genome.fa.s4079.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold84
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4163231

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  7  of  11  ( 1218 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2679279--2679594	32	9.9	32	85	0	380	22	18	19	40	1.92
2685371--2685460	47	1.9	47	97	0	171	30	23	23	23	1.99
2695939--2696127	51	3.7	50	83	3	209	30	26	16	26	1.97
2711292--2711316	10	2.5	10	100	0	50	32	0	32	36	1.58
2721246--2721330	41	2.2	38	83	10	111	42	0	2	55	1.12
2729903--2729935	17	1.9	18	88	11	52	48	0	9	42	1.35
2734273--2734393	41	3.0	40	77	6	118	28	26	23	21	1.99
2737773--2737825	3	17.3	3	96	3	97	32	1	0	66	1.03
2738282--2738340	22	2.7	21	82	7	73	67	3	27	1	1.16
2742228--2742398	27	6.6	27	75	16	89	38	19	11	30	1.87
2742255--2742453	54	3.8	54	74	15	193	37	20	11	31	1.87
2742248--2742433	101	1.8	101	90	0	300	36	19	11	32	1.88
2742251--2742457	27	8.0	26	74	14	135	36	19	11	32	1.87
2742660--2742717	27	2.1	27	90	6	91	24	24	17	34	1.96
2748626--2748652	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2749566--2749608	19	2.2	20	84	12	54	67	0	2	30	1.03
2750268--2750303	18	2.0	18	88	0	54	44	41	2	11	1.54
2751116--2751395	55	5.0	57	83	5	306	30	11	16	42	1.82
2751116--2751366	112	2.3	112	86	4	330	31	10	15	43	1.80
2760525--2760560	18	2.0	18	88	0	54	44	41	2	11	1.54
2761371--2761657	56	5.1	57	81	5	291	29	11	15	43	1.82
2764961--2765185	27	8.3	27	88	1	326	18	16	23	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2774756--2774795	19	2.0	20	85	4	55	42	27	5	25	1.75
2776393--2776470	39	2.0	39	92	0	129	55	24	12	7	1.63
2776791--2776868	39	2.0	39	92	0	129	55	24	12	7	1.63
2776304--2777099	398	2.0	398	100	0	1592	44	11	21	21	1.84
2778103--2778146	21	2.0	22	82	4	54	38	22	0	38	1.55
2783795--2783870	35	2.1	36	87	2	109	18	9	26	46	1.79
2790704--2790831	36	3.6	35	78	4	123	12	10	31	45	1.77
2795986--2796031	3	15.3	3	95	0	83	30	0	0	69	0.89
2796112--2796252	71	2.0	72	90	1	221	32	21	12	32	1.91
2801197--2801256	27	2.2	28	79	8	70	23	23	13	40	1.90
2802668--2802709	22	1.9	22	85	9	59	50	14	19	16	1.79
2808417--2808488	27	2.7	26	76	4	81	27	23	12	36	1.91
2809238--2809298	28	2.2	28	91	2	97	26	24	26	22	2.00
2809631--2809936	27	11.3	27	85	2	382	24	18	16	39	1.91
2813837--2814033	41	4.8	40	83	4	232	20	20	26	31	1.98
2813855--2814033	83	2.2	81	86	6	245	22	20	26	30	1.98
2814269--2814332	15	4.4	14	86	2	65	20	0	31	48	1.50
2814267--2814382	22	5.4	22	74	10	87	20	1	35	42	1.63
2814269--2814383	7	16.0	7	72	12	63	19	1	36	42	1.61
2814269--2814383	15	8.0	14	74	10	63	19	1	36	42	1.61
2814406--2814488	22	3.8	22	80	12	82	25	0	39	34	1.56
2814414--2814488	29	2.6	29	80	6	89	26	0	37	36	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2814421--2814488	15	4.6	16	74	20	67	26	0	38	35	1.57
2815194--2815261	33	2.1	33	97	0	127	20	25	11	42	1.86
2819371--2819470	43	2.3	42	85	8	130	27	20	26	27	1.99
2819407--2819530	64	2.0	63	83	1	158	33	16	23	25	1.96
2819471--2819588	42	2.8	43	80	2	139	31	17	22	28	1.97
2835916--2835941	13	2.0	13	100	0	52	15	0	23	61	1.33
2837429--2837514	41	2.1	42	91	2	138	25	18	25	30	1.98
2837429--2837597	41	4.1	41	81	8	137	27	20	24	27	1.99
2840249--2840296	10	4.6	10	80	10	51	37	0	0	62	0.95
2841722--2842943	621	2.0	622	86	4	1707	29	15	15	38	1.89
2847254--2847303	22	2.3	22	96	0	91	28	24	6	42	1.78
2870124--2870164	15	2.9	14	85	7	55	0	21	4	73	1.02
2870113--2870166	22	2.4	22	81	9	56	1	20	5	72	1.14
2872012--2872061	23	2.1	23	85	3	64	18	18	18	46	1.85
