genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397276.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_106.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2845708

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1969977--1970004	12	2.3	12	100	0	56	85	0	0	14	0.59
1979003--1979039	19	1.9	19	100	0	74	51	0	21	27	1.48
1983717--1983763	23	2.0	23	100	0	94	34	10	17	38	1.84
1989953--1989977	13	1.9	13	100	0	50	16	16	0	68	1.22
1991589--1991629	18	2.2	19	83	12	50	17	2	12	68	1.31
2004712--2004739	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2006238--2006392	77	2.0	77	96	0	283	37	10	19	32	1.87
2017658--2017805	64	2.3	64	78	0	161	30	22	14	32	1.94
2020238--2020281	19	2.2	20	84	11	56	34	2	9	54	1.44
2023452--2023500	23	2.1	24	88	11	75	53	0	0	46	1.00
2023744--2023825	33	2.5	33	73	11	80	35	3	25	35	1.74
2024918--2024948	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
2036196--2036244	14	4.0	13	75	21	52	42	0	0	57	0.99
2045102--2045141	21	2.0	20	85	5	53	57	2	2	37	1.26
2061361--2061388	14	2.0	14	100	0	56	71	7	0	21	1.09
2064078--2064129	11	4.3	12	77	18	54	0	30	0	69	0.89
2064081--2064130	4	12.8	4	77	12	50	0	30	0	70	0.88
2064081--2064130	15	3.4	16	82	15	56	0	30	0	70	0.88
2078867--2078898	14	2.3	14	100	0	64	40	25	6	28	1.79
2088600--2088643	14	3.2	13	81	9	52	63	6	2	27	1.31
2091180--2091217	17	2.2	17	90	0	58	28	21	13	36	1.91
2091605--2091686	31	2.6	31	78	14	80	25	29	12	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2093757--2094152	84	4.7	83	79	6	336	31	20	10	37	1.86
2093847--2093915	31	2.2	31	84	5	86	31	21	8	37	1.84
2093924--2093999	31	2.5	31	91	0	116	34	15	11	38	1.84
2093745--2094167	168	2.5	168	80	3	422	31	20	10	37	1.87
2094005--2094083	31	2.5	31	83	0	86	32	15	12	39	1.85
2094099--2094197	31	3.2	31	79	1	101	31	18	12	38	1.87
2094038--2094250	114	1.9	115	83	4	279	30	20	11	37	1.88
2101219--2101268	18	2.7	19	85	11	61	80	2	6	12	0.98
2102260--2102420	79	2.0	79	100	0	322	31	18	12	37	1.88
2104131--2104375	28	8.6	28	87	5	332	39	9	13	38	1.76
2104131--2104375	57	4.3	55	83	8	321	39	9	13	38	1.76
2110864--2110954	38	2.4	38	92	1	137	35	3	8	52	1.49
2110879--2110954	38	2.0	38	100	0	152	36	2	7	52	1.45
2119414--2119438	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2120301--2120369	34	2.0	34	86	5	95	24	14	26	34	1.94
2120306--2120377	34	2.1	34	84	5	92	23	12	27	36	1.91
2121849--2121924	35	2.2	35	83	4	91	34	19	14	31	1.92
2127216--2127251	16	2.2	16	90	0	54	11	30	25	33	1.90
2135940--2135994	20	2.8	19	77	20	60	45	0	5	49	1.25
2142304--2142384	35	2.3	35	89	4	128	35	23	11	29	1.89
2143839--2143947	56	1.9	56	94	0	191	27	30	11	31	1.91
2144633--2144716	43	2.0	43	83	4	107	26	22	14	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2152304--2152765	252	1.8	248	80	6	547	49	5	8	36	1.57
2152741--2152785	20	2.2	20	92	0	72	51	4	13	31	1.61
2152489--2152986	269	1.8	272	84	3	684	49	7	9	34	1.62
2153017--2153054	17	2.2	17	100	0	76	52	13	21	13	1.73
2157373--2157416	21	2.0	22	86	4	63	29	0	9	61	1.27
2163545--2163586	21	2.0	21	85	0	57	42	19	11	26	1.85
2169372--2169761	80	4.9	80	86	2	516	34	10	22	32	1.87
2177775--2177835	25	2.4	25	83	8	72	31	18	26	24	1.97
2177785--2177832	25	2.0	24	91	4	78	31	16	29	22	1.96
2183837--2183872	13	2.6	15	79	20	51	63	0	0	36	0.94
2186667--2186748	32	2.6	32	98	0	155	26	18	14	40	1.89
2189272--2189342	36	2.0	36	86	5	99	52	15	2	29	1.57
2189611--2189678	25	2.7	26	84	10	81	55	7	0	36	1.28
2192499--2192540	20	2.1	20	86	0	57	26	7	7	59	1.50
