genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397274.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_228.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2969030

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2170983--2171023	22	2.0	21	86	13	59	31	12	0	56	1.36
2172435--2172462	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
2176659--2176708	7	7.1	7	93	0	82	40	28	32	0	1.57
2176830--2176859	14	2.1	15	93	6	53	6	3	10	80	1.01
2187532--2187574	23	1.9	22	85	4	59	48	2	0	48	1.14
2202890--2203207	158	2.0	158	96	1	584	25	16	11	46	1.80
2205785--2205822	19	2.0	19	90	10	60	60	0	0	39	0.97
2205791--2205832	22	1.9	21	85	9	57	61	0	0	38	0.96
2205786--2205829	20	2.3	19	81	14	54	59	0	0	40	0.98
2205832--2205870	20	2.0	20	84	0	51	33	5	0	61	1.18
2205999--2206047	25	2.0	25	84	8	64	48	0	0	51	1.00
2211399--2211607	109	1.9	108	94	2	350	38	9	18	33	1.83
2213047--2213071	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2215801--2215827	6	4.5	6	100	0	54	0	33	14	51	1.43
2217255--2217279	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2233356--2233431	3	25.0	3	77	15	68	68	5	26	0	1.11
2233358--2233403	24	1.9	24	100	0	92	67	6	26	0	1.15
2233361--2233431	30	2.3	30	90	7	108	67	5	26	0	1.12
2233362--2233437	24	3.2	24	85	7	84	65	5	28	0	1.14
2239945--2239988	23	1.9	22	86	9	61	22	4	2	70	1.17
2242755--2243152	199	2.0	199	98	0	769	34	16	12	36	1.86
2243269--2243299	15	2.1	14	94	5	53	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2249696--2249793	44	2.2	44	82	5	110	22	6	29	41	1.78
2249794--2249837	23	1.9	23	90	0	70	20	13	25	40	1.89
2252092--2252148	29	2.0	29	82	0	69	45	12	15	26	1.82
2255828--2256342	275	1.9	274	84	3	685	34	24	11	29	1.90
2257874--2257996	27	4.5	27	78	4	122	38	12	13	36	1.81
2257874--2258009	55	2.5	55	83	5	161	38	13	11	36	1.81
2257906--2258009	27	3.8	28	78	14	110	38	12	10	38	1.78
2262294--2262476	45	4.1	45	83	0	222	31	20	19	28	1.97
2262282--2262476	90	2.2	90	88	0	282	31	20	19	28	1.97
2262460--2262637	29	6.3	29	79	11	183	38	17	14	29	1.90
2262462--2262614	82	1.9	81	85	8	211	38	18	14	28	1.90
2263047--2263090	23	1.9	23	90	0	70	47	9	29	13	1.74
2264614--2264665	23	2.2	24	86	3	70	76	0	11	11	1.01
2264582--2264834	121	2.1	121	83	5	307	63	1	6	28	1.29
2266067--2266110	23	2.0	22	81	4	52	43	0	4	52	1.22
2266186--2266275	45	2.0	45	86	4	128	43	2	2	52	1.26
2267891--2267932	19	2.2	19	87	8	59	69	11	2	16	1.29
2268268--2268346	27	2.9	27	84	5	106	44	3	11	40	1.58
2269878--2269919	21	2.0	21	100	0	84	38	0	19	42	1.51
2272822--2272850	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2273187--2273217	16	2.0	15	93	6	53	70	0	0	29	0.87
2275923--2276005	27	3.1	27	75	6	78	46	3	13	36	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2279030--2279057	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
2280829--2280853	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
2298386--2298441	27	2.1	27	82	0	67	46	14	25	14	1.82
2298597--2298657	27	2.2	28	82	8	81	50	18	19	11	1.76
2302767--2302791	12	2.1	12	100	0	50	76	0	24	0	0.80
2302934--2303020	31	2.7	32	85	5	122	29	25	12	32	1.93
2309120--2309154	2	17.5	2	87	0	52	45	2	2	48	1.32
2311374--2311417	4	11.0	4	85	0	52	43	2	6	47	1.42
2311374--2311417	6	7.3	6	86	0	52	43	2	6	47	1.42
2313565--2313589	5	5.0	5	100	0	50	20	20	0	60	1.37
2316684--2316709	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2317504--2317634	56	2.3	56	79	10	133	32	7	6	52	1.56
2329147--2329185	19	2.0	21	85	10	55	71	0	2	25	0.98
2329145--2329189	17	2.6	16	80	13	54	75	0	2	22	0.91
