genome.fa.s4079.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold84
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4163231

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  6  of  11  ( 1218 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2303664--2303700	10	3.5	11	92	7	60	75	0	5	18	0.99
2304246--2304544	153	1.9	154	80	7	349	44	10	4	41	1.59
2305509--2305618	32	3.4	32	84	0	139	20	21	39	19	1.93
2320519--2320568	24	2.0	25	84	3	66	76	6	2	16	1.08
2323120--2323151	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
2323350--2323537	51	3.7	51	81	8	240	29	27	18	24	1.98
2323342--2323531	101	1.9	102	88	3	267	30	26	18	24	1.98
2323642--2323673	10	3.4	10	87	12	50	6	28	0	65	1.16
2336246--2336277	15	2.2	15	94	5	57	31	3	0	65	1.08
2339993--2340243	124	2.0	124	96	0	457	45	15	13	25	1.82
2349719--2349750	16	2.0	16	100	0	64	43	12	18	25	1.85
2350333--2350389	29	2.0	29	89	0	87	36	10	3	49	1.55
2350563--2350808	69	3.5	69	81	8	273	36	17	4	41	1.69
2350789--2350830	22	1.9	22	95	0	75	45	9	0	45	1.36
2353331--2353406	30	2.5	30	86	0	107	23	30	30	15	1.96
2361629--2361776	73	2.0	74	98	1	289	27	6	8	57	1.54
2365249--2365366	50	2.3	52	84	5	143	33	14	11	39	1.83
2368873--2369313	95	4.6	95	98	0	828	46	4	8	40	1.55
2372178--2372202	12	2.1	12	100	0	50	44	8	0	48	1.32
2375992--2376049	22	2.5	24	72	13	59	62	5	5	27	1.38
2380401--2380434	16	2.1	16	88	0	50	58	11	5	23	1.55
2398213--2398376	87	1.9	86	86	3	231	24	12	23	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2400576--2400616	7	5.5	8	88	8	52	80	0	12	7	0.90
2400576--2400615	15	2.7	14	84	7	53	80	0	12	7	0.91
2402202--2402395	95	2.0	95	94	0	343	34	14	11	39	1.83
2409654--2409808	58	2.7	58	82	5	161	35	12	28	23	1.91
2435785--2435815	16	1.9	16	100	0	62	35	19	12	32	1.90
2435628--2435985	184	1.9	184	97	0	671	34	23	13	27	1.93
2444503--2444545	6	7.2	6	92	7	70	67	0	18	13	1.23
2445890--2445962	13	5.5	13	76	9	76	46	1	17	34	1.57
2446770--2446818	21	2.3	21	82	0	62	22	24	38	14	1.91
2448895--2449243	83	4.2	83	100	0	698	40	27	13	18	1.88
2450372--2450614	29	8.4	29	74	8	163	24	26	11	37	1.90
2450487--2450614	58	2.2	58	87	0	184	26	27	10	35	1.89
2453872--2453920	22	2.2	23	82	10	66	30	8	18	42	1.79
2463573--2463695	35	3.5	35	93	2	203	26	27	22	22	1.99
2471004--2471045	19	2.2	20	83	8	52	45	0	0	54	0.99
2471041--2471099	20	2.9	21	80	10	68	37	1	8	52	1.42
2471041--2471079	19	2.0	20	85	5	53	41	0	7	51	1.31
2476334--2476397	32	2.0	32	93	0	110	39	7	17	35	1.78
2477019--2477044	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
2478625--2478685	30	2.0	30	93	6	106	29	19	22	27	1.98
2481733--2481763	7	4.4	7	100	0	62	16	12	0	70	1.16
2482619--2482675	29	1.9	30	82	3	71	38	8	1	50	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2487297--2487471	96	1.8	96	88	0	269	34	18	13	33	1.90
2491911--2491947	18	2.1	17	90	5	56	45	16	2	35	1.61
2493294--2493369	31	2.5	31	80	4	91	27	15	11	44	1.82
2493661--2493691	13	2.4	13	94	0	53	29	6	12	51	1.65
2494762--2495083	100	3.2	100	86	3	439	23	27	22	27	2.00
2494744--2495083	50	6.7	50	79	5	317	24	27	21	27	1.99
2496595--2496700	50	2.1	50	94	1	187	57	5	4	32	1.43
2499753--2499794	21	2.1	20	86	8	59	35	0	0	64	0.94
2500180--2500247	30	2.3	30	86	0	100	35	23	17	23	1.95
2501025--2501100	22	3.5	22	73	7	73	42	17	28	11	1.84
2504347--2504382	19	1.9	18	88	5	54	47	2	5	44	1.41
2504347--2504410	21	3.2	19	81	14	67	42	1	4	51	1.32
2504878--2504921	21	2.1	21	87	4	63	59	4	2	34	1.30
2506282--2506325	20	2.3	19	81	14	54	45	2	0	52	1.13