2194568--2194614	18	2.5	20	82	6	62	48	0	2	48	1.13
2194769--2194841	22	3.4	22	71	17	64	43	0	6	49	1.29
2196174--2196204	14	2.2	14	94	0	53	45	3	0	51	1.17
2197690--2197732	21	2.0	21	90	0	68	30	16	20	32	1.95
2199114--2199181	31	2.2	31	84	2	93	11	16	14	57	1.66
2202735--2202779	22	2.0	22	100	0	90	40	13	8	37	1.76
2204832--2204858	7	3.9	7	100	0	54	29	25	0	44	1.54
2205477--2205509	15	2.2	15	94	0	57	57	9	0	33	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2220914--2220957	21	2.0	22	91	4	72	31	0	6	61	1.22
2232512--2232591	35	2.3	35	86	4	108	18	27	21	32	1.97
2236452--2236476	12	2.1	12	100	0	50	52	16	16	16	1.76
2243437--2243577	28	5.0	27	77	10	129	41	11	11	36	1.77
2243443--2243607	29	5.7	30	77	9	139	41	10	10	36	1.76
2243437--2243592	57	2.7	58	81	4	167	39	10	10	38	1.76
2244684--2244709	8	3.2	8	100	0	52	11	0	0	88	0.52
2251264--2251305	21	2.0	20	82	13	50	61	0	28	9	1.27
2258806--2259091	122	2.4	119	81	5	333	38	10	5	44	1.64
2264863--2264939	37	2.1	37	87	0	109	27	5	23	44	1.74
2271334--2271393	23	2.6	24	79	12	72	31	25	8	35	1.85
2271379--2271448	25	2.7	25	80	6	77	25	22	12	38	1.90
2273060--2273144	42	2.0	42	97	0	161	48	11	5	34	1.64
2276754--2276807	28	2.0	28	85	3	74	40	3	24	31	1.72
2281710--2281749	21	2.0	20	85	5	53	42	15	15	27	1.86
2287452--2287483	17	1.9	17	93	6	57	62	0	21	15	1.32
2290810--2290840	16	1.9	16	93	0	53	67	16	3	12	1.35
2304191--2304300	55	2.0	55	83	3	141	30	21	24	22	1.99
2306145--2306466	158	2.0	158	93	1	511	38	16	13	31	1.87
2311170--2311247	36	2.2	36	88	2	113	28	11	25	34	1.91
2311188--2311269	36	2.2	36	78	2	83	34	10	23	31	1.89
2311389--2311429	20	2.0	21	85	4	57	19	24	0	56	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2313651--2313727	36	2.2	35	83	4	93	28	12	24	33	1.93
2313668--2313744	36	2.1	36	80	0	82	33	10	22	33	1.88
2326632--2326658	13	2.1	13	100	0	54	14	0	29	55	1.40
2326570--2326726	81	1.9	81	90	0	251	29	10	21	38	1.86
2326645--2326812	64	2.5	67	89	3	252	33	11	19	35	1.88
2336168--2336234	23	3.0	23	77	2	73	26	11	28	32	1.92
2336260--2336350	22	4.2	21	80	8	83	43	21	8	25	1.81
2338817--2338871	21	2.6	21	77	13	60	50	1	1	45	1.22
2338834--2338872	21	1.9	21	89	5	62	46	2	0	51	1.14
2348788--2348845	22	2.5	22	88	5	80	43	13	12	31	1.81
2386076--2386104	15	1.9	15	100	0	58	24	0	0	75	0.80
2461558--2461673	50	2.3	50	81	8	139	34	14	17	33	1.90
2464096--2464211	50	2.3	50	81	8	139	34	14	17	33	1.90
2473425--2473463	15	2.4	16	87	8	53	76	2	0	20	0.90
2513473--2513512	21	1.9	21	84	0	53	17	30	0	52	1.45
2514091--2515852	449	3.9	444	79	5	1787	39	16	15	29	1.89
2520572--2522336	448	4.0	447	79	5	1759	29	15	16	39	1.89
2535151--2535235	41	2.1	41	97	0	161	44	16	16	22	1.86
2535996--2536038	16	2.6	16	82	14	52	20	2	2	74	1.04
2539219--2541044	446	4.1	448	80	4	1843	28	15	16	39	1.89
2542508--2543029	272	1.9	272	79	6	585	29	17	12	40	1.86
2545152--2546470	442	3.0	443	79	5	1234	28	15	15	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2561062--2561091	12	2.4	13	94	5	53	26	13	6	53	1.64
2575427--2576537	445	2.5	445	85	3	1491	38	16	14	29	1.89
2598411--2598453	12	3.5	12	93	3	68	34	0	23	41	1.55
2602063--2602126	32	2.0	33	87	3	94	42	6	14	37	1.70
2613719--2615323	445	3.6	447	79	6	1324	38	17	15	28	1.91
2616051--2617012	443	2.2	443	81	4	1085	38	16	15	29	1.90
2621323--2621363	21	2.0	21	90	0	64	39	17	24	19	1.92
2625211--2625280	33	2.3	29	81	18	81	27	7	2	62	1.35
2625223--2625309	33	2.6	33	84	10	106	27	5	2	64	1.28
2627070--2627136	15	4.3	16	74	12	59	65	0	32	1	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6