genome.fa.s2126.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002126.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004355_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1482737

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
615708--615807	20	4.8	20	72	15	85	69	4	1	26	1.13
616155--616435	142	2.0	143	95	3	514	41	22	14	21	1.89
618058--618099	17	2.5	17	88	0	66	66	0	33	0	0.92
619870--619917	24	2.0	25	88	12	73	39	8	2	50	1.44
622280--622390	54	2.0	55	96	1	206	41	14	11	32	1.82
622380--622449	35	2.0	35	97	0	131	34	12	17	35	1.88
623763--623845	23	3.6	23	78	3	69	32	22	25	19	1.97
623816--623868	23	2.3	23	90	0	79	33	24	26	15	1.95
624750--624800	24	2.3	23	78	15	56	52	17	3	25	1.61
625169--625195	14	1.9	14	100	0	54	33	22	22	22	1.97
631570--631631	23	2.9	21	85	7	81	20	35	25	17	1.95
646530--646596	18	3.8	17	76	18	66	52	8	4	34	1.53
646524--646617	36	2.6	36	90	5	147	51	9	8	30	1.65
646547--646611	18	3.6	18	77	8	69	49	10	6	33	1.63
658673--658700	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
659934--659994	25	2.4	26	91	2	97	40	0	0	59	0.98
660385--660428	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
675314--675347	14	2.4	14	95	0	59	41	29	17	11	1.85
676847--676923	29	2.7	29	97	0	145	24	27	33	14	1.94
688560--688822	128	2.0	129	95	3	478	31	21	14	33	1.93
691630--691798	80	2.1	80	97	0	320	27	21	14	36	1.92
693831--693874	15	2.8	16	83	12	56	72	0	4	22	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
695359--695384	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
699333--699387	28	2.1	27	83	10	69	43	0	7	49	1.30
699286--699616	38	8.9	37	77	13	256	44	2	6	46	1.41
699407--699606	105	1.9	107	84	10	275	43	2	7	46	1.45
699280--699617	37	9.1	37	77	13	288	43	2	6	47	1.41
699628--699684	25	2.3	25	84	6	71	26	0	1	71	0.95
700982--701011	15	2.0	15	93	0	51	16	6	0	76	0.99
702013--702121	52	2.1	54	96	3	204	18	16	3	61	1.48
703660--703846	99	1.9	99	87	2	277	35	16	18	29	1.93
705067--705707	85	7.7	85	84	5	824	36	19	18	25	1.95
705068--705707	169	3.8	169	84	6	797	36	20	18	25	1.95
705654--705766	56	2.0	56	100	0	226	38	21	14	26	1.91
705572--705846	141	2.0	141	91	1	444	35	20	16	27	1.94
705712--706079	85	4.3	85	85	0	475	35	18	17	28	1.94
705488--705936	226	2.0	225	88	2	668	36	19	17	26	1.94
705712--706079	170	2.2	170	87	2	533	35	18	17	28	1.94
706736--707051	37	8.5	36	75	18	233	46	2	6	43	1.45
706895--707056	38	4.5	35	79	11	150	47	1	6	43	1.40
706810--706970	78	2.1	78	83	9	204	45	1	6	45	1.37
706888--707064	36	4.9	35	78	18	166	45	1	7	45	1.41
707064--707117	3	18.7	3	74	14	51	35	0	0	64	0.94
706888--707064	76	2.4	73	84	10	222	45	1	7	45	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
707067--707134	23	3.1	22	72	17	61	30	0	0	69	0.89
707062--707124	26	2.5	26	84	2	74	31	0	0	68	0.90
708474--708515	21	2.0	22	85	4	59	26	21	2	50	1.61
708720--708815	20	5.0	20	73	10	101	25	28	21	25	1.99
708722--708814	18	4.9	18	75	7	87	25	29	21	23	1.99
708722--708815	38	2.5	38	96	0	179	25	28	22	23	1.99
709748--709804	23	2.6	22	81	10	73	22	28	21	28	1.99
709809--709910	44	2.3	43	83	5	116	28	17	20	33	1.96
711014--711094	4	20.0	4	76	20	64	23	2	1	72	1.03
711014--711054	21	2.0	21	90	0	64	24	2	0	73	0.96
711012--711086	13	5.2	13	75	16	60	24	2	1	72	1.06
711032--711093	33	1.9	31	87	6	88	20	1	1	75	0.97
711579--711615	16	2.3	16	95	0	65	43	0	2	54	1.14
711574--711627	27	2.0	27	89	7	83	40	1	1	55	1.21
713982--714072	34	2.6	34	89	7	128	40	0	1	58	1.05
