genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397261.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_50.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9139585

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7643939--7643987	17	3.0	15	85	8	53	20	4	0	75	0.96
7646185--7646209	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
7647165--7647197	3	11.3	3	93	6	59	30	0	0	69	0.88
7660124--7660154	10	3.1	10	90	0	53	38	0	0	61	0.96
7660712--7660786	29	2.7	27	85	4	96	38	6	14	40	1.73
7660981--7661392	45	9.0	45	73	9	231	34	19	14	31	1.92
7660906--7661392	90	5.3	90	76	7	358	33	18	14	32	1.92
7661051--7661405	188	1.9	188	88	1	532	35	19	13	31	1.91
7673403--7673427	12	2.1	12	100	0	50	32	16	0	52	1.44
7685158--7685194	18	2.1	18	90	10	58	40	13	45	0	1.43
7686157--7686268	37	3.0	37	100	0	224	32	16	24	27	1.96
7700343--7700446	54	1.9	54	84	0	136	29	15	34	20	1.93
7712484--7712559	30	2.6	29	80	12	84	36	2	2	57	1.26
7712484--7712559	29	2.6	28	80	12	82	36	2	2	57	1.26
7712512--7712571	29	2.0	30	83	3	77	41	1	1	55	1.20
7712742--7712817	22	3.6	21	68	26	54	56	2	0	40	1.13
7712742--7712813	20	3.2	24	72	25	68	58	2	0	38	1.13
7712754--7712813	20	2.8	21	80	16	70	58	3	0	38	1.15
7712748--7712823	20	3.7	20	75	16	66	55	2	0	42	1.14
7729126--7729191	33	2.0	33	85	5	89	30	22	19	27	1.98
7729774--7729815	21	2.0	20	82	13	50	33	4	2	59	1.31
7744236--7744260	11	2.3	11	100	0	50	56	8	16	20	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7750718--7750804	43	2.0	43	93	0	147	26	16	24	33	1.95
7750946--7750985	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
7764231--7766050	245	7.4	246	78	9	1577	51	5	9	33	1.58
7764210--7767877	493	7.4	498	77	11	2833	50	5	9	34	1.58
7766023--7766075	26	2.0	26	100	0	106	62	3	11	22	1.45
7766049--7767887	249	7.5	246	71	13	1051	49	5	9	35	1.59
7767509--7767559	18	2.6	20	74	22	54	58	0	3	37	1.16
7766763--7767874	248	4.5	243	79	8	1180	49	5	9	35	1.59
7767867--7767892	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
7770216--7770258	16	2.8	16	82	10	54	46	0	4	48	1.22
7777370--7777400	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
7783260--7783315	29	1.9	29	92	0	94	30	1	19	48	1.59
7786017--7786059	20	2.2	20	87	8	61	32	2	2	62	1.20
7786017--7786077	21	3.0	20	79	13	63	32	1	3	62	1.21
7786394--7786448	27	2.0	27	82	0	65	58	3	5	32	1.38
7787199--7787262	31	2.0	32	82	14	78	54	7	9	28	1.60
7789261--7789292	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
7794017--7794048	16	2.0	16	93	0	55	40	3	0	56	1.15
7799628--7799653	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7802269--7802295	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
7824141--7824172	16	1.9	17	93	6	57	37	6	6	50	1.53
7833641--7833667	5	5.4	5	100	0	54	18	18	40	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7839102--7839133	13	2.5	13	100	0	64	15	0	0	84	0.63
7839101--7839131	6	5.0	6	92	7	53	16	0	0	83	0.64
7843797--7843837	20	2.0	20	95	0	73	34	24	24	17	1.96
7855311--7855350	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
7856432--7856484	17	3.1	18	79	20	60	50	0	1	47	1.12
7856571--7856716	73	2.0	73	97	0	274	45	11	14	28	1.79
7856766--7856815	26	2.0	26	92	4	84	60	0	10	30	1.30
7856757--7856823	26	2.4	27	80	9	82	62	0	7	29	1.22
7856750--7856853	33	3.2	32	71	14	86	62	0	5	31	1.19
7858064--7858102	18	2.2	18	90	0	60	48	0	0	51	1.00
7881530--7881570	21	2.0	21	85	9	57	48	2	2	46	1.28
7882664--7882690	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
7883552--7883632	40	2.0	40	100	0	162	27	19	19	33	1.96
7890375--7890440	17	3.6	17	76	21	62	59	3	4	33	1.33
