genome.fa.s1120.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold214
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1307275

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1334--1437	49	2.1	49	87	0	145	50	9	8	30	1.65
3417--3853	75	5.8	75	100	0	874	53	9	6	30	1.59
4984--5052	21	3.1	21	82	15	93	57	18	5	17	1.59
4974--5061	25	3.6	25	85	13	121	56	20	6	15	1.62
12663--12689	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
13658--13694	19	1.9	19	94	0	65	27	2	0	70	1.01
13673--13731	13	4.6	14	74	16	56	28	8	0	62	1.24
13920--13949	16	1.9	15	93	6	51	26	10	0	63	1.26
14637--14669	16	2.0	17	88	5	50	45	0	6	48	1.27
14968--15034	28	2.3	30	75	17	77	35	2	16	44	1.63
15413--15468	10	5.7	10	75	12	62	32	0	1	66	1.03
15409--15468	19	3.1	19	88	11	95	30	0	1	68	0.99
15416--15478	19	3.3	19	80	4	72	28	0	4	66	1.12
17310--17360	23	2.2	23	89	0	75	43	19	9	27	1.82
20108--20251	32	4.5	32	82	3	182	43	10	9	36	1.72
28291--28940	230	2.8	228	83	5	749	30	22	22	25	1.99
28342--28930	115	5.1	113	66	12	308	31	22	21	24	1.99
28947--29328	190	2.0	191	81	6	445	31	20	22	26	1.98
29775--29811	14	2.4	16	78	17	51	16	0	35	48	1.46
44232--44275	18	2.4	18	92	0	70	40	40	2	15	1.60
47459--47508	16	3.2	16	72	13	50	48	2	2	48	1.24
48454--48478	9	2.8	9	100	0	50	76	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50050--50862	426	1.9	426	98	0	1574	33	12	17	36	1.87
51658--51786	64	2.0	63	93	1	222	25	24	8	41	1.83
53961--54013	27	2.0	27	81	7	63	60	1	1	35	1.19
54237--54284	24	2.0	24	100	0	96	25	16	4	54	1.60
56798--57345	274	2.0	269	89	3	839	43	6	8	41	1.61
57269--57320	24	2.2	24	85	0	68	36	0	5	57	1.23
63375--63417	13	3.2	13	78	15	52	76	2	9	11	1.10
63519--63568	7	7.1	7	84	8	66	72	0	4	24	1.02
64260--64307	11	4.4	11	75	0	51	12	12	14	60	1.59
64251--64293	22	2.0	22	90	0	68	9	11	18	60	1.57
64257--64307	22	2.3	22	82	0	57	13	11	13	60	1.59
65260--65300	17	2.4	17	100	0	82	19	26	31	21	1.97
69012--69104	37	2.5	37	85	1	116	35	31	15	18	1.91
73341--73431	26	3.5	26	79	8	103	34	20	12	32	1.90
73577--73629	23	2.3	23	86	0	70	24	20	26	28	1.99
77770--77895	40	3.2	40	70	0	117	34	19	21	23	1.96
77872--77917	20	2.3	21	77	11	51	39	23	21	15	1.92
77792--77917	40	3.2	39	67	8	101	37	19	20	22	1.95
78161--78246	37	2.3	37	95	0	154	44	20	6	27	1.77
88901--89018	44	2.7	44	78	2	121	30	20	16	32	1.95
89013--90139	128	8.8	128	88	1	1594	25	23	19	32	1.98
90102--90213	44	2.5	44	85	2	127	24	25	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90140--90226	44	2.0	44	97	0	165	21	24	21	32	1.98
92376--92488	6	19.7	6	81	13	105	12	1	13	72	1.20
92378--92480	27	4.1	25	74	17	81	12	1	13	71	1.22
92375--92482	16	7.1	15	69	21	57	12	1	12	73	1.19
92375--92489	43	2.7	43	83	4	144	12	1	13	73	1.19
93930--93963	3	11.0	3	87	6	50	61	0	2	35	1.11
94785--94823	17	2.2	18	90	4	62	82	5	2	10	0.93
95597--95758	84	1.9	85	93	1	281	30	24	16	28	1.96
95606--95758	44	3.6	44	74	7	170	31	24	16	28	1.96
95773--97008	129	9.6	130	91	1	1947	24	23	19	32	1.98
103765--103807	3	14.0	3	85	4	59	62	2	2	32	1.20
104628--104666	17	2.2	18	86	4	53	79	7	2	10	1.02
125348--125397	12	4.6	11	76	19	52	2	10	14	74	1.16
128465--128554	46	2.0	46	97	0	171	34	20	21	24	1.96
132692--132760	27	2.6	27	86	4	95	27	24	13	34	1.92
135694--135730	10	3.6	10	88	3	56	70	0	29	0	0.88
