genome.fa.s32.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397285.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_299.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1083202

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--767	171	4.5	171	80	6	777	35	11	12	39	1.80
492--1071	298	1.9	299	83	3	738	36	11	9	41	1.75
772--1506	340	2.2	340	79	6	754	36	14	11	38	1.81
772--1506	169	4.3	168	76	5	541	36	14	11	38	1.81
1717--2035	172	1.9	162	81	5	304	32	14	14	36	1.86
2050--3938	171	11.0	170	72	13	1133	34	13	12	39	1.82
2050--3938	170	11.0	170	72	13	898	34	13	12	39	1.82
2631--3938	341	3.9	338	78	7	899	34	13	12	39	1.82
5353--5420	22	3.1	22	91	2	102	61	1	36	0	1.05
5354--5413	17	3.4	17	80	11	59	60	1	38	0	1.07
7875--13720	171	34.4	169	76	7	4072	35	13	13	37	1.84
8884--9186	157	1.9	157	80	4	351	36	13	13	35	1.84
14114--14316	73	2.8	73	85	3	264	34	16	22	26	1.95
14114--14350	73	3.2	73	83	3	262	35	16	22	26	1.94
21385--21596	73	2.9	73	85	1	255	34	16	22	25	1.95
26738--26788	20	2.3	23	77	22	72	43	13	17	25	1.86
26746--26793	20	2.4	20	100	0	96	41	14	16	27	1.87
26786--30534	171	21.9	170	76	7	2651	34	13	13	38	1.83
26778--30537	342	11.0	341	76	6	3024	34	13	13	38	1.83
32407--34507	232	9.1	232	76	7	1707	37	10	13	37	1.80
34567--34829	131	2.0	131	96	0	481	31	11	20	36	1.88
34759--35578	232	3.5	232	76	8	677	37	10	13	39	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36681--37200	231	2.3	228	81	5	598	38	10	12	38	1.77
38921--39901	221	4.3	223	75	10	711	37	10	12	38	1.79
39776--41805	232	8.6	243	75	9	1217	38	10	13	37	1.79
37637--41805	230	18.0	232	75	8	2677	38	10	13	37	1.80
37637--41806	462	9.0	463	75	8	3231	38	10	13	37	1.80
51639--51677	21	2.0	21	85	10	55	41	5	7	46	1.55
52329--52371	18	2.2	20	80	12	54	60	0	4	34	1.17
52331--52378	19	2.6	19	86	3	62	56	0	4	39	1.19
52354--52396	16	2.6	17	79	17	54	51	0	0	48	1.00
55361--58038	232	11.6	231	76	6	2051	37	10	14	37	1.80
55179--57979	462	6.1	461	75	7	2004	37	10	13	37	1.80
55361--57848	924	2.7	907	79	6	2422	37	10	13	37	1.80
58253--58289	19	1.9	19	88	0	56	43	5	5	45	1.49
59885--59966	35	2.3	35	85	0	110	29	10	26	32	1.91
60224--60304	34	2.3	35	83	8	103	27	12	28	32	1.93
60729--61559	232	3.6	231	79	5	822	38	11	12	37	1.79
65614--65656	18	2.4	17	81	11	50	48	4	2	44	1.36
65326--66926	232	7.1	231	75	9	1214	37	10	13	38	1.80
65544--66927	675	2.0	677	83	4	1770	36	11	13	38	1.81
67026--70721	232	16.1	234	78	6	3240	37	10	13	38	1.80
66232--67725	800	1.9	793	86	3	2158	34	10	15	39	1.82
67026--70721	682	5.4	678	78	7	3138	37	10	13	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70934--72867	230	8.4	230	77	7	1684	38	10	12	37	1.79
72162--72570	220	1.9	219	84	1	561	37	10	13	37	1.80
71023--72777	450	3.8	450	75	9	1467	39	10	12	37	1.77
72845--74530	171	9.9	168	73	10	948	35	14	13	37	1.84
72895--74530	850	1.9	854	79	5	1835	35	13	13	37	1.84
72926--74528	513	3.1	508	77	7	1199	35	13	12	37	1.84
76207--77713	171	8.8	169	77	7	1074	34	14	12	37	1.84
76206--77682	341	4.3	335	76	9	989	34	14	12	37	1.85
77822--79378	170	9.1	168	75	8	986	35	13	12	38	1.82
77822--79415	341	4.7	337	74	9	1142	36	13	12	37	1.83
79768--84663	341	14.4	340	73	7	2569	39	12	13	35	1.82
79773--84663	171	28.9	171	74	6	2914	39	12	13	35	1.82
81617--82031	170	2.5	162	78	8	440	38	12	11	37	1.80
84971--86075	171	6.5	168	75	7	833	40	13	12	34	1.81
85081--86028	339	2.8	335	81	5	1030	39	13	12	33	1.83