715081--715157	23	3.5	20	74	19	64	40	20	3	35	1.71
715096--715158	23	2.7	23	95	0	108	38	19	4	38	1.73
715520--715582	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
715935--715983	23	2.1	23	88	7	73	42	20	2	34	1.64
715931--715999	23	3.3	21	78	11	70	39	23	4	33	1.74
714921--716288	423	3.2	426	96	2	2494	40	12	7	39	1.71
716291--716350	25	2.4	25	100	0	120	38	13	10	38	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
719314--719376	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
718968--720439	430	3.4	431	96	2	2715	39	12	7	40	1.71
719744--719806	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
720174--720235	22	2.7	23	87	5	90	38	20	4	35	1.74
720588--720621	16	2.1	16	94	0	59	26	20	5	47	1.73
721808--721885	3	26.0	3	78	0	84	24	33	6	35	1.81
721809--721902	12	7.8	12	89	0	116	23	32	6	37	1.80
723360--724331	199	4.9	199	96	0	1714	29	17	15	37	1.90
724450--724498	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
726389--726432	21	2.1	21	91	0	70	15	31	11	40	1.83
728451--728503	24	2.2	24	83	6	63	26	7	13	52	1.66
728643--728685	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
728648--728694	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
728615--729087	181	2.6	182	88	1	673	26	16	13	43	1.85
731692--731739	23	2.1	23	88	0	69	33	8	18	39	1.81
737059--737117	21	2.8	21	81	0	82	8	32	38	20	1.83
739900--739932	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
747066--747218	78	2.0	78	90	0	243	34	10	14	40	1.80
747249--747377	37	3.4	37	79	17	129	56	4	1	37	1.29
747273--747357	41	2.0	44	90	6	140	60	4	0	35	1.18
749514--749622	35	3.1	36	84	5	134	33	20	15	30	1.94
754971--755009	20	2.0	20	84	0	51	33	12	20	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
761824--761916	41	2.3	41	84	0	123	31	8	21	38	1.84
766215--766272	3	18.3	3	86	10	71	60	0	1	37	1.07
770003--770038	16	2.2	17	90	5	56	41	19	2	36	1.66
771916--771952	17	2.2	17	100	0	74	18	18	18	43	1.89
780688--780723	18	2.0	18	88	0	54	30	22	13	33	1.93
781026--781077	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
781326--781692	158	2.3	156	83	3	454	47	6	16	28	1.71
783515--783546	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
784357--784432	16	4.8	16	86	0	98	23	21	14	40	1.90
784357--784449	32	2.9	31	74	6	87	24	19	15	40	1.90
784424--784459	16	2.2	16	90	0	54	27	16	19	36	1.93
784575--784642	30	2.3	29	78	9	75	51	2	1	44	1.25
784618--784693	22	3.0	24	81	12	66	55	1	3	39	1.27
784698--784744	14	3.7	14	71	26	50	44	0	4	51	1.21
784697--784746	23	2.1	24	96	3	93	48	0	4	48	1.20
787225--787425	101	2.0	100	89	0	303	38	7	24	28	1.84
787447--787507	16	4.1	16	75	25	71	54	0	0	45	1.00
787445--787543	28	3.6	27	86	9	130	51	0	0	48	1.00
787493--787556	6	11.3	6	73	23	59	46	1	0	51	1.10
787500--787556	22	2.7	20	86	13	78	47	1	0	50	1.11
787571--787632	31	2.0	31	90	6	99	53	3	3	40	1.33
787578--787624	24	1.9	25	82	4	60	55	4	2	38	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787706--787770	15	4.3	15	71	17	55	49	3	4	43	1.39
787614--787797	21	8.5	21	67	19	76	46	4	7	41	1.54
787576--787833	131	2.0	129	81	10	301	47	5	6	40	1.53
787840--787901	22	2.9	21	79	13	72	45	4	8	41	1.55
787828--787965	59	2.4	55	81	9	170	42	7	8	42	1.63
787840--787903	24	2.9	22	79	9	69	45	4	7	42	1.54
787881--787921	15	2.6	16	88	7	57	41	2	9	46	1.50
787828--787960	57	2.3	57	82	7	164	42	7	8	41	1.63
787894--787932	20	2.0	19	90	5	60	41	2	7	48	1.45
788019--788071	21	2.5	21	87	6	81	16	0	28	54	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8