genome.fa.s1528.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold329
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1169685

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
446--480	16	2.2	16	89	0	52	45	0	0	54	0.99
449--479	10	2.9	11	90	9	55	45	0	0	54	0.99
542--575	13	2.5	14	95	4	61	61	0	0	38	0.96
2969--3054	29	3.0	29	89	0	136	29	18	23	29	1.98
11080--11121	14	2.9	14	85	3	57	78	2	2	16	0.96
12070--12104	13	2.7	13	90	0	52	42	11	0	45	1.40
12510--12640	50	2.6	52	78	8	144	38	12	14	34	1.85
16353--16387	13	2.7	13	90	0	52	42	11	0	45	1.40
22482--22510	10	3.0	10	95	5	51	62	10	0	27	1.28
33571--33626	21	2.7	21	88	0	85	23	8	37	30	1.85
44672--44743	31	2.3	31	80	0	81	33	13	13	38	1.85
45589--45628	19	2.1	19	86	9	55	25	0	2	72	0.97
47540--47587	23	2.1	22	81	11	53	39	2	6	52	1.39
53168--53351	92	2.0	92	94	0	323	38	13	22	26	1.90
80785--80836	27	1.9	27	100	0	104	30	23	5	40	1.78
80785--80831	15	3.3	15	71	17	55	29	19	6	44	1.75
88144--88219	36	2.0	36	87	7	107	28	14	6	50	1.68
88296--88359	27	2.4	27	89	2	94	51	4	3	40	1.38
98914--98960	23	2.0	23	91	0	76	40	12	23	23	1.89
100163--100301	32	4.4	32	85	0	172	36	18	22	22	1.95
100291--100344	26	2.1	26	89	0	81	31	27	24	16	1.96
100349--100399	27	1.9	26	88	11	77	27	25	29	17	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100463--100520	24	2.4	24	82	5	73	50	24	6	18	1.72
100477--100549	24	3.0	24	77	15	71	46	24	6	21	1.76
100611--100950	27	12.6	27	80	4	285	22	18	20	39	1.93
100591--100950	54	6.7	55	80	5	317	22	18	19	38	1.93
100675--100950	81	3.4	81	85	1	329	22	18	19	39	1.92
100591--101002	27	15.3	26	77	6	189	22	18	19	38	1.93
100591--101002	54	7.6	54	76	8	213	22	18	19	38	1.93
100672--101002	81	4.1	81	80	5	307	22	18	19	39	1.92
109114--109167	28	1.9	28	96	0	99	62	1	11	24	1.37
110934--111097	26	6.5	26	69	14	112	38	20	20	20	1.94
117729--117851	26	5.0	26	66	21	84	41	20	19	18	1.91
134744--134780	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74
137295--137446	27	5.6	27	89	0	223	39	21	18	20	1.93
137295--137465	81	2.1	81	85	2	236	40	21	18	20	1.92
137639--137701	26	2.4	26	94	0	108	26	20	14	38	1.91
137640--137732	26	3.6	26	84	5	107	23	24	16	35	1.95
137852--137963	54	2.0	55	86	3	154	24	22	21	32	1.98
137852--137989	28	5.0	28	80	3	136	23	23	23	30	1.99
146026--146168	27	5.3	27	86	1	180	41	18	18	20	1.90
146375--146442	26	2.6	26	92	0	118	17	23	20	38	1.93
159156--159296	53	3.0	44	81	16	183	36	19	17	26	1.94
161377--161444	34	2.0	34	88	0	100	30	26	11	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165609--165745	43	3.2	43	62	20	104	27	24	23	24	2.00
165549--165880	87	3.8	87	93	0	549	29	21	23	25	1.99
165995--166241	44	5.7	43	70	12	127	30	22	23	23	1.99
170069--170094	4	6.5	4	100	0	52	26	0	0	73	0.84
170305--170372	30	2.2	31	84	2	84	27	17	5	48	1.70
172250--172402	37	4.2	37	88	1	227	18	14	29	37	1.90
172250--172402	73	2.1	74	91	1	245	18	14	29	37	1.90
173355--173411	24	2.4	24	93	0	96	21	45	28	5	1.73
173355--173399	12	3.8	12	75	0	54	22	44	26	6	1.77
173279--173501	120	1.9	120	87	3	333	21	29	29	19	1.98
173388--173597	96	2.2	96	82	1	251	23	27	26	22	2.00
175699--175920	20	11.1	20	67	6	92	16	29	18	35	1.93
175699--175928	40	5.8	40	84	2	264	16	29	18	36	1.93
175699--175928	120	1.9	120	86	0	325	16	29	18	36	1.93
175699--175917	80	2.7	81	87	1	316	16	29	18	35	1.93