85070--86075	510	2.0	513	81	4	1194	39	13	12	34	1.83
85015--86277	171	7.4	170	74	7	739	39	13	12	34	1.83
85144--86270	510	2.2	512	78	6	1145	39	13	12	34	1.83
90264--94734	171	26.5	169	72	11	1725	38	12	13	35	1.82
90270--94781	170	26.7	170	74	7	2472	38	12	13	35	1.82
92985--93851	330	2.6	328	80	7	908	38	12	13	35	1.83
92132--94508	509	4.7	496	76	9	1160	39	12	12	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92304--94658	169	14.0	163	72	12	650	39	12	12	35	1.81
95510--95538	11	2.7	11	94	5	51	31	6	6	55	1.53
96978--97285	170	1.8	170	80	1	375	38	13	13	34	1.83
97826--99424	169	9.4	166	73	7	698	39	13	12	35	1.82
98551--99377	339	2.4	337	78	6	868	40	12	12	33	1.81
102788--106776	171	23.4	170	71	10	1051	38	13	13	34	1.83
103229--106767	171	20.8	170	71	9	1157	38	13	13	35	1.83
102788--106777	340	11.7	341	74	8	2398	38	13	13	34	1.83
106783--107160	171	2.2	171	79	5	383	36	13	12	36	1.83
109870--109929	17	3.3	17	72	17	57	0	38	1	60	1.07
111010--111749	170	4.3	169	73	10	409	40	14	11	33	1.82
112495--114725	169	13.2	168	73	9	1203	39	12	12	35	1.81
112506--114726	340	6.6	335	75	8	1376	39	12	12	35	1.82
112970--114726	339	5.2	334	78	6	1191	39	12	12	35	1.81
116384--116422	20	2.0	19	90	5	60	25	17	20	35	1.95
125061--125419	73	4.9	72	87	2	477	27	22	15	35	1.93
132299--136051	170	22.2	170	73	8	1973	39	13	12	35	1.82
132299--140471	340	24.2	340	73	9	3700	39	13	12	35	1.82
132305--140462	509	16.1	510	73	8	3247	39	13	12	35	1.82
132238--140451	170	48.6	165	70	13	891	39	13	12	35	1.82
136040--140471	170	26.1	171	74	6	2011	39	12	12	35	1.82
140216--140784	312	1.8	311	79	5	666	42	14	10	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154757--161593	170	40.5	168	73	9	3684	39	13	12	34	1.82
155102--159034	171	23.3	168	71	11	514	39	13	12	34	1.82
160358--160396	20	2.0	19	90	5	60	41	12	5	41	1.65
160130--160604	166	2.8	168	80	7	425	42	13	10	32	1.79
174542--176865	171	13.7	169	73	7	1315	38	13	13	34	1.83
174542--176870	511	4.6	505	77	6	1944	38	13	13	34	1.83
174533--176840	682	3.4	679	77	6	1540	39	13	13	34	1.83
177631--177830	73	2.7	72	74	3	175	24	22	17	36	1.94
183557--186187	171	15.5	170	71	10	640	38	13	12	35	1.82
183494--186187	342	7.9	337	73	9	1378	38	13	12	35	1.82
196404--196457	8	7.0	8	83	8	76	62	0	35	1	1.06
196407--196450	22	2.0	22	90	0	70	63	0	34	2	1.07
196404--196478	38	2.0	37	84	7	98	64	1	33	1	1.11
198610--198770	73	2.2	73	92	0	259	37	18	18	24	1.93
198610--198791	73	2.5	73	88	1	222	37	18	18	25	1.93
200174--200217	21	2.0	22	86	4	63	29	0	9	61	1.27
200868--200909	12	3.5	12	90	9	68	42	16	40	0	1.48
204600--204638	18	2.2	18	95	0	69	30	0	7	61	1.24
205289--205335	12	4.0	12	94	5	87	40	17	42	0	1.49
205289--205335	23	2.0	24	95	4	87	40	17	42	0	1.49
210152--210334	73	2.5	73	85	0	231	36	16	19	26	1.94
213808--213888	25	3.2	25	83	0	99	27	28	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216102--216143	14	2.8	15	76	23	52	42	2	0	54	1.13
216397--217885	171	8.8	171	74	8	1051	39	12	11	35	1.80
216464--220614	340	12.3	337	73	10	1711	38	13	12	35	1.82
217732--218036	151	2.0	151	83	5	384	35	12	15	36	1.86
217865--220415	171	15.0	167	72	9	1100	38	12	13	35	1.83
217191--218716	831	1.8	829	80	6	1811	38	12	13	35	1.81
220701--221545	169	5.0	168	73	10	526	39	13	11	35	1.81
221542--223832	170	13.5	169	74	6	1110	39	13	12	34	1.83
221571--223836	340	6.7	337	73	7	1391	39	13	12	34	1.83
221573--223832	680	3.3	674	78	6	1783	39	13	12	34	1.83

Tables:   1   2   3   4