genome.fa.s1120.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold214
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1307275

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
643088--643279	84	2.3	84	80	7	221	22	19	18	38	1.93
649022--649064	19	2.3	19	84	4	61	9	13	0	76	1.01
650366--650407	20	2.3	19	84	12	52	66	4	2	26	1.23
658035--658078	23	1.9	23	86	9	63	43	4	0	52	1.22
658765--658893	63	2.0	63	85	2	170	35	4	3	55	1.39
671896--671954	21	2.6	24	76	15	70	38	25	23	11	1.89
672075--672224	24	6.2	24	81	3	176	24	25	34	15	1.94
672096--672254	48	3.3	47	80	6	176	25	25	35	13	1.93
678866--679239	126	3.0	123	85	5	518	30	14	21	33	1.94
683106--683202	23	4.0	23	75	15	97	28	0	22	48	1.51
684208--684290	23	3.6	23	85	0	121	25	0	27	46	1.53
684286--684378	25	3.7	25	92	0	159	40	15	2	41	1.58
684346--684432	44	2.0	45	88	2	131	49	12	1	36	1.48
685525--685549	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
686618--686673	22	2.5	22	94	2	94	41	0	30	28	1.57
686656--686690	10	3.2	11	88	12	54	45	0	37	17	1.48
689772--689805	16	2.1	16	94	0	59	32	11	11	44	1.77
692976--693171	102	1.9	102	88	0	293	35	10	16	37	1.82
699470--699501	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
702996--703144	72	2.1	73	98	1	291	24	16	5	53	1.63
712274--712298	13	1.9	13	100	0	50	40	0	28	32	1.57
712820--712929	54	2.1	51	83	8	132	42	3	17	36	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
712940--712964	13	1.9	13	100	0	50	44	8	16	32	1.76
730036--730100	33	2.0	33	96	0	121	41	4	0	53	1.21
730108--730137	15	1.9	15	93	6	51	66	20	6	6	1.38
730138--730192	27	2.0	27	92	0	92	29	21	34	14	1.93
731213--731275	28	2.3	28	94	2	110	47	0	9	42	1.36
731609--731649	21	1.9	22	90	5	66	41	9	0	48	1.36
744684--744751	27	2.4	29	87	4	95	41	23	0	35	1.55
745053--745081	14	2.0	15	93	6	51	24	13	0	62	1.32
745359--745777	114	3.6	116	83	8	476	30	19	25	24	1.98
746541--746577	14	2.7	14	91	4	58	16	0	45	37	1.47
748940--748999	29	2.1	29	93	3	104	28	5	20	46	1.71
754472--754751	139	2.0	141	96	2	521	35	15	18	30	1.92
757833--757895	28	2.3	28	81	8	67	20	1	41	36	1.62
766910--766965	19	2.9	19	76	10	60	41	0	7	51	1.29
771982--772141	41	3.9	41	70	14	114	19	18	25	36	1.95
772287--772444	84	1.9	84	95	0	289	17	15	31	36	1.91
772287--772470	84	2.2	84	89	1	262	17	15	32	34	1.92
773207--773249	15	2.9	15	82	3	52	23	2	37	37	1.68
773753--773788	16	2.2	17	90	5	56	61	2	5	30	1.33
773972--774029	23	2.5	24	88	2	82	32	46	0	20	1.51
774434--774459	12	2.2	12	100	0	52	23	7	11	57	1.59
774508--774547	12	3.3	12	83	13	55	22	7	12	57	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775939--775977	21	1.9	20	84	5	51	43	0	2	53	1.14
775939--776076	70	2.0	70	95	2	251	39	5	3	50	1.44
777044--777146	9	12.3	9	75	15	105	44	19	2	33	1.65
777049--777144	16	5.9	16	89	4	147	46	18	2	32	1.61
782941--783088	43	3.4	44	77	6	140	24	15	29	30	1.96
782678--783066	204	1.9	204	91	0	634	30	14	23	32	1.94
783107--783332	43	5.2	43	79	10	255	26	27	23	22	1.99
783106--783357	87	2.9	85	79	9	267	26	27	22	23	1.99
783400--783438	14	2.8	14	100	0	78	43	12	15	28	1.83
788247--788273	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
789554--790088	109	4.9	109	91	0	851	29	17	18	34	1.94
793290--793314	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
793475--793602	9	13.6	9	84	9	148	38	32	8	21	1.83
793475--793599	20	6.6	19	85	8	150	38	32	8	20	1.83
