genome.fa.s28.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397281.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_39.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1667509

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1250587--1251014	177	2.4	179	83	5	517	36	16	11	35	1.84
1257115--1257300	36	5.3	36	84	4	238	44	13	7	34	1.73
1257115--1257300	71	2.7	70	80	6	234	44	13	7	34	1.73
1257095--1257300	107	2.0	104	88	4	306	42	14	7	35	1.73
1259887--1259919	17	1.9	17	88	11	50	48	15	0	36	1.45
1260121--1260234	29	4.0	28	83	4	138	38	12	8	40	1.74
1267577--1267730	29	5.3	29	78	9	161	36	11	9	42	1.73
1267585--1267730	28	5.1	28	79	9	168	35	12	9	42	1.75
1267575--1267727	59	2.7	56	83	6	189	37	11	8	41	1.72
1284190--1284239	26	1.9	26	84	8	66	52	10	10	28	1.67
1285085--1285122	20	1.9	20	88	0	58	15	21	23	39	1.92
1287153--1287234	42	2.0	42	85	4	112	36	18	8	36	1.81
1289918--1289968	13	3.8	13	75	17	50	64	9	1	23	1.34
1295494--1295524	16	1.9	16	93	0	53	25	0	9	64	1.24
1324112--1324161	24	2.2	24	85	7	68	0	38	2	60	1.09
1324107--1324163	15	3.8	15	79	9	53	0	36	1	61	1.07
1327057--1327450	178	2.2	180	81	8	448	36	14	10	38	1.81
1327564--1332496	181	27.4	180	72	8	1898	33	13	12	39	1.83
1327730--1332166	727	6.2	722	77	6	3049	34	13	12	38	1.83
1332595--1332652	18	3.1	18	83	9	71	53	0	1	44	1.10
1332595--1332662	17	3.8	17	79	13	66	50	0	1	48	1.10
1335756--1335802	19	2.3	21	82	7	62	44	10	4	40	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1335556--1342975	181	41.1	178	74	7	4395	34	13	12	39	1.83
1335556--1342975	546	13.7	545	78	7	4850	34	13	12	39	1.83
1344678--1344738	29	2.0	29	81	12	70	21	11	22	44	1.84
1345914--1348545	181	14.6	180	75	5	1781	34	13	12	39	1.83
1345926--1348360	725	3.4	710	78	6	2037	34	13	12	39	1.82
1345914--1348360	363	6.8	361	80	5	2034	34	13	12	39	1.83
1348673--1350407	180	9.6	180	72	8	883	35	14	12	37	1.83
1348914--1350407	361	4.1	357	76	7	1090	36	14	11	37	1.83
1354495--1356181	181	9.3	180	75	7	1093	34	13	12	39	1.83
1354457--1356181	544	3.2	542	77	6	1361	34	13	12	38	1.84
1354487--1356183	363	4.7	360	77	6	1353	34	14	12	38	1.83
1360450--1364482	363	11.2	360	71	9	1900	38	13	14	33	1.84
1360888--1364479	182	19.9	181	72	9	1974	38	13	14	33	1.84
1364378--1364586	109	1.9	107	83	3	267	29	17	16	36	1.92
1366305--1366542	68	3.5	68	79	4	273	37	8	18	35	1.82
1367971--1369158	182	6.6	181	75	5	844	39	12	13	34	1.83
1368148--1369146	360	2.8	363	76	5	887	38	12	14	34	1.83
1368757--1369157	181	2.2	182	80	5	438	38	10	14	35	1.82
1378953--1379114	73	2.2	73	84	2	200	23	21	16	38	1.92
1382189--1382617	181	2.4	182	78	6	433	35	15	14	34	1.88
1382689--1383126	219	2.0	218	94	0	768	39	11	13	35	1.82
1385637--1389894	182	23.8	181	72	9	2363	39	12	13	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1386351--1387667	721	1.8	721	79	5	1541	39	11	13	34	1.82
1387079--1388209	543	2.1	542	80	7	1233	41	11	12	34	1.80
1387079--1388724	543	3.1	539	75	10	1228	40	11	12	34	1.81
1388461--1388784	169	1.9	171	81	6	399	40	9	14	34	1.79
1390480--1391261	182	4.3	178	76	7	684	39	12	15	33	1.84
1390519--1391206	364	1.9	359	81	5	816	40	11	14	33	1.82
1390343--1391298	182	5.3	179	74	8	661	38	13	14	33	1.85
1392015--1392064	20	2.5	19	81	9	55	48	6	6	40	1.52
1392048--1392351	167	1.8	169	83	2	407	39	13	11	35	1.82
1393919--1394260	180	1.9	179	80	9	403	40	11	13	34	1.81
1393312--1396538	182	17.9	180	71	9	776	38	13	13	34	1.84
1391840--1396633	722	6.6	707	72	11	2153	39	12	13	34	1.83
1393425--1396895	181	19.2	180	73	8	1942	39	13	13	33	1.83
1397301--1397794	181	2.7	181	78	4	498	39	11	13	35	1.81
