genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397258.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11097736

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2391399--2391450	21	2.4	22	87	3	70	26	23	0	50	1.50
2392769--2392868	51	2.0	51	95	0	182	24	6	11	59	1.54
2394731--2394761	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
2404832--2404866	17	2.1	17	100	0	70	51	17	20	11	1.75
2412594--2412628	15	2.3	15	90	0	52	40	5	0	54	1.24
2418265--2418317	28	1.9	27	92	3	88	58	0	3	37	1.16
2418513--2418537	13	1.9	13	100	0	50	24	4	0	72	1.02
2419667--2419713	24	2.0	24	87	8	69	57	0	0	42	0.98
2419769--2419812	22	2.1	21	91	8	72	47	0	0	52	1.00
2419769--2419819	21	2.4	21	87	9	77	45	0	0	54	0.99
2419769--2419829	22	2.9	22	80	9	56	45	0	0	54	1.00
2420238--2420267	14	2.1	14	93	0	51	63	0	3	33	1.11
2420240--2420285	24	1.9	24	91	8	76	58	2	4	34	1.30
2420363--2420402	21	1.9	21	85	10	55	45	7	2	45	1.45
2420715--2420740	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2420622--2420862	126	1.9	127	85	0	331	38	9	9	41	1.71
2424334--2424362	15	2.0	15	93	6	51	51	0	0	48	1.00
2424339--2424399	32	2.0	32	84	12	85	60	1	1	36	1.16
2448272--2448335	31	2.1	31	100	0	128	43	12	3	40	1.58
2452869--2452914	2	23.5	2	95	4	85	50	0	50	0	1.00
2458597--2458627	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
2465930--2465968	17	2.2	18	86	4	53	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2483134--2483158	10	2.5	10	100	0	50	32	8	8	52	1.60
2489375--2489454	40	2.0	41	90	2	126	20	26	20	33	1.96
2492711--2492781	29	2.5	29	84	8	85	36	1	1	60	1.14
2498100--2498161	32	1.9	33	90	3	99	35	12	19	32	1.90
2499428--2499522	30	3.2	30	75	12	97	40	1	3	55	1.23
2499600--2499673	33	2.2	33	85	4	96	55	5	8	31	1.52
2500290--2500319	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
2508738--2508774	19	1.9	19	88	0	56	35	0	2	62	1.10
2508738--2508777	20	2.1	19	85	4	53	35	0	2	62	1.09
2508813--2508846	17	2.1	17	94	5	61	58	14	5	20	1.57
2509529--2509572	18	2.4	18	76	0	52	63	4	6	25	1.38
2509558--2509593	12	3.0	12	87	0	54	58	2	5	33	1.36
2515629--2515786	76	2.0	82	89	8	247	20	18	6	53	1.67
2529804--2529841	16	2.3	17	86	4	51	39	2	2	55	1.28
2529802--2529843	17	2.4	18	80	11	52	40	2	2	54	1.26
2531906--2531991	30	2.9	28	75	11	75	31	11	3	53	1.54
2532657--2532683	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2534478--2534516	13	3.0	13	80	0	51	38	5	2	53	1.37
2536948--2537006	26	2.2	27	78	3	66	37	0	0	62	0.95
2544595--2544619	5	5.0	5	100	0	50	0	0	40	60	0.97
2545978--2546028	23	2.2	24	85	3	68	37	0	0	62	0.95
2550452--2550491	20	2.1	19	85	4	53	0	27	2	70	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2550949--2550990	20	2.2	18	87	8	57	42	0	2	54	1.13
2551055--2551092	19	2.1	19	85	9	53	47	0	0	52	1.00
2555750--2555791	15	2.7	16	77	7	50	47	2	0	50	1.14
2571173--2571218	13	3.6	12	83	13	56	50	2	6	41	1.40
2571176--2571242	18	3.8	17	76	21	59	47	1	7	43	1.40
2573262--2573325	12	5.3	13	70	20	50	59	3	0	37	1.13
2573262--2573312	12	4.4	12	78	7	52	60	1	0	37	1.08
2581575--2581632	18	3.2	18	76	13	57	39	12	13	34	1.82
2590717--2590748	6	5.3	6	92	0	55	34	31	15	18	1.93
2592610--2592668	30	2.0	30	93	0	100	61	5	0	33	1.18
2613328--2613437	50	2.2	49	81	13	129	49	0	3	47	1.19
2613328--2613433	22	4.3	23	71	19	74	48	0	3	48	1.19
2613512--2613554	21	2.0	22	86	4	61	55	0	0	44	0.99
2620658--2620802	50	3.0	49	80	10	154	31	9	6	52	1.59
2621096--2621129	16	2.1	17	88	5	52	35	11	0	52	1.38
2621162--2621208	7	6.7	7	80	7	51	34	0	0	65	0.93
2621166--2621209	20	2.2	20	84	8	54	36	0	0	63	0.95
