genome.fa.s4355.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold163
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1887244

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1202046--1202141	49	2.0	49	87	0	138	46	17	20	14	1.83
1203063--1203118	24	2.3	24	90	0	85	33	12	25	28	1.92
1203405--1203527	45	2.7	45	87	0	183	30	21	24	23	1.99
1203586--1204051	89	5.2	89	83	1	531	25	23	24	26	2.00
1203583--1204047	178	2.6	178	86	0	624	26	23	23	26	2.00
1203826--1203971	44	3.3	44	72	9	134	26	23	26	22	2.00
1203774--1203994	45	5.0	45	69	10	148	26	22	25	25	2.00
1204048--1204439	131	3.0	132	90	1	617	28	20	25	25	1.99
1204063--1204243	44	4.1	44	66	13	111	29	20	26	23	1.99
1206560--1206716	79	2.0	79	95	3	282	43	7	12	36	1.70
1211219--1211265	16	2.8	16	81	12	51	72	12	6	8	1.27
1221417--1221442	12	2.2	12	100	0	52	30	42	0	26	1.56
1235276--1235323	15	3.1	15	88	11	62	72	2	0	25	0.95
1237744--1237792	17	2.8	18	81	9	66	42	22	2	32	1.65
1241239--1241284	22	2.1	22	95	0	83	30	8	28	32	1.87
1241917--1241946	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
1244817--1244842	9	2.9	9	100	0	52	30	0	23	46	1.53
1247314--1247355	16	2.6	16	88	0	57	19	0	26	54	1.44
1247382--1247669	97	3.0	96	89	3	418	39	2	17	40	1.62
1247773--1248019	94	2.6	95	91	4	383	41	17	2	38	1.63
1250779--1250925	76	1.9	75	95	1	267	34	12	19	34	1.89
1253858--1253895	10	3.8	10	92	0	67	21	18	7	52	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1257848--1257960	44	2.6	43	75	9	113	28	28	17	25	1.98
1258606--1258658	25	2.1	26	82	10	65	60	20	0	18	1.36
1262181--1262280	51	1.9	52	87	2	148	31	3	19	47	1.64
1265674--1265760	28	3.1	28	79	9	95	13	27	19	39	1.90
1265674--1265761	29	3.1	29	83	4	99	13	27	19	39	1.89
1270849--1270936	41	2.1	41	81	4	106	32	27	15	23	1.95
1272617--1272641	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
1277904--1277930	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1287028--1287065	16	2.6	15	88	12	53	73	7	0	18	1.06
1287184--1287223	22	1.9	20	90	10	62	42	5	5	47	1.47
1298197--1298281	28	3.1	27	66	27	70	28	2	24	44	1.66
1298194--1298308	55	2.1	55	96	0	212	26	2	27	43	1.68
1299392--1299441	24	2.1	24	100	0	100	50	18	12	20	1.78
1305948--1306161	100	2.1	100	100	0	428	28	14	25	31	1.95
1307562--1307614	27	2.0	27	92	0	88	28	35	9	26	1.87
1310321--1310357	18	2.0	19	94	5	67	43	0	0	56	0.99
1310743--1310839	29	3.4	28	78	14	92	53	1	3	42	1.23
1314291--1314654	2	182.0	2	100	0	728	50	50	0	0	1.00
1317240--1317359	19	6.3	18	73	18	66	21	25	24	29	1.99
1321927--1321957	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
1322752--1322798	19	2.5	19	83	16	62	57	0	4	38	1.18
1328835--1328863	12	2.3	13	94	5	51	13	17	17	51	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1328988--1329024	2	18.5	2	94	0	65	48	2	0	48	1.15
1329469--1329493	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1329402--1329579	98	1.8	98	81	7	227	44	12	6	37	1.67
1329706--1329741	15	2.4	15	100	0	72	36	8	11	44	1.70
1330307--1330451	47	3.2	46	67	16	111	43	3	4	48	1.41
1330291--1330495	91	2.2	91	88	0	293	45	4	3	46	1.41
1330410--1330470	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
1330328--1330470	44	3.2	43	67	20	103	45	3	3	47	1.37
1330890--1330924	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
1331160--1331211	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
1332344--1332572	90	2.5	90	83	4	275	31	15	24	28	1.96
1334028--1334058	13	2.4	13	94	0	53	41	3	6	48	1.45
1336656--1336717	27	2.2	28	85	5	90	29	1	0	69	0.98
1338713--1338752	21	1.9	21	85	10	55	27	7	0	65	1.20
