genome.fa.s121.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000121.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000218_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2099483

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  4  of  10  ( 1170 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
703221--703303	43	1.9	43	97	0	157	34	9	3	51	1.52
704057--704145	20	4.4	21	84	8	114	34	25	21	17	1.96
704150--704237	19	4.8	19	80	16	114	46	18	20	14	1.84
704117--704236	52	2.3	54	86	4	181	45	20	21	13	1.85
704117--704237	53	2.3	53	88	2	181	44	19	21	14	1.86
704400--704434	14	2.5	14	85	0	52	48	20	0	31	1.50
705784--705888	42	2.5	42	79	4	131	24	20	34	20	1.96
706365--706461	33	2.9	33	81	3	122	48	22	16	12	1.79
706435--706483	20	2.5	20	86	0	71	34	24	20	20	1.96
706507--706628	34	3.4	34	79	12	145	18	20	19	40	1.91
706528--706629	20	5.4	20	79	13	126	21	20	19	38	1.94
708519--708601	20	4.5	19	76	15	86	49	24	15	10	1.76
708540--708610	33	2.1	34	87	7	101	46	25	16	11	1.80
708939--708996	18	2.8	22	72	20	70	18	13	37	29	1.90
708939--709000	22	3.0	22	75	18	78	19	14	38	27	1.90
709186--709277	20	4.6	20	83	2	130	20	21	20	36	1.95
709183--709277	41	2.3	40	89	1	136	22	21	20	36	1.95
709274--709314	21	2.0	21	90	9	66	41	17	24	17	1.89
710038--710096	30	2.1	27	81	9	64	40	1	3	54	1.27
710125--710226	43	2.4	42	79	12	109	45	0	2	50	1.23
710430--710487	12	4.6	13	71	16	50	58	5	0	36	1.20
716280--716409	57	2.2	57	84	4	161	27	16	5	50	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
717946--717989	22	2.0	22	95	0	79	36	11	31	20	1.88
719931--720063	21	6.8	20	76	13	127	30	29	20	19	1.97
719929--720055	39	3.3	36	87	9	130	29	30	20	18	1.97
719927--720055	60	2.2	59	86	5	183	29	30	20	19	1.97
720631--720753	63	1.9	64	85	1	167	23	19	21	34	1.96
725217--725251	18	1.9	18	88	0	52	48	0	0	51	1.00
727625--727676	19	2.7	19	93	0	86	19	21	28	30	1.97
727580--727741	84	1.9	83	85	6	220	25	19	24	30	1.98
730458--730520	21	2.9	22	77	13	67	25	23	23	26	2.00
736360--736483	46	2.7	45	83	4	151	31	16	20	30	1.95
746424--746538	32	3.9	32	72	19	131	26	1	16	55	1.51
746437--746580	55	2.6	55	97	0	270	25	2	15	55	1.54
749652--749686	18	1.9	18	88	0	52	77	0	2	20	0.90
771052--771361	166	1.9	166	83	4	410	29	15	21	33	1.94
771052--771363	83	3.8	81	83	4	367	29	15	21	33	1.94
777972--778024	27	2.0	27	81	7	63	41	30	13	15	1.85
782945--783080	59	2.3	61	80	10	147	25	30	26	16	1.97
785790--785828	19	2.0	21	85	10	55	48	5	0	46	1.24
789709--789758	19	2.4	21	78	21	61	68	4	2	26	1.18
789752--789857	21	5.0	21	66	15	56	64	5	0	29	1.23
791189--791761	108	5.2	108	73	14	490	20	14	18	46	1.84
802487--802520	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
804014--804095	28	3.0	28	77	10	91	41	1	0	57	1.06
804036--804076	21	2.0	21	90	0	64	46	0	0	53	1.00
804031--804094	29	2.2	29	88	5	94	40	1	0	57	1.08
804031--804107	29	2.7	28	84	8	75	42	1	2	53	1.23
804204--804261	14	4.4	14	69	20	52	37	1	0	60	1.07
804276--804327	22	2.4	22	81	15	63	44	1	0	53	1.11
804305--804340	15	2.5	15	95	4	65	44	0	0	55	0.99
804246--804333	42	2.2	42	81	6	110	44	1	1	53	1.15
804412--804452	21	2.0	22	85	9	59	51	0	0	48	1.00
804425--804484	24	2.4	25	80	2	59	40	0	3	56	1.16
807039--807103	10	6.2	10	82	8	67	26	4	1	67	1.18
807039--807103	21	3.1	20	82	8	67	26	4	1	67	1.18
807604--807656	21	2.6	21	81	3	63	37	3	3	54	1.36
808173--808220	23	2.1	22	88	3	69	47	0	2	50	1.12
