genome.fa.s568.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168393.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_61, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  142147

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72021--72082	28	2.2	29	77	13	67	51	3	0	45	1.17
72254--72298	18	2.4	19	88	3	65	55	0	2	42	1.12
72256--72308	7	8.1	7	74	14	51	54	1	1	41	1.22
72276--72322	13	3.5	13	82	11	51	53	4	2	40	1.32
72254--72377	14	8.5	15	73	22	58	51	2	1	44	1.24
72413--72448	18	1.9	19	88	5	56	55	2	2	38	1.29
74090--74119	14	2.1	14	93	0	51	46	0	0	53	1.00
74232--74280	18	2.5	20	77	19	57	40	4	0	55	1.19
74765--74830	10	7.1	10	70	16	52	40	0	1	57	1.08
74823--74870	21	2.2	22	85	3	71	56	2	4	37	1.30
75518--75555	20	1.9	20	84	10	51	36	7	5	50	1.54
75141--76172	180	5.7	182	75	8	828	39	8	10	41	1.70
76313--76415	43	2.4	45	80	12	117	50	0	0	48	1.07
76474--76521	23	2.1	23	84	7	62	45	2	0	52	1.12
76579--76635	15	3.5	15	73	15	51	50	0	3	45	1.18
76856--76891	18	2.0	18	88	0	54	61	0	2	36	1.11
77426--77481	22	2.6	21	81	13	60	50	0	1	48	1.11
77816--77858	9	4.9	9	88	2	61	41	0	2	55	1.12
78020--78076	22	2.6	22	81	10	64	52	3	1	42	1.28
78033--78093	18	3.6	16	75	18	52	54	1	1	42	1.20
78023--78095	16	4.4	16	71	20	60	53	2	1	42	1.23
78219--78272	24	2.2	25	78	15	60	48	0	3	48	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78352--78419	24	3.0	22	78	18	70	44	0	1	54	1.09
78341--78433	15	6.2	15	70	19	61	46	0	3	50	1.17
78449--78490	22	1.9	22	85	9	59	35	0	0	64	0.94
78475--78551	30	2.6	30	83	4	93	49	0	1	49	1.09
78505--78556	23	2.2	24	80	16	65	50	0	1	48	1.12
78579--78609	16	2.0	16	93	6	55	58	0	0	41	0.98
78693--78732	21	1.9	21	90	10	64	55	2	0	42	1.13
78684--78734	21	2.6	19	80	17	59	54	3	0	41	1.19
79231--79284	25	2.0	28	82	10	69	55	0	0	44	0.99
79598--79696	23	4.3	22	68	18	67	42	0	3	54	1.15
79590--79698	24	4.5	24	66	23	68	43	0	2	53	1.21
79579--79713	71	1.9	70	82	10	168	45	0	2	51	1.22
79895--79927	16	2.1	16	88	5	50	75	0	0	24	0.80
79896--81168	181	7.2	180	76	6	1040	42	9	7	39	1.67
81390--81436	22	2.1	22	84	7	60	48	2	0	48	1.13
81879--81938	21	2.9	21	69	16	52	35	1	6	56	1.35
82373--82411	15	2.6	15	83	0	51	56	5	0	38	1.22
82379--82417	18	2.1	19	90	4	62	53	2	0	43	1.14
82515--82615	15	6.7	15	67	23	52	49	1	0	47	1.19
83260--83353	23	4.2	23	74	20	67	44	0	2	53	1.12
83281--83340	16	3.6	16	79	20	61	43	0	1	55	1.10
83278--83352	8	9.1	8	73	21	50	41	0	2	56	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83261--83369	42	2.6	41	77	20	109	44	0	1	53	1.11
83262--83367	34	3.0	34	79	16	94	43	0	1	54	1.11
83239--83340	19	5.7	18	77	17	97	46	0	0	51	1.14
83296--83366	27	2.6	27	76	10	72	42	0	2	54	1.14
83609--84109	180	2.8	182	81	5	498	43	9	8	38	1.68
86242--86290	25	2.0	25	84	8	64	55	4	0	40	1.19
86262--86300	17	2.4	17	86	4	53	51	0	0	48	1.00
86576--86636	29	2.0	30	87	6	88	47	3	0	49	1.18
86643--86679	17	2.1	18	85	14	51	43	5	0	51	1.24
86718--86771	21	2.7	21	85	5	67	51	0	0	48	1.00
86740--86798	28	2.1	28	81	9	66	50	3	0	45	1.18
86810--86844	17	2.0	18	94	5	63	48	0	0	51	1.00
87082--87117	17	2.1	17	89	0	54	44	2	0	52	1.15
87296--87370	31	2.5	31	82	10	84	48	0	0	52	1.00
