genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397272.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_12.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3572271

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  6  of  9  ( 1018 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2113121--2113147	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2115195--2115237	14	2.9	14	86	6	50	72	4	0	23	1.04
2115419--2115483	28	2.5	27	83	11	82	72	3	21	3	1.12
2118712--2118739	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
2120265--2120299	2	17.5	2	100	0	70	48	0	51	0	1.00
2141138--2141186	18	2.5	20	81	15	59	65	2	0	32	1.04
2141687--2141716	15	1.9	16	93	6	53	33	6	0	60	1.23
2148656--2148693	20	1.9	20	88	0	58	68	0	0	31	0.90
2148710--2148742	16	2.1	17	88	11	52	33	0	12	54	1.37
2148702--2149832	357	3.3	336	76	12	871	44	6	7	41	1.59
2150285--2150392	35	3.1	35	80	0	126	25	7	14	52	1.67
2154734--2154764	6	5.2	6	100	0	62	80	0	0	19	0.71
2175632--2175665	6	5.7	6	100	0	68	0	35	17	47	1.48
2176085--2176123	20	2.0	20	89	0	60	38	7	5	48	1.54
2183633--2183671	20	2.0	20	85	10	53	53	0	2	43	1.14
2184190--2184320	42	3.2	41	75	8	133	36	12	9	41	1.74
2184190--2184338	80	1.9	80	86	0	217	32	13	9	44	1.76
2185761--2185810	26	1.9	26	91	0	82	24	14	22	40	1.90
2192405--2192429	3	8.3	3	100	0	50	32	0	32	36	1.58
2192848--2192886	2	20.0	2	86	5	53	53	2	43	0	1.14
2192851--2192887	19	1.9	19	94	0	65	56	2	40	0	1.13
2193340--2193376	16	2.3	16	90	0	56	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2193555--2193607	19	2.8	17	81	18	52	43	13	0	43	1.43
2205570--2205602	16	2.0	17	88	5	50	48	12	6	33	1.65
2210589--2210803	85	2.5	85	87	1	315	40	2	14	42	1.59
2213875--2213990	60	1.9	60	87	3	171	26	17	15	40	1.89
2218750--2218789	21	1.9	21	90	10	64	67	5	0	27	1.11
2222730--2223046	169	1.9	165	86	3	447	39	2	14	43	1.58
2222730--2223046	85	3.8	85	85	2	410	39	2	14	43	1.58
2225671--2225727	25	2.3	25	84	0	78	38	1	8	50	1.44
2231445--2231477	17	1.9	17	93	0	57	27	15	0	57	1.38
2236214--2236262	15	3.3	15	79	0	53	18	2	2	77	0.96
2238670--2238724	27	2.0	25	80	19	58	49	0	12	38	1.41
2244698--2244739	21	2.0	21	85	0	57	47	7	4	40	1.52
2263409--2263439	16	1.9	16	100	0	62	38	16	25	19	1.92
2268431--2268500	35	2.0	35	100	0	140	45	17	14	22	1.84
2273920--2273962	17	2.4	18	84	7	52	46	4	0	48	1.22
2278677--2278701	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
2289999--2290136	71	1.9	71	85	5	190	41	9	1	47	1.45
2290183--2290369	37	5.1	37	96	0	347	53	16	1	29	1.50
2289467--2290329	429	2.0	426	83	5	1091	41	12	2	44	1.55
2301981--2302048	13	5.1	13	79	13	84	29	33	4	32	1.77
2301981--2302048	27	2.6	25	80	15	82	29	33	4	32	1.77
2302099--2302152	26	2.0	26	85	3	72	14	22	35	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2310736--2310877	28	4.9	28	77	12	133	41	8	11	38	1.71
2310739--2310866	59	2.2	58	84	6	161	39	8	10	41	1.70
2311018--2311050	17	1.9	17	88	11	50	45	3	9	42	1.51
2313801--2313841	15	2.7	15	80	0	55	46	4	0	48	1.23
2314081--2314112	3	10.7	3	93	0	55	62	0	3	34	1.11
2314215--2314370	40	3.9	40	77	3	152	12	34	7	45	1.70
2314211--2314363	81	1.9	80	86	6	220	11	35	5	46	1.65
2317389--2317498	40	2.7	41	77	2	114	21	4	14	59	1.53
2318119--2318214	49	2.0	49	83	4	122	36	33	7	22	1.82
2323806--2323843	20	1.9	20	88	0	58	26	15	18	39	1.91
2325303--2325356	15	3.6	15	89	0	81	37	3	22	37	1.72
2325293--2325359	30	2.2	31	89	2	100	38	7	19	34	1.80
2325544--2325684	21	6.4	21	67	24	67	34	2	0	63	1.07
2325541--2325921	54	7.0	51	70	22	221	34	1	0	63	1.07
