genome.fa.s2126.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002126.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004355_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1482737

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222936--222980	18	2.7	15	83	16	54	15	2	24	57	1.49
223756--223819	30	2.1	30	91	0	101	62	10	10	15	1.54
224950--225013	2	34.0	2	84	12	91	54	0	0	45	0.99
225433--225613	67	2.7	67	77	9	186	37	11	19	32	1.88
225395--225613	67	3.2	66	74	7	179	37	11	18	31	1.87
225579--225657	26	2.8	27	81	11	88	37	8	13	39	1.77
225570--225769	66	3.2	63	82	10	223	36	9	18	36	1.83
225631--225769	33	4.3	33	87	3	185	37	9	17	35	1.83
225755--225845	38	2.5	37	96	3	166	41	13	19	25	1.88
226511--226569	22	2.6	23	91	5	102	23	30	27	18	1.98
227179--227330	67	2.3	67	89	3	225	17	26	28	27	1.97
227813--227847	19	1.9	19	88	11	56	65	0	31	2	1.07
233388--233446	22	2.6	23	91	5	102	23	30	27	18	1.98
234058--234208	67	2.3	67	90	2	232	17	26	28	27	1.97
235001--235038	15	2.5	15	80	16	51	39	15	21	23	1.92
236221--236256	17	2.1	17	100	0	72	61	5	5	27	1.41
237134--237190	26	2.2	24	82	11	69	1	15	5	77	1.03
237136--237216	34	2.4	33	82	12	94	2	12	7	77	1.06
240312--240360	24	2.0	24	84	0	62	65	2	12	20	1.35
240440--240573	21	6.2	21	73	17	89	63	0	2	33	1.10
240456--240515	14	4.5	13	80	14	52	63	0	0	36	0.95
240485--240517	2	16.5	2	93	0	57	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240456--240519	6	10.8	6	79	15	53	64	0	0	35	0.94
240646--240672	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
241297--241398	34	2.9	36	85	7	136	28	13	15	42	1.85
241856--241902	24	2.0	24	86	0	67	27	23	8	40	1.83
242026--242074	25	2.1	22	85	11	62	28	6	32	32	1.82
242051--242087	19	1.9	19	100	0	74	37	5	29	27	1.79
242573--242631	21	2.8	20	77	7	64	35	16	18	28	1.93
242522--242642	20	6.0	19	70	15	73	31	17	19	31	1.95
242594--242799	40	5.1	41	69	10	129	29	16	26	28	1.97
242653--242694	19	2.2	19	86	4	57	19	16	33	30	1.94
242664--242700	19	1.9	19	94	0	65	18	13	32	35	1.90
242545--242822	121	2.3	121	92	0	475	28	16	24	30	1.97
242774--242819	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
242785--242821	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
244076--244502	221	1.9	218	93	1	728	36	22	9	30	1.87
247185--247254	3	23.3	3	84	5	88	37	2	0	60	1.12
252519--253325	106	7.6	106	93	0	1272	34	24	17	22	1.96
253381--253641	84	3.1	84	84	2	362	29	24	21	24	1.99
253870--253946	3	26.3	3	88	5	113	36	1	0	62	1.04
259624--260490	244	3.6	243	88	4	1184	22	19	16	41	1.90
262304--262369	12	5.6	12	87	3	89	10	15	48	25	1.77
262304--262369	23	2.8	24	83	4	89	10	15	48	25	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262465--262501	12	3.0	12	92	4	56	10	16	54	18	1.71
264855--264908	12	4.6	12	83	4	74	11	16	48	24	1.79
264906--264988	2	44.0	2	69	11	50	46	0	0	53	1.00
265008--265046	12	3.2	12	85	7	51	12	12	51	23	1.74
265009--265049	13	3.2	13	89	3	57	14	14	48	21	1.80
265832--265890	14	4.4	14	75	16	61	16	13	16	52	1.75
265832--265890	26	2.2	27	84	6	75	16	13	16	52	1.75
266112--266152	10	3.8	10	82	17	55	7	9	21	60	1.52
266112--266169	23	2.5	24	91	2	91	8	10	20	60	1.55
270427--270462	15	2.4	15	95	0	63	52	44	0	2	1.15
272178--272246	31	2.3	30	82	5	77	36	2	27	33	1.72
272435--272484	24	2.0	25	88	3	75	20	30	26	24	1.98
273099--273143	24	1.9	23	86	4	63	46	22	11	20	1.81
273096--273167	23	3.1	23	77	2	72	45	18	12	23	1.83
