genome.fa.s523.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168348.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_57, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  144347

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115--155	12	3.6	12	87	12	52	60	0	0	39	0.96
109--169	19	3.3	18	77	11	61	57	1	0	40	1.08
104--197	31	3.0	30	71	11	82	53	2	1	43	1.19
248--297	16	3.2	16	77	11	50	56	2	0	42	1.11
289--327	17	2.3	18	82	13	55	58	0	0	41	0.98
270--343	37	2.0	37	84	10	98	55	0	1	43	1.08
107--332	15	13.9	16	64	23	59	53	3	0	41	1.24
611--647	16	2.2	17	90	4	58	45	5	0	48	1.25
1086--1152	19	3.6	19	69	18	50	59	1	0	38	1.06
1569--1667	31	3.2	31	73	13	71	50	1	1	47	1.14
1589--1635	19	2.4	19	75	17	51	42	0	2	55	1.12
1600--1673	26	3.1	25	74	14	68	47	0	1	51	1.09
1968--1999	16	2.0	16	93	0	55	46	0	0	53	1.00
2280--2348	19	3.6	19	70	22	56	49	2	0	47	1.16
2286--2371	38	2.3	37	77	16	88	47	2	1	48	1.22
2444--2496	20	2.7	21	78	18	60	47	3	1	47	1.31
2763--2791	14	2.0	15	93	6	51	27	0	3	68	1.05
2846--2893	13	3.5	14	75	13	55	47	0	0	52	1.00
2844--2892	22	2.2	22	78	7	55	48	0	0	51	1.00
4600--4668	15	4.6	14	77	21	61	46	1	0	52	1.09
4742--4821	15	5.3	15	71	22	60	47	6	1	45	1.36
5173--5215	15	2.7	15	83	16	52	37	4	2	55	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5569--5593	13	1.9	13	100	0	50	56	0	4	40	1.18
5754--5807	23	2.4	22	76	14	56	42	3	0	53	1.18
5988--6042	12	4.9	12	74	26	50	50	5	0	43	1.25
6007--6057	24	2.0	26	85	14	72	54	5	0	39	1.24
6018--6075	24	2.5	22	74	17	55	51	6	0	41	1.28
6581--6612	11	2.8	12	90	9	57	40	0	9	50	1.35
6595--6634	18	2.2	18	86	8	55	37	2	2	57	1.26
7072--7194	65	1.9	65	81	6	151	41	4	10	43	1.58
8035--8081	24	2.0	22	88	8	67	51	0	2	46	1.13
8345--8400	16	3.5	16	73	9	51	41	1	5	51	1.35
8347--8410	32	2.0	32	81	0	74	40	4	4	50	1.44
8512--8565	23	2.3	23	81	12	58	46	1	3	48	1.30
9246--9285	19	2.0	21	90	9	66	52	0	2	45	1.14
9355--9406	23	2.2	23	82	3	59	38	1	3	55	1.29
9378--9456	34	2.4	34	83	12	101	49	2	0	48	1.14
9428--9491	16	4.0	16	70	8	58	46	0	3	50	1.17
9919--9949	16	1.9	16	93	0	53	48	3	0	48	1.17
10089--10126	14	2.7	14	80	15	51	44	0	2	52	1.14
10174--10218	18	2.4	18	88	3	63	46	6	2	44	1.42
10299--10948	179	3.6	180	83	5	730	41	9	8	40	1.67
13501--13560	10	5.6	11	83	13	72	43	0	0	56	0.99
13537--13610	13	6.0	13	72	19	52	52	2	2	41	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13997--14038	14	3.1	14	76	16	52	45	0	7	47	1.30
14036--14481	181	2.5	181	79	6	451	41	9	8	41	1.67
14978--15044	25	2.7	25	77	13	75	49	0	1	49	1.10
14976--15019	11	3.7	11	77	16	52	52	0	0	47	1.00
15127--15221	13	7.0	14	69	17	58	60	3	1	35	1.20
16073--16130	16	3.8	17	76	19	56	43	1	1	53	1.21
16163--16222	9	6.1	10	82	17	65	53	0	0	46	1.00
16175--16220	23	2.0	23	95	0	83	54	0	0	45	0.99
16764--16813	26	1.9	26	84	8	66	36	4	4	56	1.37
16764--16816	29	1.9	26	85	11	70	35	3	3	56	1.35
17261--17318	14	4.2	14	73	20	50	46	0	0	53	1.00
17356--17492	24	5.3	26	64	22	65	48	2	2	46	1.29
17416--17467	24	2.3	22	83	6	68	50	0	0	50	1.00
17443--17482	19	2.0	21	90	9	66	52	0	2	45	1.14
17431--17492	27	2.2	29	80	5	74	51	0	1	46	1.10
