genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold337
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2178121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  3  of  7  ( 806 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
660366--660782	29	14.9	29	83	7	513	30	0	27	42	1.58
660366--660782	85	5.0	86	86	4	514	30	0	27	42	1.58
660389--660782	56	6.9	56	85	5	463	29	0	27	42	1.58
662956--663305	124	2.8	124	97	0	657	30	21	16	31	1.95
669869--669925	3	19.3	3	96	3	107	33	0	0	66	0.92
675902--676138	2	118.5	2	100	0	474	50	0	49	0	1.00
676147--676181	18	1.9	18	88	0	52	60	0	22	17	1.37
684318--684356	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
684703--684747	23	2.0	23	100	0	90	40	13	0	46	1.43
693213--693466	27	9.3	27	84	4	251	43	16	17	22	1.88
693230--693465	55	4.3	55	83	1	269	43	17	16	22	1.88
693236--693466	82	2.8	81	83	3	293	43	16	17	22	1.87
693841--693894	28	1.9	28	88	0	81	24	25	22	27	2.00
694377--694630	27	9.3	27	84	4	251	43	16	17	22	1.88
694394--694629	55	4.3	55	83	1	269	43	17	16	22	1.88
694400--694630	82	2.8	81	83	3	293	43	16	17	22	1.87
695005--695058	28	1.9	28	88	0	81	24	25	22	27	2.00
701973--702006	15	2.3	15	89	0	50	20	26	0	52	1.46
702004--702056	21	2.4	22	84	6	72	3	24	0	71	1.02
707751--707791	13	3.1	14	75	10	50	21	17	12	48	1.79
713069--713100	16	1.9	17	93	6	57	40	6	0	53	1.26
727077--727445	44	8.3	44	84	4	501	27	26	15	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
727077--727445	177	2.1	177	87	3	519	27	26	15	30	1.96
727077--727455	89	4.3	88	88	2	483	27	26	15	29	1.96
727666--727998	89	3.7	89	88	0	495	27	22	18	31	1.97
727671--727998	45	7.4	45	74	2	293	26	22	18	31	1.97
728156--728184	11	2.6	11	100	0	58	37	6	20	34	1.80
729141--729238	42	2.3	42	91	0	151	30	24	11	33	1.90
732247--732273	13	2.1	13	100	0	54	44	25	7	22	1.79
737858--737890	17	1.9	17	93	0	57	75	3	3	18	1.06
739735--739788	17	3.3	17	80	17	60	9	0	42	48	1.35
746941--746971	14	2.1	15	94	5	55	29	0	0	70	0.87
747932--748011	17	4.4	17	71	20	63	31	1	3	63	1.20
748321--748346	8	3.2	8	100	0	52	34	0	0	65	0.93
748992--749066	11	6.7	10	70	19	51	6	13	2	77	1.07
753261--753377	58	2.0	58	100	0	234	33	17	18	30	1.94
764014--764701	343	2.0	344	99	0	1369	23	15	22	38	1.93
765149--765376	45	4.8	45	74	11	179	31	17	15	35	1.92
765166--765376	96	2.2	96	87	3	291	32	17	15	34	1.92
765093--765673	51	11.8	51	72	14	234	32	18	16	33	1.93
765289--765808	44	11.1	44	73	12	299	31	18	17	32	1.94
765472--765672	112	1.8	110	87	6	298	34	17	15	32	1.92
774298--774366	25	2.7	26	82	8	81	26	23	17	33	1.96
775692--775731	10	4.0	10	93	0	62	22	0	25	52	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776494--776531	19	2.0	20	89	5	60	47	5	18	28	1.70
776495--776538	19	2.3	19	84	7	54	47	6	20	25	1.74
778470--778515	16	3.0	15	77	22	51	21	0	0	78	0.76
778953--779013	22	2.7	24	82	12	76	49	1	1	47	1.21
778989--779028	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
779017--779159	68	2.1	67	93	2	252	41	4	9	44	1.57
779101--779128	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
779225--779269	24	1.9	23	90	4	72	62	2	0	35	1.08
785554--785593	19	2.0	21	90	9	66	42	0	0	57	0.98
785587--785612	6	4.3	6	100	0	52	69	0	0	30	0.89
794870--794899	11	2.7	11	89	0	51	43	16	0	40	1.48
799106--799175	26	2.6	26	77	4	68	35	27	15	21	1.94
800598--800633	18	1.9	19	88	5	56	33	0	0	66	0.92
803386--803428	22	1.9	21	90	9	59	58	4	2	34	1.32
804627--804676	8	6.1	8	80	17	50	74	6	2	18	1.12
