genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397277.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2651878

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1984888--1984943	22	2.5	22	82	0	67	21	10	17	50	1.77
1984982--1985090	45	2.5	44	80	1	128	21	11	27	40	1.86
1984982--1985101	22	5.4	22	68	14	68	20	12	27	39	1.89
1986037--1986671	305	2.1	305	89	0	957	31	11	17	38	1.87
1986575--1986634	24	2.9	19	69	21	57	38	3	8	50	1.49
1987867--1988037	62	2.8	62	83	0	225	32	20	13	33	1.91
1992634--1992717	31	2.7	31	77	16	95	29	17	2	50	1.59
1999919--2000011	35	2.5	37	87	6	136	45	0	8	46	1.34
1999919--2000018	36	2.7	37	84	9	134	46	0	8	46	1.32
2000703--2000739	16	2.2	18	90	9	60	67	0	0	32	0.91
2001310--2001334	4	6.2	4	100	0	50	52	24	24	0	1.48
2002309--2002333	8	3.1	8	100	0	50	0	24	12	64	1.27
2004568--2004593	9	2.9	9	100	0	52	57	0	30	11	1.34
2007404--2007431	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2014621--2014657	2	19.0	2	94	5	67	0	48	0	51	1.00
2016351--2016390	20	2.0	20	90	0	62	37	20	15	27	1.92
2018101--2018180	33	2.5	32	78	8	90	42	13	11	32	1.80
2025676--2025855	68	2.6	68	83	5	204	36	16	10	36	1.82
2029860--2029888	1	29.0	1	100	0	58	0	0	100	0	0.00
2037681--2037724	15	2.9	15	82	0	61	36	6	25	31	1.82
2037934--2037997	33	1.9	34	93	3	112	29	7	0	62	1.23
2038059--2038120	26	2.3	28	76	17	53	24	1	1	72	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2038066--2038120	20	2.7	20	86	8	67	23	1	1	72	1.04
2055336--2055382	21	2.2	22	77	11	53	34	21	8	36	1.84
2056433--2056474	21	2.0	21	86	4	59	42	4	2	50	1.36
2068435--2068463	15	1.9	15	100	0	58	55	6	0	37	1.27
2071491--2072150	355	1.9	355	83	1	867	35	13	20	30	1.91
2072982--2073078	44	2.2	44	80	10	101	30	8	29	30	1.86
2075873--2075910	20	1.9	20	88	0	58	34	15	15	34	1.90
2080150--2080190	15	2.7	15	88	0	55	31	7	24	36	1.83
2080561--2080600	14	2.7	15	88	7	64	10	20	0	70	1.16
2082142--2082186	17	2.6	17	92	0	72	33	26	11	28	1.91
2083248--2083351	53	2.0	53	100	0	208	35	9	11	43	1.74
2083471--2083508	20	1.9	20	88	0	58	44	7	13	34	1.72
2083542--2083579	20	1.9	20	100	0	76	42	18	7	31	1.79
2089437--2089532	47	2.0	47	100	0	192	32	18	8	40	1.81
2091371--2091422	24	2.3	23	86	6	70	42	9	11	36	1.74
2091377--2091422	24	1.9	24	90	0	74	43	8	13	34	1.74
2091910--2091946	17	2.4	16	83	16	51	32	5	2	59	1.34
2092938--2092974	19	1.9	19	89	10	58	21	0	2	75	0.92
2096436--2096995	48	11.6	48	78	6	497	40	18	12	28	1.87
2096436--2096995	97	5.8	95	79	6	536	40	18	12	28	1.87
2100350--2100391	11	3.8	11	87	9	59	28	2	0	69	1.01
2100968--2101004	13	2.8	13	88	11	58	21	0	2	75	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2101376--2101402	13	2.1	13	100	0	54	40	0	7	51	1.30
2102442--2102496	28	2.0	28	85	0	74	58	16	1	23	1.48
2109255--2109452	110	1.8	110	80	2	245	40	10	11	36	1.76
2120075--2120115	21	2.0	21	85	4	57	19	21	9	48	1.77
2133074--2133176	54	1.9	54	97	0	197	51	16	4	27	1.64
2135391--2135488	35	2.9	35	74	8	94	32	17	17	32	1.93
2137593--2137812	119	1.9	116	85	5	302	49	7	11	31	1.67
2137805--2137856	5	10.4	5	83	8	70	38	1	1	57	1.21
2138699--2138741	19	2.3	19	80	8	52	20	4	0	74	1.00
2138745--2138786	20	2.0	21	86	13	61	45	0	0	54	0.99
2138927--2138976	22	2.2	24	82	14	77	42	8	10	40	1.68
2138935--2138982	22	2.2	22	100	0	96	39	10	12	37	1.77
2140365--2140765	200	2.0	200	82	3	495	32	19	10	38	1.85
2145110--2145144	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
