genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397272.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_12.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3572271

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  7  of  9  ( 1018 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2442194--2442258	33	1.9	34	81	9	80	21	6	30	41	1.77
2444011--2444058	21	2.2	22	81	3	53	43	29	6	20	1.76
2445017--2445055	18	2.2	18	95	0	69	33	7	0	58	1.26
2445300--2445324	13	1.9	13	100	0	50	56	4	16	24	1.57
2445831--2445890	25	2.5	23	77	22	61	40	1	0	58	1.08
2446426--2446479	16	3.3	16	75	14	56	20	1	0	77	0.86
2446427--2446481	19	2.9	19	77	20	69	20	3	0	76	0.94
2459166--2459193	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2463788--2463853	35	1.9	34	90	3	105	12	19	16	51	1.75
2464416--2464467	27	2.0	26	81	11	61	69	15	9	5	1.35
2464994--2465033	20	2.0	20	85	0	53	47	27	7	17	1.74
2467443--2467478	18	1.9	19	88	5	56	8	11	11	69	1.37
2468499--2468532	6	5.7	6	96	0	59	2	35	11	50	1.54
2473791--2473953	55	3.0	55	89	0	245	26	9	28	35	1.87
2482775--2482888	29	3.9	29	77	6	115	20	28	8	42	1.81
2493006--2493061	15	3.5	17	72	22	59	78	0	7	14	0.95
2493006--2493074	17	4.4	16	72	18	56	78	0	5	15	0.94
2493006--2493074	23	3.0	23	72	21	63	78	0	5	15	0.94
2495731--2495765	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2496660--2496720	29	2.1	29	84	0	77	18	27	8	45	1.77
2496675--2496764	29	3.1	29	83	1	119	15	25	11	47	1.78
2498696--2498738	9	4.9	9	91	5	70	86	0	0	13	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2498696--2498738	8	5.0	8	91	8	59	86	0	0	13	0.58
2498696--2498738	17	2.5	17	92	3	68	86	0	0	13	0.58
2499285--2499324	19	2.2	18	86	13	55	67	2	0	30	1.04
2500839--2500921	22	3.5	24	75	14	75	48	0	2	49	1.14
2500843--2500891	8	6.0	8	80	4	62	55	0	2	42	1.11
2500847--2500929	16	5.3	15	76	16	71	46	0	2	50	1.14
2500936--2500971	16	2.2	17	90	5	56	83	0	2	13	0.76
2501186--2501242	26	2.2	24	87	9	78	52	0	1	45	1.11
2501191--2501264	26	2.9	26	76	11	73	54	1	1	43	1.17
2501269--2501325	26	2.3	26	87	6	73	52	0	0	47	1.00
2513294--2513347	19	3.0	18	82	15	67	61	0	0	38	0.96
2513296--2513358	21	2.9	22	71	17	60	61	0	0	38	0.96
2514120--2514263	23	5.7	24	68	19	89	46	0	0	52	1.10
2514202--2514258	28	2.0	30	86	13	84	47	1	1	49	1.22
2514198--2514266	28	2.5	26	74	19	61	44	1	1	52	1.19
2514560--2514601	21	2.0	21	90	0	66	47	19	4	28	1.69
2525817--2525863	23	2.0	23	87	0	67	59	8	10	21	1.57
2526558--2527084	264	2.0	264	89	0	813	31	13	16	37	1.88
2530322--2530405	40	2.1	41	78	10	93	33	4	20	41	1.73
2538725--2538766	19	2.2	19	83	8	50	38	0	9	52	1.34
2557714--2557760	2	23.5	2	86	0	67	44	6	48	0	1.28
2557721--2557760	16	2.5	16	100	0	80	45	5	50	0	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2562469--2562500	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
2576952--2577051	41	2.4	41	89	0	164	38	19	17	26	1.93
2588072--2588096	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
2596646--2596707	31	2.1	30	90	6	99	72	6	9	11	1.27
2597646--2597688	21	2.1	21	86	4	61	58	20	9	11	1.61
2598294--2598334	11	3.6	11	84	15	57	82	7	0	9	0.83
2598294--2598339	22	2.1	22	95	0	83	80	6	0	13	0.89
2598943--2599060	53	2.2	54	95	1	211	24	11	28	34	1.91
2599187--2599232	21	2.2	21	84	0	56	30	10	19	39	1.86
2600022--2600046	13	1.9	13	100	0	50	52	8	8	32	1.60
2600579--2600644	31	2.2	29	82	10	80	45	7	13	33	1.72
2600590--2600688	28	3.4	31	76	16	102	40	10	8	41	1.68
2600568--2600689	59	2.1	57	80	6	138	40	9	9	40	1.70
2603945--2604006	22	2.8	22	80	0	70	43	25	8	22	1.80
