genome.fa.s2126.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002126.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004355_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1482737

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3623--3697	35	2.1	35	85	4	98	32	0	24	44	1.54
4865--4940	30	2.4	33	85	8	97	51	1	2	44	1.23
5726--5753	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
12364--12427	31	2.1	31	93	0	110	23	28	12	35	1.91
13563--13596	2	18.0	2	88	11	54	50	0	0	50	1.00
14003--14062	3	20.0	3	80	13	70	35	0	1	63	1.05
14473--14513	17	2.3	19	84	16	61	48	19	29	2	1.61
15661--15728	26	2.5	28	79	15	81	33	2	1	61	1.20
16222--16288	31	2.2	31	83	2	82	32	16	31	19	1.94
16605--16708	36	2.9	36	97	0	190	25	16	15	42	1.87
18880--18959	23	3.6	22	77	5	90	23	23	26	26	2.00
18858--18978	43	2.8	42	76	11	120	22	21	28	28	1.99
18880--18978	21	4.7	20	75	10	74	23	21	27	28	1.99
24673--24701	14	2.0	15	93	6	51	6	3	27	62	1.37
25365--25554	65	2.9	64	81	11	219	32	23	18	25	1.97
26487--26537	20	2.5	20	96	0	93	25	19	29	25	1.99
32469--32530	31	2.0	31	87	6	90	37	4	19	38	1.73
36976--37108	3	44.3	3	98	0	257	33	0	0	65	0.98
37632--37661	15	1.9	16	93	6	53	80	0	16	3	0.85
49915--49950	12	3.3	11	88	11	56	86	0	13	0	0.58
49922--49950	12	2.4	12	100	0	58	86	0	13	0	0.58
49915--49984	15	4.5	15	74	10	59	80	0	17	2	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49915--49983	10	7.0	10	75	6	52	81	0	15	2	0.81
49919--49983	26	2.4	27	80	16	82	80	0	16	3	0.85
51213--51313	52	1.9	52	97	0	193	24	13	23	37	1.92
51130--51395	134	2.0	135	96	0	498	27	13	23	36	1.92
51265--51477	82	2.6	82	97	0	408	27	13	23	36	1.92
51347--51619	134	2.0	134	97	0	510	27	13	22	36	1.92
51429--51529	52	1.9	52	100	0	202	24	14	23	36	1.93
51126--51684	216	2.6	217	95	0	1030	27	13	22	36	1.91
51481--51684	83	2.5	82	93	0	336	27	12	22	37	1.90
52228--52789	113	5.0	113	92	0	842	38	13	19	29	1.89
53105--53270	3	55.3	3	95	0	296	33	2	0	63	1.07
53794--53823	15	1.9	16	93	6	53	80	3	16	0	0.85
54664--54699	19	1.9	19	94	5	65	22	0	5	72	1.05
54728--54768	20	2.0	21	85	4	57	36	2	2	58	1.24
54949--54981	17	2.0	17	88	5	50	45	0	3	51	1.16
58620--58705	29	2.9	29	94	1	145	33	13	9	43	1.77
59989--60018	15	2.0	15	93	0	51	56	30	0	13	1.37
63378--63459	29	2.8	29	92	1	128	32	14	10	41	1.81
63799--63839	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
64720--64769	22	2.3	21	89	3	73	48	4	0	48	1.20
68577--68636	25	2.5	24	86	8	77	38	1	1	58	1.18
74911--74951	21	2.0	21	85	0	55	73	4	4	17	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75329--75447	32	3.7	32	77	3	132	37	25	11	25	1.90
75584--75615	15	2.1	15	94	0	55	46	37	9	6	1.61
75748--75821	38	1.9	37	86	5	103	28	9	8	54	1.61
76438--76473	18	2.0	18	88	0	54	25	30	22	22	1.99
77593--77644	19	2.7	19	93	0	86	25	28	15	30	1.96
85233--85304	21	3.4	21	98	0	135	16	33	12	37	1.86
87990--88027	19	1.9	19	85	15	51	21	0	36	42	1.53
90018--90538	261	2.0	262	96	1	965	40	13	10	35	1.79
92577--92631	21	2.5	22	77	16	60	36	18	16	29	1.92
94842--94902	30	2.0	30	93	0	104	29	26	19	24	1.99
95434--95500	33	2.0	33	97	0	125	31	25	17	25	1.97
97475--97563	30	3.0	30	80	6	92	32	15	7	43	1.76
100116--100158	18	2.4	18	80	7	52	0	32	6	60	1.23
104479--104808	168	2.0	167	97	2	628	26	19	19	34	1.95
108383--108432	26	2.0	26	88	7	77	38	10	18	34	1.84
122625--122738	41	2.8	41	85	2	131	26	20	17	35	1.94
