genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397271.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_89.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4184555

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2273895--2273930	12	2.9	13	84	16	58	0	41	16	41	1.48
2277241--2277287	21	2.2	21	84	0	58	36	2	17	44	1.60
2286358--2286393	16	2.2	17	90	5	56	69	2	0	27	1.02
2299106--2299130	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2299876--2299973	45	2.2	46	83	5	128	22	16	23	37	1.93
2299895--2300055	45	3.6	45	79	3	157	24	19	21	34	1.96
2306603--2306743	76	2.0	66	84	3	104	34	7	9	41	1.66
2315340--2315386	22	2.1	23	84	4	60	51	8	6	34	1.58
2327494--2327561	13	5.0	13	79	15	75	66	1	32	0	1.01
2327494--2327558	4	15.5	4	73	20	53	66	1	32	0	1.01
2327483--2327553	28	2.5	28	86	6	99	67	2	29	0	1.05
2330944--2331093	66	2.3	66	89	2	221	36	11	22	30	1.89
2338173--2338215	15	2.9	15	82	0	50	62	6	0	30	1.21
2338172--2338215	20	2.2	20	87	0	61	61	6	0	31	1.22
2339878--2339916	21	1.9	20	89	5	60	58	7	2	30	1.39
2342021--2342293	136	2.0	136	97	0	519	36	20	17	25	1.95
2346591--2346634	20	2.3	19	92	7	72	45	2	0	52	1.13
2351333--2351433	53	1.9	53	84	11	136	34	23	11	29	1.91
2351333--2351461	53	2.5	53	81	11	133	37	24	11	26	1.90
2352539--2352612	38	1.9	38	83	0	94	33	6	14	44	1.72
2356778--2356826	17	3.0	17	82	11	50	44	2	6	46	1.39
2356954--2356983	12	2.5	12	94	0	51	50	10	0	40	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2357290--2357323	17	2.0	17	100	0	68	41	11	5	41	1.66
2376433--2376548	59	2.0	59	89	0	178	29	17	18	35	1.93
2382347--2382385	14	2.7	14	88	4	51	48	2	0	48	1.15
2383101--2383129	15	2.0	15	93	6	51	68	0	10	20	1.18
2385126--2385282	58	2.7	58	87	3	176	14	38	6	40	1.72
2385182--2385272	29	3.1	29	64	20	73	13	40	7	38	1.73
2385920--2385978	6	10.0	6	90	3	93	79	1	1	16	0.89
2404152--2404281	51	2.5	53	87	5	176	25	11	12	50	1.73
2405825--2405891	30	2.2	30	100	0	134	43	8	22	25	1.82
2406529--2406555	12	2.2	12	100	0	54	44	0	7	48	1.31
2412162--2412194	14	2.4	14	100	0	66	60	21	6	12	1.53
2412865--2412903	21	1.9	20	85	15	53	17	2	12	66	1.35
2428446--2428520	25	3.0	25	84	0	96	38	13	9	38	1.77
2429166--2429204	19	2.2	17	86	9	51	20	0	7	71	1.10
2439220--2439256	16	2.3	16	85	0	56	18	5	16	59	1.55
2441700--2441734	12	2.9	12	91	0	52	2	45	14	37	1.59
2442380--2442423	21	2.0	22	86	4	63	61	9	0	29	1.27
2448305--2448346	20	2.0	21	86	4	59	59	9	0	30	1.29
2472560--2472588	7	4.1	7	100	0	58	55	31	0	13	1.39
2472562--2472598	14	2.9	13	88	11	51	56	27	0	16	1.40
2472661--2472790	31	4.2	31	80	0	143	18	25	23	32	1.97
2472662--2472784	62	2.0	62	85	3	167	19	25	21	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2472981--2473094	54	2.1	54	93	0	192	36	15	11	35	1.84
2473049--2473232	68	2.7	66	78	14	212	33	19	11	35	1.87
2509381--2509420	21	1.9	21	100	0	80	37	10	10	42	1.72
2514226--2514335	58	1.9	58	83	7	143	38	18	5	38	1.74
2522980--2523068	44	2.0	44	93	0	151	37	12	24	25	1.91
2527297--2527474	95	1.9	94	90	2	284	56	11	17	14	1.66
2539073--2539214	36	3.9	36	82	5	162	33	13	20	33	1.91
2539073--2539214	72	2.0	72	84	2	187	33	13	20	33	1.91
2541011--2541085	30	2.5	30	89	4	107	50	2	32	14	1.57
2541011--2541097	15	5.8	15	71	15	72	50	3	32	13	1.59
2543822--2543924	53	1.9	54	82	7	129	31	12	19	36	1.89
2543868--2543923	29	2.0	29	85	3	78	35	14	16	33	1.88
2551693--2551729	12	3.1	12	92	0	56	37	0	10	51	1.37
2551697--2551737	2	20.5	2	94	0	64	43	0	4	51	1.23
