genome.fa.s4079.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold84
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4163231

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  5  of  11  ( 1218 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1959385--1959771	45	8.6	46	85	7	517	30	23	17	27	1.97
1959791--1960158	100	3.7	100	86	0	468	26	21	20	30	1.98
1959909--1960164	50	5.1	50	67	0	170	26	20	22	31	1.98
1961864--1961923	28	2.2	26	85	5	75	1	3	11	83	0.84
1967262--1967312	27	2.0	26	88	7	77	17	7	9	64	1.46
1972052--1972086	17	2.1	17	94	0	61	51	11	22	14	1.74
1972095--1972190	28	3.5	28	75	5	88	38	23	25	12	1.90
1974540--1974662	27	4.5	28	84	3	126	39	22	26	11	1.88
1974557--1974661	54	1.9	54	84	3	140	36	23	28	11	1.90
1978098--1978169	35	2.1	35	97	0	135	25	19	2	52	1.59
1981526--1981567	17	2.5	17	88	7	59	52	0	4	42	1.22
1983786--1983834	20	2.4	20	82	3	62	36	14	14	34	1.86
1985043--1985069	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
1988920--1988984	2	32.5	2	96	0	94	0	6	49	44	1.27
1989010--1989078	2	34.5	2	97	0	102	0	5	49	44	1.26
1988920--1989102	94	1.9	94	100	0	366	8	12	37	42	1.72
1993332--1993357	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
1994329--1994356	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
1995828--1995878	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
2003287--2003543	43	6.0	43	83	1	309	42	15	15	26	1.87
2003366--2003436	22	3.3	22	80	4	90	39	16	18	25	1.91
2003287--2003543	86	3.0	86	87	1	354	42	15	15	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2003286--2003543	21	12.0	21	68	10	110	42	15	15	26	1.87
2003287--2003543	129	2.0	129	85	1	345	42	15	15	26	1.87
2007662--2007738	27	2.9	27	98	0	145	41	9	18	31	1.81
2010678--2010723	22	2.0	23	83	4	58	8	30	0	60	1.26
2012051--2012181	47	2.7	49	74	8	124	30	16	19	32	1.95
2018045--2018141	51	1.9	50	85	2	131	46	3	24	25	1.67
2031199--2031461	131	2.0	131	90	1	420	24	28	5	41	1.76
2033710--2033744	16	2.1	17	89	5	54	37	0	51	11	1.38
2036680--2036911	50	4.6	50	85	0	293	26	20	30	22	1.98
2043879--2044065	101	1.8	102	90	3	306	24	16	27	31	1.96
2043877--2044063	51	3.7	51	80	5	202	25	16	26	31	1.96
2044074--2044160	45	1.9	45	90	0	138	27	14	22	34	1.94
2046083--2046118	16	2.2	17	90	5	56	11	52	0	36	1.37
2047549--2047583	17	2.1	17	100	0	70	54	5	0	40	1.24
2055231--2055314	33	2.5	33	80	0	96	17	23	14	44	1.86
2056947--2056985	20	2.1	18	90	9	60	38	2	5	53	1.37
2065126--2065158	15	2.2	15	89	10	50	42	0	0	57	0.98
2067229--2067390	51	3.2	51	91	1	263	30	21	14	33	1.93
2067290--2067403	51	2.4	44	76	18	129	31	20	14	33	1.93
2069092--2069117	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
2071772--2071831	10	5.6	10	75	14	57	41	0	1	56	1.09
2071777--2071821	12	3.9	12	80	11	58	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2071772--2071831	22	2.7	22	97	0	111	41	0	1	56	1.09
2072918--2072951	15	2.1	17	89	10	54	32	0	5	61	1.20
2073102--2073423	102	3.2	100	82	6	341	30	15	24	29	1.96
2073239--2073421	49	3.7	49	93	0	294	30	16	23	29	1.96
2073239--2073421	99	1.9	98	92	1	312	30	16	23	29	1.96
2080724--2081066	51	6.8	51	75	10	294	27	15	26	30	1.96
2080724--2081065	102	3.4	102	82	6	369	27	15	26	30	1.96
2082506--2082948	221	2.0	222	98	0	861	29	23	16	31	1.96
2094465--2094500	7	5.1	7	86	0	54	11	2	27	58	1.46
2095153--2095226	16	4.9	16	72	11	66	40	13	13	32	1.84
2125751--2125923	95	1.9	94	85	3	242	34	13	20	31	1.92
2125741--2125946	95	2.2	92	81	6	218	33	16	19	30	1.95
2128565--2130228	830	2.0	831	99	0	3321	25	11	11	50	1.73
