genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397272.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_12.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3572271

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--2160	171	12.7	170	77	7	1777	38	12	14	35	1.83
2164--5053	171	16.9	169	76	7	2245	38	12	13	35	1.82
28--5053	513	9.9	507	76	8	3690	38	12	13	35	1.83
9489--9536	19	2.6	19	90	3	71	41	4	0	54	1.20
14885--14921	19	1.9	19	88	0	56	48	0	2	48	1.15
15197--15221	13	1.9	13	100	0	50	32	8	12	48	1.69
21669--21751	30	2.8	30	81	3	87	46	2	25	25	1.64
24241--24288	25	1.9	25	86	0	69	20	12	37	29	1.90
28677--28718	18	2.4	17	80	11	50	61	0	0	38	0.96
28677--28725	20	2.6	19	83	6	55	57	2	0	40	1.10
37041--37078	16	2.3	17	86	13	53	21	26	0	52	1.47
41446--41549	52	2.0	51	90	1	163	32	10	22	34	1.88
54489--54532	21	2.2	20	88	12	63	22	6	4	65	1.35
54489--54532	10	4.3	10	82	5	52	22	6	4	65	1.35
59242--59284	19	2.3	19	96	4	79	51	0	4	44	1.22
68650--68803	68	2.3	67	83	5	184	27	24	19	29	1.98
72484--72528	23	2.0	23	82	8	56	40	6	2	51	1.41
73491--73558	34	2.0	34	91	5	111	20	19	20	39	1.92
76764--76791	13	2.2	13	100	0	56	14	14	39	32	1.86
90222--90312	44	2.1	44	87	0	128	25	16	18	39	1.91
90897--91111	68	3.1	69	78	7	174	26	20	24	27	1.99
90936--91111	68	2.6	68	81	5	203	28	20	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90937--91182	68	3.6	67	78	7	187	28	21	23	26	1.99
102925--102962	17	2.4	16	87	12	60	55	13	0	31	1.38
107132--107181	21	2.3	22	79	3	57	0	44	0	56	0.99
107143--107184	21	2.0	21	86	9	59	0	42	0	57	0.99
107995--108243	35	7.1	35	83	3	279	44	14	6	34	1.71
107995--108243	71	3.6	71	85	3	328	44	14	6	34	1.71
107995--108247	106	2.4	107	84	3	318	44	14	6	34	1.71
112149--112296	69	2.0	69	83	8	179	37	13	8	40	1.76
118640--118697	21	2.8	20	77	12	55	1	37	0	60	1.07
119518--119877	35	10.3	35	81	6	347	45	14	6	33	1.71
119518--119877	71	5.2	70	78	10	362	45	14	6	33	1.71
119498--119877	106	3.6	106	84	5	418	44	14	6	34	1.71
137889--139511	171	9.5	170	75	6	1086	35	13	13	36	1.83
137889--139512	341	4.8	339	76	6	1311	35	13	12	36	1.83
140059--144241	171	24.4	170	78	6	3420	35	13	13	38	1.83
140059--152269	341	35.5	343	73	10	6401	35	13	12	38	1.83
143561--143611	20	2.5	20	87	3	66	43	7	13	35	1.73
143578--144265	170	4.0	170	77	5	417	33	13	14	38	1.85
144169--144386	121	1.8	121	81	4	278	36	11	11	40	1.78
143806--144727	462	2.0	462	79	5	1006	34	13	13	38	1.83
144725--144763	20	1.9	19	85	10	51	46	15	12	25	1.81
144268--152269	171	47.1	169	77	7	5817	35	13	12	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155397--155457	31	1.9	32	86	3	88	24	9	4	60	1.48
159885--159910	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
166941--167032	39	2.4	39	88	0	139	13	17	18	51	1.77
171658--171754	36	2.7	36	95	0	167	45	15	8	30	1.75
173984--174055	34	2.1	34	100	0	144	30	18	13	37	1.89
185983--186552	47	12.3	47	75	11	408	28	16	29	26	1.97
186028--186545	139	3.7	138	79	4	578	27	16	29	26	1.96
186000--186554	92	6.0	94	77	10	493	28	16	29	26	1.97
186176--186252	23	3.3	23	70	3	73	27	18	31	23	1.97
187235--187355	63	1.9	63	84	0	161	34	15	26	23	1.95
191354--191387	2	17.0	2	87	0	50	47	2	2	47	1.32
197333--197357	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
215928--215989	3	22.0	3	80	12	62	29	0	0	70	0.87
215931--215995	10	6.1	10	80	18	69	26	1	0	72	0.94
216232--216441	10	21.1	10	66	20	86	1	27	1	69	1.08