178095--178124	14	2.1	14	93	0	51	16	0	20	63	1.31
183876--184038	61	2.7	61	84	0	209	39	25	12	22	1.89
191923--191969	20	2.3	21	85	3	60	36	10	23	29	1.89
201722--201831	41	2.7	41	76	5	123	33	22	20	22	1.97
204688--204764	26	2.9	26	82	1	91	38	7	18	35	1.79
217596--217706	24	4.6	24	83	0	141	51	4	26	18	1.65
226785--226870	43	2.0	43	88	0	127	30	3	5	60	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226795--226886	43	2.2	42	86	2	121	30	5	7	56	1.50
227107--227185	39	2.0	39	97	0	149	24	34	20	21	1.97
231563--231587	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
231904--231933	15	2.0	15	100	0	60	20	13	0	66	1.24
233957--234243	56	5.1	57	83	3	325	29	11	16	42	1.83
233957--234235	113	2.5	112	86	2	364	29	11	16	42	1.84
236932--236986	26	2.1	27	75	21	64	32	7	18	41	1.78
237007--237055	9	5.4	9	78	9	55	32	10	14	42	1.79
237002--237055	18	2.9	18	81	13	65	31	11	14	42	1.81
237410--237470	29	2.0	31	84	15	83	36	8	4	50	1.54
241969--242235	81	3.3	81	87	2	376	41	22	17	17	1.89
241969--242232	27	9.8	27	87	2	334	41	22	17	17	1.90
242660--242823	28	5.9	28	87	4	242	22	21	25	31	1.98
242662--242823	84	1.9	84	94	0	288	22	21	24	30	1.99
244283--244317	18	1.9	18	88	11	54	42	14	17	25	1.86
253045--253078	12	2.8	12	86	0	50	44	0	23	32	1.54
255091--255131	21	2.0	21	90	0	64	46	4	0	48	1.23
255758--255873	58	2.0	58	98	0	223	32	21	10	35	1.87
257293--257346	27	2.0	28	85	7	76	27	11	20	40	1.86
259462--259517	18	2.8	19	78	10	60	30	23	17	28	1.97
261176--261233	27	2.1	27	84	6	73	17	15	20	46	1.84
265507--265545	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269603--269631	9	3.2	9	100	0	58	24	20	0	55	1.44
270644--270691	16	2.9	16	82	14	62	20	4	4	70	1.21
270644--270690	4	11.2	4	78	17	51	21	4	4	70	1.22
273000--273061	24	2.6	24	84	5	72	20	27	16	35	1.94
273230--273312	25	3.4	25	93	1	132	19	24	22	33	1.97
273203--273343	50	2.8	49	78	5	142	21	24	19	33	1.97
280721--280779	25	2.4	25	80	2	75	18	28	20	32	1.96
280731--280777	25	1.9	24	91	4	76	19	25	17	38	1.92
280967--281036	25	2.8	25	76	8	79	17	27	25	30	1.97
280975--281046	25	2.9	25	79	8	76	16	26	25	31	1.96
287166--287261	50	1.9	50	80	0	111	31	20	27	20	1.98
287512--287550	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
291053--291167	44	2.6	44	80	14	139	22	17	29	30	1.97
292976--293053	38	2.1	38	95	0	138	47	11	14	26	1.78
295883--295918	18	1.9	19	88	5	56	55	0	25	19	1.43
302871--302914	18	2.4	18	85	11	54	43	2	20	34	1.64
303772--303820	21	2.3	21	96	0	89	22	30	22	24	1.99
309563--309684	57	2.1	58	84	4	158	45	4	21	27	1.72
314588--314628	22	2.0	20	85	9	55	60	0	0	39	0.96
329451--329583	51	2.6	51	80	0	131	41	9	16	32	1.81
339386--339548	44	3.5	44	92	6	245	44	32	3	20	1.67
339534--339563	13	2.3	13	94	0	51	60	13	6	20	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
340322--340374	27	2.0	27	84	0	70	41	7	16	33	1.77
343832--343863	15	2.3	15	89	10	50	28	3	0	68	1.04
346264--346451	51	3.7	51	81	5	238	28	27	19	25	1.98
346262--346446	101	1.8	102	91	3	311	28	27	19	24	1.99
346257--346480	101	2.2	102	84	5	294	28	28	17	25	1.98
353231--353332	41	2.5	41	91	0	168	27	20	30	21	1.98
353455--354013	114	4.9	114	88	1	802	24	22	25	27	2.00
353455--354014	227	2.5	227	88	1	829	24	22	25	27	2.00
354097--354350	125	2.0	125	94	0	445	35	16	25	23	1.95
354211--355162	199	4.8	199	93	0	1600	31	17	24	26	1.97

Tables:   1   2   3   4