2873858--2873894	18	2.1	18	100	0	74	56	5	10	27	1.55
2874183--2874220	12	3.2	12	88	3	51	5	13	0	81	0.85
2880104--2880209	52	2.0	52	100	0	212	41	11	11	35	1.77
2882764--2882828	29	2.2	28	87	12	96	60	1	0	38	1.07
2882773--2882818	21	2.1	22	84	11	60	65	2	0	32	1.05
2883794--2883858	29	2.2	28	87	12	96	60	1	0	38	1.07
2883803--2883848	21	2.1	22	84	11	60	65	2	0	32	1.05
2885350--2885413	26	2.5	27	75	22	66	59	1	0	39	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2887824--2887947	62	2.0	62	95	0	221	48	13	9	28	1.74
2888652--2888687	18	2.0	18	88	0	54	63	2	0	33	1.08
2890080--2891020	469	2.0	470	93	1	1611	41	8	17	32	1.80
2892813--2892943	49	2.6	49	76	12	122	17	23	20	38	1.93
2892920--2892967	24	2.0	24	87	0	69	22	29	20	27	1.99
2898845--2898910	26	2.6	25	80	7	78	18	22	22	36	1.95
2900193--2900239	20	2.3	20	96	0	85	46	0	12	40	1.42
2905463--2905507	18	2.5	19	75	13	51	24	0	17	57	1.40
2909331--2909384	21	2.7	20	83	8	65	29	7	3	59	1.42
2909331--2909389	20	2.9	20	82	9	66	28	6	5	59	1.45
2919941--2920036	49	2.0	49	93	0	165	31	0	15	53	1.43
2922948--2923029	33	2.5	31	79	11	92	20	39	12	28	1.89
2929347--2929498	60	2.5	60	77	5	162	31	14	26	26	1.95
2931390--2931416	13	2.1	13	100	0	54	25	7	44	22	1.79
2935673--2935720	22	2.2	22	92	0	78	47	10	10	31	1.71
2936650--2936692	21	2.0	23	86	9	63	25	0	2	72	0.97
2937079--2937134	27	2.1	27	82	0	67	16	23	37	23	1.93
2937273--2937390	60	2.0	59	96	1	218	53	12	0	33	1.45
2942046--2942074	3	9.7	3	100	0	58	31	34	0	34	1.58
2942751--2942784	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
2951381--2951417	19	1.9	19	94	0	65	32	10	24	32	1.90
2956701--2956788	13	6.6	14	74	17	71	36	17	3	43	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2956712--2956866	40	3.8	40	87	3	211	33	17	3	45	1.64
2956668--2956764	27	3.7	24	75	16	86	38	18	3	40	1.66
2956812--2956837	13	2.0	13	100	0	52	30	7	0	61	1.24
2956825--2956895	29	2.4	29	92	0	115	36	16	2	43	1.63
2956713--2956866	81	1.9	81	87	2	227	33	17	3	46	1.64
2956954--2957021	25	2.7	25	86	0	100	36	22	13	27	1.91
2959036--2959146	55	2.0	55	98	0	213	30	10	25	33	1.90
2960266--2960491	43	5.3	43	82	5	278	23	26	19	30	1.98
2960925--2960976	21	2.5	20	81	9	59	5	44	13	36	1.68
2965817--2965975	73	2.2	72	79	9	171	38	20	12	28	1.89
2966803--2967730	114	8.2	113	84	2	1027	26	24	22	26	2.00
2966803--2967730	341	2.7	340	84	2	1130	26	24	22	26	2.00
2980722--2980880	61	2.6	60	76	8	135	24	23	15	36	1.93
2989248--2989589	50	6.7	50	81	6	253	22	27	22	27	1.99
2989248--2989585	100	3.3	100	79	5	306	22	27	21	27	1.99
2989248--2989595	150	2.3	151	81	4	387	22	27	22	27	1.99
2989932--2989988	30	1.9	30	85	0	78	35	21	5	38	1.76
2996353--2996520	50	3.4	50	78	4	153	23	28	20	27	1.99
3020475--3020509	16	2.2	16	94	0	61	68	8	5	17	1.35
3021940--3022296	27	13.2	27	82	5	364	17	18	19	45	1.86
3028283--3028322	21	2.0	19	85	9	53	42	12	7	37	1.71
3028955--3029035	30	2.8	28	81	7	99	23	23	28	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3029150--3029223	26	2.8	26	85	0	94	35	24	22	17	1.95
3029399--3029680	27	10.6	25	82	5	199	20	20	17	41	1.90
3029401--3030165	54	14.1	54	72	13	470	21	20	18	39	1.92
3029401--3030165	81	9.4	80	70	13	467	21	20	18	39	1.92
3029815--3030165	27	13.1	27	83	6	412	17	19	19	42	1.89
3029829--3030165	80	4.2	81	82	7	402	17	19	19	43	1.88
3029811--3030165	107	3.3	107	85	8	424	18	20	19	42	1.89
3045089--3045122	13	2.6	13	90	0	50	26	5	38	29	1.80
3049303--3049367	22	2.8	23	79	9	69	13	13	24	47	1.80
3065746--3065820	2	37.5	2	100	0	150	0	50	0	49	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11