genome.fa.s4355.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold163
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1887244

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3354--3541	42	4.5	42	89	0	279	29	20	19	30	1.97
9984--10036	22	2.4	22	81	6	63	41	1	13	43	1.54
18762--18874	46	2.5	44	78	5	127	43	23	15	17	1.87
18762--18878	45	2.6	46	80	4	139	42	23	15	18	1.88
20154--20351	90	2.2	90	83	5	247	38	18	8	34	1.80
20381--20439	18	3.3	18	75	13	50	61	0	3	35	1.13
20632--20667	19	1.9	18	88	5	54	25	2	0	72	0.98
21462--21502	19	2.1	20	86	4	57	58	4	4	31	1.40
21459--21506	19	2.6	17	78	15	51	56	4	6	33	1.44
27663--27700	20	1.9	20	89	10	60	60	0	2	36	1.11
27788--27851	20	3.4	19	82	12	87	43	14	1	40	1.54
31561--31695	66	2.0	66	81	0	153	33	17	20	28	1.96
36528--36721	50	3.9	50	78	3	187	29	21	28	21	1.98
42376--42675	50	5.8	50	83	5	350	27	22	29	21	1.99
42437--42675	101	2.4	101	96	1	435	26	23	28	20	1.99
44690--44716	12	2.2	12	100	0	54	33	14	18	33	1.92
57732--57773	17	2.6	17	85	7	52	14	19	30	35	1.91
59299--59338	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
59284--59350	34	1.9	35	84	3	91	34	8	10	46	1.70
61581--61634	28	2.0	27	85	3	72	44	3	38	12	1.61
71615--71644	10	3.0	10	95	0	51	80	6	0	13	0.91
81511--81549	20	2.0	20	89	0	60	41	43	5	10	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88022--88069	16	3.0	16	71	0	51	68	10	0	20	1.18
88412--88457	17	2.7	16	80	12	56	56	0	2	41	1.11
89547--89622	23	3.4	22	66	18	57	35	15	7	40	1.77
89546--89635	45	2.0	45	97	0	171	34	15	8	41	1.78
89547--89616	22	3.2	21	64	16	52	35	15	8	40	1.78
96413--96449	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
97270--97295	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
108241--108301	30	2.0	30	96	0	113	16	4	19	59	1.55
125968--125995	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
126871--127059	104	1.8	104	81	5	238	40	9	11	39	1.73
128101--128200	45	2.2	45	83	3	121	58	19	20	3	1.53
128133--128188	20	2.8	20	80	0	67	60	16	19	3	1.49
129268--129736	130	3.6	130	75	10	375	41	9	11	36	1.74
129432--129736	131	2.3	129	80	8	323	40	10	11	37	1.76
132494--132710	25	8.7	25	72	6	163	18	26	20	34	1.96
132490--132714	75	3.0	73	78	7	204	19	25	20	35	1.95
132516--132746	50	4.6	50	75	10	186	18	25	20	35	1.96
132677--132746	25	2.8	25	89	2	97	20	27	21	31	1.98
132677--132758	25	3.3	25	81	8	96	20	26	23	29	1.99
132680--132777	50	2.0	49	82	6	117	21	25	20	32	1.97
135123--135278	70	2.2	70	83	2	188	25	16	25	33	1.95
135176--135278	34	2.9	36	72	16	108	22	14	26	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136728--136763	12	3.1	12	96	4	65	44	8	16	30	1.77
150990--151017	13	2.2	13	100	0	56	60	0	0	39	0.97
152403--152454	1	52.0	1	92	0	86	0	1	1	96	0.27
152523--152566	1	44.0	1	88	0	52	4	4	0	90	0.53
156871--157058	53	3.5	53	83	0	259	36	14	23	25	1.93
156871--157082	53	4.0	53	83	0	253	36	14	23	25	1.92
156885--157082	106	1.9	106	87	2	290	36	13	24	25	1.92
157202--157360	61	2.6	61	79	5	178	31	14	27	27	1.95
157385--157454	29	2.4	28	76	9	70	31	17	22	28	1.96
164983--165511	44	12.2	44	69	9	235	26	24	18	30	1.98
164978--165511	217	2.5	217	93	0	888	26	24	18	29	1.98
165498--165731	128	1.8	128	96	0	432	25	26	17	30	1.97
165673--165794	63	1.9	63	98	0	235	25	29	18	27	1.98
165545--165920	191	2.0	191	94	1	664	25	26	18	29	1.98
165736--166201	128	3.6	128	90	0	734	25	24	18	31	1.98
