genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397261.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_50.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9139585

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--2946	171	17.3	172	75	8	1671	34	12	12	39	1.81
194--2081	686	2.8	677	77	7	2038	34	12	13	40	1.82
1--2946	513	5.8	513	79	6	2480	34	12	12	39	1.81
2037--2354	160	2.0	160	79	5	347	36	11	11	40	1.77
3640--4519	169	5.2	169	75	7	518	34	12	12	38	1.81
3751--4121	168	2.2	170	84	2	489	34	13	13	38	1.84
3751--4552	171	4.7	169	74	6	586	35	12	12	37	1.82
4557--7384	171	16.6	169	76	7	1943	34	14	11	37	1.82
4546--7383	340	8.3	341	77	6	2125	35	14	11	37	1.82
3280--7160	856	4.6	847	75	9	2459	35	13	11	37	1.82
9507--9531	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
15327--15528	73	2.8	73	86	3	298	38	16	19	25	1.93
16407--17264	172	5.1	170	79	4	785	35	13	12	37	1.83
16315--17264	344	2.8	340	77	6	932	35	13	13	36	1.84
17374--17824	171	2.6	168	75	5	438	35	13	13	33	1.83
18237--18998	171	4.5	169	80	4	759	35	15	11	37	1.84
18237--19005	340	2.3	337	80	4	855	35	15	12	37	1.84
19478--20232	171	4.4	170	80	4	815	38	12	14	35	1.83
19486--20220	343	2.1	342	82	6	882	38	12	14	34	1.83
20678--21701	170	6.0	170	77	7	852	35	14	11	35	1.83
20679--21698	512	2.0	499	79	9	1067	35	14	11	35	1.83
20678--21701	342	3.0	338	78	5	962	35	14	11	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22750--24984	171	13.1	171	80	5	1981	34	13	13	38	1.84
25059--27165	171	12.3	171	77	4	1672	34	14	12	36	1.83
25148--30624	515	10.7	513	76	7	2809	35	13	11	37	1.82
27186--30624	171	20.1	170	78	6	2770	35	13	11	38	1.81
30853--33452	171	15.2	170	77	4	2170	35	14	11	37	1.82
30853--33452	512	5.1	508	78	5	2315	35	14	11	37	1.82
33640--34022	169	2.2	174	79	5	431	34	13	13	38	1.83
34350--35959	170	9.7	167	74	10	819	36	14	10	37	1.82
34898--35306	149	2.8	149	82	1	473	38	13	9	38	1.77
35143--35966	171	4.8	171	81	2	893	36	15	10	37	1.82
35972--36463	171	2.9	168	85	3	635	35	13	12	38	1.82
35045--36767	829	2.1	808	81	4	1974	35	14	11	38	1.82
36328--36612	148	1.9	150	85	4	398	34	12	11	41	1.80
36472--36812	171	2.0	170	86	4	472	35	13	12	38	1.82
40274--40309	16	2.2	17	90	5	56	2	8	11	77	1.08
43004--44249	171	7.3	170	80	4	1249	36	14	11	38	1.82
43004--44139	514	2.2	508	81	5	1282	36	14	11	37	1.82
43004--44217	343	3.6	339	80	5	1279	36	14	11	38	1.81
43721--43763	21	2.0	21	81	0	50	44	16	13	25	1.85
44410--44749	155	2.2	150	83	5	434	35	13	10	39	1.80
45084--45490	171	2.4	170	76	8	396	33	11	14	36	1.83
45630--46123	170	2.9	169	78	5	505	38	11	12	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46244--48437	171	13.0	170	80	5	2222	36	14	11	37	1.83
46224--48437	678	3.3	668	81	6	2323	35	14	11	37	1.83
48538--49105	171	3.3	167	76	8	488	35	13	11	37	1.81
49455--50060	171	3.5	168	77	8	602	36	13	11	38	1.81
49908--50501	149	3.8	148	72	14	464	35	14	11	38	1.83
50063--50373	171	1.8	170	83	2	408	36	14	13	36	1.85
50217--50501	150	1.9	150	83	2	367	34	14	11	39	1.82
49726--54074	342	13.0	315	72	12	1332	34	14	12	37	1.84
50367--54266	171	23.0	169	77	6	2992	34	14	12	37	1.84
51028--51067	21	1.9	21	94	0	71	42	22	15	20	1.88
50367--65813	342	45.6	337	74	8	8467	34	14	11	36	1.83
54406--54445	21	1.9	21	84	0	53	47	15	12	25	1.80
53798--54750	489	2.0	481	79	3	970	34	13	11	36	1.82
54286--54999	171	4.2	171	76	3	620	35	14	12	35	1.83
55552--59521	171	23.4	170	78	4	3379	34	14	12	37	1.85