2335675--2335703	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2336417--2336470	26	2.0	27	89	3	83	48	9	20	22	1.78
2336417--2336477	22	2.5	24	84	12	72	49	9	19	21	1.77
2343200--2343241	19	2.2	20	82	4	50	66	2	2	28	1.16
2343197--2343239	18	2.4	18	81	11	52	69	2	2	25	1.12
2344068--2344126	30	2.0	30	96	0	109	54	10	15	20	1.70
2345847--2345885	20	2.1	19	85	9	53	35	2	10	51	1.50
2345849--2346565	343	2.1	336	82	8	861	44	5	6	42	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2369341--2369413	32	2.4	31	86	6	103	61	4	15	19	1.49
2376222--2376263	19	2.2	19	91	0	66	40	0	0	59	0.97
2377107--2377170	30	2.1	31	91	2	103	39	10	4	45	1.60
2377461--2377516	29	1.9	29	82	13	71	51	5	12	30	1.61
2389563--2389609	20	2.3	21	85	3	60	55	2	2	40	1.24
2390281--2390320	16	2.6	16	84	4	55	37	7	15	40	1.75
2392564--2392624	23	2.6	24	72	25	67	40	4	0	54	1.22
2394401--2394445	9	5.0	9	94	0	81	0	35	0	64	0.94
2394649--2394696	24	2.0	24	83	0	60	6	45	8	39	1.59
2401161--2401379	55	4.0	55	79	2	206	41	12	8	37	1.73
2401161--2401259	28	3.6	28	79	2	110	41	13	6	39	1.69
2401306--2401389	27	3.1	27	84	3	114	44	14	5	35	1.69
2402668--2402734	31	2.2	31	81	10	75	52	4	5	37	1.46
2403628--2403702	23	3.3	23	83	3	71	21	10	29	38	1.87
2403649--2403708	23	2.6	23	86	0	75	26	8	28	36	1.85
2407588--2407664	26	2.9	26	86	1	109	27	10	6	55	1.58
2407979--2408510	23	23.1	23	73	5	268	33	11	21	33	1.90
2407989--2408510	69	7.6	69	75	3	332	33	12	21	32	1.90
2407979--2408438	46	10.0	46	74	3	298	33	12	21	32	1.91
2410905--2410954	22	2.3	21	93	3	82	28	24	12	36	1.91
2413605--2414266	211	3.1	210	78	3	684	42	22	11	24	1.86
2414205--2414249	22	2.0	22	86	0	63	44	20	17	17	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2414270--2414319	22	2.3	22	96	0	91	42	26	4	28	1.73
2415133--2415181	22	2.3	21	76	13	55	48	30	4	16	1.64
2427123--2427374	125	2.0	125	95	0	450	16	9	18	55	1.68
2429856--2429896	21	2.0	21	85	9	57	26	4	7	60	1.43
2429954--2429984	13	2.4	13	94	0	53	35	0	12	51	1.40
2430944--2430998	3	18.0	3	78	17	60	32	0	0	67	0.91
2432467--2432517	24	2.1	24	82	7	59	52	0	0	47	1.00
2432982--2433015	2	17.0	2	87	0	50	47	0	5	47	1.26
2436947--2436991	21	2.2	21	88	4	65	53	2	0	44	1.13
2445667--2445706	13	3.1	13	96	0	71	50	7	27	15	1.70
2447517--2447552	17	2.1	17	94	0	63	75	0	0	25	0.81
2448997--2449033	17	2.1	18	85	14	51	75	2	21	0	0.92
2464292--2464430	22	6.4	22	72	17	96	46	0	1	52	1.09
2464296--2464435	27	5.2	27	69	20	98	46	0	1	52	1.09
2464325--2464424	42	2.5	40	78	15	114	48	0	2	50	1.12
2464351--2464382	16	2.0	16	93	0	55	53	0	0	46	1.00
2465389--2465484	41	2.3	41	83	3	131	31	16	8	43	1.78
2465678--2465753	27	2.7	29	86	10	95	26	1	5	67	1.20
2465715--2465760	19	2.4	19	85	0	56	23	0	6	69	1.11
2469348--2469394	22	2.1	23	88	4	69	51	12	6	29	1.65
2469402--2469443	20	2.1	20	90	0	66	38	21	9	30	1.85
2472461--2472494	17	2.1	15	89	10	50	38	0	35	26	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2475493--2475631	45	3.1	45	82	0	179	32	12	20	35	1.89
2475672--2475747	26	2.8	26	79	11	91	40	10	17	31	1.83
2475672--2475748	28	2.9	27	82	7	95	41	10	16	31	1.82
2475689--2475776	28	3.1	28	80	3	79	44	11	13	30	1.79
2487732--2487801	6	11.7	6	73	19	58	81	0	2	15	0.81
2487724--2487790	17	4.1	16	76	19	75	82	0	2	14	0.79
2487724--2487801	20	3.9	19	80	11	86	82	0	2	15	0.79
2487744--2487801	11	5.0	11	80	16	55	82	0	1	15	0.74
2487724--2487801	33	2.2	36	82	13	101	82	0	2	15	0.79
2487729--2487802	25	2.9	25	82	11	80	81	0	4	14	0.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8