genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397271.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_89.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4184555

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184614--187020	171	14.2	170	76	7	1917	33	13	13	38	1.84
184614--187020	341	7.1	342	76	7	1924	33	13	13	38	1.84
188749--190846	171	12.3	169	76	8	1377	38	14	13	33	1.85
188749--190846	340	6.2	338	77	7	1762	38	14	13	33	1.85
188749--190846	511	4.1	502	76	8	1672	38	14	13	33	1.85
190570--191117	274	2.0	272	80	7	619	38	13	12	34	1.83
198749--220424	171	127.3	169	72	9	9262	39	13	13	34	1.84
198749--220424	341	63.1	341	71	10	8904	39	13	13	34	1.84
198732--230860	510	62.8	508	71	10	10912	38	13	13	34	1.84
208702--209462	340	2.2	341	81	4	849	39	13	12	34	1.83
220455--221755	171	7.7	170	78	6	1149	37	13	13	34	1.85
220455--223774	341	9.9	335	72	9	1695	38	14	14	33	1.85
221783--223808	171	11.9	168	76	6	1623	38	14	14	32	1.86
221753--223808	340	6.1	340	76	7	1651	38	14	14	32	1.86
224609--227192	169	15.2	169	75	7	1372	39	12	13	34	1.82
225726--225754	12	2.5	12	94	5	51	55	13	0	31	1.39
227242--230860	342	10.6	340	75	9	2516	39	13	13	34	1.84
227216--230860	172	21.3	169	76	7	2455	39	13	13	34	1.84
234892--243987	170	53.4	171	75	7	5140	38	13	13	34	1.84
234912--243987	342	26.7	336	75	7	4159	38	13	13	34	1.84
240079--240119	20	2.0	20	85	4	55	51	7	12	29	1.66
243811--243852	20	2.2	20	82	4	50	54	7	7	30	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244238--244522	152	1.9	151	81	1	347	43	12	12	30	1.80
244382--244977	171	3.5	167	80	4	636	38	14	13	33	1.85
244980--245030	21	2.4	21	96	0	93	33	21	17	27	1.96
244836--245199	190	1.9	190	82	6	461	37	15	13	34	1.86
244383--245583	170	7.0	170	73	11	575	37	14	13	34	1.85
245029--245616	169	3.5	166	78	9	580	37	13	13	35	1.85
245625--249118	171	20.6	170	76	7	2333	38	13	13	34	1.84
245736--249092	511	6.6	508	75	8	2244	38	13	13	33	1.84
248742--249575	457	1.8	453	80	8	1012	37	12	14	35	1.84
249161--251297	172	12.6	169	75	6	1401	38	14	13	33	1.86
248605--249762	625	1.8	627	78	7	1296	37	13	13	34	1.85
251728--253069	170	8.0	170	78	6	1118	38	13	13	34	1.84
251725--255088	340	10.1	330	72	11	1338	38	14	13	33	1.85
253126--253558	165	2.6	165	84	4	521	38	16	12	31	1.87
253182--254223	169	6.2	168	77	8	681	38	14	14	32	1.86
253459--254223	338	2.3	339	82	7	840	38	13	14	33	1.86
254228--255234	172	5.9	169	75	6	732	38	14	13	33	1.85
255762--258585	169	16.7	169	75	7	1790	38	13	13	33	1.85
255774--258585	340	8.3	336	75	7	1282	38	13	13	33	1.85
256068--258495	677	3.6	667	75	9	1714	38	13	14	33	1.85
260335--261012	171	4.0	169	80	7	655	39	14	13	32	1.85
261015--266783	172	33.8	170	74	6	3695	38	13	13	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260607--261463	454	1.9	450	81	5	1039	39	13	12	34	1.82
261023--266783	170	33.8	171	74	7	3717	38	13	13	34	1.84
261956--266783	681	7.1	680	78	6	3684	38	13	14	34	1.84
261023--266783	342	16.9	339	74	8	3794	38	13	13	34	1.84
274985--275030	24	1.9	24	90	0	74	6	30	13	50	1.66
274985--275041	24	2.4	24	85	2	71	7	28	10	54	1.60
275348--275466	58	2.1	57	85	4	161	36	16	8	38	1.79
297942--298105	76	2.1	77	89	1	258	40	13	8	37	1.75
306021--306060	16	2.5	16	91	0	62	15	25	10	50	1.74
307502--307698	49	4.0	49	80	5	220	26	9	26	37	1.87
326626--326667	21	2.0	22	90	4	68	33	19	19	28	1.96
328673--328702	15	2.0	15	93	0	51	43	20	10	26	1.83
331620--331918	28	10.5	28	81	8	309	38	9	13	38	1.78
