genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397258.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11097736

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8021077--8021140	26	2.4	26	82	12	69	59	1	1	37	1.16
8024504--8024539	13	2.8	13	91	0	63	33	16	13	36	1.89
8025305--8025353	19	2.6	19	96	0	89	38	22	4	34	1.73
8030365--8030407	4	10.8	4	84	0	50	51	27	0	20	1.48
8041554--8041595	22	1.9	22	85	0	57	21	2	21	54	1.56
8041852--8041882	9	3.4	9	95	0	53	51	0	9	38	1.35
8041847--8042138	117	2.5	117	85	0	386	46	4	7	41	1.53
8042445--8042524	9	8.9	9	70	14	58	50	3	2	43	1.33
8042201--8042499	117	2.6	114	76	10	298	45	4	10	40	1.56
8043714--8043770	21	2.8	21	75	2	62	28	8	19	43	1.80
8045512--8045709	74	2.7	74	88	3	290	42	17	19	21	1.89
8050561--8050622	28	2.2	28	88	5	90	25	6	19	48	1.72
8051303--8051491	74	2.6	74	81	3	236	41	13	17	26	1.87
8056061--8056218	85	1.9	85	86	2	228	21	5	19	53	1.66
8056945--8057018	24	3.1	23	78	14	71	31	2	4	62	1.28
8073746--8073828	42	2.0	42	90	0	130	26	20	20	32	1.97
8082128--8082154	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8083031--8083064	16	2.0	18	88	11	54	5	32	5	55	1.48
8091256--8091288	16	1.9	18	88	11	52	57	12	6	24	1.57
8093587--8093617	6	5.3	6	92	7	55	83	0	16	0	0.64
8101752--8101794	22	2.0	22	86	4	61	69	0	6	23	1.12
8111708--8111756	19	2.5	20	80	6	55	18	71	0	10	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8118033--8118231	108	1.8	108	89	2	310	32	20	29	18	1.96
8131182--8131232	15	3.3	15	78	5	57	31	1	7	58	1.37
8133978--8134313	179	1.9	179	91	0	546	30	12	17	39	1.87
8134203--8134507	161	1.9	161	92	1	513	29	9	13	47	1.74
8139323--8139435	41	2.8	41	91	0	172	38	19	18	23	1.93
8147640--8147770	50	2.6	50	80	2	147	30	12	18	38	1.88
8147742--8147871	42	3.1	42	87	1	190	23	17	19	39	1.92
8147900--8147977	41	1.9	41	83	0	102	25	15	12	46	1.81
8147900--8147989	41	2.2	41	82	4	101	25	16	12	45	1.82
8156108--8156148	21	2.0	21	90	0	64	29	21	26	21	1.99
8156658--8156735	34	2.3	34	86	0	111	26	14	23	35	1.93
8156726--8156815	35	2.5	36	76	1	110	32	12	21	34	1.90
8156726--8156860	71	1.9	71	80	3	155	32	14	20	32	1.92
8157444--8157491	21	2.2	21	81	7	51	29	14	16	39	1.88
8163020--8163098	32	2.5	32	85	0	113	46	18	3	30	1.67
8163852--8163910	29	2.0	29	100	0	118	32	6	23	37	1.81
8179916--8179940	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8181492--8181532	14	2.9	14	88	0	64	53	14	0	31	1.41
8183061--8183113	24	2.2	24	80	6	63	67	3	0	28	1.07
8187868--8187994	66	1.9	66	90	0	200	39	11	7	40	1.71
8200056--8200089	14	2.5	13	90	9	50	29	5	26	38	1.80
8205165--8205206	17	2.4	17	80	11	50	11	19	0	69	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8206312--8206409	34	2.9	34	80	8	121	34	25	14	25	1.94
8206384--8206524	66	2.1	66	88	2	203	30	28	11	29	1.91
8208598--8208631	11	3.1	11	95	0	59	20	29	8	41	1.82
8215453--8215669	119	1.8	119	90	0	353	35	12	11	39	1.80
8216345--8216460	59	2.0	59	84	3	153	44	15	9	30	1.78
8217739--8217782	14	3.1	14	80	9	54	52	0	0	47	1.00
8217767--8217804	18	2.1	18	85	9	51	55	0	0	44	0.99
8218656--8218681	12	2.2	12	100	0	52	38	7	26	26	1.83
8225718--8225763	17	2.8	17	83	6	51	39	0	2	58	1.10
8231212--8231249	20	1.9	20	88	0	58	31	0	2	65	1.06
8232802--8232892	30	3.0	30	90	0	128	28	7	29	34	1.85
8236012--8236076	28	2.3	28	94	0	121	30	18	23	27	1.97
8246022--8246068	23	2.0	23	87	0	67	61	6	10	21	1.50
8254708--8254752	23	1.9	24	86	4	65	40	0	8	51	1.33
8255102--8255155	24	2.2	26	83	6	67	22	1	7	68	1.24
8257563--8257609	22	2.1	23	84	4	60	51	14	6	27	1.67