1340463--1340513	22	2.4	22	96	3	95	41	0	27	31	1.56
1346401--1346457	21	2.8	20	81	7	60	17	21	14	47	1.82
1346456--1346534	42	1.9	42	89	2	124	22	13	13	49	1.78
1346502--1346595	42	2.2	42	83	3	118	15	23	18	42	1.88
1350200--1350241	22	1.9	22	90	0	66	47	11	11	28	1.76
1355332--1355425	25	3.8	24	78	4	89	34	20	28	17	1.95
1355332--1355436	49	2.1	50	85	5	142	33	20	29	16	1.95
1355367--1355451	25	3.5	24	73	13	84	31	23	31	12	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1360379--1360447	34	2.0	34	97	0	129	43	4	17	34	1.69
1369800--1369833	16	2.1	16	88	0	50	17	23	2	55	1.55
1379457--1379505	23	2.1	23	100	0	98	22	4	18	55	1.60
1380041--1380089	25	2.0	24	88	4	71	22	4	20	53	1.63
1381917--1381951	16	2.1	17	89	5	54	51	2	0	45	1.16
1386696--1386740	22	2.0	22	91	0	72	22	13	8	55	1.65
1387593--1387639	25	1.9	24	91	4	76	38	0	4	57	1.18
1388001--1388045	22	2.0	22	91	0	72	22	13	8	55	1.65
1390599--1390707	47	2.2	50	85	6	152	19	13	32	34	1.91
1390599--1390725	47	2.6	47	83	3	137	21	13	31	33	1.92
1391269--1391330	25	2.5	25	86	0	88	22	24	16	37	1.94
1391305--1391387	22	3.8	22	79	3	78	19	21	19	39	1.92
1410697--1410805	47	2.2	50	85	6	152	19	13	32	34	1.91
1410697--1410823	47	2.6	47	83	3	137	21	13	31	33	1.92
1411367--1411428	25	2.5	25	86	0	88	22	24	16	37	1.94
1411403--1411485	22	3.8	22	79	3	78	19	21	19	39	1.92
1424568--1424592	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
1426661--1426942	41	6.9	41	95	2	487	24	17	23	34	1.96
1426661--1426985	123	2.6	123	90	4	426	24	18	24	32	1.97
1426880--1426984	41	2.5	42	80	10	119	26	20	29	22	1.99
1434002--1434030	15	2.0	15	93	6	51	51	0	13	34	1.42
1441444--1441668	91	2.5	88	84	6	285	31	8	20	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1442161--1442190	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1442141--1442186	14	3.3	14	87	6	58	45	8	0	45	1.34
1443768--1443947	19	9.8	18	70	20	74	62	6	1	29	1.29
1443765--1443843	27	2.8	26	75	16	70	67	6	0	26	1.15
1459072--1459124	22	2.3	23	83	3	63	62	1	0	35	1.06
1459867--1460225	101	3.4	101	79	10	335	35	17	17	29	1.93
1460219--1460272	27	2.0	27	100	0	108	48	11	14	25	1.77
1464618--1464653	19	1.9	18	88	5	54	47	30	0	22	1.52
1471200--1471281	30	2.8	30	83	9	114	24	19	23	32	1.97
1472149--1472188	18	2.2	18	100	0	80	37	10	22	30	1.87
1478688--1478748	28	2.2	28	82	5	70	47	0	1	50	1.10
1478897--1478936	16	2.6	15	84	4	53	35	2	0	62	1.09
1479670--1479702	17	1.9	17	100	0	66	48	0	9	42	1.35
1481077--1481135	29	2.0	30	83	9	77	33	8	13	44	1.74
1482864--1482974	29	3.9	29	87	3	147	39	9	1	49	1.45
1482864--1482977	58	2.0	55	88	5	165	39	9	1	49	1.46
1482994--1483041	24	2.0	23	84	15	62	58	0	4	37	1.18
1483142--1483174	16	2.0	17	88	5	50	60	3	0	36	1.12
1484149--1484209	31	2.0	30	84	12	79	21	18	8	52	1.71
1486780--1486833	27	2.0	27	100	0	108	25	22	18	33	1.97
1486819--1487267	233	1.9	233	93	0	781	33	13	21	32	1.92
1488151--1488210	30	2.0	31	90	3	95	18	43	0	38	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1488312--1488351	20	2.0	20	85	9	55	22	30	0	47	1.52
1491496--1491566	11	7.0	10	72	23	51	64	0	1	33	1.02
1491495--1491547	11	4.7	11	80	11	54	60	0	1	37	1.08
1492285--1492343	31	1.9	31	85	0	82	38	16	8	35	1.80
1494170--1494212	16	2.6	17	85	7	54	44	2	0	53	1.13
1494170--1494209	17	2.5	16	84	11	55	42	2	0	55	1.13
1494990--1495028	2	19.5	2	89	0	60	51	0	0	48	1.00
1501530--1501565	18	2.0	18	88	0	54	72	5	16	5	1.23
1501789--1502519	365	2.0	364	96	1	1340	37	12	12	37	1.81
1504183--1504216	17	2.0	17	88	0	50	38	2	26	32	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7