2139180--2139442	43	6.1	43	81	2	206	26	13	20	39	1.89
2139180--2139418	129	1.9	129	82	3	302	26	13	20	38	1.90
2139180--2139450	129	2.1	129	80	5	298	26	12	20	40	1.88
2141946--2142115	43	4.0	42	81	7	155	27	12	20	39	1.89
2141947--2142137	86	2.2	86	82	3	215	27	13	20	38	1.90
2141977--2142185	43	4.9	43	84	2	213	26	13	19	40	1.89
2141977--2142185	86	2.4	86	82	1	240	26	13	19	40	1.89
2142193--2142317	43	2.9	43	84	1	162	19	12	27	40	1.88
2142084--2142296	116	1.8	116	84	0	291	22	15	24	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2142506--2142549	21	2.1	21	100	0	88	25	13	31	29	1.94
2151920--2151970	7	7.3	7	88	0	57	25	0	60	13	1.33
2151907--2151962	14	3.9	14	83	4	67	26	0	60	12	1.32
2154573--2154606	14	2.2	16	90	10	54	50	0	0	50	1.00
2154596--2154627	16	2.0	16	93	0	55	40	0	0	59	0.97
2166842--2166916	37	2.1	36	94	2	132	37	13	22	26	1.91
2171121--2171289	34	4.9	34	84	2	212	21	22	15	40	1.91
2171121--2171277	69	2.3	69	94	0	269	21	22	17	38	1.93
2174085--2174129	20	2.1	22	88	12	67	13	6	8	71	1.31
2174161--2174203	21	2.0	23	81	9	54	34	11	9	44	1.73
2181171--2181205	17	2.0	18	88	5	54	34	0	11	54	1.37
2181576--2181609	17	1.9	18	88	5	52	58	0	11	29	1.33
2187386--2187429	21	2.1	21	91	8	72	31	40	11	15	1.83
2201208--2201321	41	2.8	41	89	2	176	20	18	31	29	1.96
2201528--2201599	22	3.2	22	67	18	58	43	4	4	48	1.41
2201509--2201598	45	2.0	45	95	0	162	38	3	4	53	1.38
2201756--2201789	15	2.3	15	89	0	50	14	0	44	41	1.45
2202012--2202104	7	13.1	7	72	10	64	18	1	40	39	1.58
2201993--2202052	29	2.1	29	84	6	77	21	1	28	48	1.60
2202579--2202851	148	1.8	150	88	3	426	32	16	11	39	1.84
2202609--2202932	151	2.2	148	80	7	352	33	15	14	36	1.88
2204332--2204706	193	2.0	191	81	8	449	29	9	18	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2205723--2206014	43	6.8	43	88	2	372	25	17	27	30	1.97
2208364--2208398	18	1.9	18	88	0	52	57	0	8	34	1.29
2212887--2212934	20	2.4	20	89	0	78	10	37	14	37	1.81
2218552--2218599	20	2.4	20	89	0	78	10	37	14	37	1.81
2222335--2222510	45	3.9	44	82	3	208	38	14	22	25	1.91
2222337--2222510	91	1.9	90	86	5	244	38	14	22	24	1.91
2222587--2222670	27	3.1	28	72	6	82	42	16	22	17	1.88
2225591--2225615	13	1.9	13	100	0	50	40	0	4	56	1.18
2234716--2234745	14	2.1	15	93	6	53	70	13	6	10	1.34
2237385--2237411	14	1.9	14	100	0	54	14	25	22	37	1.93
2239247--2239354	20	5.3	20	63	8	56	36	15	30	17	1.91
2239227--2239415	41	4.6	41	89	0	270	33	14	29	21	1.94
2251612--2251645	17	2.0	18	88	11	54	44	5	20	29	1.75
2260041--2260112	26	2.8	25	83	6	90	23	22	20	33	1.97
2266333--2266403	33	2.2	33	84	5	90	29	19	28	22	1.98
2266624--2267457	277	3.0	277	90	0	1301	32	19	17	29	1.95
2271535--2271598	32	2.0	32	90	0	101	34	9	18	37	1.83
2274147--2274355	105	2.0	105	99	0	409	21	25	17	35	1.95
2275506--2275599	25	3.5	25	72	20	91	78	1	20	0	0.81
2275491--2275602	29	4.0	27	73	12	91	75	1	22	0	0.89
2275504--2275619	56	2.1	56	98	0	223	75	1	22	0	0.95
2275739--2275806	31	2.2	31	97	0	127	38	8	23	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2276377--2276402	8	3.2	8	100	0	52	38	0	0	61	0.96
2277506--2277545	15	2.7	15	96	0	71	37	0	5	57	1.21
2278952--2279177	112	2.0	113	99	0	445	44	8	17	28	1.79
2283369--2283407	17	2.2	18	90	4	62	33	10	5	51	1.58
2283450--2283500	23	2.2	23	82	6	59	52	11	19	15	1.73
2290976--2291019	20	2.2	20	87	0	61	47	9	2	40	1.48
2290919--2291296	158	2.4	154	84	5	487	42	9	4	43	1.57
2291536--2291570	18	1.9	18	88	0	52	77	2	14	5	1.07
2292087--2292361	42	6.5	42	83	5	315	37	24	17	20	1.93
2301628--2301683	26	2.2	26	81	9	62	58	10	7	23	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11