2622131--2622164	17	2.1	16	88	5	50	50	2	5	41	1.42
2622485--2622519	19	1.9	17	88	11	52	2	11	8	77	1.10
2622724--2622770	7	6.7	7	80	7	51	34	0	0	65	0.93
2622728--2622771	20	2.2	20	84	8	54	36	0	0	63	0.95
2630212--2630265	27	2.0	27	92	0	90	38	14	22	24	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2647930--2647978	24	2.0	25	84	11	66	34	0	6	59	1.22
2655937--2655971	18	1.9	18	88	11	54	28	40	0	31	1.57
2663662--2663692	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
2675387--2675412	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2676312--2676336	7	3.6	7	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2690145--2690181	6	6.3	6	90	9	51	86	0	13	0	0.57
2690146--2690176	16	1.9	16	93	0	53	87	0	12	0	0.55
2698509--2698542	16	2.1	17	88	5	52	0	8	17	73	1.08
2712098--2712160	26	2.5	24	76	16	65	42	0	0	57	0.99
2714548--2714669	15	7.7	15	70	13	75	54	12	32	0	1.44
2714562--2714640	18	4.5	18	74	16	76	55	11	32	0	1.35
2714548--2714681	63	2.1	66	86	8	186	54	13	31	0	1.44
2714563--2714681	15	7.5	15	76	10	94	55	13	30	0	1.44
2714552--2714684	33	4.1	33	80	9	166	53	13	32	0	1.45
2720212--2720265	24	2.2	24	96	0	99	25	5	55	12	1.59
2722012--2722046	9	4.1	8	89	10	52	82	0	17	0	0.66
2722563--2722604	2	21.0	2	90	0	66	47	2	2	47	1.28
2726654--2726689	19	1.9	18	88	5	54	11	2	5	80	0.98
2726641--2726695	24	2.2	26	87	6	78	12	1	7	78	1.04
2727524--2727550	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2728634--2728704	28	2.5	29	78	15	85	39	7	0	53	1.28
2728845--2728896	18	2.8	18	85	2	59	53	1	1	42	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2744464--2744528	20	3.3	20	73	14	64	46	1	0	52	1.10
2744469--2744544	18	4.1	18	75	14	73	47	2	1	48	1.24
2785212--2785597	194	2.0	194	94	0	673	36	14	17	31	1.90
2800042--2801162	295	3.9	296	79	6	1049	37	18	9	33	1.84
2800042--2801162	294	3.9	297	79	6	1055	37	18	9	33	1.84
2800576--2801090	278	1.9	268	81	5	611	37	19	8	32	1.82
2801175--2801406	98	2.4	99	84	0	286	44	14	11	29	1.80
2801182--2801409	99	2.3	98	83	0	285	44	14	11	29	1.81
2801818--2802793	264	3.6	264	73	9	902	38	19	11	30	1.87
2801733--2802812	553	2.0	553	90	0	1719	38	19	11	30	1.87
2801733--2803004	553	2.3	551	86	3	1579	38	19	11	31	1.87
2802761--2803101	163	2.1	161	87	2	486	39	18	10	31	1.85
2803510--2804157	290	2.2	290	86	2	868	36	20	10	31	1.86
2803510--2804231	290	2.5	281	84	1	746	35	20	10	31	1.86
2821201--2821233	6	5.5	6	100	0	66	0	48	0	51	1.00
2829265--2829329	31	2.2	29	81	8	76	60	3	1	35	1.22
2832331--2832367	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
2854234--2854296	30	2.2	28	88	5	90	66	0	0	33	0.92
2860074--2860192	60	2.0	60	91	0	193	28	13	16	41	1.87
2862251--2862519	145	1.9	145	87	1	396	43	12	4	39	1.64
2866755--2866789	2	17.5	2	93	0	61	51	2	0	45	1.16
2880499--2880549	23	2.3	21	78	12	57	39	13	1	45	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2880504--2880547	23	1.9	23	85	0	61	40	13	2	43	1.57
2891655--2891712	20	2.9	19	84	5	71	41	0	0	58	0.98
2891673--2891722	16	3.1	16	75	11	57	44	0	0	56	0.99
2891678--2891723	18	2.5	19	79	10	51	47	0	0	52	1.00
2904191--2904219	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
2910540--2910564	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2910564--2910588	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
2914239--2914271	13	2.4	14	90	5	50	39	3	0	57	1.14
2915271--2915321	28	2.0	25	81	14	59	37	3	0	58	1.16
2923852--2923886	17	1.9	17	88	11	52	80	2	14	2	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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