genome.fa.s1574.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001574.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003126_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1705968

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1106--2115	83	12.1	83	81	3	1102	25	17	21	35	1.95
1098--2115	165	6.1	166	85	2	1229	25	18	21	35	1.95
1126--2116	248	4.0	248	83	4	1149	25	18	21	34	1.96
6277--6308	17	1.9	16	93	6	55	56	0	6	37	1.25
6308--6345	12	3.5	11	86	10	51	78	2	0	18	0.86
6378--6427	23	2.1	23	85	14	66	68	0	10	22	1.19
6411--6445	15	2.3	15	90	9	54	62	0	8	28	1.24
6502--6551	10	5.1	10	90	4	75	80	0	0	20	0.72
6571--6636	9	7.3	9	74	19	66	75	1	4	18	1.04
6579--6630	26	2.0	27	84	3	70	75	1	5	17	1.10
6446--6636	10	19.4	10	68	19	59	73	3	2	20	1.09
9768--9812	20	2.2	20	84	0	54	46	22	20	11	1.81
12612--12695	30	2.8	30	75	18	84	50	1	4	44	1.31
13084--13156	32	2.3	30	84	11	85	26	1	16	56	1.49
13072--13156	31	2.8	30	79	13	77	25	1	16	56	1.47
13234--13319	6	13.3	6	71	21	59	45	1	0	53	1.07
13234--13314	32	2.5	32	91	2	126	44	1	0	54	1.08
13181--13319	20	6.8	20	68	20	92	46	1	1	51	1.19
13793--13867	3	25.0	3	80	0	78	41	0	0	58	0.98
24633--24670	16	2.4	16	86	8	51	52	7	10	28	1.64
26656--31664	6	841.8	6	92	4	6258	29	22	0	47	1.56
36812--36865	20	2.5	21	82	14	65	33	18	24	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42595--42624	13	2.3	13	94	0	51	20	16	23	40	1.91
49615--49681	31	2.2	31	86	0	89	25	7	38	28	1.83
54275--54366	32	2.9	32	77	7	107	35	18	15	30	1.92
54274--54381	31	3.5	31	74	6	101	32	18	15	33	1.93
60431--60742	54	5.8	54	85	4	382	38	15	13	32	1.86
60431--60742	161	1.9	161	83	5	398	38	15	13	32	1.86
63917--63949	16	2.1	16	100	0	66	27	12	6	54	1.60
66244--66664	54	7.8	54	88	2	571	35	17	12	34	1.87
80507--80598	46	2.0	46	100	0	184	32	13	21	32	1.92
80519--80593	24	3.2	24	68	21	77	32	12	22	33	1.91
81347--81513	90	1.9	90	96	0	307	46	6	11	35	1.66
83627--83671	23	2.0	23	90	0	72	44	0	2	53	1.13
83628--83678	23	2.2	23	85	0	66	47	0	1	50	1.12
83923--84084	20	7.9	20	79	9	123	27	22	19	30	1.98
83923--84083	40	4.0	40	74	11	139	27	22	19	30	1.98
85022--85097	20	3.8	20	80	3	91	48	23	18	9	1.76
85490--85546	22	2.6	22	80	0	78	21	19	36	22	1.95
85711--85824	20	5.7	20	82	0	138	25	21	25	28	1.99
95133--95221	44	2.0	44	100	0	178	33	15	16	33	1.91
98653--98679	11	2.5	11	100	0	54	33	0	51	14	1.43
100073--100144	29	2.5	29	97	0	135	31	33	19	15	1.93
100162--100254	31	3.0	31	76	3	98	35	19	18	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100387--100430	19	2.1	22	88	12	67	40	11	4	43	1.61
100398--100464	23	3.1	21	79	12	66	38	13	4	43	1.64
100913--101072	64	2.5	65	80	6	166	26	18	18	36	1.94
103764--103835	29	2.5	29	95	0	126	31	31	19	16	1.94
103850--103944	31	3.1	31	78	3	102	34	20	17	27	1.95
104078--104121	19	2.1	22	88	12	67	40	11	4	43	1.61
104089--104155	23	3.1	21	79	12	66	38	13	4	43	1.64
110755--110808	9	5.8	9	86	6	72	12	11	0	75	1.04
110755--110806	10	5.4	10	86	9	72	11	9	0	78	0.95
117629--117662	16	2.1	16	94	0	59	50	5	17	26	1.69
120938--121023	28	3.0	28	76	6	84	59	0	6	33	1.24
121716--121768	19	2.7	20	82	8	65	66	1	0	32	1.03
121515--121764	141	1.8	138	84	6	326	47	8	6	37	1.60
123313--123403	3	31.0	3	83	14	102	65	1	0	32	1.00
129853--130211	137	2.6	136	83	4	400	41	14	14	29	1.85
138494--138543	20	2.5	20	96	0	91	40	14	30	16	1.87
146260--146376	59	2.0	60	88	5	175	36	16	17	29	1.92
