genome.fa.s4355.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold163
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1887244

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1506223--1506256	17	2.0	17	100	0	68	41	29	5	23	1.78
1513876--1513937	25	2.5	25	76	7	65	32	20	22	24	1.98
1517792--1517903	25	4.6	24	79	10	120	30	22	24	23	1.99
1517792--1517905	49	2.3	49	85	8	144	29	21	24	23	1.99
1520803--1520874	30	2.5	30	84	8	87	69	4	5	20	1.26
1522921--1522950	14	2.1	14	93	0	51	23	23	10	43	1.83
1534005--1534515	254	2.0	255	98	0	997	41	11	6	40	1.68
1543674--1543715	22	1.9	22	85	0	57	0	16	0	83	0.65
1543680--1543715	15	2.3	15	90	9	54	0	13	0	86	0.58
1543673--1543710	13	3.0	13	88	3	51	0	18	0	81	0.69
1543887--1543940	25	2.2	24	80	9	63	48	12	25	12	1.78
1547537--1547810	9	29.7	9	66	18	57	60	2	3	33	1.28
1547606--1547638	17	1.9	18	88	11	52	51	3	0	45	1.16
1547528--1547666	54	2.6	54	74	12	124	62	2	3	31	1.24
1547677--1547765	21	4.5	20	77	14	69	61	2	3	32	1.24
1547691--1547765	18	3.9	18	81	15	80	65	2	2	29	1.20
1548716--1548758	21	2.0	22	86	4	61	41	0	18	39	1.51
1549095--1549142	25	2.0	25	87	4	71	18	22	18	39	1.92
1549783--1549827	23	2.0	23	100	0	90	22	13	15	48	1.79
1551743--1551923	52	3.5	52	93	2	294	28	14	28	28	1.96
1553990--1554126	60	2.3	58	83	7	161	30	3	4	61	1.33
1554004--1554109	30	3.5	29	70	12	88	32	4	3	59	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1554113--1554157	20	2.3	20	85	11	58	17	4	6	71	1.25
1557557--1557620	33	1.9	34	87	9	96	54	0	1	43	1.09
1558822--1558856	18	1.9	18	100	0	70	28	20	22	28	1.98
1571078--1571480	107	3.8	107	87	3	573	30	18	17	33	1.95
1575404--1575446	16	2.7	16	81	0	50	81	4	9	4	0.97
1575880--1575916	17	2.2	17	90	0	56	75	2	21	0	0.92
1575883--1575932	23	2.2	22	89	3	73	74	6	20	0	1.03
1576940--1578360	227	6.3	227	95	0	2371	31	18	21	28	1.97
1579615--1580887	50	25.7	50	68	5	690	30	22	22	25	1.99
1579593--1580887	199	6.5	199	90	1	1942	29	22	22	25	1.99
1582068--1582252	91	2.0	92	98	1	363	30	22	19	27	1.98
1582809--1582839	15	2.1	15	93	0	53	32	9	0	58	1.31
1583469--1583711	105	2.3	106	84	3	303	32	18	15	33	1.92
1586006--1586064	28	2.1	28	100	0	118	20	16	11	50	1.76
1588554--1588599	22	2.1	22	100	0	92	47	17	17	17	1.83
1589408--1589485	40	2.0	40	94	0	138	53	19	12	14	1.72
1589473--1589733	127	2.0	128	95	0	470	46	13	10	28	1.77
1590507--1590721	41	5.3	41	79	2	220	24	17	18	39	1.92
1590507--1590707	81	2.5	80	81	5	233	26	16	17	38	1.92
1590888--1590918	14	2.2	14	100	0	62	25	19	0	54	1.44
1601636--1601708	20	3.7	20	76	7	67	26	5	27	41	1.77
1606974--1607126	60	2.6	59	83	10	165	39	10	17	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1620587--1620709	49	2.5	49	82	2	158	25	17	30	27	1.97
1623309--1623351	13	3.2	13	80	6	50	46	39	2	11	1.53
1623296--1623341	20	2.2	20	84	3	56	39	43	4	13	1.63
1624587--1624618	13	2.5	13	89	0	55	21	0	6	71	1.07
1626608--1626638	15	2.1	15	100	0	62	19	16	25	38	1.92
1640606--1640653	6	8.0	6	97	0	87	68	0	14	16	1.21
1644154--1644338	47	3.9	47	100	0	370	40	12	10	36	1.78
1644476--1644514	15	2.6	15	100	0	78	20	7	38	33	1.81
1647202--1647253	27	2.0	26	88	3	77	57	0	7	34	1.27
1648085--1648199	45	2.6	45	90	1	178	42	13	18	26	1.86
1648046--1648195	45	3.4	44	82	3	176	42	12	20	24	1.86
1648082--1648219	45	3.1	45	83	9	160	42	13	19	25	1.87
1648082--1648245	45	3.7	45	78	10	122	39	14	20	25	1.90
1649785--1649868	40	2.1	40	90	0	132	21	21	33	23	1.97
1650112--1650155	22	2.0	22	91	8	72	54	6	15	22	1.65
