genome.fa.s2881.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002881.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005939_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1746118

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3039--3101	29	2.1	31	85	5	85	34	19	6	39	1.77
6238--6278	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
13790--13850	16	3.8	16	78	8	61	18	9	16	55	1.67
15718--15744	11	2.5	11	100	0	54	33	0	11	55	1.35
15919--16009	30	3.0	30	80	7	87	40	7	7	43	1.62
16120--16196	31	2.6	30	83	6	102	42	2	9	45	1.49
16145--16227	29	2.8	29	81	5	76	54	1	6	38	1.33
20165--20257	21	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
20162--20257	41	2.3	41	98	0	183	39	17	23	18	1.92
20165--20257	20	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
20246--20339	20	4.7	20	77	2	80	35	24	17	23	1.95
20243--20320	41	1.9	41	83	0	102	41	21	15	21	1.90
20893--20937	19	2.4	19	92	0	72	48	26	15	8	1.74
20933--21117	19	10.1	19	74	14	156	12	21	22	43	1.86
20938--21022	39	2.2	38	89	2	134	12	16	23	47	1.81
21005--21092	33	2.6	33	92	1	140	11	25	25	38	1.89
21060--21117	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
23118--23210	42	2.2	42	80	0	105	21	38	15	24	1.92
24599--24634	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
24813--24930	19	6.7	19	66	19	76	13	23	20	42	1.88
24817--24910	33	2.8	33	98	0	179	12	24	19	43	1.85
27207--27231	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28689--28725	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
29090--29140	20	2.5	20	96	0	93	33	21	23	21	1.97
29170--29242	14	4.5	15	74	22	60	13	20	19	46	1.83
29166--29232	18	3.8	19	83	16	92	13	22	17	46	1.83
29349--29385	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
31251--31317	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
31306--31363	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
31290--31368	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
31375--31456	18	4.6	19	79	14	86	10	20	21	46	1.81
31441--31495	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
31968--32012	18	2.5	18	85	0	63	15	15	42	26	1.87
33329--33366	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
33630--33673	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
33861--33954	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
33841--33955	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
33883--34017	41	3.3	41	81	4	130	20	21	20	37	1.94
33944--34036	20	4.6	20	78	4	96	18	24	18	38	1.92
33944--34039	41	2.3	41	98	0	183	18	23	17	39	1.92
34677--34727	21	2.4	21	100	0	102	39	21	11	27	1.88
34677--34737	21	2.9	21	92	0	86	37	18	11	32	1.86
36279--36310	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
38620--38718	31	3.3	31	71	13	107	35	6	6	52	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39525--39567	20	2.2	20	82	0	50	51	2	0	46	1.13
41065--41137	31	2.4	31	85	0	92	26	8	12	53	1.66
41081--41144	31	2.1	31	84	0	83	25	6	17	51	1.68
41648--41716	31	2.2	31	86	0	93	52	14	8	24	1.70
43329--43394	30	2.2	30	91	0	105	36	25	27	10	1.89
44792--44830	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
50011--50077	29	2.3	30	86	2	91	31	16	25	26	1.96
60084--60162	36	2.2	36	91	4	126	31	5	18	44	1.72
61336--61367	15	2.1	15	94	0	55	53	15	25	6	1.65
62191--62222	15	2.1	15	94	0	55	53	15	25	6	1.65
64740--64771	15	2.1	15	94	0	55	53	15	25	6	1.65
61189--68862	855	9.0	855	93	1	13147	34	18	24	23	1.96
65594--65625	15	2.1	15	94	0	55	53	15	25	6	1.65