216237--216440	17	10.5	18	65	24	60	1	27	1	69	1.08
216238--216442	7	31.4	7	67	23	85	1	27	1	68	1.08
216386--216441	11	5.3	11	75	16	64	0	30	0	69	0.89
216321--216428	57	1.9	56	81	5	128	0	29	2	66	1.12
216264--216442	99	1.8	98	91	1	295	1	28	2	67	1.12
216277--216438	42	4.1	40	70	18	117	1	27	1	69	1.07
216287--216442	32	4.8	32	74	17	117	1	28	1	67	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216846--216879	17	2.0	17	100	0	68	41	11	23	23	1.87
217018--217049	7	4.7	7	96	3	57	0	0	9	90	0.45
217210--217392	58	3.1	59	80	7	201	33	17	14	34	1.91
217240--217392	60	2.6	59	82	8	170	34	18	14	32	1.91
217349--217434	39	2.2	39	89	0	127	36	18	13	31	1.90
218417--218458	20	2.0	21	86	4	59	30	0	9	59	1.29
233599--233675	37	2.1	37	92	0	127	40	22	25	11	1.88
234950--234998	11	4.5	11	82	10	64	61	0	18	20	1.35
234952--234992	6	7.3	6	84	13	52	65	0	17	17	1.27
234952--234994	5	8.0	5	82	10	50	62	0	18	18	1.32
238909--238987	29	2.7	29	90	3	115	49	6	11	32	1.64
244175--244209	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
244858--244913	29	1.9	29	85	7	78	51	0	5	42	1.24
244875--244942	22	3.0	22	77	12	59	50	1	4	44	1.31
247875--247904	13	2.2	14	94	5	53	23	0	0	76	0.78
254555--255041	236	2.1	237	96	1	906	30	14	11	43	1.80
257580--257668	9	9.4	9	74	13	65	22	7	0	69	1.14
262169--262290	60	2.0	60	84	3	156	32	10	11	45	1.75
265455--265492	19	2.1	19	85	5	51	52	5	5	36	1.47
267500--267615	16	8.2	14	69	20	73	54	1	1	42	1.21
267489--267628	42	3.4	42	93	4	223	55	1	1	42	1.17
267445--267628	84	2.2	83	80	10	205	55	1	1	41	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274906--274993	29	3.0	29	96	0	158	44	17	20	18	1.87
282909--282938	6	5.0	6	100	0	60	33	33	0	33	1.58
284550--284680	23	5.9	22	81	7	140	31	15	20	32	1.94
284562--284682	45	2.7	44	84	2	152	31	14	19	33	1.93
288346--288386	15	2.9	14	85	7	57	80	2	14	2	0.92
288668--288974	76	4.0	76	81	2	339	25	17	25	31	1.97
293180--293284	31	3.4	31	81	2	113	37	18	11	33	1.86
298993--299164	87	2.0	87	84	2	229	33	25	13	27	1.94
299728--299832	23	4.6	22	83	4	111	22	32	14	30	1.94
299972--300139	23	7.4	23	70	15	89	22	28	12	36	1.91
300194--300251	23	2.5	23	100	0	116	22	32	15	29	1.95
310533--310600	30	2.3	30	92	5	111	35	0	2	61	1.11
312861--312983	38	3.1	38	64	13	104	43	12	7	37	1.70
312882--313009	42	3.1	42	64	13	104	37	13	7	41	1.73
312861--313096	80	2.9	80	89	3	332	40	11	7	40	1.70
334433--334555	38	3.1	38	63	13	95	42	13	7	37	1.71
337585--337627	19	2.3	19	83	0	50	32	4	16	46	1.67
340793--340834	13	3.1	14	83	10	52	28	0	0	71	0.86
341241--341280	20	1.9	22	90	10	66	30	0	7	62	1.23
342215--342246	15	2.1	15	94	0	55	68	0	0	31	0.90
342331--342401	25	2.7	26	75	14	67	64	0	7	28	1.19
342398--342568	51	3.1	54	69	18	145	60	0	5	33	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
342441--342513	22	3.3	23	76	16	75	69	0	1	28	0.96
342441--342518	15	5.6	13	70	20	52	70	0	1	28	0.95
342363--342590	112	2.0	114	93	1	397	61	0	5	32	1.18
354118--354149	7	4.6	7	92	0	55	46	12	9	31	1.73
357719--357750	15	2.1	15	100	0	64	34	0	6	59	1.23
357966--357999	18	1.9	17	93	0	50	8	14	14	61	1.55
363396--363429	16	2.1	17	88	5	52	14	2	26	55	1.53
365283--365314	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
366926--366985	20	3.1	19	90	7	68	53	3	5	38	1.39
366937--366985	20	2.5	20	100	0	98	55	4	4	36	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9