2325558--2325624	6	11.0	6	73	20	50	31	0	0	68	0.90
2325591--2325924	64	5.4	61	71	19	173	33	1	0	64	1.07
2325537--2325886	112	3.1	113	94	4	627	34	2	0	63	1.09
2325674--2325748	6	12.0	6	72	13	53	29	0	0	70	0.87
2325785--2326065	5	54.4	5	65	17	60	30	1	0	67	1.06
2325766--2326079	44	6.9	47	69	20	140	31	1	0	65	1.10
2325557--2325924	33	11.4	32	68	19	130	33	1	0	64	1.06
2325557--2325921	9	42.2	9	63	26	91	33	1	0	64	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2325808--2325969	73	2.3	71	81	12	172	32	1	0	66	1.03
2325782--2325963	33	5.6	31	72	22	126	31	1	0	66	1.01
2325547--2326079	20	28.6	19	64	26	102	32	2	0	64	1.09
2325954--2326065	54	2.1	53	84	11	142	27	1	1	68	1.09
2329548--2329587	21	1.9	21	84	0	53	37	22	20	20	1.94
2330064--2330097	14	2.4	14	85	0	50	17	26	20	35	1.95
2330151--2330201	21	2.4	21	80	6	59	17	19	25	37	1.94
2330145--2330186	14	3.0	14	82	0	57	19	16	28	35	1.93
2339526--2339707	66	2.8	66	80	3	188	31	21	9	36	1.87
2351586--2351693	19	5.3	18	71	20	56	49	0	0	49	1.13
2351595--2351648	19	2.7	20	80	11	65	51	0	0	48	1.00
2351869--2351902	15	2.2	16	89	5	52	52	0	0	47	1.00
2352010--2352083	25	2.9	25	72	21	73	47	2	1	48	1.24
2351958--2352047	40	2.2	40	76	9	94	52	5	1	41	1.32
2363927--2363992	18	3.7	18	71	16	57	34	10	25	28	1.89
2364199--2364316	51	2.3	50	84	8	148	33	13	22	29	1.93
2372453--2372673	36	5.8	40	71	19	175	37	17	17	28	1.92
2372410--2372692	76	3.7	76	80	6	299	38	16	15	28	1.90
2372417--2372701	36	7.6	35	69	17	146	38	18	15	27	1.91
2373417--2373523	28	3.6	28	77	11	115	30	14	6	47	1.70
2373876--2374161	81	3.5	81	90	0	446	40	11	8	39	1.72
2374347--2374854	255	2.0	255	90	0	809	37	15	21	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2374785--2374847	29	2.2	29	88	5	92	36	12	26	23	1.91
2374843--2375052	51	4.1	51	77	3	215	37	14	20	27	1.92
2374855--2375074	103	2.1	103	84	0	278	37	15	20	26	1.93
2374848--2375080	51	4.6	49	72	10	164	37	15	20	26	1.92
2380780--2381276	166	3.0	166	90	0	771	38	12	15	33	1.85
2382137--2382220	29	2.9	28	73	7	78	42	10	10	35	1.74
2382374--2382406	17	1.9	17	88	11	50	39	3	15	42	1.62
2384133--2384173	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
2390162--2390233	30	2.4	30	82	8	85	40	9	6	43	1.65
2394801--2394918	59	2.0	59	96	0	218	21	16	22	39	1.91
2395021--2395214	97	2.0	97	100	0	388	18	12	23	45	1.83
2399218--2399242	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2400624--2400849	125	1.8	123	85	4	323	53	4	11	30	1.58
2400816--2401014	69	2.9	69	82	3	238	48	5	17	29	1.68
2406353--2406407	26	2.1	26	86	0	74	65	5	0	29	1.15
2406374--2406420	21	2.2	20	78	14	51	65	6	0	27	1.16
2407289--2407333	23	2.0	23	100	0	90	26	15	26	31	1.96
2407312--2407414	38	2.7	38	100	0	206	20	21	22	35	1.96
2418163--2418220	9	6.7	9	72	21	52	18	12	0	68	1.19
2422519--2422545	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
2422928--2422996	27	2.4	30	79	15	83	59	1	1	37	1.15
2428851--2428878	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2431602--2431660	30	1.9	31	83	10	77	33	8	1	55	1.40
2432601--2432663	15	4.1	15	74	10	56	46	0	4	49	1.23
2432587--2432645	31	2.0	31	83	6	77	49	0	5	45	1.24
2436067--2436319	81	3.1	80	77	5	249	30	14	14	40	1.86
2436277--2436373	50	1.9	50	85	4	133	28	11	15	44	1.81
2436742--2436793	27	1.9	27	84	7	70	48	1	1	48	1.24
2436767--2436806	18	2.1	20	90	9	66	55	0	0	45	0.99
2436737--2436795	27	2.3	25	80	13	66	49	1	1	47	1.21
2436737--2436802	26	2.6	25	79	13	71	46	1	1	50	1.20
2442133--2442189	29	2.0	29	89	0	87	28	19	29	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9