genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold337
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2178121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13--40	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
5587--5684	51	1.9	50	85	2	133	33	13	21	31	1.92
5685--5879	51	3.8	51	81	0	201	32	18	23	25	1.97
6035--6190	51	3.1	51	88	0	213	32	19	23	25	1.98
5582--6190	312	2.0	312	84	1	817	33	17	22	26	1.96
6254--6669	44	9.6	42	75	6	224	33	19	18	28	1.96
6254--6638	87	4.4	87	74	7	273	33	19	18	27	1.96
6387--6669	87	3.3	87	72	9	290	31	19	20	28	1.97
6344--6716	172	2.2	172	90	0	575	31	19	19	28	1.96
6388--6621	128	1.8	127	83	5	310	31	19	20	29	1.97
9528--9568	3	13.7	3	84	0	55	29	4	2	63	1.28
9529--9593	15	4.5	15	77	11	64	26	7	4	61	1.43
9547--9580	12	2.8	12	95	0	59	29	11	0	58	1.33
9528--9580	12	4.4	12	87	0	52	30	7	1	60	1.35
10986--11040	21	2.6	22	80	8	62	70	1	1	25	1.06
14992--15041	26	1.9	26	87	0	73	38	20	20	22	1.94
15052--15127	27	2.8	27	78	4	82	36	23	22	17	1.94
15227--15516	27	10.8	27	83	0	330	26	15	18	39	1.90
15241--15516	54	5.1	54	86	0	365	26	15	17	39	1.90
15241--15516	81	3.4	81	88	0	383	26	15	17	39	1.90
17351--17493	73	2.0	71	83	5	180	30	12	13	44	1.81
26713--26978	129	2.0	130	98	1	516	38	9	9	42	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36042--36082	20	2.1	18	86	13	55	63	4	0	31	1.15
36712--36814	19	5.1	21	80	6	65	42	14	5	36	1.70
36712--36769	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
36748--36911	19	8.6	19	81	2	204	39	13	9	38	1.76
36725--36911	38	4.8	38	82	5	205	39	13	8	37	1.76
36748--36917	57	3.0	57	87	0	232	38	15	8	37	1.78
37225--37949	132	5.5	132	96	0	1281	28	24	18	27	1.98
44938--44982	22	2.0	22	86	4	63	37	17	6	37	1.76
44961--45710	38	19.7	38	99	0	1491	39	13	8	39	1.73
45859--46063	99	2.1	100	99	0	403	38	11	10	39	1.77
51084--51186	38	2.7	37	82	4	116	30	14	19	35	1.92
62689--63099	217	1.9	216	83	4	533	35	19	19	25	1.96
68919--68953	18	1.9	18	88	0	52	71	14	8	5	1.29
83549--84354	402	2.0	402	96	0	1497	31	27	17	23	1.97
86655--86712	30	1.9	30	82	6	73	50	10	6	32	1.63
92095--92185	42	2.1	43	95	2	166	20	21	5	51	1.67
100092--100119	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
100489--100630	73	2.0	71	89	8	216	26	20	19	33	1.96
102930--103059	60	2.2	60	77	5	138	45	13	7	33	1.72
105653--106696	522	2.0	522	99	0	2063	47	9	12	30	1.73
118719--119048	43	7.3	43	80	13	317	27	31	18	22	1.97
118719--119048	85	3.7	86	81	13	369	27	31	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118872--118974	54	1.9	53	88	2	152	24	30	22	23	1.99
119323--119417	43	2.2	43	90	0	145	45	9	11	33	1.73
125177--125218	7	6.1	7	83	5	50	40	52	0	7	1.29
125217--125742	41	12.8	41	98	0	1000	29	29	24	17	1.97
134971--135012	21	1.9	23	90	9	70	61	0	2	35	1.09
138662--138695	15	2.3	15	89	0	50	58	0	5	35	1.22
142403--142448	24	1.9	24	82	8	58	60	4	6	28	1.40
162664--163356	347	2.0	348	99	0	1370	34	12	7	44	1.72
173146--173172	8	3.4	8	100	0	54	25	0	0	74	0.83
174504--174537	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
175116--175483	119	3.1	119	100	0	736	22	13	25	38	1.90
176997--177028	15	2.0	17	88	11	50	34	9	0	56	1.32
177854--177914	28	2.2	28	87	0	86	49	16	4	29	1.66
177876--177916	14	2.9	14	81	0	55	51	9	2	36	1.48
177870--177927	28	2.1	28	90	0	89	53	12	3	31	1.54
