genome.fa.s1528.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold329
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1169685

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
663759--663945	97	1.9	97	86	0	266	21	24	19	34	1.97
663861--663964	29	3.6	28	75	7	95	22	22	18	37	1.94
666913--666966	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
666902--666973	38	2.0	36	84	10	94	37	9	16	36	1.82
666913--666989	38	1.9	40	87	10	113	36	7	16	38	1.78
667184--667230	24	2.0	24	86	0	67	14	0	17	68	1.22
672085--672146	24	2.6	23	87	5	88	75	0	24	0	0.80
672089--672146	16	3.6	17	73	17	61	75	0	24	0	0.80
672094--672137	19	2.4	19	92	3	72	81	0	18	0	0.68
672087--672137	6	8.3	6	85	10	68	80	0	19	0	0.71
673915--674384	44	10.8	43	73	12	245	29	21	22	26	1.99
674046--674384	45	7.7	44	73	13	146	29	21	23	25	1.99
673898--674342	217	2.0	218	87	2	644	30	20	23	25	1.99
674864--674912	23	2.1	23	84	0	62	22	0	14	63	1.30
678385--678536	68	2.2	71	75	8	159	50	5	4	39	1.45
682784--683060	27	10.3	26	82	5	311	38	21	20	19	1.94
682784--683060	54	5.1	54	85	2	369	38	21	20	19	1.94
682784--683060	81	3.4	81	85	2	376	38	21	20	19	1.94
683187--683267	39	2.1	39	100	0	162	29	7	32	30	1.85
683269--683369	26	3.9	26	89	0	148	18	22	23	34	1.96
683477--683593	28	4.2	28	88	1	173	22	20	25	31	1.98
685171--685316	51	2.9	50	86	5	204	39	13	12	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
693822--693899	35	2.1	36	86	6	104	19	15	26	38	1.91
697273--697311	3	13.0	3	100	0	78	66	0	33	0	0.92
697469--697558	39	2.3	39	84	0	117	32	10	12	45	1.75
702875--703083	40	5.4	40	65	11	139	25	24	21	28	1.99
702831--703083	76	3.3	76	85	0	281	23	23	22	30	1.99
706159--706373	99	2.1	101	83	4	274	30	15	25	28	1.96
706193--706416	99	2.3	99	80	1	243	31	16	24	27	1.96
707344--707664	108	3.0	108	89	2	477	35	19	15	29	1.93
707829--707882	26	2.0	27	82	10	67	68	5	5	20	1.30
709673--709952	44	6.4	44	71	5	219	26	20	21	32	1.97
709664--709869	88	2.3	88	91	0	331	24	20	20	34	1.96
709752--709996	129	1.9	129	91	0	400	25	20	21	32	1.98
709618--709997	44	8.8	43	68	12	208	24	20	22	33	1.97
710507--710690	46	4.2	45	74	10	164	28	21	19	30	1.97
711963--712031	13	5.0	14	85	8	97	15	14	0	69	1.19
711966--712021	20	2.8	20	97	0	103	14	16	0	69	1.19
711963--712031	7	10.0	7	86	9	97	15	14	0	69	1.19
716428--716712	108	2.6	108	91	2	455	35	21	14	29	1.92
719371--719454	38	2.2	38	95	2	150	25	7	20	47	1.75
725871--725902	14	2.4	14	94	5	57	21	9	40	28	1.84
735495--735551	20	2.8	20	89	5	89	28	19	29	22	1.98
738159--738550	194	2.0	194	98	0	766	30	10	17	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739166--739210	19	2.3	20	84	3	56	28	6	2	62	1.33
742452--742667	91	2.4	92	87	2	310	32	21	17	28	1.96
745897--745939	21	2.0	21	82	8	52	48	11	9	30	1.71
747948--747984	18	2.0	20	89	10	60	29	32	8	29	1.86
749661--749863	100	2.0	101	98	1	390	43	7	7	40	1.62
751746--751786	13	3.4	13	80	19	61	48	17	0	34	1.47
751740--751810	23	3.1	23	91	0	115	47	14	1	36	1.52
751746--751820	23	3.3	23	83	7	91	49	14	1	34	1.52
758747--758812	33	2.0	33	90	0	105	28	25	15	30	1.96
762323--762365	6	7.2	6	97	0	59	34	55	0	9	1.32
782886--782918	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
786958--787022	6	10.5	6	81	6	67	78	6	1	13	1.01
787428--787462	17	2.0	18	88	5	54	20	17	45	17	1.85
788566--788613	11	4.4	11	78	17	55	70	2	0	27	0.98
798112--798283	42	4.1	42	100	0	344	48	6	19	25	1.74