2147316--2147340	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2147340--2147375	2	18.5	2	94	5	65	52	47	0	0	1.00
2155069--2155122	21	2.6	21	82	2	56	55	5	0	38	1.23
2155998--2156041	18	2.5	17	85	3	52	36	6	13	43	1.71
2155998--2156050	17	3.1	17	86	2	61	37	5	15	41	1.70
2160369--2160414	18	2.6	18	92	0	83	28	17	10	43	1.82
2167051--2167100	15	3.1	17	80	16	61	50	16	4	30	1.63
2167885--2167962	8	10.0	8	69	5	52	43	0	2	53	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2167878--2167950	27	2.7	27	76	4	67	43	0	4	52	1.20
2167885--2167961	39	2.0	38	84	2	100	44	0	2	53	1.14
2172533--2172571	15	2.6	14	88	8	51	7	23	0	69	1.14
2172523--2172564	21	1.9	21	90	9	66	7	21	0	71	1.09
2175025--2175067	13	3.5	13	84	12	63	65	9	6	18	1.44
2175311--2175350	15	2.7	14	88	11	62	7	7	0	85	0.76
2183035--2183078	21	2.1	21	95	0	79	22	2	13	61	1.43
2188709--2188746	19	2.0	19	85	10	51	0	28	0	71	0.87
2192333--2192381	23	2.1	23	88	7	73	26	12	24	36	1.91
2199450--2199474	9	2.8	9	100	0	50	56	20	0	24	1.43
2208620--2208658	11	3.5	11	85	3	51	43	0	0	56	0.99
2218304--2218564	74	3.5	74	82	1	299	25	18	14	41	1.89
2220696--2220898	100	2.0	100	98	0	388	36	23	1	37	1.66
2227395--2227639	74	3.3	74	86	1	330	23	18	16	41	1.89
2230280--2230413	63	2.1	63	77	2	144	47	14	14	23	1.81
2233918--2233954	18	2.0	19	89	5	58	29	8	5	56	1.51
2234125--2234305	76	2.5	69	77	16	181	37	13	10	38	1.80
2234171--2234330	76	2.1	76	88	4	234	38	13	8	38	1.76
2235040--2235118	40	2.0	40	94	0	140	27	17	13	40	1.88
2240912--2241073	73	2.2	73	85	0	225	38	17	17	25	1.92
2264646--2264676	4	7.8	4	92	0	53	29	0	19	51	1.47
2265062--2265091	12	2.5	12	88	0	51	43	10	6	40	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2265369--2265421	15	3.5	15	77	10	54	41	1	1	54	1.22
2268729--2268776	24	2.0	25	95	4	89	45	4	12	37	1.61
2268842--2268886	21	2.1	23	84	12	60	28	2	8	60	1.39
2271748--2271778	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
2274173--2274226	27	2.0	28	92	3	92	44	9	11	35	1.72
2274283--2274340	27	2.3	25	80	13	73	48	8	12	31	1.70
2274414--2274839	126	3.5	121	82	6	427	42	10	14	32	1.79
2274533--2274839	126	2.4	127	86	3	442	43	9	14	32	1.78
2274716--2274777	29	2.2	29	91	5	101	45	9	12	32	1.75
2274530--2274900	126	2.9	124	80	6	390	42	10	13	33	1.78
2277734--2277828	36	2.6	37	80	5	113	25	25	17	31	1.97
2278939--2279016	33	2.4	32	89	4	111	33	17	10	38	1.84
2279903--2279969	26	2.6	27	70	13	68	13	11	2	71	1.25
2286155--2286247	42	2.2	42	98	0	177	46	9	24	19	1.80
2286388--2286414	11	2.5	11	100	0	54	18	33	0	48	1.49
2288915--2288964	26	2.0	26	84	11	68	20	14	10	56	1.66
2289208--2289237	15	2.0	15	93	0	51	30	6	23	40	1.80
2289741--2289778	14	2.6	14	91	4	58	21	7	23	47	1.77
2304275--2304307	17	1.9	17	88	11	50	39	3	15	42	1.62
2307510--2307816	80	3.9	79	84	4	370	32	23	12	31	1.91
2307510--2307816	157	2.0	157	84	2	402	32	23	12	31	1.91
2315814--2315842	14	2.0	15	93	6	51	41	0	13	44	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2319127--2319308	80	2.3	80	85	4	260	33	23	10	32	1.89
2319258--2319358	51	2.0	51	90	0	157	32	22	8	35	1.85
2319187--2319426	131	1.8	131	90	3	385	32	24	9	33	1.87
2319312--2319549	80	3.0	80	79	1	262	32	23	10	33	1.89
2328804--2328836	15	2.1	16	88	5	50	42	6	24	27	1.78
2332036--2332082	22	2.1	23	88	4	69	31	6	10	51	1.62
2345141--2345179	20	2.0	20	89	0	60	30	20	7	41	1.80
2345147--2345186	20	2.0	20	85	0	53	35	22	5	37	1.76
2347298--2347325	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2349136--2349169	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6