7891115--7891170	2	28.0	2	77	13	53	42	1	5	50	1.35
7890749--7891366	230	2.8	219	86	6	853	45	3	8	42	1.52
7891300--7891347	22	2.2	23	81	7	64	47	0	8	43	1.33
7891298--7891360	23	2.9	21	77	13	65	47	0	7	44	1.32
7903067--7903132	28	2.4	28	94	5	116	50	13	4	31	1.62
7907341--7907365	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7925941--7926096	83	1.9	83	94	0	276	23	6	31	39	1.80
7926798--7926842	6	7.5	6	97	0	81	13	0	66	20	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7931274--7931302	14	2.1	14	100	0	58	41	13	17	27	1.87
7938730--7938773	2	22.0	2	95	0	79	50	2	0	47	1.13
7943510--7943543	18	1.9	18	88	5	52	73	8	0	17	1.08
7945701--7945732	3	10.7	3	93	0	55	0	31	3	65	1.08
7947655--7947680	12	2.2	12	100	0	52	7	42	23	26	1.81
7950291--7950324	17	2.0	17	88	0	50	76	2	8	11	1.12
7961297--7961325	3	9.7	3	100	0	58	68	0	31	0	0.89
7971473--7971513	6	6.8	6	88	0	55	2	60	2	34	1.23
7975478--7975532	28	2.1	26	83	10	67	67	3	0	29	1.08
7984820--7984845	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
7986223--7986248	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
7989897--7990025	62	2.1	62	97	0	240	40	20	12	26	1.88
7997980--7998109	54	2.4	54	80	10	140	53	16	28	2	1.55
7998009--7998099	27	3.4	26	74	7	92	52	16	28	2	1.55
8002052--8002174	58	2.2	57	81	8	135	30	5	13	50	1.64
8002155--8002237	29	3.0	29	76	11	75	40	6	8	44	1.59
8002169--8002319	29	5.5	28	71	13	89	37	9	5	46	1.62
8002198--8002338	53	2.6	53	78	15	146	34	11	5	48	1.63
8002198--8002341	27	5.3	27	72	12	98	34	11	5	48	1.62
8002168--8002339	82	2.1	80	79	8	184	36	9	6	47	1.62
8008142--8008166	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8028913--8028975	25	2.5	26	82	7	76	34	0	1	63	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8029965--8030008	20	2.3	19	84	4	52	72	4	13	9	1.24
8032828--8032860	12	2.6	13	85	9	50	81	0	18	0	0.68
8033136--8033168	6	5.5	6	92	0	57	0	33	0	66	0.92
8047405--8047580	89	2.0	89	88	6	268	47	15	1	34	1.56
8058052--8058119	21	3.2	21	81	4	66	4	50	0	45	1.22
8058061--8058104	15	2.9	15	75	0	52	2	54	0	43	1.12
8062905--8062944	2	21.0	2	90	10	66	50	0	0	50	1.00
8075506--8075556	18	2.8	17	83	16	59	39	1	3	54	1.30
8076709--8076741	12	2.8	12	86	4	50	84	6	0	9	0.76
8096056--8096135	21	3.6	22	75	13	67	46	0	1	52	1.08
8096056--8096130	20	3.4	22	74	12	73	48	0	1	50	1.09
8105112--8105144	2	16.5	2	93	0	57	48	0	0	51	1.00
8116754--8116793	20	2.0	21	90	5	64	40	20	17	22	1.92
8117412--8117450	2	19.5	2	100	0	78	48	0	51	0	1.00
8119990--8120109	36	3.3	36	82	4	170	30	30	9	29	1.88
8123975--8124627	338	1.9	338	81	6	785	38	8	12	40	1.74
8125161--8125242	15	5.0	15	68	18	56	40	4	10	43	1.61
8147981--8148010	15	2.0	15	100	0	60	26	13	6	53	1.64
8155055--8155154	49	2.0	49	100	0	200	29	20	16	35	1.94
8161656--8161704	16	3.0	16	74	14	55	42	0	0	57	0.99
8161656--8161724	30	2.2	31	89	7	104	44	0	0	55	0.99
8161849--8161892	20	2.2	20	84	8	54	43	2	2	52	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8162003--8162033	4	8.0	4	92	7	55	22	0	0	77	0.77
8178872--8178902	16	1.9	16	100	0	62	12	12	25	48	1.77
8184722--8184751	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
8184973--8185031	26	2.3	27	82	8	77	54	1	0	44	1.10
8185860--8185928	2	34.5	2	100	0	138	49	0	0	50	1.00
8187719--8187754	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
8188043--8188090	18	2.6	18	80	12	53	62	2	0	35	1.07
8189486--8189668	85	2.2	85	91	1	296	45	3	6	44	1.46
8192542--8192579	6	6.3	6	85	11	51	47	18	2	31	1.62
8193121--8193207	34	2.6	33	83	5	102	28	3	1	66	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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