66449--66480	15	2.1	15	94	0	55	53	15	25	6	1.65
71365--71451	36	2.5	36	84	3	106	34	9	14	41	1.78
71385--71455	36	2.0	35	94	2	124	32	5	15	46	1.69
83044--83105	32	1.9	32	93	0	106	37	24	8	30	1.84
84483--84507	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
84748--84773	6	4.3	6	100	0	52	69	15	0	15	1.20
88309--88382	31	2.4	31	97	2	141	28	5	2	63	1.30
89691--89732	18	2.2	20	91	8	70	54	23	0	21	1.44
91611--91958	55	6.3	55	82	6	354	29	26	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91611--91944	108	3.1	109	81	10	371	30	26	16	26	1.97
91630--91943	163	1.9	165	86	6	451	31	26	16	25	1.96
91944--92014	37	1.9	36	85	2	97	22	16	18	42	1.89
93302--93459	15	9.8	17	68	24	71	6	19	0	74	1.03
93317--93419	54	1.9	54	82	11	131	8	19	0	71	1.11
93369--93452	36	2.3	35	80	9	98	7	17	0	75	1.03
93417--93458	13	3.2	13	80	13	50	2	16	0	80	0.81
102931--103081	45	3.3	45	93	3	239	39	21	9	29	1.86
104962--105003	18	2.2	20	91	8	70	54	23	0	21	1.44
106894--106940	18	2.7	17	86	3	67	34	6	31	27	1.82
117211--117341	31	4.2	31	78	6	140	30	18	19	31	1.96
117325--117395	29	2.4	30	90	2	108	22	21	25	30	1.98
119715--119744	13	2.3	13	94	0	51	16	46	20	16	1.84
119728--119762	18	1.9	18	94	0	61	17	42	22	17	1.88
119708--119771	31	2.1	31	87	0	92	20	43	18	17	1.88
121087--121121	18	1.9	18	88	0	52	48	2	20	28	1.63
122216--122331	24	4.8	24	86	6	155	25	15	19	38	1.91
130094--130132	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
146670--146718	6	8.2	6	82	8	55	20	32	0	46	1.51
148713--148777	31	2.1	30	83	8	78	44	6	6	43	1.54
148852--148921	31	2.3	31	84	0	86	30	24	11	34	1.90
149239--149364	50	2.5	50	81	0	162	16	34	28	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149414--149448	19	1.9	17	88	11	52	28	45	0	25	1.54
149469--149503	10	3.5	10	85	14	54	34	25	0	40	1.56
149472--149510	10	3.6	12	80	19	50	28	25	0	46	1.53
149633--149854	111	2.0	111	96	0	408	36	8	10	44	1.70
151001--151094	31	3.0	31	90	3	136	38	23	18	20	1.93
152213--152437	64	3.5	64	82	6	235	33	19	19	27	1.96
153189--153408	103	2.1	103	97	0	413	25	12	24	38	1.90
153423--153485	23	2.7	23	90	0	90	19	28	25	26	1.98
157962--158186	64	3.5	63	82	6	256	32	19	19	28	1.96
158938--159160	103	2.2	103	97	0	419	25	13	25	36	1.92
159172--159234	23	2.7	23	82	0	81	20	26	25	26	1.99
160851--160893	17	2.6	16	78	7	50	34	0	25	39	1.56
161777--161836	20	2.9	21	87	7	86	31	25	25	18	1.97
163255--163299	23	2.0	23	95	0	81	22	26	31	20	1.98
163311--163533	103	2.2	103	99	0	437	36	24	13	25	1.91
164285--164509	64	3.5	64	83	7	253	28	19	19	33	1.96
168706--168769	23	2.8	23	80	0	83	28	25	26	20	1.99
168783--169002	103	2.1	103	99	0	431	37	24	12	25	1.91
169754--169978	64	3.5	64	81	8	228	28	19	19	33	1.96
172739--172832	31	3.0	31	90	3	136	37	23	18	21	1.94
173818--173893	20	3.7	20	89	3	107	19	26	22	31	1.98
175600--175640	18	2.3	18	91	0	73	29	31	19	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176204--176288	35	2.5	33	76	14	82	24	8	10	56	1.60
179883--180016	51	2.6	51	81	8	141	16	29	32	21	1.95
181116--181147	5	6.4	5	100	0	64	0	81	0	18	0.70
194738--194938	102	2.0	102	97	0	384	18	18	27	34	1.95
210857--210917	31	2.0	31	87	3	88	42	16	6	34	1.74
215782--216137	180	2.0	180	98	0	685	39	15	17	27	1.89
225540--225725	97	1.9	97	100	0	372	22	16	10	50	1.76
227123--227161	21	1.9	21	89	5	62	17	7	7	66	1.40
230139--230187	23	2.1	23	88	7	73	57	12	2	28	1.46
236994--237027	3	11.3	3	93	0	59	0	29	0	70	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9