1651424--1651475	16	3.5	15	72	17	54	61	1	3	32	1.25
1658147--1658186	18	2.2	18	86	0	53	60	0	0	40	0.97
1659521--1659559	19	2.1	19	100	0	78	33	10	15	41	1.81
1663484--1663825	180	1.9	180	90	1	542	34	15	18	31	1.92
1671280--1671517	43	5.6	43	94	1	381	29	23	18	28	1.98
1671286--1671570	129	2.2	129	83	4	344	28	22	18	30	1.97
1674237--1674380	40	3.6	40	81	0	126	27	22	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1674432--1674570	40	3.5	40	87	0	197	24	20	23	31	1.98
1679894--1680084	34	5.6	34	83	0	229	32	13	13	40	1.83
1679963--1680022	19	3.4	19	65	25	58	35	10	11	43	1.75
1679895--1680084	102	1.9	102	85	0	263	32	13	12	41	1.82
1680197--1680342	45	3.3	45	77	9	140	29	22	13	34	1.92
1682437--1682477	21	1.9	22	85	14	59	68	0	14	17	1.22
1688596--1688622	11	2.5	11	100	0	54	18	18	37	25	1.94
1691092--1691371	63	4.5	63	76	5	230	25	26	26	22	2.00
1696730--1696781	12	4.5	11	77	15	52	71	0	19	9	1.13
1696947--1696995	18	2.7	17	78	12	53	34	20	4	40	1.71
1697179--1697216	16	2.4	16	100	0	76	63	5	7	23	1.42
1699719--1699743	13	1.9	13	100	0	50	48	4	24	24	1.68
1706474--1706519	22	2.1	21	84	11	58	41	4	6	47	1.49
1708236--1708293	25	2.3	26	84	3	82	39	3	22	34	1.71
1714784--1714969	53	3.7	50	83	6	229	19	31	20	27	1.97
1715001--1715087	44	2.0	44	95	0	156	26	18	11	43	1.84
1718498--1718560	18	3.4	18	77	4	63	41	4	19	34	1.72
1723246--1723300	17	3.0	18	81	10	67	67	3	1	27	1.17
1727058--1727181	60	2.1	60	90	1	196	37	18	21	21	1.94
1727984--1728039	25	2.2	25	96	0	103	60	12	16	10	1.58
1729440--1729499	31	1.9	32	89	3	95	43	10	10	36	1.72
1735337--1735369	7	4.7	7	96	0	57	84	0	0	15	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1735679--1735848	79	2.1	81	92	3	233	38	12	5	44	1.65
1735700--1735848	79	1.9	79	100	0	298	38	11	5	44	1.63
1748936--1748985	12	4.0	13	75	15	52	36	0	40	24	1.55
1750102--1750328	27	8.4	27	86	0	292	45	20	14	19	1.85
1756385--1756577	51	3.8	50	84	5	210	32	25	15	25	1.95
1756383--1756575	102	1.9	102	85	2	271	32	26	15	25	1.95
1757209--1757389	45	4.0	45	100	0	362	42	19	6	30	1.77
1763088--1763287	51	3.9	51	81	5	235	34	28	13	24	1.93
1763092--1763287	102	1.9	102	85	2	268	34	28	13	23	1.93
1766425--1766458	13	2.6	13	86	13	52	76	2	0	20	0.92
1769701--1769742	20	2.1	20	100	0	84	38	19	28	14	1.90
1777179--1777238	31	1.9	32	89	3	95	36	10	10	43	1.72
1779517--1779640	60	2.1	59	86	1	167	22	20	20	36	1.95
1785841--1785883	17	2.6	17	92	3	70	37	18	4	39	1.72
1787730--1787837	57	1.9	57	98	0	207	27	14	26	30	1.95
1795226--1795300	23	3.3	23	90	0	114	17	20	29	33	1.95
1803043--1803076	15	2.3	15	89	0	50	26	17	26	29	1.98
1817821--1817938	59	2.0	59	93	1	202	28	7	9	54	1.60
1817830--1817952	59	2.1	59	87	3	176	30	8	8	52	1.62
1819286--1819403	61	1.9	62	80	1	139	40	17	5	36	1.72
1819636--1819698	18	3.3	18	75	6	63	41	12	1	44	1.52
1819797--1819839	20	2.2	20	82	0	50	46	9	6	37	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1819805--1819912	20	5.5	20	72	4	67	42	7	7	42	1.61
1821186--1821267	20	4.1	20	73	10	69	40	9	2	47	1.50
1821229--1821278	20	2.5	19	81	9	64	38	6	4	52	1.45
1821435--1821459	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
1821560--1821592	17	1.9	17	93	0	57	75	0	6	18	1.00
1821679--1822163	162	3.0	162	99	0	952	44	7	18	29	1.77
1827829--1827862	7	4.9	7	96	0	59	58	8	0	32	1.29
1827922--1827991	31	2.2	31	87	9	106	64	5	1	28	1.25
1830937--1831030	20	4.7	20	76	5	100	9	24	24	41	1.84
1830938--1831050	40	2.8	40	83	2	138	11	26	23	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7