genome.fa.s371.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold160
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1852349

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  1  of  6  ( 718 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1175--1329	77	2.0	77	97	0	292	36	10	18	34	1.86
1370--1465	9	10.8	9	70	10	72	31	2	20	45	1.63
1507--1549	16	2.7	16	92	0	68	32	2	16	48	1.58
1637--3319	74	22.8	74	99	0	3332	49	4	6	39	1.49
4781--4859	7	11.3	7	77	5	61	43	46	0	10	1.37
4783--4858	14	5.4	14	80	9	75	44	44	0	10	1.38
4787--4847	21	3.0	20	81	13	79	42	44	0	13	1.43
4787--4854	21	3.3	19	78	15	73	44	44	0	11	1.40
5628--5666	20	2.0	20	90	10	62	48	0	2	48	1.15
5772--5807	18	2.0	18	89	10	56	69	5	0	25	1.10
5776--5815	18	2.2	19	86	4	55	70	5	0	25	1.08
5924--6414	113	4.3	113	94	1	788	27	23	17	31	1.97
5916--6642	113	6.4	112	84	6	697	27	22	18	31	1.97
12249--12366	10	12.6	9	66	17	53	61	0	3	34	1.19
12243--12327	18	4.4	18	69	17	64	62	1	1	35	1.11
12285--12366	18	4.2	20	72	13	64	60	1	4	32	1.25
13968--14178	42	5.0	42	77	1	188	31	19	20	28	1.97
14033--14218	85	2.2	85	79	3	196	27	20	21	30	1.98
14543--14594	21	2.5	21	90	0	77	5	46	17	30	1.71
15673--15908	115	2.1	115	94	0	409	32	19	18	29	1.96
16371--16424	28	1.9	28	85	7	74	46	29	1	22	1.62
16389--16460	21	3.5	21	78	10	78	43	34	4	18	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16390--16460	7	10.4	7	79	8	67	43	35	4	16	1.68
16594--16643	20	2.5	21	83	6	68	48	38	0	14	1.44
17093--17295	113	1.8	111	82	4	264	27	25	21	25	2.00
20057--20293	91	2.6	91	84	6	300	36	14	22	25	1.93
21750--21778	14	2.0	15	93	6	51	68	0	24	6	1.13
27735--27781	18	2.7	18	83	3	60	19	25	36	19	1.95
30354--30602	135	1.8	135	90	1	401	26	8	10	54	1.63
30788--31111	172	1.9	166	85	8	442	23	12	16	46	1.82
31350--31380	16	2.0	15	93	6	53	29	12	12	45	1.80
30876--32852	946	2.1	956	83	4	2508	24	14	12	48	1.78
32919--33425	172	3.0	168	81	4	597	25	10	16	47	1.78
33620--33659	21	1.9	21	84	0	53	35	5	5	55	1.44
33771--33811	15	2.9	14	86	13	57	31	4	2	60	1.30
33432--34128	340	2.0	348	82	7	841	25	10	12	51	1.71
33877--34130	135	1.9	136	85	3	350	25	8	11	54	1.64
53496--53530	14	2.4	15	90	4	54	80	14	5	0	0.89
54480--54510	3	10.7	3	93	6	55	0	29	0	70	0.87
54890--54930	21	2.0	21	90	0	64	19	2	7	70	1.22
56540--56597	25	2.3	25	84	0	71	31	8	1	58	1.38
56987--57075	40	2.2	40	82	6	108	33	20	25	20	1.97
57067--57383	114	2.8	114	85	3	424	24	22	25	27	2.00
57294--57454	73	2.2	73	89	0	241	27	21	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57176--57568	187	2.1	188	89	2	596	25	21	24	27	1.99
57367--57840	115	4.1	114	86	2	601	24	22	24	29	1.99
58778--58858	24	3.2	24	75	13	90	43	1	9	45	1.45
58905--59619	366	2.0	366	89	1	1110	30	14	19	35	1.91
61280--61323	23	1.9	23	95	0	79	43	18	0	38	1.50
61444--61946	88	5.7	88	99	0	988	46	21	0	31	1.53
63800--63874	21	3.6	21	88	0	114	33	20	42	4	1.70
64135--64183	23	2.1	23	82	14	57	40	0	0	59	0.98
64716--65029	42	7.4	42	87	4	398	25	19	21	33	1.97
66830--66877	25	1.9	25	83	8	62	43	6	0	50	1.27
71153--71208	25	2.2	25	100	0	112	44	23	0	32	1.53
71278--71456	87	2.0	88	98	1	351	51	8	5	33	1.56
71542--71599	30	1.9	30	89	0	89	31	8	13	46	1.74
75357--75383	14	1.9	14	100	0	54	74	7	7	11	1.23
76034--76157	39	3.2	38	80	4	140	17	24	16	41	1.89
76145--76349	54	3.8	54	87	3	261	27	20	13	37	1.91
