genome.fa.s710.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold180
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1398530

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  3  of  6  ( 610 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
481344--481622	128	2.2	128	93	0	477	29	21	21	27	1.99
480567--481622	44	24.6	43	71	11	632	30	19	22	28	1.98
481123--481586	217	2.2	215	84	4	580	30	19	21	28	1.98
487304--487359	23	2.6	21	83	13	69	58	1	0	39	1.08
490530--490572	22	2.0	22	85	0	59	11	13	27	46	1.78
502522--502589	27	2.5	27	95	0	127	42	8	5	42	1.60
504654--504695	19	2.2	19	86	0	57	19	2	50	28	1.60
505197--505425	74	3.1	74	66	13	209	37	23	13	24	1.92
505136--505515	147	2.6	147	96	0	697	37	24	12	25	1.91
506609--506785	73	2.4	74	78	8	175	29	24	19	26	1.99
515779--515817	19	2.1	19	100	0	78	56	5	15	23	1.59
517509--517584	32	2.4	32	84	2	91	39	5	3	51	1.43
520899--520982	36	2.2	36	83	12	96	10	13	5	70	1.33
520936--520999	30	2.1	30	85	0	83	9	4	6	79	1.04
528977--529023	23	2.0	23	83	4	58	36	6	19	38	1.77
529485--529516	10	3.2	10	95	0	55	21	0	0	78	0.76
529488--529522	17	2.1	17	89	10	54	22	0	0	77	0.78
533548--533608	24	2.5	24	97	0	113	39	11	6	42	1.67
533719--533765	18	2.5	19	79	6	51	31	6	2	59	1.34
544568--544593	12	2.2	12	100	0	52	15	15	23	46	1.83
544700--545191	113	4.3	114	82	4	553	31	18	21	28	1.97
544726--545180	230	2.0	226	85	2	606	31	19	20	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
545590--545675	14	6.1	14	72	8	68	23	0	27	48	1.51
545590--545644	27	2.0	27	82	6	67	18	0	32	49	1.48
545593--545667	21	3.6	21	73	8	55	22	0	28	49	1.50
545831--545860	15	2.0	15	93	0	51	63	3	0	33	1.11
546032--546066	16	2.1	18	89	10	56	48	5	0	45	1.26
546644--546688	17	2.5	19	82	10	58	26	44	0	28	1.55
547021--547328	153	2.0	154	99	0	609	29	9	9	51	1.66
548081--548132	27	2.0	26	81	11	61	36	1	7	53	1.41
548213--548292	9	8.6	9	77	8	79	47	16	1	35	1.55
548190--548315	48	2.6	48	96	0	225	45	14	3	37	1.61
548208--548296	18	5.3	18	76	21	104	46	14	1	38	1.52
548326--548365	19	2.2	19	86	8	57	42	2	20	35	1.65
549649--549677	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
550392--550624	43	5.4	43	66	10	116	34	21	19	24	1.97
550393--550624	86	2.7	86	79	2	243	34	21	19	24	1.97
551123--551188	32	2.1	32	85	5	89	46	0	0	53	1.00
552799--552880	28	3.0	28	76	3	94	29	17	14	39	1.89
554083--554108	6	4.3	6	100	0	52	34	0	0	65	0.93
577255--577281	12	2.2	12	100	0	54	29	29	11	29	1.91
590736--590818	28	3.0	28	76	0	85	30	18	13	38	1.88
592632--592666	4	8.8	4	100	0	70	48	25	0	25	1.51
595334--595396	31	2.1	30	85	8	83	47	1	0	50	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
608448--608480	15	2.1	16	88	5	50	57	0	3	39	1.14
611018--611063	14	3.2	14	84	12	58	52	8	8	30	1.62
615831--615888	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
622558--622587	15	2.0	15	100	0	60	26	26	13	33	1.93
622879--622918	21	1.9	21	84	0	53	42	0	5	52	1.23
622877--622924	21	2.3	21	74	0	51	45	0	4	50	1.21
645725--645758	18	1.9	18	88	5	52	70	2	5	20	1.21
647701--647857	41	3.8	40	89	5	233	35	21	19	24	1.96
647701--647857	82	1.9	82	92	2	262	35	21	19	24	1.96
648925--649020	23	4.0	23	68	16	70	55	6	0	38	1.25
653106--653140	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
653445--653540	31	3.1	31	95	3	174	45	13	9	31	1.75
659051--659146	23	4.0	23	68	16	70	55	6	0	38	1.25
663232--663266	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