138299--138621	116	2.8	115	93	3	526	33	11	7	47	1.67
138955--139095	10	14.0	10	65	18	60	0	31	0	68	0.90
138983--139091	24	4.6	24	68	14	66	0	31	0	68	0.90
138989--139096	18	5.7	19	74	15	82	0	31	0	68	0.90
138955--139085	38	3.4	36	76	17	113	0	32	0	67	0.91
138956--139094	34	4.1	34	75	9	131	0	31	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143617--143731	51	2.3	51	93	0	194	31	15	25	27	1.96
145113--145269	43	3.7	42	82	4	145	31	27	16	24	1.96
145113--145281	86	2.0	84	82	8	207	33	26	15	24	1.95
145887--145913	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
156456--156868	125	3.3	125	92	0	646	31	16	20	30	1.95
158313--158355	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
159588--159831	122	2.0	122	100	0	488	27	31	18	22	1.97
160300--160397	11	9.3	11	68	12	71	45	2	28	23	1.64
160335--160397	33	1.9	33	93	6	110	46	1	28	23	1.62
166635--166707	31	2.4	30	77	8	78	49	1	9	39	1.44
183584--183636	24	2.2	24	100	0	106	15	24	28	32	1.95
188403--188436	17	2.0	17	100	0	68	35	17	11	35	1.87
188477--188518	15	2.9	15	82	3	50	11	14	9	64	1.50
195115--195165	12	3.9	13	76	16	52	21	9	0	68	1.18
195460--195603	74	1.9	74	88	0	216	29	18	15	35	1.93
204586--204612	4	6.8	4	100	0	54	48	0	0	51	1.00
205229--205289	29	2.0	30	87	6	88	40	8	11	39	1.71
205809--205889	3	26.7	3	97	2	153	66	0	0	33	0.92
206554--206628	27	2.7	28	91	8	118	42	12	0	45	1.41
206685--206760	27	2.8	27	88	4	109	25	27	28	18	1.98
206884--206922	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
206968--207002	3	11.3	3	87	6	52	31	0	5	62	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212218--212255	19	2.0	19	85	10	51	60	7	0	31	1.25
212297--212447	12	13.0	12	72	18	92	0	33	0	66	0.92
212302--212436	22	6.6	21	70	23	85	0	34	0	65	0.93
212322--212447	4	30.2	4	74	17	98	0	32	0	67	0.91
212329--212415	35	2.5	35	88	5	122	0	33	0	66	0.92
212332--212448	34	3.4	33	82	12	112	0	32	0	67	0.91
212589--212644	28	2.0	28	96	0	103	35	0	8	55	1.31
212597--212667	28	2.6	28	86	2	90	42	0	9	47	1.36
213074--213164	4	22.2	4	75	20	66	1	30	0	68	0.97
213042--213165	40	3.0	41	79	14	125	1	32	0	66	1.02
213073--213164	34	2.6	36	88	10	127	1	31	0	67	0.98
213205--213280	27	2.8	27	85	0	107	14	30	28	26	1.95
213341--213411	27	2.6	28	91	6	110	46	0	14	39	1.44
217808--217848	20	2.0	20	100	0	82	43	14	14	26	1.84
221057--221128	13	5.7	13	72	27	66	25	2	0	72	0.98
221047--221129	21	3.8	22	77	13	75	22	2	1	73	1.02
221067--221129	4	15.5	4	74	23	53	23	3	0	73	0.98
221292--221334	22	2.0	22	85	0	59	23	46	9	20	1.79
222273--222466	101	1.9	101	86	6	273	30	16	24	28	1.96
223974--224027	20	2.8	20	78	10	60	27	1	5	64	1.26
224863--224897	17	2.0	17	88	5	52	77	2	5	14	1.07
226428--227025	39	15.3	39	89	3	918	47	18	2	31	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240890--241156	41	6.4	40	80	7	291	22	16	25	35	1.95
240931--241156	84	2.7	84	97	0	425	20	17	25	36	1.94
246081--246434	43	8.3	44	83	5	372	27	29	18	24	1.98
246081--246374	86	3.4	86	88	2	414	26	31	18	23	1.98
246624--246711	43	2.1	42	85	6	115	45	10	7	36	1.67
250880--250939	13	4.2	14	70	19	52	33	35	5	26	1.78
250931--250970	20	2.0	20	90	0	62	37	42	0	20	1.52
251217--251315	21	4.6	21	71	8	65	38	38	0	23	1.55
251217--251277	21	2.9	22	82	7	72	37	40	0	21	1.53
251556--251608	21	2.5	22	81	9	65	39	39	0	20	1.53

Tables:   1   2   3   4   5