808903--808947	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
808947--808994	23	2.1	23	92	0	78	27	18	14	39	1.90
809340--809403	26	2.5	26	84	5	85	45	21	3	29	1.67
813732--813796	29	2.2	29	86	5	87	29	12	7	50	1.67
813763--813993	118	2.0	118	86	5	326	29	13	6	51	1.64
816591--816687	35	2.8	35	77	1	106	42	26	0	30	1.56
818408--818730	55	5.9	55	90	1	497	34	18	20	26	1.96
818749--818782	17	2.0	17	100	0	68	35	11	17	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
819810--819877	33	2.1	33	88	0	100	35	1	22	41	1.63
820294--820729	216	2.0	215	98	0	845	35	12	17	35	1.87
821587--821635	22	2.2	22	82	7	64	32	30	28	8	1.86
823164--823247	23	3.7	23	96	0	159	16	27	27	28	1.97
829659--829754	29	3.3	29	84	5	131	44	8	19	27	1.79
831822--831852	15	2.1	15	93	0	53	48	0	3	48	1.17
832142--832178	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
835759--835817	17	3.6	16	72	9	57	59	25	1	13	1.44
835682--835817	49	2.8	50	81	3	150	55	22	3	17	1.57
837229--837272	18	2.4	18	92	0	70	13	20	18	47	1.82
839734--839792	30	2.0	29	87	12	86	10	0	30	59	1.30
839734--839814	31	2.7	30	85	9	96	14	2	27	55	1.52
840886--841011	41	3.0	41	82	4	135	69	5	7	17	1.30
841353--841429	3	24.7	3	72	12	57	33	2	0	63	1.08
841365--841404	15	2.6	16	88	8	64	40	0	0	60	0.97
841349--841448	28	3.6	28	76	15	84	39	2	0	59	1.09
841539--841576	19	1.9	19	89	5	58	39	2	2	55	1.28
853692--853751	15	3.9	14	79	14	57	18	3	0	78	0.89
853695--853736	16	2.6	16	88	7	59	11	4	0	83	0.79
853706--853762	19	3.2	19	78	7	57	21	5	0	73	1.02
854988--855014	14	1.9	14	100	0	54	37	14	14	33	1.88
856798--856932	65	2.0	67	90	4	211	20	19	25	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
863508--863555	24	2.0	24	87	0	69	45	0	8	45	1.33
863634--863689	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
870618--870696	15	5.4	15	83	6	90	39	7	17	35	1.78
870631--870696	28	2.3	30	89	5	109	39	6	19	34	1.77
870679--870730	20	2.5	21	93	6	88	40	11	15	32	1.83
870790--870840	18	3.1	16	73	15	50	54	0	0	45	0.99
870791--870847	19	3.3	17	76	11	55	57	1	0	40	1.09
870794--870931	48	2.8	49	75	11	124	50	1	0	47	1.09
871065--871126	26	2.4	27	82	15	78	54	1	0	43	1.09
871113--871171	14	3.8	16	70	20	61	49	0	1	49	1.11
871135--871185	26	1.9	27	88	11	79	52	0	0	47	1.00
871123--871182	29	2.0	31	80	6	70	53	0	1	45	1.10
871154--871196	22	1.9	23	86	13	63	55	0	0	44	0.99
879125--879169	21	2.1	21	95	0	81	46	4	11	37	1.60
879179--879203	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
881275--881320	22	2.0	24	87	8	69	56	0	2	41	1.11
894507--894573	3	22.3	3	77	17	59	64	0	1	34	1.03
895575--895646	23	3.1	23	91	0	117	34	5	22	37	1.77
895160--896918	490	3.7	475	91	5	2789	40	7	10	40	1.68
896065--896114	23	2.2	23	88	0	73	34	2	20	44	1.63
896521--896593	23	3.2	23	86	0	101	35	4	19	41	1.70
897161--897299	23	6.2	23	83	5	176	36	20	5	37	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
897174--897311	66	2.1	66	100	0	276	34	21	4	39	1.73
897194--897276	43	1.9	43	95	0	148	34	20	3	40	1.70
897704--897776	23	3.2	23	90	0	110	38	20	5	35	1.76
898193--898265	23	3.2	23	94	0	119	39	21	4	34	1.73
898679--898742	23	2.8	23	92	0	101	35	21	4	37	1.75
899147--899219	23	3.2	23	92	0	119	38	21	5	34	1.77
899627--899678	23	2.3	23	93	0	86	42	19	1	36	1.62
899627--899699	23	3.2	23	86	3	85	41	19	4	35	1.70
897237--900118	477	6.0	477	93	2	4909	40	11	7	40	1.68
906206--906305	3	34.0	3	78	11	100	62	4	1	33	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10