170795--172247	726	2.0	726	100	0	2906	26	20	16	37	1.93
177620--177717	23	4.3	23	81	2	108	41	21	16	20	1.90
177618--177718	46	2.2	46	82	3	123	41	21	15	20	1.90
178442--178472	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
184410--184485	27	2.8	27	97	0	143	18	28	30	22	1.97
188653--188717	12	5.2	12	85	12	78	63	0	20	16	1.32
188659--188716	6	9.0	7	88	11	81	62	0	22	15	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199265--199357	28	3.3	27	70	18	73	20	17	16	46	1.84
209401--209448	13	3.6	13	79	20	55	33	10	2	54	1.46
216370--216413	18	2.4	18	84	0	61	50	20	2	27	1.60
216678--216802	33	3.7	32	79	10	115	48	17	2	31	1.60
216683--216812	69	1.9	67	84	3	170	46	16	3	33	1.62
216678--216814	35	4.0	35	81	3	145	48	16	2	32	1.61
220975--221037	25	2.5	25	92	0	108	22	9	19	49	1.76
236471--236537	15	4.4	15	79	7	55	38	43	0	17	1.50
236477--236531	15	3.6	15	80	4	65	36	47	0	16	1.47
236477--236535	8	7.6	8	81	7	77	38	44	0	16	1.48
236477--236540	23	2.8	23	86	13	96	37	43	0	18	1.51
236554--236608	21	2.7	20	82	5	56	47	36	1	14	1.55
236885--237167	113	2.5	114	78	7	272	24	24	25	26	2.00
237110--237288	72	2.5	71	82	8	204	22	22	24	30	1.99
242815--242879	2	33.0	2	74	9	53	49	0	6	44	1.27
243175--243245	35	2.0	35	94	0	124	43	9	15	30	1.79
245066--245111	9	5.1	9	86	0	65	36	8	41	13	1.75
246521--246570	17	3.0	16	82	5	55	38	14	20	28	1.91
248564--248592	15	2.0	15	93	6	51	34	13	6	44	1.71
249155--249192	17	2.1	19	85	9	53	18	21	5	55	1.62
254481--254549	31	2.3	31	80	7	79	37	10	10	42	1.73
254953--255042	42	2.1	42	87	4	128	17	34	30	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256292--256316	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
256968--257002	18	1.9	18	94	0	61	25	31	8	34	1.86
257453--257526	37	2.0	37	86	5	105	43	22	2	31	1.68
257568--257624	29	2.0	29	89	0	87	45	24	0	29	1.53
257579--258062	101	4.9	100	90	3	687	46	26	1	25	1.61
257579--258062	50	9.8	50	86	4	669	46	26	1	25	1.61
257758--257799	21	2.0	21	86	4	59	45	28	2	23	1.66
257829--257930	29	3.8	28	72	25	85	45	26	2	25	1.68
257864--257950	22	3.7	22	69	26	63	45	29	3	20	1.67
257579--258069	250	2.0	245	89	2	750	46	26	1	25	1.61
257961--258044	21	4.0	20	79	13	96	47	27	1	23	1.59
258043--258137	22	4.3	22	69	16	70	48	21	1	29	1.57
258111--258171	29	2.1	29	93	3	106	45	26	0	27	1.54
258176--258390	116	1.9	116	95	0	394	38	8	10	42	1.70
258366--258407	17	2.4	18	80	4	50	42	9	2	45	1.49
261278--261592	123	2.6	123	96	0	567	35	19	14	30	1.92
263284--263316	2	16.5	2	93	0	57	45	0	0	54	0.99
264517--264561	22	2.0	22	95	0	81	26	11	15	46	1.79
266142--266198	27	2.2	26	81	9	62	38	3	8	49	1.51
267260--267295	1	36.0	1	100	0	72	100	0	0	0	0.00
267638--267688	10	5.4	10	75	20	56	50	0	1	47	1.12
267642--267688	16	2.6	18	77	22	53	53	0	2	44	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267630--267696	26	2.6	25	73	17	64	46	0	1	52	1.09
270683--270715	11	3.0	11	91	8	50	0	15	0	84	0.61
270683--270721	12	3.3	11	86	13	51	0	15	0	84	0.62
270687--270720	11	3.2	10	88	12	50	0	14	0	85	0.60
271214--271258	15	3.0	15	80	0	54	80	0	2	17	0.82
272605--272645	22	1.9	21	90	5	64	9	7	7	75	1.18
272629--272678	22	2.3	22	78	0	55	22	10	6	62	1.48
281455--281514	31	1.9	31	96	0	111	46	5	20	28	1.71
284411--284447	6	6.2	6	90	0	56	35	48	0	16	1.46
287436--287469	10	3.6	9	85	14	50	5	8	0	85	0.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7