genome.fa.s2126.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002126.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004355_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1482737

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
788081--788194	21	5.3	21	66	16	56	21	0	22	54	1.50
788040--788092	14	3.8	14	80	9	54	22	0	18	58	1.39
788665--788725	2	31.5	2	80	12	65	42	1	1	54	1.20
788635--788725	4	23.5	4	70	18	68	45	3	1	50	1.25
788969--789013	21	2.1	21	83	0	54	22	26	17	33	1.96
790609--790674	3	22.0	3	83	11	82	33	1	0	65	1.02
790599--790651	16	3.3	16	79	10	54	28	0	0	71	0.86
792360--792454	30	3.2	30	75	8	104	20	14	4	61	1.50
805172--805433	141	1.8	143	89	3	413	27	29	19	24	1.98
805225--805710	233	2.1	233	98	0	936	26	28	17	27	1.98
805646--805749	40	2.5	40	78	4	109	25	29	16	28	1.97
805917--805984	3	22.0	3	85	11	77	32	1	0	66	1.01
805917--805984	13	5.5	13	81	8	79	32	1	0	66	1.01
805904--805988	23	3.6	24	76	9	77	29	1	0	69	0.96
805904--805951	11	4.0	12	82	15	55	22	0	0	77	0.78
805917--805987	10	7.2	10	75	19	69	32	1	0	66	1.01
807672--807766	30	3.2	30	75	8	104	20	14	4	61	1.50
808806--808944	33	3.9	35	81	12	144	44	21	20	13	1.86
808847--808940	33	2.8	33	93	0	152	46	21	19	12	1.82
808802--808944	19	7.9	19	74	17	126	44	20	20	13	1.86
808896--808927	14	2.4	14	94	5	57	53	25	12	9	1.68
808950--809029	33	2.4	33	93	0	133	11	21	21	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
808971--809029	19	3.4	19	73	22	74	13	22	18	45	1.84
808979--809029	17	3.1	17	69	25	54	13	23	17	45	1.84
809136--809172	14	2.6	14	86	0	56	45	18	2	32	1.64
810524--810593	21	3.3	21	70	4	61	20	20	35	24	1.96
810524--810646	42	2.9	41	80	7	122	22	17	36	22	1.95
812483--812538	20	2.8	20	84	10	87	39	21	25	14	1.91
812474--812585	33	3.2	33	84	8	134	42	19	25	12	1.86
812587--812628	19	2.2	19	100	0	84	11	19	21	47	1.81
812587--812685	19	5.3	20	72	19	72	12	21	19	47	1.81
813240--813452	20	10.5	20	75	11	193	18	17	25	38	1.93
813241--813452	41	5.2	41	90	1	329	18	17	25	38	1.93
813461--813513	20	2.7	20	88	5	72	13	16	24	45	1.83
813870--813907	19	2.0	20	94	5	69	26	28	0	44	1.54
814021--814133	2	57.5	2	96	3	212	50	0	0	49	1.00
814183--814264	36	2.2	37	82	8	96	45	1	3	50	1.27
814193--814262	18	3.8	19	80	16	76	44	1	4	50	1.30
814206--814262	19	3.0	19	82	15	64	45	0	3	50	1.18
817235--817266	16	2.0	16	93	0	55	31	28	25	15	1.96
816570--817397	397	2.1	386	87	3	1163	39	9	8	41	1.69
819625--819671	18	2.6	17	90	6	67	57	0	0	42	0.98
819628--819665	16	2.4	16	82	8	51	55	0	0	44	0.99
819621--819675	18	2.8	21	73	23	64	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
826043--826422	188	2.0	185	95	3	692	39	19	23	18	1.92
833774--833841	14	4.6	14	68	10	55	44	4	0	51	1.21
833758--833850	45	2.1	45	97	0	177	45	5	0	49	1.25
843679--843738	24	2.4	25	91	5	104	3	15	13	68	1.34
848840--848870	14	2.2	14	94	0	53	3	12	35	48	1.58
852967--853006	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
853903--854024	34	4.0	30	73	17	101	40	4	4	50	1.43
857472--857550	21	3.6	22	72	8	72	27	25	24	22	2.00
857779--857804	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
861397--861439	21	2.0	22	86	13	63	34	6	4	53	1.49
863936--864010	26	2.7	27	79	10	80	41	4	1	53	1.28
864004--864244	120	2.0	115	82	13	281	36	9	3	50	1.54
864463--864524	18	3.5	18	66	4	54	48	1	6	43	1.38
864456--864530	35	2.1	35	100	0	150	50	2	5	41	1.39
865622--865665	21	2.1	21	83	8	54	50	0	2	47	1.13