274965--274991	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
281414--281465	27	1.9	27	96	0	95	53	11	21	13	1.70
283373--283421	22	2.3	21	79	6	62	51	0	0	48	1.00
289091--289123	15	2.2	15	89	10	50	69	0	18	12	1.18
290694--291089	198	2.0	197	98	2	758	40	20	10	27	1.86
305502--305543	22	1.9	22	100	0	84	66	9	9	14	1.44
306689--306738	3	16.7	3	82	0	64	60	0	2	38	1.09
307497--307522	9	2.9	9	100	0	52	0	42	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
313845--314137	139	2.1	139	89	0	442	26	20	16	36	1.94
314316--314415	42	2.4	43	88	5	143	33	23	20	24	1.97
314316--314374	20	2.9	21	68	12	59	32	22	22	23	1.98
314418--314531	60	1.9	58	87	3	165	28	14	28	28	1.96
327438--327485	21	2.3	21	100	0	96	8	8	41	41	1.65
328579--328784	84	2.4	84	85	2	279	33	14	25	26	1.94
329011--329084	36	2.0	37	92	2	123	48	21	6	22	1.73
329047--329326	53	5.3	52	80	3	254	41	16	9	32	1.81
329047--329346	107	2.8	105	84	4	307	42	16	9	32	1.80
329151--329346	52	3.7	52	78	6	164	42	15	7	34	1.75
331291--331322	11	2.9	11	95	0	55	0	21	0	78	0.76
331290--331328	15	2.5	16	87	8	62	0	20	0	79	0.73
331291--331397	8	13.4	8	76	16	55	2	14	2	79	0.96
331291--331427	21	6.8	19	71	18	82	3	13	4	78	1.05
331290--331393	7	14.1	7	74	16	77	2	14	2	79	0.96
331290--331399	20	5.5	20	71	7	80	2	14	2	80	0.95
331657--331706	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
332734--332765	13	2.5	13	94	0	55	53	9	18	18	1.71
342098--342132	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
362994--363075	40	2.1	39	90	4	130	29	28	18	24	1.98
363695--363854	65	2.5	64	88	1	248	31	21	17	30	1.96
365794--365833	21	1.9	21	90	10	64	52	5	10	32	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
371979--372026	7	6.6	7	80	17	53	27	0	25	47	1.52
374456--374481	5	5.2	5	100	0	52	0	19	57	23	1.40
374710--374772	28	2.3	28	91	5	103	15	7	34	41	1.77
374927--375005	37	2.3	34	87	10	108	12	10	39	37	1.77
374734--375282	222	2.4	220	80	8	543	25	11	27	35	1.90
375812--375857	18	2.7	18	93	6	78	28	32	6	32	1.83
378241--378298	29	2.0	29	82	0	71	15	32	25	25	1.95
378337--378385	24	2.0	24	88	7	73	22	34	34	8	1.84
378358--378413	10	5.4	10	74	16	51	21	32	35	10	1.88
378418--378491	29	2.6	29	82	0	94	22	24	32	20	1.98
378515--378573	22	2.7	22	91	0	91	6	50	16	25	1.70
378881--378916	17	2.1	17	100	0	72	16	0	41	41	1.48
379049--379149	30	3.3	29	83	9	105	42	0	10	45	1.46
379066--379153	30	2.9	30	91	1	131	43	1	10	45	1.45
379095--379150	15	3.7	16	74	11	55	46	0	10	42	1.38
379207--379240	15	2.2	16	94	5	61	38	0	5	55	1.24
381442--381513	11	6.5	11	72	19	51	48	6	6	37	1.57
381446--381548	46	2.3	43	90	5	152	50	7	3	37	1.50
381627--381936	14	22.9	14	68	21	153	45	9	1	43	1.47
381627--381876	26	10.0	26	75	12	202	44	9	2	44	1.49
381644--381996	26	14.6	23	68	19	148	46	10	1	41	1.46
381761--382108	34	10.5	35	81	14	384	49	12	1	37	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
381796--381936	37	3.9	37	76	11	109	46	9	2	41	1.47
381878--382099	16	13.6	16	71	23	153	50	12	0	36	1.44
381859--382109	8	28.9	9	70	24	132	50	13	0	36	1.45
382316--382640	49	6.6	49	88	6	453	45	12	0	41	1.46
382316--382639	150	2.2	148	86	7	453	45	12	0	41	1.46
385670--385838	83	2.0	82	94	1	293	50	9	3	36	1.52
385868--385894	14	1.9	14	100	0	54	74	14	3	7	1.18
386292--386345	28	1.9	28	96	0	99	57	12	0	29	1.36
386288--386352	28	2.3	28	84	10	96	55	10	0	33	1.35
386322--386370	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8