793476--793602	29	4.5	27	85	7	155	37	32	8	21	1.84
793609--793669	17	3.4	17	68	12	50	54	11	1	32	1.46
798392--798440	18	2.6	19	83	6	55	24	18	18	38	1.93
798958--799022	21	3.2	20	75	12	60	73	0	24	1	0.91
798974--799025	6	8.8	6	75	12	54	76	0	21	1	0.87
800278--800774	132	3.8	131	87	2	649	29	19	23	27	1.98
800280--800757	44	10.9	44	67	15	166	30	19	23	26	1.98
800759--801450	99	7.0	99	86	1	929	30	22	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
800759--801450	199	3.5	198	87	2	967	30	22	22	23	1.99
800759--801438	299	2.3	299	89	1	1008	30	22	22	24	1.99
801389--801513	66	1.9	66	84	1	169	33	19	20	26	1.96
803657--804083	109	3.9	109	89	1	653	31	16	18	33	1.93
805026--805096	30	2.4	30	97	0	133	47	15	12	23	1.80
808958--809033	21	3.8	20	74	10	75	34	2	2	60	1.24
808958--809033	19	3.8	20	76	11	77	34	2	2	60	1.24
808949--809023	38	1.9	39	89	7	118	29	2	4	64	1.26
808949--809109	9	16.7	9	68	21	60	31	1	4	62	1.22
818546--818615	3	24.3	3	76	21	62	30	4	1	64	1.21
818622--818664	21	2.0	21	86	0	59	32	11	2	53	1.50
820281--820312	17	1.9	16	93	6	55	56	21	6	15	1.62
821163--821187	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
823307--823418	41	2.7	41	87	0	161	20	27	16	35	1.94
826580--826692	32	3.5	32	86	6	156	37	9	8	44	1.69
831330--831773	51	8.7	51	74	4	353	30	14	25	29	1.95
831329--831675	102	3.4	102	95	0	622	30	14	26	28	1.95
832676--832738	5	12.6	5	82	0	72	41	0	33	25	1.56
832933--833060	40	3.2	40	78	1	114	32	21	24	21	1.98
832950--833083	40	3.4	39	75	6	101	35	21	21	20	1.96
833120--833237	41	2.9	41	93	0	209	19	22	27	29	1.98
834149--834291	7	20.6	7	68	16	59	22	0	38	38	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
834149--834224	33	2.3	32	84	6	98	18	1	42	38	1.59
834539--834589	21	2.5	20	81	9	57	21	0	43	35	1.53
839608--839753	42	3.3	42	67	19	125	21	17	24	36	1.94
839614--839796	91	2.0	91	100	0	366	22	17	24	34	1.95
839738--839924	43	4.4	43	83	0	232	24	20	25	30	1.98
841465--841500	18	1.9	19	88	5	56	44	0	22	33	1.53
841540--841576	15	2.4	16	86	9	58	67	0	0	32	0.91
841505--841563	31	1.9	31	82	6	75	59	1	1	37	1.18
842452--842487	18	1.9	19	88	5	56	44	0	22	33	1.53
842603--842633	16	2.0	15	93	6	53	51	12	9	25	1.70
842882--842918	15	2.4	16	86	9	58	67	0	0	32	0.91
843699--844125	107	4.0	107	83	6	573	30	15	15	38	1.89
844132--844316	100	1.8	100	87	7	271	27	16	14	41	1.87
844123--844345	100	2.2	100	82	8	265	26	17	13	43	1.85
845602--845647	18	2.7	16	83	12	56	26	0	2	71	0.97
845603--845655	17	3.1	17	83	2	61	22	0	3	73	0.99
846542--846593	24	2.2	24	92	0	86	30	15	21	32	1.94
857420--857484	3	21.7	3	78	12	71	32	1	1	64	1.12
857420--857480	27	2.3	27	85	5	79	32	1	1	63	1.13
857519--857549	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
865339--865460	42	2.8	44	80	7	124	31	26	16	25	1.96
865544--865621	33	2.5	32	81	12	90	46	15	3	34	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
869611--869653	17	2.5	17	92	0	68	32	0	18	48	1.48
874662--874744	25	3.4	25	71	5	71	45	19	15	19	1.85
879110--879303	105	1.9	101	84	6	255	28	23	14	32	1.94
881409--881460	26	2.1	23	86	10	68	75	7	3	13	1.17
883562--883594	6	5.7	6	92	3	50	54	0	45	0	0.99
889364--889408	19	2.2	20	84	7	56	57	11	11	20	1.63
890239--890923	114	6.0	114	86	2	914	25	23	24	26	2.00
890239--890917	227	3.0	226	87	3	961	25	24	24	26	2.00
891142--891180	15	2.7	15	84	4	53	20	0	35	43	1.52
891138--891185	22	2.2	21	81	3	60	22	0	29	47	1.51

Tables:   1   2   3   4   5