76384--76583	39	5.1	37	74	8	139	18	23	19	39	1.92
76388--76583	78	2.5	79	81	0	214	18	22	19	38	1.93
76564--76666	54	1.9	54	88	4	154	24	22	16	36	1.94
76560--76677	54	2.2	53	78	13	141	22	21	16	38	1.93
76742--76841	24	4.2	24	79	5	105	34	13	14	39	1.84
80011--80072	30	2.1	30	81	6	72	43	6	4	45	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84217--84266	22	2.5	20	81	12	57	68	4	0	28	1.08
89874--89918	21	2.1	21	100	0	90	42	24	15	17	1.88
101995--102637	82	8.2	82	72	15	399	49	12	10	27	1.74
102193--102283	6	15.5	6	96	3	168	68	15	0	16	1.22
102288--102656	163	2.3	159	81	4	391	46	11	13	28	1.78
103295--103351	25	2.3	25	75	6	62	54	10	7	28	1.60
103785--103830	16	3.0	16	75	6	51	41	2	0	56	1.11
105526--105566	20	2.0	20	90	4	64	34	21	0	43	1.53
108185--108468	143	2.0	142	92	0	478	48	21	13	16	1.81
111257--111429	85	2.0	87	95	2	314	43	4	5	46	1.46
114902--114952	5	10.2	5	100	0	102	60	0	0	39	0.97
135193--135353	58	2.8	58	100	0	322	33	6	14	45	1.70
136248--136304	30	1.9	29	82	10	71	38	1	12	47	1.51
137345--137376	15	2.1	15	100	0	64	37	18	0	43	1.51
142530--142607	21	3.8	21	78	11	63	43	0	1	55	1.08
142528--142577	11	4.6	11	80	11	59	48	0	0	52	1.00
142530--142619	28	3.5	26	77	16	80	44	0	1	54	1.07
142537--142607	20	3.5	20	76	5	63	45	0	1	53	1.09
142660--142959	161	2.0	139	86	5	294	44	6	15	26	1.70
146966--147009	16	2.8	16	92	0	70	61	0	2	36	1.09
150131--150179	21	2.3	21	92	0	80	24	16	20	38	1.92
156408--156472	33	2.0	33	82	8	80	24	26	32	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157828--157961	50	2.6	52	81	11	170	32	17	26	24	1.97
172747--172812	27	2.4	27	79	0	78	30	15	21	33	1.94
175311--175684	109	3.4	109	89	0	577	34	18	15	32	1.92
176241--176278	18	2.1	18	90	0	58	55	0	7	36	1.29
185636--185669	17	1.9	17	88	5	50	0	17	14	67	1.23
194947--194979	9	3.7	9	88	12	50	66	6	3	24	1.28
196247--196613	181	2.0	182	99	0	727	29	13	12	44	1.79
197582--197701	53	2.2	54	80	4	127	22	2	50	24	1.61
199891--200310	162	2.6	161	81	3	508	36	17	12	33	1.87
200465--200609	69	2.1	68	90	1	227	27	8	15	48	1.74
203399--203456	29	2.0	29	86	6	82	34	10	8	46	1.69
206607--206740	58	2.3	58	94	0	232	26	25	16	32	1.96
207211--207334	45	2.8	45	80	2	133	24	25	22	28	2.00
207406--207667	44	6.2	44	74	9	217	28	25	18	27	1.98
207429--207587	82	1.9	82	89	0	246	27	25	18	28	1.98
207406--207667	126	2.1	126	89	2	393	28	25	18	27	1.98
207680--208079	88	4.5	88	94	0	683	20	24	27	28	1.99
207680--208065	44	8.8	44	65	6	190	19	24	28	27	1.99
209905--210031	63	2.0	63	100	0	254	29	23	15	31	1.96
218938--218978	21	2.0	21	85	0	55	63	9	0	26	1.25
219214--219259	19	2.4	19	89	10	67	47	10	0	41	1.38
219226--219266	18	2.2	19	86	4	57	51	12	0	36	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219381--219433	18	3.0	17	76	17	63	28	1	5	64	1.27
219373--219448	35	2.2	35	83	4	91	30	1	3	64	1.20
225688--225719	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
235358--235513	82	1.9	81	89	3	242	25	14	23	37	1.92
241326--241361	18	1.9	19	88	5	56	72	8	5	13	1.27
241215--241850	347	1.8	346	93	1	1087	41	17	19	21	1.90
242802--242892	41	2.2	41	88	0	128	34	19	21	24	1.97
242963--243785	169	4.9	169	89	1	1168	26	27	18	27	1.98
243760--243800	21	2.0	21	85	0	55	21	34	7	36	1.82
252927--252959	15	2.2	15	94	0	57	6	24	18	51	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6