genome.fa.s4355.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold163
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1887244

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
547475--547564	44	2.0	44	93	0	153	42	6	11	40	1.67
549205--549294	44	2.0	44	93	0	153	42	6	11	40	1.67
563597--563829	44	5.2	44	71	4	162	32	19	22	25	1.97
563603--564120	89	5.8	89	89	3	693	30	19	23	25	1.98
563596--564173	178	3.3	178	85	3	772	31	19	24	25	1.98
563596--564149	45	12.4	45	70	6	320	31	19	24	25	1.98
564813--564856	18	2.4	18	100	0	88	11	54	18	15	1.70
569977--570068	37	2.5	37	82	12	100	52	2	3	42	1.30
569993--570068	11	6.8	11	73	21	61	53	2	2	40	1.28
572219--572258	9	4.4	9	87	0	53	25	12	25	37	1.91
573093--573124	16	2.0	16	93	0	55	50	15	18	15	1.79
575555--575590	16	2.2	16	90	0	54	41	0	27	30	1.56
579130--579200	18	4.4	17	77	22	82	59	0	0	40	0.98
579130--579196	30	2.2	31	94	2	118	59	0	0	40	0.97
579130--579208	18	4.9	17	71	21	64	59	0	0	40	0.97
584209--584254	17	2.7	17	83	6	58	50	0	30	19	1.48
586712--586746	18	1.9	18	94	0	61	54	0	0	45	0.99
590340--590371	6	5.3	6	100	0	64	18	50	15	15	1.79
591836--591880	9	5.1	9	89	5	65	55	0	0	44	0.99
591834--591871	17	2.3	16	95	4	67	55	0	0	44	0.99
597670--597722	19	2.7	19	77	11	54	49	0	24	26	1.51
599613--599656	20	2.2	20	84	8	54	6	13	0	79	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
600328--600384	3	19.0	3	96	0	105	31	0	1	66	1.02
605281--605521	118	2.0	120	97	1	459	41	14	6	36	1.72
611837--612218	191	2.0	191	98	0	746	36	15	8	39	1.79
612856--612889	6	5.7	6	90	10	52	52	11	2	32	1.53
616068--616108	21	2.0	21	85	0	55	46	24	17	12	1.82
616097--616251	42	3.7	42	87	0	211	41	18	23	16	1.90
616139--616253	21	5.5	21	66	8	81	44	18	20	17	1.87
618176--618202	14	1.9	14	100	0	54	29	0	22	48	1.51
619641--619683	21	2.2	19	83	8	50	44	9	6	39	1.64
619781--619822	21	2.0	21	95	0	75	38	21	9	30	1.85
624417--624452	8	4.5	8	100	0	72	50	0	0	50	1.00
624423--624460	16	2.4	16	90	0	58	57	0	0	42	0.98
627012--627080	22	3.1	22	85	4	95	42	17	23	17	1.89
648837--648947	31	3.6	28	77	14	80	46	3	9	39	1.54
655200--655258	30	2.0	31	93	6	104	20	45	0	33	1.51
662666--662694	6	4.8	6	100	0	58	86	0	13	0	0.58
675279--675380	19	5.3	19	71	2	60	30	20	24	24	1.99
675279--675347	19	3.6	19	75	14	61	27	21	26	24	1.99
681281--681314	17	1.9	18	88	5	52	38	23	8	29	1.85
692158--692194	19	1.9	19	88	0	56	64	13	18	2	1.39
695989--696266	73	3.8	71	73	10	206	25	23	24	27	2.00
698791--698819	11	2.7	11	94	5	51	27	3	0	68	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
700769--701006	27	8.9	27	98	0	451	40	3	10	44	1.57
701082--701174	37	2.4	37	82	7	105	47	12	0	39	1.42
701151--701183	9	3.7	9	100	0	66	45	21	0	33	1.52
708069--708601	43	12.6	41	77	11	350	28	20	21	29	1.98
708006--708442	212	2.1	213	97	0	831	29	19	22	28	1.98
708111--708611	83	5.9	82	78	9	397	27	20	21	30	1.98
708068--708611	169	3.2	167	76	6	483	27	20	21	29	1.98
716081--716147	33	2.0	33	100	0	134	38	23	8	28	1.85
723749--723779	13	2.3	14	94	5	55	35	0	6	58	1.24
737191--737223	16	2.0	17	88	5	50	24	3	9	63	1.38
744864--744934	29	2.4	29	83	6	81	29	1	7	61	1.30
746895--746931	19	1.9	19	88	0	56	16	21	40	21	1.91
749813--749865	25	2.2	24	86	3	70	66	9	11	13	1.46
750076--750133	22	2.6	22	75	20	66	25	15	36	22	1.94
757298--757446	56	2.7	56	89	4	237	46	16	4	31	1.68
