genome.fa.s568.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168393.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_61, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  142147

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38--82	20	2.2	20	88	0	63	48	2	0	48	1.13
1292--1323	14	2.2	15	94	5	57	56	0	0	43	0.99
1836--1885	20	2.5	21	80	9	59	50	2	0	48	1.12
2150--2194	21	2.3	19	85	11	56	55	0	0	44	0.99
2151--2199	26	2.0	24	84	8	62	55	0	0	44	0.99
2159--2214	15	3.5	16	79	18	55	50	0	1	48	1.11
2377--2435	20	2.9	19	80	14	57	52	1	3	42	1.28
2337--2415	20	3.7	21	73	20	65	49	1	1	48	1.17
2382--2446	21	3.2	20	81	14	71	53	1	1	43	1.19
2541--2626	41	2.1	42	81	14	99	48	1	1	48	1.16
2570--2624	10	5.4	10	72	20	51	47	0	1	50	1.11
2893--2923	15	2.0	16	93	6	55	38	6	9	45	1.63
3257--3294	19	2.0	19	94	0	67	44	0	0	55	0.99
3764--3802	20	2.0	20	89	0	60	46	0	2	51	1.14
3776--3806	14	2.3	13	94	5	53	48	0	0	51	1.00
4001--4075	24	3.0	26	72	18	70	46	0	0	53	1.00
4047--4094	22	2.1	24	84	7	64	47	0	2	50	1.12
4154--4216	22	2.9	21	72	27	51	52	0	0	47	1.00
4304--4363	32	1.9	31	86	10	86	50	0	3	46	1.18
5285--5327	12	3.5	12	80	3	50	51	0	0	48	1.00
5314--5352	20	2.0	19	90	5	60	38	0	2	58	1.12
5324--5367	16	2.8	16	83	13	56	38	0	2	59	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6125--6195	20	3.5	20	75	12	65	47	0	1	50	1.09
6125--6205	40	2.1	39	81	11	94	48	0	1	50	1.08
6156--6273	26	4.8	25	68	25	74	50	1	0	47	1.11
6155--6222	29	2.2	32	82	12	81	52	1	0	45	1.09
6194--6227	18	1.9	18	88	5	52	58	2	0	38	1.13
6320--6361	13	3.2	13	77	12	50	47	0	0	52	1.00
6314--6393	30	2.6	32	79	13	87	51	1	0	47	1.08
7151--7202	27	1.9	27	84	0	68	51	1	0	46	1.12
7217--7345	26	4.9	24	72	21	82	52	0	1	44	1.15
7227--7424	17	11.8	16	68	22	81	52	1	1	45	1.17
7251--7413	9	19.8	8	68	28	62	50	1	0	46	1.16
7188--7361	9	19.7	9	70	24	97	52	0	1	45	1.12
7561--7644	21	4.0	21	68	21	52	46	1	1	51	1.16
7658--7778	22	5.4	23	75	16	87	48	0	0	50	1.06
7724--7814	50	1.9	49	82	14	120	47	0	1	51	1.07
7693--7838	28	5.1	28	70	17	72	47	0	1	51	1.09
7685--7825	59	2.5	57	80	10	139	48	0	0	51	1.05
7730--7854	55	2.2	57	76	10	134	47	0	1	50	1.16
7730--7866	26	5.4	25	66	22	74	46	0	1	51	1.15
7907--7949	22	2.0	22	86	9	61	53	6	0	39	1.28
8702--8780	22	3.5	22	73	21	67	51	2	1	44	1.23
8750--8853	30	3.3	31	69	19	79	51	2	0	44	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9305--9338	17	1.9	18	94	5	61	61	0	0	38	0.96
9738--9783	24	1.9	24	86	8	67	52	2	0	45	1.13
10613--10652	13	3.0	13	85	7	53	45	0	2	52	1.14
10617--10686	23	3.0	21	71	24	52	48	0	2	48	1.16
12188--12239	26	2.0	26	82	17	63	50	1	0	48	1.12
12188--12230	15	2.8	16	79	10	54	51	2	0	46	1.13
12221--12272	12	4.4	11	88	9	50	51	0	1	46	1.12
12224--12271	20	2.4	19	77	19	53	52	0	2	45	1.12
12205--12282	24	3.2	25	74	16	76	47	1	2	48	1.23
12595--12662	35	1.9	35	82	5	84	54	0	1	44	1.09
13293--13384	21	4.1	21	71	15	69	50	0	1	48	1.08
13286--13364	8	10.4	7	78	18	54	51	0	1	46	1.08
13286--13357	37	1.9	37	83	10	94	51	0	1	47	1.09
13310--13371	31	2.0	29	85	14	81	54	0	1	43	1.09
13313--13367	8	7.0	8	79	20	55	58	0	1	40	1.09
