genome.fa.s782.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold45
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1930935

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
323--348	7	3.7	7	100	0	52	76	0	0	23	0.78
387--425	19	2.1	19	85	9	53	15	12	7	64	1.49
1221--1425	113	1.8	113	92	0	347	29	20	19	31	1.97
1452--1853	128	3.1	128	92	1	646	25	21	19	32	1.97
1856--3400	88	17.7	86	92	1	2130	23	23	24	28	2.00
5423--5457	17	2.1	17	89	10	54	2	20	0	77	0.90
9794--9854	27	2.3	27	80	8	72	49	4	8	37	1.54
10071--10153	3	26.7	3	73	9	60	61	4	6	27	1.40
10071--10154	21	3.9	20	74	21	73	61	4	5	27	1.39
11089--11114	13	2.0	13	100	0	52	23	7	46	23	1.78
11678--11830	54	2.9	54	77	2	148	37	15	22	25	1.93
12272--12425	54	2.9	54	76	11	143	37	12	20	29	1.90
12350--12555	108	1.9	108	81	4	245	41	14	16	27	1.87
12776--13563	54	14.6	54	75	5	409	37	14	20	26	1.91
12776--13554	162	4.8	160	75	6	495	38	14	20	26	1.91
12776--13449	108	6.3	108	76	6	474	38	14	20	26	1.91
13048--13326	105	2.6	105	80	6	251	38	13	18	28	1.90
14823--14857	18	1.9	18	88	0	52	14	2	2	80	0.95
17227--18300	537	2.0	536	98	1	2098	39	13	9	37	1.77
21331--21432	39	2.6	38	83	4	116	43	22	5	28	1.76
23922--23971	26	1.9	26	84	8	66	54	6	2	38	1.37
42089--42140	23	2.3	23	89	0	77	26	7	23	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43849--43892	21	2.1	21	100	0	88	43	18	15	22	1.88
50291--50332	13	3.5	13	81	18	63	35	0	14	50	1.43
52087--52115	12	2.4	12	100	0	58	62	20	0	17	1.33
64583--64616	17	2.0	17	88	0	50	32	2	8	55	1.45
66435--66469	18	1.9	18	88	0	52	28	28	31	11	1.92
67313--67972	291	2.3	284	79	8	670	35	13	11	38	1.81
67410--68121	285	2.5	281	78	10	619	35	15	10	38	1.82
72283--72396	44	2.6	43	74	13	106	24	23	22	28	1.99
72456--72569	45	2.6	45	76	4	115	28	22	21	28	1.99
72183--72700	218	2.4	217	85	0	685	28	23	18	29	1.98
72693--73339	128	5.1	128	91	0	1012	25	22	19	32	1.97
73301--73427	44	2.9	44	89	0	200	23	24	21	30	1.99
74631--74689	15	4.0	15	78	22	63	16	16	0	66	1.26
75537--75561	8	3.1	8	100	0	50	0	24	0	76	0.80
82191--82240	15	3.4	15	72	22	52	34	10	28	28	1.89
82433--82475	11	4.0	11	78	6	52	39	0	0	60	0.97
82432--82498	21	3.4	19	78	15	64	41	0	0	58	0.98
82450--82629	29	6.0	29	66	28	94	42	2	1	53	1.23
82460--82513	21	2.8	19	86	8	65	42	0	0	57	0.98
82455--82515	10	6.2	10	73	16	56	47	0	0	52	1.00
82559--82597	11	3.5	11	85	3	51	35	0	0	64	0.94
82556--82621	21	3.3	19	78	16	62	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82387--82636	123	2.0	123	98	1	484	41	3	2	53	1.30
82583--82653	21	3.5	21	84	7	85	40	0	1	57	1.07
82579--82653	10	7.5	10	78	13	75	42	0	1	56	1.08
83201--83234	16	2.1	17	88	5	52	61	0	0	38	0.96
88002--88136	59	2.3	59	82	5	148	32	22	22	22	1.98
88030--88178	59	2.5	59	82	8	178	27	23	24	24	2.00
89345--89384	21	1.9	21	84	0	53	55	12	5	27	1.58
90378--90439	21	3.0	21	82	0	88	40	17	25	16	1.90
92876--92938	3	21.0	3	96	0	117	33	1	0	65	1.03
98135--98208	23	3.1	23	81	13	80	79	4	6	9	1.03
98117--98261	53	2.8	52	76	14	129	76	7	6	8	1.16
98141--98223	22	3.8	21	75	9	67	81	2	8	7	0.94
98175--98262	35	2.6	32	77	13	77	79	5	7	6	1.05
100626--101002	50	7.5	50	69	4	249	35	22	19	22	1.96
100623--101002	102	3.8	99	86	3	476	35	22	19	22	1.96
101777--101831	18	2.9	18	76	12	58	1	14	5	78	1.02