340181--340271	36	2.5	36	87	3	121	23	16	30	29	1.96
349962--350146	60	3.1	59	77	9	167	28	30	13	27	1.94
353614--353651	15	2.6	15	83	4	51	39	2	15	42	1.61
364509--364730	36	6.3	36	85	3	285	33	5	14	46	1.68
364665--364744	35	2.3	35	84	4	99	41	6	11	41	1.66
365918--366244	179	1.8	180	88	2	505	37	13	14	35	1.84
371105--371347	36	6.9	36	76	6	194	32	6	13	42	1.71
371230--371347	35	3.3	35	84	3	148	35	7	15	41	1.75
371151--371348	106	1.9	107	79	3	229	32	7	14	41	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
372077--372107	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
377693--377732	20	2.0	21	85	5	55	40	22	10	27	1.86
382389--382552	77	2.1	77	90	0	265	38	10	13	37	1.79
392189--392302	59	1.9	59	85	3	158	41	11	9	37	1.74
392987--393242	28	9.0	29	84	3	315	36	13	13	37	1.84
395197--395475	28	9.8	28	82	5	326	38	12	14	34	1.84
395193--395475	57	4.9	57	82	5	329	38	12	14	34	1.84
398696--398823	29	4.4	28	85	9	168	37	7	14	41	1.72
398693--398823	59	2.3	57	86	5	183	38	7	13	40	1.74
398949--399169	29	7.6	29	84	6	259	37	12	14	35	1.84
401776--401815	21	1.9	21	84	0	53	12	7	0	80	0.91
404698--404785	29	3.0	29	90	3	133	39	12	13	34	1.83
417418--417466	22	2.2	23	85	10	66	30	2	0	67	1.02
418334--418372	19	2.0	19	85	5	51	58	0	0	41	0.98
423500--423575	35	2.2	35	85	0	98	18	35	17	28	1.93
424566--424636	26	2.7	26	95	2	124	28	5	25	40	1.78
426393--426435	20	2.1	21	87	12	63	44	11	4	39	1.62
431361--431406	21	2.2	20	82	14	58	69	4	26	0	1.07
435648--435684	17	2.2	17	90	0	56	37	13	18	29	1.90
445750--445800	21	2.5	21	81	9	52	31	1	7	58	1.37
448205--448251	16	2.8	16	80	6	58	76	6	6	10	1.15
453092--453128	17	2.2	16	90	4	56	21	29	16	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
477968--478026	29	2.0	29	100	0	118	67	8	3	20	1.31
477968--478037	29	2.4	29	92	0	104	67	8	2	21	1.31
480597--480706	56	2.0	56	88	0	166	27	11	23	37	1.90
480926--480975	25	2.0	25	100	0	100	20	24	12	44	1.85
486398--486610	80	2.7	80	94	1	356	30	9	25	33	1.88
495924--495967	22	2.0	22	90	0	70	27	9	36	27	1.87
495946--496076	31	4.2	30	74	5	111	32	10	23	32	1.89
496140--496238	40	2.5	40	81	6	112	25	14	23	37	1.92
497452--497495	22	2.1	21	84	12	56	15	0	9	75	1.05
508841--508883	22	2.0	20	83	16	52	23	6	25	44	1.78
512371--512507	28	4.9	29	82	8	158	40	8	11	38	1.73
512374--512520	57	2.6	57	83	9	176	40	7	12	39	1.71
512381--512522	28	5.0	27	79	13	144	41	7	11	39	1.70
513653--513684	15	2.1	15	94	0	55	46	0	0	53	1.00
530331--530472	35	4.0	35	75	1	131	37	4	16	41	1.70
530310--530458	35	4.2	35	74	7	115	36	4	16	42	1.69
537913--538204	145	2.0	143	80	3	327	41	7	10	40	1.68
544722--544916	73	2.7	73	76	7	207	21	20	19	39	1.93
548612--548653	17	2.5	17	96	0	75	40	19	7	33	1.78
565331--565387	29	2.0	29	85	0	78	26	8	15	49	1.74
567001--567028	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
591567--591733	30	5.8	29	86	7	198	41	8	10	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
591570--591756	30	6.4	30	80	6	197	41	8	9	41	1.67
591570--591756	58	3.2	58	82	6	191	41	8	9	41	1.67
595537--595572	18	2.0	18	88	0	54	33	33	5	27	1.80
597995--598251	35	7.3	35	82	5	261	44	10	7	38	1.66
597996--598244	71	3.6	69	83	5	297	44	10	7	38	1.67
597982--598251	142	1.9	138	87	4	398	43	10	7	38	1.66
598526--598556	15	2.0	16	93	6	55	25	29	6	38	1.81
598872--598911	14	2.9	15	78	14	50	47	0	0	52	1.00
599372--599408	16	2.4	16	95	4	67	13	29	32	24	1.93
616817--616861	22	2.0	23	86	4	65	40	0	8	51	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11