2551731--2551777	17	2.7	17	81	18	53	36	10	12	40	1.78
2553300--2553359	22	2.8	21	82	7	75	23	10	25	41	1.85
2554088--2554139	22	2.4	22	83	0	68	30	5	25	38	1.79
2554200--2554251	22	2.3	23	80	3	70	28	9	28	32	1.89
2554131--2554582	211	2.1	209	82	4	543	24	10	22	42	1.85
2561983--2562154	84	2.1	82	94	2	299	25	3	18	52	1.61
2567697--2567746	23	2.2	23	92	0	82	32	28	12	28	1.92
2568062--2568129	26	2.6	25	83	6	73	45	7	16	30	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2570093--2570165	27	2.9	24	75	15	67	50	17	24	6	1.70
2584913--2584942	14	2.2	14	94	5	53	20	23	0	56	1.42
2595983--2596019	11	3.6	11	79	20	53	32	0	0	67	0.91
2595986--2596023	19	2.0	19	100	0	76	31	0	0	68	0.90
2602532--2602617	34	2.5	35	81	7	104	34	26	11	26	1.91
2603199--2603342	67	2.1	67	79	2	173	26	21	14	37	1.92
2615585--2615638	18	3.0	18	81	5	56	12	25	24	37	1.91
2619394--2619575	36	5.2	35	77	7	165	34	7	14	43	1.73
2619395--2619575	71	2.6	71	82	9	185	34	7	14	43	1.73
2625150--2625218	30	2.3	30	84	0	93	52	8	14	24	1.70
2626015--2626057	14	3.1	14	77	12	52	34	13	11	39	1.82
2626336--2626376	21	2.0	20	85	4	55	41	0	7	51	1.30
2626987--2627029	15	2.6	18	82	14	56	39	6	4	48	1.51
2627700--2627748	19	2.6	19	80	0	53	55	0	2	42	1.11
2633326--2633466	28	4.9	28	78	10	113	40	11	10	37	1.76
2633326--2633476	29	5.2	28	78	13	146	41	10	10	37	1.74
2637201--2637241	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
2646028--2646098	30	2.4	30	85	0	97	47	18	2	30	1.63
2646056--2646163	22	5.0	22	73	1	74	47	21	1	29	1.61
2646026--2646106	16	4.7	16	72	14	63	48	17	2	32	1.60
2646122--2646163	21	2.0	20	90	4	66	52	21	0	26	1.47
2646280--2646304	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2646286--2646360	20	3.9	18	72	13	51	50	20	2	26	1.61
2646318--2646362	10	4.5	10	80	0	54	55	13	0	31	1.38
2646318--2646362	20	2.2	20	92	0	72	55	13	0	31	1.38
2646549--2646582	5	6.6	5	86	6	50	23	0	2	73	0.97
2646549--2646582	16	2.2	15	89	5	50	23	0	2	73	0.97
2653155--2653383	68	3.4	69	79	4	216	40	9	16	33	1.81
2653914--2653960	20	2.3	20	78	7	51	40	10	17	31	1.83
2659165--2659241	40	1.9	41	89	2	120	35	20	23	20	1.96
2671594--2671634	19	2.2	19	87	12	59	48	2	24	24	1.63
2671994--2672054	29	2.1	29	100	0	122	24	19	21	34	1.96
2672934--2672997	33	2.0	33	87	3	94	32	26	14	26	1.94
2673606--2673677	21	3.4	21	83	7	74	54	15	4	26	1.59
2673709--2673798	21	4.2	20	71	17	65	52	6	4	36	1.48
2673720--2673827	21	5.1	21	77	2	74	50	11	7	30	1.65
2674165--2674228	23	2.8	23	97	0	119	54	25	7	12	1.64
2692085--2692205	36	3.6	32	74	11	109	32	26	14	27	1.94
2692275--2692408	70	1.9	70	96	0	250	45	5	24	24	1.74
2692656--2692735	20	4.0	20	91	0	115	30	12	20	37	1.89
2692871--2692937	21	3.1	21	82	8	73	53	14	4	26	1.60
2692871--2692950	21	3.8	21	80	8	72	52	13	5	28	1.61
2692999--2693092	21	4.5	21	76	4	73	48	13	8	28	1.72
2698749--2698787	18	2.2	18	86	9	53	48	2	7	41	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2703317--2703362	23	2.0	23	100	0	92	52	13	13	21	1.73
2706887--2706966	40	2.0	41	85	7	110	16	18	26	38	1.92
2707012--2707066	28	2.0	28	92	0	92	21	3	12	61	1.46
2707014--2707063	14	3.4	16	73	21	54	24	4	12	60	1.49
2707870--2708015	55	2.7	55	97	2	276	44	7	10	36	1.68
2709931--2709962	15	2.1	15	94	0	55	37	9	18	34	1.83
2720927--2720995	35	2.0	35	85	5	95	46	20	20	13	1.83
2725282--2725355	34	2.2	33	85	2	103	41	12	20	25	1.87
2732004--2732041	20	2.0	20	89	5	60	50	0	23	26	1.50
2734713--2734742	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11