genome.fa.s121.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000121.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000218_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2099483

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
550--652	50	2.0	53	83	9	133	63	3	4	28	1.33
2037--2081	13	3.7	13	74	14	51	57	2	0	40	1.11
6981--7799	4	208.8	4	94	4	1458	25	0	25	48	1.51
8430--9356	8	117.9	8	93	5	1428	25	10	25	39	1.88
9806--9882	4	19.2	4	97	0	145	24	1	24	49	1.58
9285--10334	529	2.0	521	97	2	1971	31	19	17	32	1.95
13599--13662	27	2.4	27	89	0	101	57	20	9	12	1.62
15577--15603	14	1.9	14	100	0	54	22	37	33	7	1.82
15577--15611	14	2.5	13	90	9	52	22	37	28	11	1.89
15640--15715	29	2.6	29	93	0	125	22	30	34	13	1.92
16674--16715	14	3.1	14	80	10	52	50	0	2	47	1.14
17280--17326	19	2.3	19	85	10	58	65	0	0	34	0.93
18362--18405	20	2.2	20	87	0	61	34	13	15	36	1.87
24648--24905	132	1.9	133	85	2	349	35	13	16	35	1.87
25658--25732	33	2.3	33	86	4	98	44	10	2	42	1.53
26612--26697	3	28.7	3	100	0	172	67	0	0	32	0.91
29763--29818	28	2.0	28	100	0	112	32	10	14	42	1.80
31945--32000	15	3.6	15	79	9	67	42	12	12	32	1.80
31948--31998	17	3.1	17	77	11	61	43	11	9	35	1.75
32398--32452	13	4.2	13	75	13	58	49	10	3	36	1.56
32438--32536	33	3.0	33	94	1	164	45	14	7	33	1.71
32531--32570	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34858--34905	23	2.0	24	88	4	71	29	16	16	37	1.91
39047--39187	31	4.5	31	97	0	255	36	21	21	19	1.95
43421--43561	31	4.5	31	97	0	255	36	21	21	19	1.95
44696--44731	13	2.6	15	79	20	51	61	0	36	2	1.11
61441--61493	21	2.6	21	84	3	63	26	24	15	33	1.95
61456--61499	21	2.1	21	95	0	79	20	27	15	36	1.93
62609--62761	58	2.7	56	85	6	200	26	18	12	42	1.86
65175--65235	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
65167--65285	35	3.3	36	90	4	188	31	5	20	42	1.73
65693--65726	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
69798--69858	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
69790--69908	35	3.3	37	88	8	174	31	5	19	43	1.72
75109--75134	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
75589--75617	14	2.1	14	100	0	58	31	13	0	55	1.39
82447--82502	25	2.2	26	84	12	71	48	3	1	46	1.30
83029--83139	20	5.6	20	87	4	100	32	22	19	25	1.98
83949--84002	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
86296--86565	140	1.9	140	95	0	486	29	12	15	42	1.83
86536--86780	20	12.9	20	77	10	235	33	21	18	26	1.96
86638--86820	74	2.5	74	91	0	303	33	20	20	25	1.97
86678--86812	34	3.8	34	73	14	128	34	20	20	24	1.96
86536--86829	94	3.1	94	75	6	283	33	21	18	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86786--86829	20	2.2	20	84	4	54	29	22	20	27	1.99
86819--86876	20	2.9	21	80	10	68	12	17	25	44	1.83
86975--87036	14	4.3	14	77	6	61	46	14	0	38	1.45
89031--89075	20	2.4	19	88	7	65	40	26	17	15	1.90
89118--89163	20	2.3	20	92	0	74	17	21	26	34	1.95
89313--89362	18	2.8	18	96	0	91	44	6	20	30	1.75
91087--91127	20	2.0	20	95	0	73	58	19	12	9	1.61
91087--91137	20	2.5	20	87	0	57	54	23	9	11	1.66
91125--91201	20	3.8	20	89	3	111	32	23	18	25	1.97
94014--94050	18	2.1	18	89	0	56	59	8	8	24	1.53
97407--97499	27	3.7	26	70	21	81	29	33	16	21	1.95
97417--98152	48	15.3	48	92	0	1184	34	30	15	19	1.93
98406--98593	95	2.0	95	90	2	297	37	16	11	34	1.85
98748--98901	78	2.0	78	94	1	274	44	14	12	28	1.82
100143--100272	67	2.0	66	88	10	194	32	6	1	59	1.33