804631--804696	33	2.1	31	86	11	89	72	6	3	18	1.18
804657--804712	24	2.3	24	82	11	71	71	7	3	17	1.23
804869--805134	8	32.8	8	68	17	111	65	0	10	23	1.27
804922--805027	53	2.0	54	85	9	146	64	0	11	24	1.26
804865--805151	122	2.4	120	93	4	490	65	0	10	23	1.27
805044--805149	53	2.0	54	87	9	155	65	0	11	23	1.25
804938--805138	45	4.8	44	75	13	174	64	0	12	23	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
804865--805190	122	2.7	117	85	9	408	64	0	11	23	1.32
805960--806000	14	3.2	13	80	19	50	12	7	7	73	1.25
812294--812426	70	1.9	68	89	6	205	36	14	22	26	1.92
817323--817367	14	3.1	15	81	18	51	40	0	6	53	1.27
817460--817663	62	3.1	62	66	19	180	48	3	7	39	1.51
817449--817715	133	2.0	134	99	0	527	48	5	7	38	1.54
817642--817727	44	2.0	43	88	6	129	46	5	6	40	1.55
821414--821444	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
821497--821533	9	4.1	9	89	0	56	45	10	10	32	1.74
822351--822376	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
828358--828391	13	2.5	14	90	4	52	20	2	0	76	0.92
841651--841681	13	2.3	14	94	5	55	54	3	0	41	1.16
847265--847361	49	2.0	48	89	2	149	42	22	15	19	1.89
847545--847615	36	2.0	36	94	0	124	46	14	12	26	1.80
847562--847615	17	2.9	19	71	20	60	46	16	12	24	1.82
847544--847607	17	3.6	17	72	15	58	46	12	12	28	1.78
852931--852978	24	2.0	25	87	4	71	45	0	2	52	1.12
858154--858456	98	3.1	98	96	1	545	35	13	14	35	1.86
864022--864282	105	2.5	105	100	0	522	51	10	2	36	1.49
864580--864617	18	2.1	18	95	0	67	44	7	23	23	1.79
865268--865293	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
865462--865499	20	1.9	20	89	10	60	55	5	2	36	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
866493--866538	11	4.0	12	83	16	62	41	0	34	23	1.55
868402--868463	20	3.2	19	77	11	63	64	1	1	32	1.13
868411--868488	39	1.9	38	85	10	102	58	2	1	37	1.20
894494--894532	20	1.9	20	84	5	51	41	5	23	30	1.76
903522--903577	8	6.3	9	80	15	64	80	5	0	14	0.88
903521--903556	10	3.6	10	84	0	54	80	5	0	13	0.88
903520--903564	19	2.3	20	84	3	65	82	4	0	13	0.82
905704--905909	99	2.1	101	85	1	272	32	24	21	22	1.98
905704--905938	99	2.3	100	82	3	249	33	22	21	22	1.98
906318--907804	132	11.3	132	94	1	2255	30	20	23	25	1.98
909204--909243	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
917941--917973	7	4.7	7	85	14	50	72	0	15	12	1.12
919243--919889	50	12.9	50	69	3	422	28	21	25	24	1.99
919229--919899	100	6.7	100	97	0	1209	28	21	24	25	1.99
919897--920437	132	4.1	132	96	0	967	29	17	25	27	1.98
922195--922278	34	2.5	34	73	7	89	34	7	3	54	1.45
932122--932180	30	2.0	30	86	0	82	54	10	5	30	1.56
935482--935531	25	2.0	25	84	7	66	56	8	16	20	1.65
936990--937369	195	2.0	194	96	2	701	41	7	6	45	1.56
947645--947681	18	2.1	18	90	10	58	32	2	13	51	1.55
947893--947933	21	2.0	21	85	0	55	24	41	7	26	1.81
961357--961473	58	2.0	58	100	0	234	55	10	18	15	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
973583--974633	525	2.0	526	99	0	2095	35	11	24	28	1.90
979414--979450	19	2.1	19	90	10	60	37	10	2	48	1.52
980745--980811	34	1.9	35	93	3	118	46	11	8	32	1.72
981063--981108	23	2.0	24	83	12	60	23	6	2	67	1.25
982087--982133	10	4.4	10	82	10	58	21	29	0	48	1.50
982137--982194	29	2.1	27	84	9	73	36	1	3	58	1.25
983302--983327	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
984251--984472	111	2.0	111	97	0	417	24	22	26	27	2.00
984889--985420	126	4.3	125	87	6	766	27	20	19	33	1.96
985046--985393	114	2.9	115	89	7	504	27	20	17	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7