genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397271.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_89.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4184555

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6--2101	171	12.3	169	78	6	1744	38	14	13	33	1.84
1--7120	342	20.7	338	71	11	3117	38	13	13	34	1.83
1--7120	513	13.8	508	71	10	3593	38	13	13	34	1.83
2118--3452	171	7.8	170	80	5	1302	38	12	13	34	1.83
3519--7120	171	21.1	169	76	6	2576	38	13	13	34	1.83
6872--7401	289	1.8	288	80	4	638	39	13	12	34	1.82
7162--8255	171	6.4	167	77	6	906	38	13	13	34	1.84
7160--8255	341	3.2	339	78	5	998	38	13	13	34	1.84
9512--11687	172	12.7	170	78	5	1700	39	12	12	35	1.81
9512--11684	513	4.2	512	80	4	2138	39	12	12	35	1.81
9512--11687	341	6.4	341	78	6	1938	39	12	12	35	1.81
9512--11687	683	3.2	679	80	4	2152	39	12	12	35	1.81
12159--13267	170	6.5	170	76	5	922	39	12	13	34	1.82
12159--13267	340	3.3	337	82	5	1399	39	12	13	34	1.82
12978--13568	301	2.0	300	83	4	744	41	11	14	32	1.81
13278--15224	171	11.4	170	77	6	1663	39	12	13	34	1.82
12808--13739	472	2.0	470	85	3	1286	40	12	14	33	1.83
13278--15224	342	5.7	341	81	4	1935	39	12	13	34	1.82
15364--15807	167	2.6	169	77	8	472	39	12	14	33	1.85
16075--16627	169	3.2	170	75	6	451	39	11	13	32	1.81
17965--19400	171	8.5	170	77	7	1253	39	12	12	34	1.81
27849--34592	171	39.5	170	78	5	5432	34	13	13	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36023--36047	13	1.9	13	100	0	50	40	24	0	36	1.55
38035--42230	171	24.6	172	77	5	3337	38	12	13	34	1.83
44045--44368	170	1.9	170	82	3	411	36	12	12	35	1.81
44735--45954	171	7.2	170	78	5	1036	38	13	13	35	1.84
44734--49057	342	12.4	341	74	8	3103	38	13	13	33	1.84
45953--45979	7	3.9	7	100	0	54	44	40	0	14	1.46
45999--46630	170	3.7	170	80	5	661	38	12	14	33	1.84
46667--46709	7	6.0	7	86	2	59	41	39	0	18	1.51
46713--49057	170	13.6	169	77	7	1955	38	13	13	33	1.85
47381--47409	14	2.0	15	93	6	51	44	41	0	13	1.44
47413--49057	171	9.6	170	80	4	1632	38	13	14	33	1.85
50325--51440	171	6.5	170	80	4	1070	37	13	13	35	1.84
50333--51440	343	3.2	340	79	6	1159	37	13	13	35	1.84
51489--51844	172	2.1	171	85	4	475	39	14	14	32	1.86
52834--52876	7	6.0	7	86	2	50	39	39	2	18	1.64
54654--55194	170	3.2	171	78	5	452	39	13	13	33	1.84
59380--61907	171	14.8	171	78	5	2259	35	13	12	38	1.82
59371--61881	684	3.7	682	79	5	2534	35	13	12	38	1.82
61606--62214	308	2.0	298	81	5	713	33	12	12	41	1.81
61904--63171	170	7.4	171	75	7	966	34	12	12	39	1.81
78178--78613	172	2.6	169	80	5	484	33	14	12	39	1.84
81430--81891	172	2.7	172	80	3	511	34	15	12	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81992--82594	169	3.5	166	77	7	487	33	13	13	40	1.83
82624--85953	171	19.5	170	77	5	2559	35	13	12	38	1.83
82753--85794	509	5.9	510	81	4	2860	34	13	12	38	1.84
85512--85552	21	2.0	21	85	9	57	29	12	12	46	1.77
86419--87681	170	7.5	170	75	7	931	34	13	12	38	1.83
87550--87771	122	1.8	122	82	3	286	35	16	16	31	1.91
87549--87803	122	2.1	122	80	4	282	35	15	15	33	1.89
88784--97365	341	25.3	341	76	7	5442	38	12	13	34	1.83
88784--97494	171	51.3	169	75	7	5460	38	12	13	34	1.83
88821--97365	512	16.8	505	75	7	5691	38	12	13	34	1.83
98155--103688	171	32.5	170	76	6	4039	34	13	13	39	1.83
101712--101750	21	1.9	20	84	5	51	41	17	12	28	1.87
103738--104217	171	2.8	170	80	3	543	35	13	12	37	1.83
104694--105939	172	7.3	167	74	8	666	38	11	13	36	1.81
105129--105172	21	2.0	22	86	4	63	52	4	2	40	1.34
104784--105592	170	4.8	170	75	7	497	39	9	13	37	1.77