56129--63913	171	45.9	169	78	5	6534	35	14	12	37	1.84
59359--59642	149	1.9	149	83	0	370	33	14	11	40	1.83
62887--62929	21	2.0	21	86	0	59	48	13	9	27	1.73
63907--65825	171	11.3	171	81	5	2001	35	14	11	37	1.83
65756--65798	21	2.0	21	86	0	59	48	18	9	23	1.76
65546--66109	285	2.0	285	81	6	660	38	15	12	33	1.86
65832--67230	171	8.3	169	75	10	971	36	14	11	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65375--66275	456	2.0	457	83	5	1160	37	15	12	34	1.85
66404--67026	320	1.9	319	85	2	838	34	15	10	39	1.82
67400--68183	171	4.6	171	79	4	821	34	14	12	39	1.83
67273--68183	342	2.7	340	79	5	902	34	13	12	38	1.83
68049--68332	149	1.9	149	87	1	417	34	13	10	41	1.80
68604--69064	171	2.7	170	82	7	511	35	13	13	36	1.84
68747--69058	172	1.8	171	87	4	468	34	13	14	37	1.85
70165--72154	171	11.6	171	80	4	1883	37	12	14	35	1.84
70159--72144	513	3.9	507	81	5	2199	37	12	15	35	1.84
72168--72838	171	3.9	172	77	6	594	39	12	12	35	1.80
72165--72836	170	3.9	169	78	6	613	39	12	12	35	1.80
72707--72746	21	1.9	21	84	0	53	30	17	12	40	1.86
72157--72839	344	2.0	342	81	5	788	39	12	12	35	1.80
73071--73101	16	1.9	16	100	0	62	54	12	6	25	1.62
73158--75686	171	14.8	169	78	6	2021	38	11	14	35	1.82
72944--75686	512	5.3	509	78	5	2425	38	11	14	35	1.83
73095--75686	683	3.8	680	79	4	2751	38	11	14	35	1.83
75789--76163	171	2.2	171	79	7	393	41	11	12	34	1.79
76538--76577	21	1.9	21	89	0	62	25	15	17	42	1.88
76729--77052	171	1.9	171	86	2	463	36	11	15	36	1.84
77350--79398	171	12.0	170	77	4	1652	38	12	13	35	1.83
77384--79398	343	5.9	339	77	5	1801	38	12	13	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82094--82123	2	15.5	2	93	6	53	46	0	0	53	1.00
87882--87967	28	3.1	27	89	3	127	31	30	6	31	1.84
88610--89155	202	2.7	202	84	2	668	22	12	25	40	1.88
88630--89155	203	2.6	201	84	2	644	22	12	25	39	1.89
90549--90588	17	2.4	16	88	8	62	72	2	25	0	0.97
90938--91071	39	3.5	39	77	4	139	32	11	21	35	1.89
90907--91065	39	4.2	38	76	7	137	30	11	22	35	1.89
91636--91720	27	3.2	26	80	9	82	29	16	17	36	1.92
91651--91747	27	3.6	27	81	2	106	30	19	16	32	1.94
94339--94378	20	2.0	20	85	9	55	55	0	0	45	0.99
94679--94734	27	2.0	29	86	13	82	64	0	0	35	0.94
94737--94774	20	1.9	20	88	0	58	57	0	0	42	0.98
101343--102516	389	3.0	389	98	1	2273	33	16	18	30	1.93
107466--107512	19	2.3	20	78	7	51	34	21	2	42	1.65
108095--108123	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
124050--124087	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
125336--125395	30	2.0	30	96	0	111	51	3	8	36	1.49
125347--125435	29	3.0	29	86	1	115	52	2	10	34	1.47
125882--125960	34	2.3	34	85	8	99	56	1	0	41	1.07
126669--126727	30	2.0	30	89	0	91	33	5	6	54	1.49
126821--126883	33	1.9	33	90	0	99	41	7	14	36	1.75
129714--129785	35	2.1	35	94	0	126	44	5	9	40	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131998--132097	51	2.0	51	87	0	146	24	34	35	7	1.82
132168--132406	71	3.4	71	72	6	207	16	30	41	11	1.84
136461--136504	20	2.2	20	87	0	61	38	11	11	38	1.77
144590--144626	15	2.5	15	90	0	56	43	24	8	24	1.81
149100--149142	16	2.6	16	82	14	52	74	2	2	20	1.04
157885--157973	21	4.2	21	80	0	106	28	16	19	35	1.93
159484--159533	20	2.5	20	100	0	100	0	34	0	66	0.92
163237--163265	14	2.1	14	100	0	58	34	0	13	51	1.42
167377--167414	20	1.9	19	85	15	51	57	0	5	36	1.21
167391--167423	15	2.1	16	88	5	50	60	0	3	36	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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