genome.fa.s710.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold180
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1398530

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2036--2093	26	2.2	26	84	0	71	41	18	15	24	1.89
3381--3438	26	2.2	26	90	0	89	44	18	12	24	1.84
4334--4372	6	6.8	6	82	11	55	12	0	2	84	0.72
4326--4374	22	2.2	22	88	0	80	14	0	2	83	0.73
4326--4366	16	2.7	15	96	3	73	12	0	2	85	0.70
4969--5030	3	20.3	3	80	9	72	27	3	0	69	1.04
5444--5487	23	1.9	23	82	17	56	25	11	2	61	1.41
5458--5504	19	2.5	19	80	10	60	23	10	6	59	1.53
7719--7945	113	2.0	114	99	0	447	32	13	15	38	1.86
10549--10592	8	5.1	8	79	15	52	29	0	0	70	0.88
10534--10593	10	6.4	9	75	9	50	31	0	0	68	0.90
10611--10668	25	2.3	26	82	8	66	29	1	5	63	1.25
11531--11620	31	2.9	31	82	12	114	45	2	20	32	1.63
12301--12375	37	2.0	38	97	2	143	44	10	21	24	1.84
15404--15453	23	2.2	23	92	0	82	42	24	18	16	1.89
15572--15636	26	2.5	26	82	7	71	35	18	20	26	1.95
18052--18094	21	2.0	22	86	13	63	41	16	0	41	1.48
25636--25812	64	2.8	64	83	6	220	40	18	7	33	1.79
51465--51646	58	3.1	57	71	20	133	45	8	4	41	1.55
51625--51709	30	2.8	29	76	20	100	44	7	5	42	1.55
51625--51726	34	3.2	33	80	15	117	48	6	5	39	1.54
55732--55765	17	1.9	18	88	5	52	44	0	5	50	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59057--59085	9	3.2	9	100	0	58	41	0	0	58	0.98
62863--63239	44	8.4	44	72	10	152	27	20	19	32	1.97
62863--64273	227	6.3	226	81	6	1272	28	20	19	31	1.97
63089--63610	263	2.0	263	91	1	850	28	20	19	31	1.97
62881--63842	490	2.0	490	90	1	1518	27	20	19	31	1.97
63393--64317	409	2.3	409	87	1	1316	28	21	19	30	1.97
63470--64047	138	4.2	138	70	13	320	29	20	19	30	1.97
63646--64090	182	2.4	182	90	1	669	28	20	19	30	1.97
63368--64344	44	21.6	44	68	15	336	27	21	19	31	1.98
65772--65833	8	8.0	8	76	16	51	3	1	11	83	0.82
65775--65831	6	9.8	6	75	21	50	3	1	10	84	0.82
65774--65832	7	8.9	7	76	14	54	3	1	10	84	0.80
72773--72812	15	3.0	13	83	16	55	60	2	0	37	1.11
74796--74832	3	12.3	3	88	0	56	59	2	2	35	1.26
74796--74854	15	3.9	15	80	8	66	57	3	8	30	1.45
79542--79572	6	5.2	6	100	0	62	32	0	0	67	0.91
79610--79643	16	2.1	16	88	0	50	44	2	29	23	1.68
80237--80262	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
81261--81306	9	5.1	9	94	0	83	30	10	13	45	1.77
82566--82605	20	2.0	20	95	0	71	25	7	5	62	1.42
97606--97686	26	3.2	25	74	10	76	25	18	13	41	1.87
97788--97831	23	1.9	23	95	0	79	11	20	25	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98977--99032	26	2.2	26	83	0	67	26	17	16	39	1.91
107933--107983	21	2.5	20	82	17	54	54	27	3	13	1.56
109033--109127	3	31.7	3	85	0	91	33	7	1	57	1.33
112867--112905	18	2.2	18	85	0	51	30	33	0	35	1.58
113024--113931	454	2.0	454	100	0	1816	37	9	12	39	1.76
126301--126543	46	5.3	46	86	2	328	41	17	13	27	1.87
126301--126543	91	2.7	92	86	1	328	41	17	13	27	1.87
126860--126897	18	2.1	18	100	0	76	47	15	15	21	1.82
138241--138288	19	2.4	21	83	10	66	45	14	0	39	1.45
139199--139405	50	4.1	50	99	0	405	27	10	23	39	1.87
140478--140555	31	2.5	31	83	2	95	46	3	19	30	1.68
146679--146789	40	2.8	39	86	4	150	34	18	26	21	1.96
151159--151300	27	5.3	27	77	0	140	46	21	14	17	1.84
151167--151300	54	2.5	54	85	7	191	46	20	14	17	1.84
151159--151312	81	1.9	81	80	0	182	44	22	14	19	1.86
151466--151519	26	2.1	26	92	0	90	14	18	27	38	1.90