1398119--1399246	181	6.2	180	77	4	946	39	12	13	34	1.82
1398119--1399292	363	3.2	357	75	7	992	39	12	13	34	1.82
1400317--1401007	181	3.8	176	73	12	523	40	12	11	35	1.79
1401692--1402019	182	1.8	180	80	5	392	40	12	13	33	1.82
1402180--1402235	24	2.5	21	77	13	58	39	14	3	42	1.63
1405505--1405542	11	3.5	11	96	0	67	26	0	2	71	1.00
1405675--1407808	182	11.8	179	74	9	1353	39	12	14	34	1.83
1405676--1410455	181	26.6	178	69	13	1026	39	12	13	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1405783--1407259	179	8.2	179	75	8	515	39	11	13	34	1.82
1408054--1410456	361	6.7	355	73	9	1249	39	12	12	34	1.82
1410565--1410917	181	2.0	180	79	5	390	37	12	15	34	1.85
1411264--1412120	351	2.4	356	77	7	798	39	13	13	33	1.83
1411680--1412022	172	2.0	169	81	1	398	37	13	14	34	1.86
1412221--1412269	20	2.6	19	90	6	73	53	0	6	40	1.26
1416144--1417988	182	10.3	181	74	7	1179	39	12	14	33	1.84
1418403--1419269	361	2.4	362	78	6	828	39	13	13	34	1.83
1418791--1419269	182	2.6	177	77	9	432	41	12	12	32	1.80
1419368--1420863	181	8.3	177	72	10	822	38	13	13	34	1.84
1425118--1426616	181	8.3	181	73	11	587	39	13	14	32	1.85
1426831--1427279	181	2.5	180	75	10	420	38	13	14	33	1.85
1425871--1427546	870	1.9	871	85	4	2315	38	14	14	33	1.86
1426727--1427723	180	5.5	181	74	8	608	37	13	15	33	1.87
1430681--1430710	13	2.2	14	94	5	53	73	0	23	3	0.98
1434082--1434516	182	2.4	174	77	8	387	39	11	15	34	1.83
1434395--1434444	25	2.0	26	84	4	66	46	4	4	46	1.40
1434204--1434526	175	1.8	178	84	6	440	40	9	14	35	1.78
1434558--1435105	301	1.8	300	83	3	735	39	12	14	34	1.83
1435004--1437825	181	15.7	176	69	12	1121	37	12	14	34	1.85
1438139--1443947	181	32.3	179	71	9	2589	38	12	14	34	1.84
1438407--1440053	540	3.1	539	85	2	2123	38	12	15	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1438387--1443947	897	6.2	895	77	6	3883	38	12	14	34	1.85
1441341--1442649	180	7.3	178	72	10	530	39	12	13	34	1.83
1446186--1446610	185	2.3	183	82	7	497	39	11	13	35	1.80
1443998--1447358	182	18.7	177	72	9	1120	40	12	13	33	1.83
1447457--1447784	180	1.8	180	80	2	399	39	12	12	35	1.81
1449023--1449187	29	5.7	29	79	9	176	35	10	13	39	1.80
1449030--1449187	28	5.5	28	78	10	133	35	10	13	39	1.80
1449030--1449187	59	2.8	57	80	6	185	35	10	13	39	1.80
1449029--1449188	88	1.8	87	86	4	232	35	10	13	40	1.80
1449685--1449716	16	2.0	16	93	0	55	12	9	21	56	1.64
1450926--1451053	68	1.9	68	83	3	168	37	7	17	38	1.77
1451020--1451150	68	1.9	69	81	6	158	38	10	16	34	1.84
1453748--1453791	19	2.3	19	80	0	52	50	6	2	40	1.42
1453941--1453991	19	2.6	19	93	3	84	33	7	0	58	1.27
1469107--1469157	16	3.3	15	78	8	57	23	0	43	33	1.54
1476268--1476331	30	2.2	30	83	8	78	39	15	6	39	1.73
1485682--1485846	76	2.1	77	89	3	251	41	7	12	38	1.72
1486072--1486113	19	2.2	20	83	12	52	50	4	11	33	1.60
1493093--1493215	61	2.0	61	87	0	174	32	19	24	23	1.97
1502448--1505629	181	17.6	179	75	7	2176	40	11	13	34	1.81
1506813--1507038	71	3.2	70	82	3	274	34	7	14	43	1.74
1506810--1507059	106	2.3	106	88	0	356	34	8	14	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1506783--1507038	35	7.3	35	80	3	275	34	7	14	43	1.74
1507833--1509935	180	11.7	180	74	8	1496	39	12	13	33	1.83
1507827--1509941	361	5.9	359	75	8	1581	39	12	13	33	1.83
1507833--1509943	181	11.8	179	73	9	1392	40	12	13	33	1.83
1509893--1509979	45	1.9	45	83	4	113	24	17	16	42	1.88
1509938--1510991	181	5.9	180	74	6	618	39	12	14	34	1.83
1509547--1510349	406	2.0	405	80	5	924	38	12	14	34	1.84
1512201--1512283	41	2.0	41	86	4	114	39	10	7	42	1.68
1512153--1512378	35	6.3	35	73	11	147	33	8	11	46	1.71
1512313--1512392	35	2.3	35	80	4	90	35	10	15	40	1.80

Tables:   1   2   3   4   5