17590--17692	34	3.0	33	78	13	102	46	2	1	48	1.28
17641--17691	12	4.2	12	75	7	50	45	0	3	50	1.20
18147--18177	16	1.9	16	93	0	53	48	3	0	48	1.17
18414--18458	18	2.4	18	88	3	63	46	6	2	44	1.42
18915--19240	181	1.8	181	81	1	411	40	8	8	42	1.65
19306--21814	180	14.0	174	70	13	846	40	8	9	41	1.68
20034--20328	163	1.8	164	85	2	423	45	8	6	39	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20172--21777	177	8.9	177	72	11	861	40	8	9	41	1.67
19287--21777	361	7.0	345	71	11	1039	41	8	9	41	1.67
21435--21862	181	2.4	179	79	4	459	39	7	10	43	1.67
23778--23859	24	3.7	23	74	15	82	58	0	0	41	0.98
23819--23852	16	2.1	16	89	10	52	58	0	0	41	0.98
23783--23897	43	2.6	43	77	13	110	58	1	0	39	1.14
24466--25634	357	3.3	354	78	7	943	40	7	10	41	1.68
24355--25633	181	7.2	180	75	9	962	40	7	10	41	1.69
25811--25844	17	2.0	17	88	0	50	44	5	0	50	1.26
25858--25896	16	2.5	17	84	16	57	48	0	0	51	1.00
25822--25890	27	2.7	26	76	10	70	44	0	0	55	0.99
25987--26030	22	2.0	22	81	0	52	45	2	0	52	1.13
27544--27573	14	2.1	14	93	0	51	46	0	0	53	1.00
27541--27590	18	2.8	18	76	11	50	46	0	4	50	1.20
27876--27905	11	2.7	11	94	0	51	46	3	6	43	1.46
28027--28073	23	2.0	23	83	0	58	51	0	0	48	1.00
28247--28292	24	1.9	24	82	8	58	52	2	0	45	1.13
28301--28359	26	2.3	26	86	11	79	44	0	3	52	1.17
28301--28410	25	4.3	25	70	22	77	44	0	2	52	1.15
28353--28440	17	5.1	17	73	20	67	48	0	1	50	1.08
28365--28440	27	2.8	26	72	21	68	47	0	1	51	1.09
28640--28674	10	3.2	11	88	12	54	42	2	0	54	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28641--28704	23	2.8	23	83	9	69	45	1	0	53	1.10
29367--29418	16	3.2	17	81	10	65	48	3	0	48	1.20
29735--29784	22	2.3	22	78	0	55	50	2	2	46	1.24
29873--29919	20	2.4	19	80	16	51	42	0	4	53	1.20
30382--30415	11	3.2	11	91	4	52	70	0	0	29	0.87
30461--30508	14	3.5	14	75	13	55	52	0	0	47	1.00
30462--30510	22	2.2	22	78	7	55	51	0	0	48	1.00
30879--30927	13	3.8	13	73	10	55	44	4	2	48	1.33
30912--30952	17	2.5	17	88	4	57	51	2	0	46	1.14
32252--32315	24	2.7	23	73	17	60	43	1	3	51	1.26
32425--32477	24	2.3	22	72	15	52	39	0	3	56	1.17
32368--32690	180	1.8	180	80	4	393	39	7	9	43	1.65
32788--32841	26	2.1	24	83	16	65	48	1	3	46	1.30
32884--32956	28	2.6	27	79	12	76	52	2	1	43	1.24
32897--32987	23	4.0	23	75	16	91	51	2	1	45	1.20
32921--32971	20	3.1	16	75	24	52	54	1	1	41	1.22
33138--33184	23	2.0	23	83	0	58	51	0	0	48	1.00
33570--33636	23	2.7	25	76	15	61	41	2	1	53	1.25
33840--34500	181	3.7	180	76	7	456	42	9	9	38	1.70
34882--34944	16	4.0	16	74	17	51	52	1	1	44	1.20
34942--34974	13	2.4	14	90	10	59	45	6	0	48	1.27
35391--35445	23	2.3	24	75	6	58	50	1	0	47	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35516--35565	16	3.2	16	83	8	50	44	0	2	54	1.11
35518--35564	23	2.0	24	84	16	62	44	0	2	53	1.12
36689--36739	21	2.5	20	84	9	68	37	1	0	60	1.08
36745--36778	9	3.8	9	88	0	50	50	0	2	47	1.16
36772--36810	20	2.0	20	90	10	62	56	0	2	41	1.13
36864--36899	10	3.5	10	88	7	54	52	0	0	47	1.00
37055--37111	17	3.3	17	69	11	53	49	3	3	43	1.36
37124--37158	15	2.3	15	90	0	52	40	0	2	57	1.14
37170--37224	23	2.3	24	81	9	60	47	1	1	49	1.23
37707--37745	19	2.1	18	85	4	51	58	0	0	41	0.98

Tables:   1   2   3   4