122671--122738	20	3.3	20	79	4	82	26	19	14	39	1.90
125048--125106	18	3.3	18	100	0	118	27	35	20	16	1.94
127859--127985	31	4.1	31	76	9	107	31	18	19	30	1.96
127973--128044	30	2.4	30	90	0	108	25	20	23	30	1.99
131492--131542	19	2.7	19	100	0	102	29	21	25	23	1.99
132726--132850	31	4.0	31	80	9	146	29	19	20	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133916--133984	23	3.0	23	84	0	75	33	26	18	21	1.97
134000--134217	103	2.1	103	96	0	400	35	24	13	26	1.93
137982--138025	18	2.4	18	96	0	79	34	6	0	59	1.24
140057--140101	20	2.2	20	96	0	81	24	13	17	44	1.85
140592--140625	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
142357--142734	95	4.1	92	78	10	362	35	16	19	29	1.93
142612--142660	20	2.4	21	86	3	73	30	20	22	26	1.98
148553--148609	28	1.9	31	86	10	84	54	17	7	21	1.66
149743--149795	3	16.3	3	81	14	61	37	0	0	62	0.96
149743--149795	10	5.1	10	78	17	63	37	0	0	62	0.96
149743--149799	13	4.5	13	80	8	64	36	0	0	63	0.95
157998--158029	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
161473--161572	3	33.7	3	88	6	150	33	1	0	66	0.99
173997--174028	16	2.0	16	93	0	55	84	0	15	0	0.63
174347--174388	18	2.5	17	81	11	50	30	7	9	52	1.61
175228--175529	52	5.9	52	90	7	496	24	14	23	37	1.93
175234--175529	99	2.9	102	93	5	512	23	14	23	37	1.92
176139--177022	119	7.5	118	94	3	1511	36	14	19	28	1.92
176139--177041	352	2.6	350	93	3	1530	36	14	20	28	1.91
177177--177270	3	31.7	3	83	10	122	34	2	0	63	1.06
178689--178733	20	2.2	21	88	4	65	37	2	2	57	1.23
181456--181533	6	12.5	6	79	17	88	82	0	17	0	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181456--181533	37	2.1	38	90	7	124	82	0	17	0	0.68
181459--181532	25	3.0	24	84	15	98	83	0	16	0	0.64
181459--181532	13	5.9	12	84	6	94	83	0	16	0	0.64
182896--183168	92	3.1	91	89	7	395	30	13	20	35	1.91
183070--183367	116	2.6	116	98	0	580	32	15	20	31	1.93
184166--185310	116	10.0	116	94	1	1446	38	13	18	29	1.89
185532--185598	3	22.0	3	78	6	55	43	1	0	55	1.09
185534--185596	12	4.9	12	79	12	72	44	1	0	53	1.10
191502--191535	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
194458--194506	21	2.3	21	96	0	89	20	26	28	24	1.99
205344--205379	17	2.1	17	94	0	63	44	0	0	55	0.99
208717--208791	38	2.0	37	84	5	98	50	5	0	44	1.24
209663--209716	23	2.5	21	84	6	72	46	11	25	16	1.80
209665--209712	23	2.1	23	96	0	87	50	12	22	14	1.77
213406--213638	21	11.2	20	65	19	68	21	20	26	30	1.98
213465--213534	20	3.5	20	70	18	72	21	22	22	32	1.98
213406--213661	41	6.2	42	94	1	446	22	20	25	31	1.98
213739--213775	6	6.5	6	96	3	60	29	54	16	0	1.43
213739--213788	15	3.1	16	88	8	66	30	54	16	0	1.42
213743--213788	5	8.6	5	92	2	56	28	54	17	0	1.43
214464--214495	6	5.5	6	96	3	57	0	15	53	31	1.43
214573--214667	42	2.3	42	90	0	154	30	27	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214579--214646	21	3.2	21	66	15	59	36	23	19	20	1.95
214639--214688	21	2.4	21	100	0	100	16	38	28	18	1.91
214660--214833	41	4.2	41	91	0	276	28	26	24	20	1.99
214600--214729	62	2.1	63	91	1	208	26	30	23	19	1.98
214639--214729	21	4.4	21	76	13	89	23	32	25	18	1.97
214660--214833	82	2.1	83	94	1	305	28	26	24	20	1.99
217211--217263	20	2.7	20	90	0	79	30	18	15	35	1.92
219392--219429	14	2.6	14	91	4	58	34	10	0	55	1.34
221652--221698	21	2.2	21	85	7	60	38	4	4	53	1.40
222488--222529	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8