667771--667809	17	2.3	17	86	0	51	0	12	10	76	1.01
667788--667856	22	3.2	21	74	8	59	2	13	8	75	1.15
668856--668896	17	2.3	18	87	8	57	78	2	19	0	0.87
669457--669522	27	2.4	27	73	12	64	6	28	3	62	1.34
673913--673949	19	1.9	19	94	0	65	35	8	8	48	1.62
677059--677098	21	2.0	21	85	14	57	47	0	32	20	1.50
681078--681105	4	7.0	4	100	0	56	25	25	25	25	2.00
682098--682140	12	3.7	11	84	9	50	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
682151--682184	17	2.0	17	88	0	50	50	2	8	38	1.49
683397--683628	116	2.0	116	100	0	464	32	23	11	32	1.90
684256--684991	375	2.0	375	90	2	1183	26	19	19	34	1.96
684256--684908	125	5.2	125	96	0	1189	26	19	19	35	1.95
684900--685041	50	2.8	50	87	8	209	25	19	23	31	1.98
684715--685304	300	2.0	300	95	0	1072	26	19	20	33	1.96
684840--685166	175	1.9	175	82	5	410	25	19	20	34	1.96
685013--685291	125	2.2	125	80	3	339	26	20	20	32	1.97
685183--685304	50	2.4	49	80	8	147	26	19	19	34	1.96
687499--687562	24	2.6	25	80	7	78	7	1	9	81	0.94
687669--688187	273	1.9	273	92	0	876	31	20	19	29	1.97
694110--694179	19	3.5	19	75	11	77	2	17	27	52	1.58
694108--694190	41	2.0	41	100	0	166	4	16	26	51	1.64
694655--694840	49	3.8	49	77	7	180	36	16	20	26	1.93
704672--704728	28	2.0	28	100	0	114	31	28	15	24	1.96
713063--713106	18	2.4	18	88	7	63	56	0	0	43	0.99
713063--713106	16	2.6	18	85	7	56	56	0	0	43	0.99
714248--714393	49	3.0	49	89	6	212	42	17	12	28	1.85
715666--715720	22	2.5	22	77	11	58	43	3	3	49	1.37
730374--730417	18	2.5	17	82	10	52	27	0	6	65	1.17
733711--733902	94	2.0	95	98	1	377	44	13	7	34	1.71
734786--734825	19	2.2	19	86	4	55	72	0	2	25	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734794--734855	16	3.6	17	81	16	74	61	1	3	33	1.22
734794--734855	17	3.6	17	79	16	65	61	1	3	33	1.22
734786--734852	16	3.9	17	77	12	66	65	1	2	29	1.16
750795--750839	16	2.8	16	79	3	54	4	4	11	80	1.01
759989--760041	21	2.5	21	81	0	61	32	9	28	30	1.88
766228--766276	22	2.3	22	83	13	66	53	0	0	46	1.00
770768--770793	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
774686--774723	19	2.0	20	89	5	60	71	2	0	26	1.00
783588--783626	15	2.6	15	84	11	53	38	5	0	56	1.22
783942--783986	16	2.5	19	72	17	51	46	6	0	46	1.29
790592--790631	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
800727--801678	478	2.0	478	99	0	1888	37	13	13	35	1.84
802789--802943	77	2.0	78	98	1	303	39	10	7	42	1.68
803032--803074	14	2.9	14	80	13	50	39	0	0	60	0.97
803037--803094	21	2.8	19	80	14	62	32	0	3	63	1.11
804015--804063	22	2.2	21	79	10	53	36	8	10	44	1.68
804201--804226	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
809771--809814	20	2.2	20	91	0	70	68	0	0	31	0.90
813809--813834	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
819913--819963	13	3.9	13	75	10	59	37	25	5	31	1.80
821936--821968	15	2.3	15	89	5	50	75	9	3	12	1.14
829213--829445	88	2.6	88	94	3	398	37	19	10	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829661--829718	9	6.4	9	74	18	50	36	1	1	60	1.17
833129--833432	36	8.4	36	85	4	371	12	22	41	23	1.88
837065--837159	25	3.8	25	72	9	79	18	25	22	33	1.97
837041--837148	50	2.2	50	83	5	130	19	25	21	33	1.97
837090--837264	76	2.3	75	79	9	198	20	24	20	34	1.96
839207--839407	33	5.6	33	69	19	116	19	16	27	35	1.94
839240--839376	42	3.5	41	72	17	128	21	16	27	35	1.94
839203--839488	75	3.8	75	87	1	403	20	17	27	33	1.96
839682--839805	33	3.5	33	71	18	104	33	27	18	20	1.96
841563--841590	11	2.5	11	100	0	56	28	0	17	53	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6