2603964--2604154	22	8.6	22	70	8	82	46	21	7	24	1.76
2604078--2604230	45	3.4	45	79	8	136	44	26	8	20	1.80
2603951--2604192	67	3.6	66	70	9	159	45	23	7	23	1.79
2604211--2604343	22	6.0	22	71	3	86	44	16	12	26	1.84
2604324--2604399	22	3.5	22	78	7	91	40	23	11	23	1.88
2604309--2604395	22	3.9	23	74	7	63	41	22	12	22	1.88
2604815--2604858	16	2.8	16	92	0	70	40	6	9	43	1.63
2606008--2606048	4	10.2	4	100	0	82	48	26	0	24	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2608263--2608326	30	2.1	30	91	0	101	37	3	0	59	1.13
2608553--2608638	30	2.9	29	83	8	104	60	0	0	39	0.97
2608555--2608617	24	2.7	23	80	17	69	58	0	0	41	0.98
2620474--2620516	15	2.9	15	85	0	50	27	58	0	13	1.37
2623067--2623132	30	2.2	29	76	10	71	56	0	0	43	0.99
2628183--2628217	4	8.8	4	93	0	61	28	0	22	48	1.51
2642026--2642071	19	2.4	19	96	0	83	30	30	19	19	1.97
2643000--2643089	45	2.0	45	93	0	153	20	12	24	43	1.85
2650942--2651091	45	3.3	45	81	0	165	35	16	14	33	1.90
2651176--2651238	29	2.2	29	85	0	81	42	14	11	31	1.80
2657782--2657831	22	2.3	22	83	13	59	20	4	16	60	1.52
2658074--2658123	22	2.3	22	89	6	75	60	6	4	30	1.39
2658085--2658131	10	4.5	10	79	10	58	59	4	6	29	1.41
2659976--2660000	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2680071--2680100	14	2.2	13	94	5	51	56	16	0	26	1.40
2680090--2680122	15	2.1	17	88	11	52	75	3	0	21	0.93
2682141--2682182	18	2.3	19	84	8	52	19	7	4	69	1.31
2682458--2682542	44	1.9	45	87	2	127	41	5	7	45	1.55
2682794--2682835	22	1.9	22	85	9	59	40	0	7	52	1.29
2682957--2683005	23	2.1	23	84	0	62	46	2	0	51	1.12
2692555--2692596	13	3.2	13	83	6	57	57	2	0	40	1.12
2692553--2692596	12	3.4	12	80	17	52	59	2	0	38	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2704893--2704966	23	3.2	23	84	3	96	18	25	14	40	1.89
2707125--2707249	37	3.4	37	78	6	137	23	9	27	40	1.85
2707754--2707849	44	2.2	44	100	0	192	32	15	22	29	1.95
2716701--2716740	13	2.8	15	78	21	50	0	25	7	67	1.16
2726567--2726596	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2731399--2731471	27	2.5	29	84	8	96	52	21	1	24	1.55
2734922--2734985	34	2.0	33	85	11	89	40	1	34	23	1.64
2755908--2755933	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2758382--2758421	16	2.4	16	83	4	53	52	2	0	45	1.14
2758382--2758416	17	2.1	16	89	5	52	48	0	0	51	1.00
2763161--2763187	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2767604--2767635	14	2.3	14	94	0	55	65	3	0	31	1.08
2767728--2768163	48	9.1	48	72	8	352	30	9	16	43	1.80
2767728--2768128	144	2.8	143	85	2	502	30	9	15	43	1.79
2768367--2768393	14	1.9	14	100	0	54	66	7	3	22	1.33
2770135--2770171	14	2.8	13	88	8	56	59	8	0	32	1.27
2772234--2772266	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2783929--2783962	17	2.1	16	88	5	50	35	0	0	64	0.94
2783933--2783998	24	2.8	23	78	13	64	39	1	0	59	1.07
2784414--2784456	17	2.6	17	77	3	52	53	0	0	46	1.00
2785380--2785462	29	2.8	30	82	12	102	38	0	0	61	0.96
2785400--2785449	25	2.1	22	85	10	64	38	0	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2785437--2785478	15	2.6	16	81	11	50	45	0	0	54	0.99
2785451--2785485	15	2.3	15	90	0	52	42	0	0	57	0.99
2785560--2785610	23	2.3	22	86	3	66	35	3	5	54	1.43
2785655--2785744	31	3.1	28	74	13	83	60	0	2	37	1.09
2785665--2785746	29	2.7	30	78	10	87	60	0	2	36	1.10
2786365--2786407	23	2.0	23	86	9	63	11	4	16	67	1.38
2788777--2788814	14	2.7	14	92	8	60	47	7	7	36	1.62
2804783--2804823	21	2.0	21	100	0	82	43	19	12	24	1.85
2834114--2834170	29	2.0	29	100	0	114	35	3	24	36	1.73
2839000--2839024	12	2.1	12	100	0	50	68	16	8	8	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9