148570--148728	80	2.0	79	98	1	309	25	28	7	38	1.83
148911--149436	194	2.7	194	84	4	657	41	12	13	32	1.82
149990--150075	19	4.5	19	70	8	57	43	2	18	36	1.63
149990--150099	58	1.9	58	83	3	141	42	2	17	37	1.63
153813--154511	226	3.1	224	86	5	966	31	15	14	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159597--159640	5	8.8	5	80	9	54	45	0	0	54	0.99
162951--163123	87	2.0	87	97	0	328	45	11	10	32	1.75
163965--164292	105	3.0	104	82	7	345	48	15	14	21	1.80
166892--166956	20	2.9	23	75	15	73	1	21	0	76	0.86
178858--179054	108	1.8	108	85	2	279	50	14	12	22	1.75
179804--179863	23	2.6	23	73	5	59	10	16	40	33	1.82
179948--179984	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
181940--181969	15	2.0	15	100	0	60	26	6	20	46	1.75
183516--183600	22	3.9	23	72	14	72	29	17	20	32	1.95
193183--193222	17	2.4	17	95	0	71	17	10	47	25	1.78
193178--193203	11	2.4	11	100	0	52	19	7	46	26	1.77
210937--211107	82	2.1	83	84	3	220	31	16	17	34	1.92
211378--211410	17	1.9	17	88	11	50	24	3	0	72	0.98
226639--227272	91	7.0	91	90	0	946	23	23	15	36	1.94
228007--228186	54	3.4	54	80	6	197	43	21	6	28	1.77
228384--228605	54	4.1	54	84	8	272	40	20	10	28	1.86
236471--236510	20	2.0	21	85	14	57	30	15	17	37	1.90
241477--241549	23	3.3	22	70	11	69	4	19	0	76	0.94
247996--248114	44	2.7	44	80	6	143	27	19	21	31	1.97
253867--254022	65	2.4	64	80	5	181	30	17	21	30	1.97
257008--257132	61	2.1	57	84	7	153	38	1	22	37	1.64
257514--257564	21	2.4	21	96	0	93	37	0	9	52	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
259957--260178	55	4.0	55	87	2	320	29	21	20	28	1.98
266003--266228	55	4.1	55	86	1	301	29	19	21	30	1.97
266665--266709	22	2.0	23	86	4	65	24	31	13	31	1.93
269684--269718	16	2.2	16	90	10	54	42	2	0	54	1.15
270957--270997	22	1.9	21	90	5	64	41	36	2	19	1.65
271300--271356	17	3.5	17	69	9	55	75	0	17	7	1.02
271297--271366	14	4.5	15	73	19	56	75	1	15	7	1.08
274247--274318	2	36.5	2	97	2	137	50	0	0	50	1.00
275573--275613	22	1.9	21	90	5	64	41	36	2	19	1.65
279339--279431	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
279339--279431	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
279358--279492	41	3.3	41	82	6	132	38	20	21	19	1.94
279420--279513	20	4.7	20	80	2	89	34	24	18	23	1.96
280031--280111	19	4.5	19	73	16	73	46	24	17	11	1.80
280107--280291	19	10.1	19	75	14	165	12	22	21	43	1.86
280107--280196	39	2.3	38	92	1	144	12	20	21	46	1.82
280126--280207	39	2.1	39	84	6	105	9	20	25	43	1.82
280179--280266	33	2.6	33	92	1	140	11	25	25	38	1.89
282884--282908	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
283083--283136	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
284191--284264	39	1.9	38	88	2	112	36	24	22	16	1.94
284191--284264	19	3.8	19	91	3	112	36	24	22	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284288--284343	14	3.6	14	76	21	58	14	21	17	46	1.84
284272--284342	33	2.2	33	81	0	79	21	19	19	39	1.93
284297--284333	19	1.9	19	94	0	65	13	21	13	51	1.75
284285--284362	33	2.4	33	88	0	111	14	23	20	42	1.88
286348--286414	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
286403--286454	14	3.4	14	76	19	59	50	25	15	9	1.74
286387--286465	32	2.4	33	91	2	124	46	22	17	12	1.82
286494--286551	14	3.9	14	75	16	62	10	15	24	50	1.75
286477--286567	32	2.8	33	91	3	157	12	17	21	48	1.80
286540--286606	20	3.4	19	77	6	62	16	22	22	38	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7