757366--757395	13	2.3	13	94	0	51	50	16	0	33	1.46
758757--758794	19	2.0	20	89	5	60	50	39	0	10	1.37
759332--759390	23	2.5	23	73	10	57	25	6	6	61	1.46
763807--763876	31	2.3	31	82	7	81	28	15	2	52	1.57
764484--764508	13	1.9	13	100	0	50	88	8	0	4	0.64
765802--766337	44	11.9	43	71	13	294	30	18	22	27	1.97
765804--766418	88	6.8	88	70	12	293	30	18	22	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
766791--766828	19	2.0	20	89	5	60	50	39	0	10	1.37
767976--768042	3	22.7	3	76	14	68	29	4	0	65	1.12
768091--768399	154	2.0	155	99	0	611	23	8	11	56	1.61
771643--771706	29	2.1	30	83	11	78	50	0	12	37	1.41
771948--771997	26	1.9	26	83	0	64	44	4	0	52	1.20
780755--780852	46	2.2	46	94	1	171	43	19	3	33	1.66
785774--786006	46	5.1	46	99	0	457	40	23	2	34	1.67
799213--799260	26	1.9	26	83	8	64	33	2	16	47	1.58
801343--801371	13	2.3	13	94	5	51	41	0	10	48	1.37
806750--807144	197	2.0	198	99	0	783	28	5	13	52	1.61
807222--807252	10	3.1	10	95	0	53	41	0	3	54	1.16
809292--809361	27	2.5	27	80	15	79	35	1	0	62	1.04
810054--810102	24	2.1	24	88	3	73	44	0	0	55	0.99
811000--811029	14	2.1	14	93	0	51	20	0	16	63	1.31
815720--816054	162	2.1	162	98	1	645	56	11	4	27	1.54
815801--816082	81	3.5	80	66	16	211	56	12	5	25	1.57
824357--824508	39	3.8	38	80	6	151	36	19	22	21	1.95
824358--824487	40	3.3	38	78	7	125	34	19	23	22	1.96
824374--824508	39	3.4	38	81	5	162	39	20	20	20	1.93
824543--824786	41	6.0	41	86	0	335	19	20	25	34	1.96
825001--825047	14	3.3	15	79	8	53	29	0	29	40	1.57
825066--825124	7	8.1	7	75	5	55	22	1	45	30	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825059--825114	14	3.9	14	73	13	51	23	0	44	32	1.53
825013--825095	42	2.0	42	82	0	103	27	0	36	36	1.57
825059--825112	21	2.5	21	87	3	72	24	0	42	33	1.55
825312--825364	21	2.5	22	81	9	65	20	0	39	39	1.53
824942--825485	295	1.8	295	84	6	735	29	2	26	42	1.67
825637--825696	26	2.3	25	83	11	68	75	1	3	20	1.04
834126--834178	20	2.6	21	80	11	58	52	1	3	41	1.30
834194--834378	43	4.3	43	86	4	223	24	15	30	29	1.96
836996--837041	22	2.1	22	95	0	83	23	13	23	39	1.90
839245--839282	11	3.5	11	96	0	67	68	21	10	0	1.19
861558--861587	15	2.0	15	100	0	60	20	6	40	33	1.78
865419--865458	11	3.5	12	80	13	57	12	12	0	75	1.06
865418--865463	22	2.1	22	100	0	92	17	13	0	69	1.19
865423--865471	22	2.2	22	88	0	71	12	20	0	67	1.22
885074--885110	18	2.1	18	90	10	58	45	0	2	51	1.15
885069--885111	19	2.3	19	84	8	61	41	0	2	55	1.12
885151--885206	26	2.1	27	80	9	71	41	1	0	57	1.09
888106--888172	35	1.9	35	93	6	118	70	4	13	11	1.31
888113--888199	40	2.1	41	85	10	115	67	8	13	10	1.41
894196--894252	28	2.0	28	82	6	69	33	5	0	61	1.18
894268--894313	21	2.2	20	88	3	65	36	4	2	56	1.31
899460--899492	14	2.3	15	89	5	50	27	15	33	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
899569--899634	16	4.2	16	79	11	75	80	1	18	0	0.79
899570--899635	26	2.6	26	86	11	93	80	1	18	0	0.79
899569--899636	31	2.2	31	86	5	102	80	1	17	0	0.78
899570--899635	6	10.8	6	77	18	57	80	1	18	0	0.79
900893--901324	50	8.6	50	79	1	461	30	22	20	25	1.98
900893--901340	100	4.5	100	89	0	644	31	22	20	25	1.98
901353--901458	44	2.5	43	83	4	126	32	18	17	31	1.95
901389--901499	44	2.5	44	83	4	134	31	19	18	30	1.96
901440--901543	45	2.3	45	81	1	120	27	20	20	31	1.97
903292--903335	23	2.0	22	90	4	70	34	6	2	56	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7