5	20	83	9	57	40	2	2	55	1.23
85472--85511	20	2.0	20	90	9	64	45	0	2	52	1.14
85499--85537	14	2.8	14	76	0	51	51	2	2	43	1.29
86021--86355	181	1.9	179	80	8	392	40	10	8	40	1.69
86525--86574	11	4.9	10	75	20	50	50	2	0	48	1.12
86501--86554	20	2.6	22	82	8	69	46	3	0	50	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86643--86713	29	2.4	29	78	19	76	43	5	0	50	1.25
86693--86762	34	2.1	33	81	7	79	37	1	2	58	1.22
87503--87561	11	5.6	11	78	11	70	50	0	0	49	1.00
87608--87654	20	2.6	17	76	20	51	48	0	2	48	1.13
87780--87876	30	3.2	29	77	12	81	44	3	1	51	1.24
87787--87852	14	4.1	17	75	22	54	46	1	0	51	1.10
87793--87894	18	5.3	19	71	18	68	45	0	0	52	1.13
87800--87883	30	2.8	31	78	10	86	44	1	1	53	1.16
87858--87949	24	4.0	24	68	14	68	44	4	0	51	1.21
87803--87898	30	3.2	29	70	18	72	43	1	1	54	1.14
87954--87999	15	3.1	15	82	11	51	50	2	0	47	1.13
87969--88021	21	2.5	22	75	19	60	49	5	0	45	1.26
88026--88064	16	2.5	15	87	4	51	43	2	2	51	1.29
88140--88440	21	13.3	21	74	16	192	33	12	10	43	1.77
88150--88189	14	3.1	14	75	20	50	37	12	5	45	1.64
88140--88448	46	6.8	46	82	5	360	33	12	10	43	1.76
88140--88440	67	4.4	66	75	15	240	33	12	10	43	1.77
88376--88415	14	3.1	14	72	20	50	35	12	10	42	1.76
89163--89512	185	1.9	183	81	11	430	35	12	7	45	1.70
89668--89731	34	1.9	31	82	17	76	50	1	3	45	1.27
91997--92034	13	3.0	13	85	14	53	52	0	2	44	1.14
92272--92318	24	2.0	24	83	8	60	51	2	2	44	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93544--93610	25	2.7	25	72	13	66	49	0	1	49	1.10
93556--93603	16	2.9	16	81	12	62	45	0	2	52	1.12
93694--93741	16	3.3	14	78	18	53	60	4	2	33	1.27
93649--93735	44	2.0	45	81	2	104	54	4	2	39	1.34
94582--94649	27	2.4	28	73	11	68	58	4	1	35	1.27
94584--94650	26	2.6	27	72	13	68	58	4	1	35	1.28
94640--94689	23	2.1	25	85	7	68	52	0	2	46	1.12
94740--94824	19	4.0	21	73	18	63	45	5	2	45	1.40
94782--94824	19	2.2	20	91	4	70	46	4	0	48	1.22
95728--95771	17	2.6	17	82	13	63	43	0	0	56	0.99

Tables:   1   2   3   4