120728--120851	13	9.3	13	82	6	124	36	18	1	43	1.60
125316--125457	33	4.3	33	77	3	115	43	15	21	19	1.87
126926--127000	37	2.0	37	97	0	141	28	38	6	26	1.81
129513--129652	74	1.9	73	95	4	257	55	10	10	23	1.64
133053--133089	3	12.0	3	94	5	65	32	0	2	64	1.07
133344--133410	9	7.4	9	85	6	91	41	22	10	25	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135359--135398	20	2.0	21	85	5	55	2	25	0	72	0.97
135813--135872	10	6.0	10	70	14	52	26	5	3	65	1.29
135813--135872	19	3.0	19	75	15	59	26	5	3	65	1.29
135882--135953	19	3.7	19	77	17	76	33	0	8	58	1.28
135910--135954	20	2.2	21	88	4	65	33	0	4	62	1.15
143287--143344	21	2.7	22	81	10	66	41	20	13	24	1.89
145725--145779	22	2.5	22	76	5	58	41	16	23	18	1.89
145779--145951	32	5.5	31	78	9	172	40	20	18	20	1.92
145796--145951	64	2.4	64	84	0	195	39	20	19	21	1.93
146139--146182	23	1.9	23	95	0	79	47	25	4	22	1.70
146214--146341	27	4.7	27	87	1	168	25	21	19	32	1.97
155175--155424	50	4.9	50	81	5	261	27	19	28	25	1.99
157891--157937	23	2.0	23	84	8	60	36	10	8	44	1.70
158026--158086	32	1.9	31	83	3	77	31	1	3	63	1.20
163544--163717	85	2.0	85	98	0	339	29	5	13	51	1.63
174970--175114	50	2.9	50	81	4	166	26	20	28	24	1.99
186306--186334	15	1.9	15	100	0	58	37	13	6	41	1.72
186704--186753	18	3.1	16	83	11	57	30	2	0	68	1.01
190439--190498	28	2.1	29	81	9	70	55	5	3	36	1.38
191934--191987	22	2.6	20	80	13	56	5	18	7	68	1.33
192773--192821	24	2.0	25	84	8	64	36	0	6	57	1.24
197946--197999	7	8.0	7	87	8	85	68	0	16	14	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197947--197999	20	2.7	20	93	0	97	67	0	16	15	1.23
197946--197999	13	4.0	14	88	7	85	68	0	16	14	1.21
199517--199570	7	8.0	7	87	8	85	68	0	16	14	1.21
199518--199570	20	2.7	20	93	0	97	67	0	16	15	1.23
199517--199570	13	4.0	14	88	7	85	68	0	16	14	1.21
200977--201190	43	4.7	43	69	18	146	32	20	21	26	1.97
200784--201100	176	1.8	174	92	2	537	31	19	20	28	1.97
200968--201525	142	3.9	143	94	2	918	32	18	21	26	1.97
201239--201468	44	5.0	44	72	17	189	31	19	22	26	1.98
201283--201469	98	1.9	97	81	6	225	31	18	22	27	1.97
201601--201960	50	7.2	50	74	2	310	33	23	19	24	1.97
201593--201979	100	3.9	100	88	2	519	33	22	19	24	1.97
201571--202010	100	4.4	100	83	5	512	33	23	19	23	1.97
202802--202858	20	2.7	22	82	17	68	5	22	7	64	1.38
202820--202853	16	2.1	17	88	5	52	5	17	8	67	1.37
203643--203691	24	2.0	25	84	8	64	36	0	6	57	1.24
206418--206469	19	2.7	18	75	13	50	65	5	0	28	1.16
206493--206528	18	2.1	17	89	5	54	58	0	0	41	0.98
214599--214634	17	2.1	17	89	0	54	52	2	2	41	1.30
214727--214777	18	2.9	17	70	18	50	52	9	0	37	1.34
214643--214860	118	1.9	117	83	3	280	47	7	5	39	1.55
214954--214991	20	1.9	20	88	0	58	60	2	2	34	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214778--215230	239	1.9	232	85	5	612	46	7	9	36	1.65
217239--217306	25	2.7	25	77	8	75	36	22	25	16	1.94
224045--224069	8	3.1	8	100	0	50	12	16	24	48	1.79
224614--224654	20	2.1	21	86	13	61	58	9	12	19	1.61
226124--226176	21	2.5	21	90	0	79	18	33	33	13	1.90
227168--227198	3	10.3	3	92	0	53	70	0	29	0	0.87
227379--227416	20	1.9	20	88	0	58	31	26	15	26	1.96
230148--230311	43	3.9	42	80	5	143	28	29	17	23	1.97
230148--230311	86	1.9	85	80	3	186	28	29	17	23	1.97
235145--235455	103	3.0	102	85	9	402	26	12	11	48	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7