104487--104542	20	2.8	20	91	0	85	50	23	16	10	1.76
104510--104601	20	4.6	20	91	0	139	34	25	18	21	1.96
104490--104601	40	2.8	40	86	0	143	38	24	17	19	1.93
105011--105066	22	2.5	22	85	0	85	17	19	41	21	1.91
105231--105315	20	4.2	20	82	5	100	29	20	22	28	1.98
110757--111041	27	11.7	26	67	26	81	31	32	15	19	1.93
110767--111454	48	14.3	48	92	0	1088	34	30	15	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111713--111900	95	2.0	95	89	2	288	36	16	11	35	1.85
112055--112208	78	2.0	78	94	1	274	44	14	12	28	1.82
113496--113541	19	2.5	19	82	3	58	32	6	0	60	1.22
113525--113558	14	2.4	14	90	9	52	38	2	2	55	1.30
113494--113628	71	1.9	70	91	7	220	34	5	1	58	1.29
113510--113618	34	3.1	34	71	15	105	34	5	1	57	1.32
116680--116821	61	2.3	61	84	4	180	35	8	4	50	1.54
116876--117141	18	15.1	18	67	17	139	41	7	7	43	1.61
116850--117004	51	2.9	51	68	13	116	41	7	6	44	1.57
116887--117165	33	8.5	33	80	11	315	42	7	7	43	1.60
116886--117139	91	2.6	97	84	9	297	42	7	7	42	1.62
117202--117318	2	56.0	2	77	14	112	45	2	5	46	1.41
117211--117340	62	2.1	60	83	5	154	43	3	8	44	1.50
117303--117367	31	2.1	30	91	2	103	41	6	9	43	1.61
117346--117455	18	6.2	18	81	13	122	41	6	9	42	1.62
118072--118167	38	2.5	38	91	0	156	22	27	23	26	2.00
118316--118466	46	3.3	46	96	0	268	33	17	6	42	1.76
119758--119808	9	5.8	9	81	9	52	49	3	1	45	1.32
120883--120908	10	2.6	10	100	0	52	38	0	0	61	0.96
122183--122223	21	2.0	21	90	4	66	31	24	7	36	1.83
123985--124011	7	3.9	7	100	0	54	29	55	0	14	1.40
128615--128699	34	2.5	33	77	9	84	25	7	20	47	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130638--130719	33	2.5	33	89	0	137	26	13	20	39	1.90
132611--132679	23	3.0	23	84	0	66	30	24	23	21	1.99
132699--132912	103	2.1	103	95	0	383	36	24	12	26	1.90
134450--134494	21	2.1	21	83	0	54	17	24	26	31	1.97
137179--137233	28	2.0	28	85	0	74	36	20	12	30	1.90
137880--137918	6	6.5	6	100	0	78	0	84	0	15	0.62
140613--140738	61	2.1	61	90	3	200	35	16	14	33	1.89
140891--141011	61	2.0	61	82	6	147	40	13	9	36	1.78
147473--147529	25	2.4	24	82	8	71	54	3	0	42	1.17
147473--147529	24	2.4	25	80	13	66	54	3	0	42	1.17
147511--147560	26	1.9	26	84	8	66	72	4	0	24	1.02
147639--147671	17	1.9	17	93	0	57	69	3	0	27	1.03
148998--149040	13	3.3	13	78	9	52	62	11	0	25	1.29
149006--149044	13	2.9	13	84	3	51	61	10	0	28	1.28
149026--149073	19	2.5	19	74	16	53	62	10	0	27	1.27
150133--150182	20	2.5	20	80	3	55	30	32	12	26	1.92
151986--152130	64	2.3	64	83	4	168	33	20	18	27	1.96
153007--153047	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
157247--157404	63	2.5	63	83	5	176	33	20	18	27	1.96
157975--158047	18	3.9	18	84	7	101	17	21	32	27	1.96
157972--158048	38	2.0	38	92	0	127	19	22	31	27	1.98
162579--162618	19	2.1	19	100	0	80	27	5	15	52	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167936--168020	9	10.4	8	71	17	50	57	0	1	41	1.06
167934--168016	33	2.5	33	98	0	157	59	0	1	39	1.05
168171--168196	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
173924--173981	30	1.9	30	85	0	80	36	13	8	41	1.76
173939--174010	30	2.4	30	81	11	76	36	12	12	38	1.81
174086--174123	3	12.7	3	94	0	67	0	31	0	68	0.90
175061--175241	64	2.8	65	87	7	262	34	20	17	26	1.95
175864--175926	31	2.0	31	87	6	92	19	19	23	38	1.93
179047--179197	60	2.4	62	83	8	175	31	20	19	27	1.97
186948--187030	21	3.9	21	80	10	89	21	38	25	14	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10