87348--87399	17	3.1	17	72	13	54	44	1	1	51	1.23
87310--87372	26	2.5	24	77	22	60	50	0	0	49	1.00
87255--87416	64	2.5	65	75	12	152	43	3	0	52	1.21
87428--87465	13	2.7	14	88	8	51	55	5	0	39	1.23
87543--87599	31	1.9	28	86	10	78	49	0	0	50	1.00
88391--88441	27	1.9	26	84	11	68	50	1	0	47	1.12
88826--88909	14	6.4	14	69	25	51	52	0	0	47	1.00
88867--89010	24	6.0	24	65	22	72	47	0	1	50	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88836--88953	44	2.7	45	72	13	113	49	0	0	49	1.12
88937--89010	33	2.2	33	79	9	80	47	0	1	51	1.09
89087--89130	3	15.0	3	90	4	72	34	2	0	63	1.07
89090--89153	9	7.1	9	80	7	58	39	1	1	57	1.17
89220--89281	20	3.0	20	72	15	54	46	1	1	50	1.20
89431--89479	19	2.6	18	77	6	53	53	2	2	42	1.24
89891--89988	35	2.9	35	82	10	114	43	0	3	53	1.16
89932--89988	18	3.2	18	76	14	64	45	0	1	52	1.11
89964--90010	21	2.2	20	82	10	58	42	2	4	51	1.33
90142--90198	17	3.3	17	71	11	53	40	0	3	56	1.17
90433--90479	21	2.2	21	84	0	58	36	0	4	59	1.17
90740--90779	21	1.9	21	90	10	64	42	5	5	47	1.47
90833--90920	13	6.8	13	68	24	53	53	3	0	43	1.17
90838--90920	23	3.9	21	74	18	64	53	3	0	43	1.18
91399--91472	4	17.8	4	72	22	55	45	2	1	50	1.24
91399--91472	27	2.8	26	82	15	73	45	2	1	50	1.24
91453--91550	31	3.2	33	77	17	88	51	0	2	46	1.12
91455--91538	42	2.0	42	82	13	102	51	0	1	47	1.08
91459--91564	31	3.5	31	71	20	82	50	0	1	47	1.18
91451--91628	17	11.5	15	66	23	52	49	1	1	47	1.18
91979--92037	23	2.5	23	78	8	66	55	3	0	40	1.16
92087--92131	17	2.5	18	86	13	58	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92252--92294	12	3.6	12	78	12	52	58	0	0	41	0.98
92233--92307	21	3.5	22	76	7	64	53	0	1	45	1.08
92461--92490	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
92553--92597	22	2.0	22	83	8	56	48	0	4	46	1.22
92823--92870	22	2.3	21	79	10	55	39	6	4	50	1.47
92893--92938	20	2.3	20	85	7	58	56	0	2	41	1.11
92912--92963	24	2.4	22	77	22	56	51	0	1	46	1.12
93172--93218	15	2.8	16	84	15	60	57	2	0	40	1.11
93226--93261	16	2.2	17	90	5	56	47	0	5	47	1.25
93236--93321	15	5.9	15	69	10	54	47	1	1	50	1.16
93481--93563	26	3.3	25	74	12	64	42	2	4	50	1.36
93604--93653	18	2.7	20	77	20	54	50	2	4	44	1.32
94176--94246	22	3.1	22	72	18	56	43	1	4	50	1.30
94162--94270	26	4.4	25	73	22	79	44	1	2	50	1.26
94713--94764	27	1.9	27	84	7	70	46	0	0	53	1.00
94711--94757	23	2.0	23	83	0	58	48	0	0	51	1.00
94883--94935	18	3.1	17	82	12	56	52	1	0	45	1.11
94918--94979	7	8.4	7	75	16	54	41	0	1	56	1.09
94907--94974	23	3.1	22	80	14	79	44	0	1	54	1.09
94921--94968	20	2.7	19	81	18	59	41	0	2	56	1.11
94908--94990	23	3.5	23	68	20	55	45	0	1	53	1.08
95088--95569	181	2.7	181	76	4	427	42	10	7	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95627--95683	28	2.0	28	83	12	73	49	1	0	49	1.11
96723--97048	158	2.1	157	79	5	347	41	9	7	42	1.64
96757--97048	158	1.9	156	81	4	363	39	9	7	42	1.67
97275--97307	18	1.9	17	88	11	50	36	6	9	48	1.60
96912--97379	181	2.6	175	80	7	505	39	10	8	41	1.69
97443--97484	7	6.1	7	78	15	52	40	4	0	54	1.21
97558--97639	28	2.9	29	85	8	98	46	1	1	51	1.16
98355--98416	25	2.4	24	79	12	70	53	1	0	45	1.10
98438--98471	18	1.9	17	88	5	50	44	0	0	55	0.99
98677--98716	15	2.7	15	88	3	55	55	2	0	42	1.13

Tables:   1   2   3   4   5