866615--866662	20	2.5	20	90	6	73	50	4	0	45	1.21
866875--866929	10	4.8	11	74	22	51	0	29	1	69	0.99
867308--867374	31	2.2	31	83	0	80	16	26	40	16	1.89
869136--869168	5	7.0	5	86	13	52	60	0	0	39	0.97
872465--872562	28	3.5	28	85	0	133	16	17	27	38	1.91
872544--872580	18	2.0	19	94	5	67	16	21	32	29	1.95
873113--873145	5	6.6	5	100	0	66	57	0	42	0	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874619--874727	31	3.5	31	76	7	112	36	18	16	28	1.92
878743--878810	20	3.4	20	100	0	136	35	20	14	29	1.93
879658--879738	28	2.9	28	90	0	126	17	17	27	38	1.92
885147--885192	23	1.9	25	83	16	62	19	2	36	41	1.64
889799--889859	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
889792--889910	35	3.3	36	88	6	170	31	4	21	43	1.71
894385--894445	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
894377--894495	35	3.3	37	88	8	174	31	5	19	43	1.72
900317--900386	3	23.0	3	82	2	86	62	1	0	35	1.04
902117--902150	17	2.0	17	100	0	68	29	29	5	35	1.81
904871--905027	64	2.4	63	79	10	176	35	19	18	26	1.95
905404--905484	29	2.8	29	92	3	137	45	16	20	17	1.85
911805--911961	64	2.5	64	77	10	169	36	19	17	26	1.94
912343--912452	29	3.8	29	95	2	195	45	16	20	17	1.85
912536--912564	15	1.9	15	100	0	58	20	24	27	27	1.99
924176--924240	33	2.0	33	90	0	103	43	6	7	43	1.58
924127--924310	82	2.2	82	90	0	287	39	7	10	42	1.67
932532--932568	19	1.9	19	88	0	56	32	27	16	24	1.96
932594--932660	20	3.3	20	75	8	73	29	25	19	25	1.98
933481--933534	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
935797--935831	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
935891--936160	140	1.9	140	99	0	531	29	13	15	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
936131--936333	20	10.8	20	77	12	214	33	21	19	26	1.97
936131--936375	74	3.3	75	90	3	363	34	21	18	25	1.96
936213--936315	54	1.9	54	91	0	170	32	22	21	24	1.98
936374--936431	20	2.9	21	82	10	77	12	17	27	43	1.84
937125--937199	21	3.6	21	71	10	64	22	17	22	37	1.94
937146--937210	20	3.2	20	75	12	78	24	18	26	30	1.98
937124--937220	41	2.4	41	89	0	149	24	16	22	36	1.94
939771--939838	17	3.9	17	75	3	55	42	7	11	38	1.69
940645--940678	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
940779--940808	15	2.0	15	93	0	51	23	3	0	73	0.98
946708--946832	62	2.0	62	100	0	250	25	21	19	33	1.97
953995--954042	12	4.0	12	80	0	51	39	8	29	22	1.83
953999--954042	18	2.4	18	88	7	63	40	9	29	20	1.83
953996--954048	21	2.7	20	77	8	56	41	9	28	20	1.83
957205--957245	16	2.6	16	92	0	64	26	2	34	36	1.70
957197--957245	8	6.1	8	79	9	55	28	2	32	36	1.69
958443--958511	27	2.6	27	92	0	111	17	28	4	49	1.66
958468--958524	27	2.1	27	80	3	62	15	40	1	42	1.58
976505--976619	60	1.9	60	82	3	142	35	5	11	47	1.62
977239--977277	19	2.1	19	100	0	78	51	10	0	38	1.36
981931--982085	80	1.9	80	96	2	285	26	22	16	34	1.95
982268--982331	7	9.4	7	78	11	71	82	3	14	0	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
982268--982328	27	2.2	28	83	13	83	81	3	14	0	0.80
982267--982338	34	2.1	34	94	0	126	80	5	13	0	0.88
982283--982320	15	2.6	14	91	4	58	84	5	10	0	0.77
982955--982998	22	2.0	22	90	0	70	40	22	11	25	1.87
984504--984653	43	3.5	43	67	20	116	34	24	20	21	1.96
984424--984991	194	2.9	199	85	9	777	33	25	18	22	1.97
984510--984689	88	2.0	88	94	2	317	33	23	19	22	1.97
984598--985035	106	4.2	106	86	6	594	33	24	19	22	1.97
984605--985035	203	2.1	209	86	4	615	33	25	19	22	1.97
985327--985442	58	2.0	58	98	1	225	31	17	20	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8