151595--151672	28	2.8	28	84	0	111	26	25	23	24	2.00
153966--154012	16	2.9	16	87	12	62	10	6	0	82	0.82
153985--154062	8	9.5	8	80	14	70	1	17	0	80	0.77
153985--154062	15	5.3	15	75	17	56	1	17	0	80	0.77
153985--154055	23	3.1	23	74	22	69	1	18	0	80	0.79
153985--154062	12	6.2	13	71	11	65	1	17	0	80	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153985--154062	13	6.3	12	70	24	56	1	17	0	80	0.77
154733--154856	29	4.2	28	73	8	70	44	4	13	37	1.63
155060--155534	153	3.1	147	82	5	535	34	21	17	26	1.96
155060--155534	75	6.3	75	82	6	505	34	21	17	26	1.96
155497--155573	39	2.0	39	100	0	154	33	23	18	24	1.96
155422--155648	114	2.0	114	94	0	400	34	21	18	25	1.96
155348--155725	189	2.0	189	92	2	625	34	21	18	26	1.96
155536--156068	75	7.1	75	89	3	809	32	20	18	28	1.96
155536--156060	151	3.5	152	91	2	844	32	20	18	28	1.96
155060--156026	492	2.0	491	85	4	1326	32	21	18	27	1.96
156923--156952	13	2.3	13	94	0	51	0	3	10	86	0.67
168200--168250	7	6.9	7	80	10	57	1	19	0	78	0.85
168198--168253	16	3.6	16	72	18	55	1	19	0	78	0.84
168190--168253	23	2.7	24	80	9	78	1	18	1	78	0.92
168442--168480	12	3.3	12	82	3	53	0	25	0	74	0.82
168438--168481	19	2.4	18	80	3	52	0	25	0	75	0.81
174922--174981	29	2.1	29	87	6	86	38	30	21	10	1.86
176143--176282	71	1.9	72	81	2	165	24	19	27	29	1.98
178269--178310	22	1.9	22	90	9	68	21	35	0	42	1.53
188293--188375	42	2.0	43	90	2	132	33	21	21	22	1.97
188298--188437	43	3.3	43	80	6	142	30	23	20	25	1.98
206560--206608	20	2.4	21	83	6	57	59	4	2	34	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206524--206597	29	2.6	28	75	12	69	63	2	1	32	1.17
208870--208914	18	2.5	17	79	10	54	57	2	2	37	1.23
209089--209150	19	3.3	18	76	17	63	56	1	1	40	1.19
208804--209248	224	2.0	224	99	0	874	47	5	6	40	1.52
211326--211358	16	2.1	16	100	0	66	51	24	0	24	1.48
214532--214565	16	2.2	16	94	5	61	47	14	11	26	1.79
214498--214651	75	2.1	75	96	0	281	45	6	17	30	1.74
218737--219020	147	1.9	147	95	0	514	37	10	10	41	1.75
219031--219056	11	2.4	11	100	0	52	46	0	7	46	1.31
220208--220234	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
223975--224069	14	6.8	14	67	7	50	45	17	1	35	1.56
224019--224103	28	3.0	28	76	6	100	45	21	0	32	1.52
223989--224103	56	2.1	56	89	0	176	44	18	0	36	1.56
224117--224156	20	2.1	19	85	4	53	75	5	5	15	1.15
224809--224854	24	1.9	24	81	0	56	63	4	0	32	1.14
226029--226355	76	4.3	76	82	3	349	38	21	12	27	1.90
237619--237645	9	3.0	9	100	0	54	44	11	22	22	1.84
247455--247485	16	1.9	16	93	0	53	48	9	6	35	1.62
247666--247731	20	3.4	20	78	17	77	34	1	7	56	1.37
266695--266755	22	2.8	20	79	16	68	39	11	8	40	1.71
266718--266753	11	3.3	11	100	0	72	38	8	8	44	1.65
270628--270674	20	2.5	19	75	6	51	40	2	2	55	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270786--270849	13	4.9	13	83	7	85	39	23	6	31	1.79
275530--275616	27	3.1	27	66	33	76	35	37	3	22	1.72
275503--275620	56	2.1	57	95	4	211	36	36	4	22	1.74
278830--278881	23	2.3	23	86	0	77	26	26	13	32	1.94
281511--281555	21	2.1	22	84	12	58	73	6	4	15	1.21
283331--283382	23	2.3	23	96	0	95	42	7	3	46	1.51
285003--285138	71	1.9	71	100	0	272	59	2	19	19	1.48
287905--287949	18	2.5	18	82	7	56	40	17	4	37	1.70
291650--291695	24	1.9	24	82	8	58	50	6	6	36	1.54
292081--292174	34	2.7	35	82	9	120	43	12	12	30	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6