8257735--8257796	3	20.7	3	79	0	70	32	29	3	35	1.73
8259180--8259224	10	4.8	10	81	7	51	68	0	4	26	1.08
8259179--8259233	20	3.1	16	79	20	65	70	0	3	25	1.03
8261035--8261109	21	3.5	21	83	1	69	30	13	13	42	1.82
8267699--8267740	14	2.9	15	86	13	61	16	14	0	69	1.20
8267751--8267811	28	2.2	28	85	5	88	29	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8276498--8276526	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8279151--8279190	21	2.0	20	85	5	53	45	12	17	25	1.83
8288387--8288583	98	2.0	96	86	3	270	53	12	6	27	1.61
8289547--8289586	20	2.0	20	95	0	71	20	22	32	25	1.98
8289570--8289740	23	7.6	22	78	10	168	29	13	21	36	1.91
8289574--8289691	44	2.7	43	90	4	173	26	14	22	37	1.92
8293019--8293089	31	2.3	31	81	18	94	23	14	32	29	1.94
8293035--8293766	31	23.6	31	70	9	155	30	16	24	28	1.96
8293037--8293756	62	11.6	62	69	8	313	30	16	24	28	1.96
8293149--8293445	125	2.4	125	78	3	278	33	16	23	25	1.96
8293373--8293918	124	4.4	124	80	4	566	30	15	24	29	1.95
8293864--8293949	31	2.8	31	100	0	172	29	12	23	34	1.92
8293700--8293986	155	1.9	155	79	5	330	31	14	24	30	1.94
8293864--8293983	62	1.9	62	81	0	141	30	13	24	32	1.93
8294021--8294158	31	4.5	31	83	3	170	31	18	26	23	1.97
8294043--8294220	93	1.9	93	83	2	232	29	17	26	26	1.97
8294117--8294189	31	2.4	31	83	0	83	28	16	31	23	1.96
8298065--8298273	31	6.7	31	91	0	319	35	20	14	29	1.92
8298905--8299344	47	9.4	47	82	2	400	25	33	12	28	1.92
8298905--8299338	140	3.1	138	81	4	460	25	33	12	28	1.92
8299248--8299329	23	3.5	23	69	9	76	26	29	12	31	1.92
8299606--8299668	23	2.7	23	77	0	72	17	36	9	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8299583--8299681	46	2.2	46	85	3	128	23	31	11	34	1.90
8302167--8302230	30	2.1	30	100	0	128	28	17	15	39	1.90
8305679--8305756	10	7.5	10	73	20	54	65	0	34	0	0.93
8322354--8322378	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8330841--8330903	23	2.8	23	86	9	85	66	23	3	6	1.29
8333799--8333844	23	2.0	23	91	0	74	41	19	6	32	1.77
8334179--8334231	24	2.2	24	83	6	63	66	3	9	20	1.37
8348478--8348524	23	2.1	23	88	7	71	55	19	8	17	1.67
8350064--8350134	34	2.1	34	100	0	142	40	22	5	30	1.77
8350681--8350729	18	2.9	16	80	16	55	32	24	2	40	1.67
8367032--8367297	134	1.9	137	82	6	335	24	15	18	41	1.89
8378478--8378584	56	1.9	56	84	7	146	25	10	11	53	1.68
8378559--8378689	49	2.7	49	86	0	199	27	10	16	45	1.81
8389695--8389737	20	2.1	21	84	16	56	53	6	2	37	1.41
8389855--8389881	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8397331--8397378	24	2.0	24	100	0	96	37	4	20	37	1.72
8401876--8401958	43	1.9	43	85	4	114	26	16	20	36	1.94
8416299--8416330	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
8421112--8421152	21	2.0	21	95	4	75	48	0	0	51	1.00
8422175--8422204	3	10.0	3	92	0	51	3	30	0	66	1.07
8429207--8429234	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
8432832--8432871	5	8.0	5	100	0	80	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8432885--8432950	26	2.7	24	80	17	73	43	0	0	56	0.99
8432900--8432951	23	2.2	24	86	3	70	42	0	0	57	0.98
8432900--8432951	24	2.2	23	83	10	61	42	0	0	57	0.98
8432835--8432951	25	4.5	26	77	16	84	43	0	0	55	1.05
8447839--8447866	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
8449222--8449292	33	2.2	33	81	0	79	36	18	8	36	1.81
8473006--8473040	2	17.5	2	87	0	52	48	5	0	45	1.26
8474565--8474589	13	1.9	13	100	0	50	64	0	16	20	1.30
8479270--8479393	62	2.0	62	98	0	239	24	23	15	37	1.93
8492542--8492580	17	2.2	18	86	4	53	10	30	0	58	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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