14609--14634	5	5.2	5	100	0	52	42	0	0	57	0.98
16137--16564	182	2.4	175	82	5	509	38	8	9	43	1.68
16581--16612	14	2.2	15	94	5	57	56	0	0	43	0.99
17300--17335	18	1.9	19	88	5	56	38	2	0	58	1.13
17840--17920	24	3.2	24	72	19	67	50	1	1	46	1.17
17880--17961	31	2.7	33	80	14	95	51	0	0	48	1.00
17897--17946	10	5.0	10	78	7	57	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17890--17948	21	3.0	20	78	9	68	47	0	0	52	1.00
18019--18064	15	2.9	16	75	15	51	50	0	0	50	1.00
18165--18214	25	2.0	25	84	7	66	50	0	0	50	1.00
18164--18215	24	2.2	24	81	15	65	51	0	0	48	1.00
18255--18306	22	2.5	20	79	14	59	48	0	1	50	1.12
18502--19355	434	1.9	440	82	7	1049	39	7	9	43	1.64
19067--20051	181	5.4	180	77	6	751	39	7	9	42	1.67
20051--20480	180	2.4	179	78	7	426	40	8	9	41	1.67
20050--20431	182	2.1	182	80	7	431	40	7	9	42	1.65
20582--20937	180	2.0	180	81	3	421	39	8	9	41	1.68
21625--21688	26	2.5	26	82	10	78	51	1	0	46	1.10
21665--21735	36	2.0	36	81	10	83	45	1	4	49	1.30
22201--22291	34	2.7	33	80	11	87	49	2	2	46	1.26
22467--22977	180	2.9	176	80	5	438	39	7	10	42	1.68
23044--23116	26	2.8	25	80	12	67	50	0	1	47	1.09
23022--23093	31	2.3	32	79	11	87	48	0	2	48	1.16
23234--23301	32	2.2	30	78	5	73	45	0	0	54	0.99
23282--23365	16	5.5	16	69	16	54	57	1	2	39	1.20
23362--23419	23	2.5	24	79	17	70	46	0	1	51	1.11
23197--23419	17	14.1	16	69	19	76	49	0	1	48	1.15
23505--23538	18	1.9	18	88	5	52	47	0	0	52	1.00
23502--23549	25	1.9	25	84	16	64	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23549--23604	29	2.0	27	83	13	69	53	5	3	37	1.41
23508--23625	25	4.5	26	71	20	77	50	2	2	44	1.29
23623--24031	180	2.3	180	82	3	475	41	8	8	41	1.65
23702--24085	180	2.1	179	80	5	443	40	8	8	42	1.67
24580--24619	21	1.9	21	85	10	55	47	0	0	52	1.00
24610--24635	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
24703--24744	17	2.4	18	84	11	52	38	2	0	59	1.10
24799--24838	19	2.0	20	85	4	55	47	0	0	52	1.00
24809--25005	23	8.5	23	67	22	76	46	1	1	50	1.17
24797--24866	27	2.6	27	81	9	79	48	1	0	50	1.09
24808--24867	26	2.3	26	81	13	70	48	1	0	50	1.11
24796--24902	45	2.5	40	76	20	108	48	1	0	48	1.18
24954--25003	17	2.9	18	82	14	52	50	0	0	50	1.00
25089--25132	22	2.0	22	81	4	52	40	2	4	52	1.34
25685--25726	21	1.9	23	90	9	70	52	0	0	47	1.00
25867--25908	12	3.4	13	80	9	52	35	0	4	59	1.19
27095--27132	11	3.5	11	86	13	53	50	0	0	50	1.00
27296--27341	21	2.1	22	84	4	58	58	2	2	36	1.22
27882--27956	33	2.2	35	81	11	93	50	4	2	42	1.35
27882--27936	16	3.4	16	79	18	60	49	5	1	43	1.36
27893--27972	18	4.6	18	75	17	62	52	3	2	41	1.33
27978--28079	15	7.2	14	68	15	50	45	5	1	47	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28213--28255	12	3.6	12	84	6	52	39	0	2	58	1.11
28131--28262	44	3.0	41	71	22	106	46	1	1	50	1.19
29901--30017	8	13.9	8	70	16	67	52	0	0	47	1.00
29901--30000	15	6.5	17	72	20	62	52	0	0	48	1.00
29936--30017	21	4.1	20	76	17	80	51	0	0	48	1.00
29904--30019	25	4.6	25	74	13	98	51	0	0	48	1.00
29926--30010	36	2.5	33	80	10	100	52	0	0	47	1.00
29913--30010	10	9.3	11	69	18	66	53	0	0	46	1.00
30008--30042	17	2.0	17	88	5	52	37	5	2	54	1.39
30777--30828	23	2.3	23	83	6	61	51	0	1	46	1.12

Tables:   1   2   3   4   5