2508698--2508736	15	2.8	13	82	17	51	82	2	15	0	0.79
2515620--2515653	13	2.6	13	90	0	50	38	2	35	23	1.70
2516056--2516089	17	1.9	18	94	5	61	32	11	23	32	1.91
2519391--2519428	18	2.2	18	90	4	60	31	2	13	52	1.54
2520555--2520683	39	3.3	39	87	1	159	32	13	24	29	1.94
2528282--2528636	27	13.1	27	77	7	283	45	18	17	18	1.86
2528282--2528636	54	6.6	54	76	5	315	45	18	17	18	1.86
2528289--2528609	81	4.0	80	78	6	315	44	18	18	18	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2528576--2528650	27	2.8	28	86	8	84	50	20	12	17	1.77
2529022--2529103	28	2.6	32	81	14	100	24	19	23	32	1.97
2529023--2529089	28	2.4	28	89	0	107	26	20	22	29	1.99
2529056--2529122	34	2.0	34	90	0	107	26	22	20	29	1.99
2529752--2529808	28	2.1	27	83	6	71	29	26	21	22	1.99
2535574--2535950	27	14.0	27	83	3	404	45	18	17	18	1.86
2536131--2536211	26	3.1	26	78	0	90	24	18	20	35	1.95
2536314--2536368	28	2.0	28	92	0	92	25	23	25	25	2.00
2537040--2537110	28	2.5	28	86	4	90	32	21	21	25	1.98
2537211--2537306	26	3.7	26	81	2	104	34	22	25	17	1.96
2545419--2545475	29	2.0	29	100	0	114	17	1	14	66	1.33
2545422--2545483	29	2.1	29	90	0	97	19	1	17	61	1.43
2546244--2546323	34	2.4	34	82	4	99	20	12	36	31	1.89
2549877--2549923	22	2.0	24	88	8	71	68	0	8	23	1.17
2550622--2551171	44	12.6	45	70	14	241	27	23	20	28	1.99
2550764--2550994	43	5.5	40	70	12	122	29	20	21	28	1.98
2550627--2551127	172	2.9	172	86	5	606	27	22	20	28	1.99
2550545--2551081	44	12.5	43	70	12	212	29	22	20	28	1.98
2550758--2551039	83	3.3	83	72	7	287	29	21	20	28	1.98
2550545--2550955	216	1.9	216	89	2	646	28	22	19	28	1.98
2550877--2551169	89	3.4	88	71	8	276	27	22	20	29	1.98
2563850--2563936	40	2.2	39	82	10	97	64	3	3	28	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2568096--2568135	18	2.2	19	95	4	73	47	5	15	32	1.66
2571615--2571785	71	2.4	71	80	5	202	36	26	17	19	1.94
2571661--2571810	71	2.1	71	80	2	158	34	28	16	20	1.94
2574574--2574615	2	21.0	2	85	0	57	54	2	42	0	1.13
2574574--2574615	14	3.0	14	96	0	75	54	2	42	0	1.13
2575321--2575398	39	2.0	39	97	0	147	50	7	8	33	1.63
2577197--2577235	13	2.9	13	81	7	51	82	10	0	7	0.86
2585561--2585591	14	2.2	14	94	0	53	67	6	0	25	1.14
2594523--2594554	14	2.3	15	89	10	50	50	0	6	43	1.27
2617039--2617215	50	3.4	50	82	4	192	22	27	22	28	1.99
2622256--2622362	45	2.6	40	79	17	128	29	28	6	34	1.83
2622275--2622364	45	2.0	44	91	6	146	32	28	6	32	1.83
2622344--2622390	16	2.9	16	90	0	76	23	34	6	36	1.80
2634420--2634527	25	4.3	26	83	13	113	24	21	24	30	1.99
2634482--2634560	25	3.2	25	81	1	88	27	18	18	34	1.95
2638566--2638634	26	2.7	26	83	0	84	24	23	26	26	2.00
2639767--2639931	81	2.0	82	98	1	323	49	13	7	30	1.69
2641957--2642120	56	2.9	55	79	6	168	44	18	8	28	1.79
2642201--2642455	69	3.7	69	87	1	359	45	14	8	31	1.76
2642201--2642451	138	1.8	138	89	1	396	45	14	8	31	1.74
2647187--2647220	14	2.4	14	95	0	59	55	5	17	20	1.62
2670449--2670496	20	2.4	21	86	6	64	41	20	31	6	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2670798--2670829	16	2.0	17	88	11	50	56	6	0	37	1.25
2674696--2674762	26	2.5	27	87	2	91	40	23	14	20	1.90
2674703--2675139	54	8.1	54	85	1	538	35	20	19	24	1.96
2674703--2675139	27	16.3	27	83	0	466	35	20	19	24	1.96
2675375--2675616	32	7.6	32	90	0	324	18	19	22	39	1.92
2675633--2675696	22	2.9	21	76	4	65	17	21	15	45	1.85
2678763--2678874	27	4.1	27	83	11	140	40	19	15	25	1.90
2678858--2679207	27	13.0	28	79	6	359	34	19	20	26	1.96
2678858--2679211	54	6.6	54	82	1	397	33	20	20	25	1.96
2679216--2679261	23	2.0	23	91	0	74	21	6	23	47	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11