104318--105947	171	9.5	168	74	7	1072	38	11	13	35	1.81
106414--106454	21	1.9	22	85	5	57	34	19	24	21	1.97
116527--120407	171	22.6	166	71	12	1018	38	13	13	34	1.84
116527--124314	341	22.9	341	72	10	2315	38	13	13	34	1.84
117607--117655	22	2.2	22	100	0	98	38	10	22	28	1.87
117436--117824	193	2.0	192	87	0	562	37	11	15	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116534--119012	705	3.6	693	76	8	1899	38	12	13	34	1.83
116610--119335	705	4.0	677	77	7	1704	38	13	13	34	1.84
117918--124314	170	37.7	169	76	6	4255	38	13	13	34	1.84
124200--124424	114	2.0	114	84	3	292	37	10	18	33	1.85
124317--127163	171	16.9	167	74	10	1672	38	13	13	33	1.85
125928--125967	17	2.4	17	100	0	80	35	10	7	47	1.65
125949--127121	168	7.1	168	73	11	844	38	14	13	33	1.85
126287--126602	160	2.0	158	84	3	411	37	13	12	35	1.84
126616--127121	166	3.0	166	80	5	525	38	15	14	32	1.87
126197--127099	487	1.9	479	80	7	1063	39	14	13	32	1.84
127161--129690	171	14.9	169	76	6	1962	38	13	14	33	1.85
127194--130094	505	5.7	501	75	8	2007	38	14	14	33	1.86
127213--130094	342	8.5	341	75	7	2132	38	14	14	33	1.86
129761--130084	170	1.9	168	82	4	409	37	15	13	32	1.87
132951--132983	15	2.1	16	94	5	59	51	12	12	24	1.73
140117--140978	171	5.1	170	78	3	847	36	14	15	33	1.88
140118--141000	341	2.6	340	79	4	900	35	14	15	34	1.88
141110--144259	170	18.5	171	76	5	2156	39	13	13	33	1.83
141110--148943	340	23.3	340	74	7	4979	38	13	13	33	1.84
144250--148277	170	23.8	170	77	6	3068	38	14	13	33	1.85
144897--145285	162	2.3	162	83	4	438	38	13	12	35	1.83
145059--148277	171	19.0	169	76	7	2465	38	14	13	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147604--147645	20	2.2	20	82	4	50	54	7	7	30	1.54
146933--148284	169	7.9	167	76	7	1025	38	14	13	33	1.85
148365--148943	173	3.4	169	77	8	548	37	13	13	34	1.85
149713--152786	169	18.2	171	75	6	2104	37	12	14	35	1.84
149713--152786	340	9.1	339	76	8	1796	37	12	14	35	1.84
157737--162860	170	30.3	169	76	7	3635	37	13	14	34	1.85
157737--162873	341	15.2	338	75	7	3810	37	13	14	34	1.85
164671--170104	170	32.4	169	71	9	2333	38	13	13	34	1.85
164671--170047	341	16.0	333	73	10	2483	38	13	13	34	1.85
165986--166307	163	2.0	163	79	1	349	38	13	12	36	1.82
166567--170311	170	22.0	169	76	7	2742	38	13	13	34	1.85
170081--170128	23	2.1	23	92	0	78	31	12	12	43	1.80
169911--170284	185	2.0	191	84	7	496	37	13	12	35	1.83
171005--172272	169	7.5	167	76	9	715	37	14	14	34	1.86
170759--176593	170	34.6	170	72	10	2452	38	13	14	34	1.85
172307--176593	342	12.7	339	75	7	2652	38	13	13	34	1.85
176670--177296	170	3.7	169	80	4	519	40	12	12	34	1.82
177909--178176	147	1.8	149	82	4	355	36	14	14	33	1.88
178056--178477	230	1.8	226	83	4	551	36	13	14	35	1.85
178261--179503	170	7.3	167	74	7	899	37	12	14	35	1.84
178277--179549	341	3.7	337	74	8	1013	37	12	14	35	1.84
179585--180171	170	3.5	169	79	7	566	37	13	14	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178966--180616	647	2.5	648	84	3	1993	38	12	14	34	1.84
180515--180719	103	2.0	103	85	1	277	45	9	13	31	1.75
180633--183099	169	14.6	168	76	6	1666	38	14	13	33	1.85
180628--183023	508	4.7	502	77	7	1986	38	14	13	33	1.85
180634--183100	677	3.6	668	78	6	2156	38	14	13	33	1.85
182796--183099	166	1.8	168	83	6	413	42	13	11	32	1.80
183271--183388	35	3.4	35	85	2	166	27	12	27	32	1.93
183683--184099	172	2.4	174	80	7	472	35	13	14	37	1.85
183684--184609	173	5.4	171	73	11	522	33	13	13	38	1.85
184480--184753	142	1.9	144	86	3	392	34	9	12	43	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11