178826--178881	29	1.9	29	85	7	78	41	17	16	25	1.89
184927--184971	22	2.0	22	100	0	90	22	13	4	60	1.51
196892--196936	23	2.0	23	82	8	56	53	6	8	31	1.58
202733--202778	21	2.4	18	82	10	56	45	0	2	52	1.13
202724--202771	21	2.3	21	83	13	64	47	2	2	47	1.25
206031--206082	24	2.2	24	89	0	77	55	5	1	36	1.35
206484--206517	18	1.9	17	94	5	59	55	2	0	41	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222636--222840	91	2.3	91	84	7	256	34	20	10	35	1.87
223131--223187	20	2.9	20	74	12	55	28	7	7	57	1.51
223319--223525	88	2.3	89	81	2	245	32	7	19	40	1.80
224730--224810	36	2.2	36	84	4	101	35	4	8	50	1.55
224980--225046	33	2.0	33	88	0	98	61	8	8	20	1.53
224984--225066	33	2.6	32	76	3	87	56	12	9	21	1.64
230182--230237	21	2.7	21	91	5	87	30	8	32	28	1.88
237242--237284	14	3.2	13	77	9	50	69	2	9	18	1.26
240130--240163	17	2.0	17	100	0	68	41	11	23	23	1.87
245816--245892	29	2.5	31	83	4	95	25	11	14	48	1.78
259305--259357	27	1.9	28	80	3	63	18	30	37	13	1.89
259732--260617	155	5.7	155	88	5	1299	51	7	11	29	1.65
259732--260617	308	2.9	309	89	4	1351	51	7	11	29	1.65
260530--260567	20	1.9	20	88	0	58	50	0	7	42	1.31
266365--266408	18	2.4	19	84	3	54	18	0	6	75	1.02
273920--273967	23	2.1	23	92	0	78	27	6	10	56	1.57
275610--275774	21	8.0	21	72	7	115	44	18	22	15	1.86
275627--275783	42	3.7	42	85	3	226	45	17	22	15	1.85
276639--276699	32	1.9	32	96	0	113	55	21	1	21	1.52
277376--277984	305	2.0	305	99	0	1200	31	21	15	30	1.95
286599--286681	39	2.2	38	82	6	96	13	33	27	25	1.93
289622--290116	93	5.3	93	100	0	990	58	3	2	36	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
290092--290136	19	2.3	19	88	3	63	73	2	2	22	1.05
290082--290139	11	5.5	11	75	19	52	70	1	1	25	1.06
290143--290187	21	2.1	21	84	8	56	60	4	8	26	1.46
290414--290476	30	2.2	30	86	11	87	38	0	1	60	1.07
290413--290446	16	2.1	17	88	5	52	35	0	0	64	0.94
290591--290672	41	2.0	41	100	0	164	17	9	29	43	1.80
290505--290740	129	1.8	127	85	5	330	27	9	24	38	1.87
292283--292346	26	2.5	25	87	7	92	48	3	4	43	1.39
292288--292329	12	3.2	13	74	12	50	42	4	4	47	1.45
297873--297936	26	2.5	25	87	7	92	48	3	4	43	1.39
297878--297919	12	3.2	13	74	12	50	42	4	4	47	1.45
302548--302685	64	2.2	64	94	0	240	42	15	19	22	1.89
306754--306800	15	3.1	15	72	9	51	44	2	4	48	1.34
306843--306882	20	2.1	19	90	9	64	52	0	5	42	1.23
308845--308914	16	4.4	16	92	0	95	32	0	34	32	1.58
309063--309114	18	2.9	18	88	8	79	57	1	1	38	1.21
314534--314564	15	2.1	14	94	5	53	35	22	0	41	1.54
314891--314953	29	2.2	29	88	0	90	15	30	31	22	1.95
315236--315284	24	2.0	24	96	0	89	59	18	4	18	1.53
315944--315974	15	2.1	15	93	0	53	38	6	16	38	1.74
317121--317261	40	3.6	39	78	8	126	25	17	25	31	1.97
325703--325752	21	2.3	23	80	16	63	44	2	0	54	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
325867--325928	30	2.2	30	82	8	76	30	3	0	66	1.08
325882--325928	15	3.1	15	79	8	60	27	2	0	70	0.99
326178--326226	25	2.0	25	88	4	73	48	4	4	42	1.40
331436--331468	17	1.9	17	93	0	57	57	9	15	18	1.63
332040--332065	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
332361--332408	21	2.3	21	88	0	69	25	31	8	35	1.85
332354--332394	18	2.3	18	86	0	55	21	31	4	41	1.74
342356--342637	40	7.1	40	85	0	350	14	29	18	37	1.91
342357--342635	20	13.9	20	66	6	136	14	29	18	37	1.90
342357--342644	80	3.6	80	86	0	389	14	29	18	37	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7