815556--815622	32	2.1	31	83	2	80	41	4	2	50	1.37
817878--817907	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
820824--821020	47	4.2	46	74	11	150	32	24	14	27	1.95
822425--822461	16	2.3	16	90	0	56	13	24	2	59	1.47
831484--831634	74	2.0	74	92	0	248	26	26	21	25	2.00
835318--835347	15	1.9	16	93	6	53	10	16	0	73	1.09
837651--837688	20	1.9	20	100	0	76	31	7	15	44	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
838301--838327	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
846135--846182	13	3.6	14	78	18	57	72	0	22	4	1.01
846140--846176	11	3.5	11	79	20	51	75	0	21	2	0.92
846473--846652	93	1.9	95	86	4	256	28	14	8	48	1.73
847103--847160	24	2.4	24	91	0	89	34	12	24	29	1.91
856718--856751	16	2.2	16	94	5	61	14	5	0	79	0.91
857545--857569	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
857543--857581	20	2.1	18	90	9	60	25	0	2	71	0.98
859807--860015	3	68.7	3	73	8	84	59	2	8	28	1.41
859792--859839	20	2.3	20	83	13	62	60	2	8	29	1.37
861805--862222	44	9.7	43	70	10	235	27	19	21	32	1.97
861801--862265	88	5.4	86	75	7	368	26	20	21	31	1.98
861889--862219	129	2.6	129	89	0	500	25	20	21	32	1.97
861889--862264	129	2.9	129	87	1	477	25	21	21	31	1.98
862392--862531	44	3.2	43	80	4	154	28	23	21	26	1.99
862617--862966	134	2.6	134	86	1	470	30	26	15	28	1.96
862740--863313	179	3.2	178	76	6	620	30	25	15	27	1.96
862943--863377	134	3.2	134	90	1	658	29	25	16	27	1.97
862749--863190	224	2.0	224	90	0	695	30	25	15	27	1.96
862630--863369	89	8.3	88	71	9	331	30	25	15	27	1.96
862617--863317	358	2.0	358	89	1	1075	30	25	16	27	1.96
862617--863333	45	16.0	45	73	8	532	30	25	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
863954--864041	45	1.9	46	81	2	106	48	10	14	26	1.75
864325--864381	24	2.4	24	83	16	75	0	17	5	77	0.95
868849--869043	3	66.0	3	70	9	64	60	2	9	27	1.40
868849--868901	16	3.0	17	81	10	54	64	1	5	28	1.27
868849--868889	20	2.0	20	90	0	64	60	2	7	29	1.36
868914--869002	43	2.1	42	85	6	117	60	1	12	25	1.39
872809--872842	16	2.1	16	100	0	68	32	11	11	44	1.77
872872--872896	10	2.5	10	100	0	50	36	28	24	12	1.91
874274--874342	25	2.8	25	77	0	75	33	23	20	23	1.97
874476--874513	19	1.9	19	89	5	58	52	15	0	31	1.43
877246--877318	28	2.6	28	91	4	112	36	20	19	23	1.95
877321--877514	30	6.5	30	71	6	99	40	12	25	21	1.89
877387--877454	29	2.3	27	87	2	73	32	14	29	23	1.94
877378--877575	30	6.6	30	73	8	127	39	12	25	22	1.89
877363--877544	60	3.0	58	72	12	152	37	13	25	23	1.91
883092--883347	35	7.3	35	83	0	296	39	27	12	19	1.88
890832--891039	35	5.9	35	79	6	163	38	28	12	20	1.89
890819--891039	70	3.2	70	80	1	228	38	28	12	19	1.89
890832--891035	105	1.9	105	83	0	264	38	27	12	20	1.89
892102--892204	33	3.2	33	65	25	92	34	16	4	43	1.69
892109--892207	29	3.2	29	64	33	71	33	15	6	45	1.70
892088--892215	64	2.0	64	98	0	247	32	17	5	44	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
893323--893360	16	2.4	16	95	0	67	44	10	15	28	1.80
902447--902484	13	2.9	13	80	11	51	36	0	5	57	1.21
908840--908889	26	1.9	26	88	8	75	42	6	2	50	1.38
910477--910680	109	1.9	109	98	0	399	35	1	19	42	1.63
910887--911010	44	2.8	42	80	10	124	44	13	18	23	1.85
919521--920157	216	2.9	214	86	4	809	26	22	20	29	1.99
920090--920300	44	4.8	44	81	3	264	24	22	22	30	1.99
920090--920306	88	2.5	88	90	0	328	25	23	21	29	1.99
920121--920371	131	1.9	130	81	8	303	24	23	21	29	1.99
920277--920423	44	3.3	44	89	0	213	28	23	20	27	1.99

Tables:   1   2   3   4