genome.fa.s295.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000295.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000541_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2017499

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  1  of  9  ( 1002 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6684--6746	29	2.2	29	88	0	90	44	6	3	46	1.45
7163--7301	60	2.3	60	81	7	158	30	17	7	44	1.76
7447--7567	60	2.0	61	83	1	154	41	6	20	31	1.78
10466--10652	5	38.0	5	72	19	110	54	3	1	41	1.24
10466--10729	40	6.4	39	72	14	162	53	5	1	40	1.31
10471--10700	62	3.8	59	74	15	174	53	4	0	40	1.28
10624--10729	20	5.3	20	71	15	58	50	8	0	39	1.39
10463--10657	7	26.6	7	76	19	150	54	3	1	41	1.23
10696--10739	19	2.2	20	84	4	54	45	11	2	40	1.53
10465--10657	27	7.3	28	73	15	62	53	3	1	41	1.23
11129--11160	13	2.4	14	89	10	57	21	12	21	43	1.86
12231--12294	28	2.5	24	75	22	67	54	0	7	37	1.29
12245--12288	17	2.6	17	78	3	54	54	0	6	38	1.27
12273--12345	25	2.8	26	73	12	69	56	1	2	39	1.22
12239--12342	27	4.0	24	75	14	73	52	0	5	40	1.32
12427--12469	3	14.3	3	81	18	54	32	0	0	67	0.91
12427--12471	15	2.8	16	90	10	65	33	0	0	66	0.92
12427--12469	21	2.0	21	100	0	86	32	0	0	67	0.91
16005--16046	17	2.5	17	96	0	75	35	19	21	23	1.96
19535--19651	7	17.5	6	75	18	83	76	0	19	3	0.92
19545--19651	21	5.2	20	77	16	112	76	0	20	2	0.91
19533--19645	35	3.2	35	81	12	133	76	0	20	3	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22008--22039	4	8.0	4	100	0	64	50	25	0	25	1.50
22785--22839	20	2.8	20	88	0	74	27	20	21	30	1.98
22805--23297	232	2.1	233	89	2	740	32	16	17	33	1.93
23271--23322	20	2.6	20	87	0	68	23	21	25	30	1.99
23883--24127	134	1.8	134	84	0	337	35	23	11	28	1.90
24031--24245	93	2.3	91	81	4	225	36	20	12	30	1.90
24124--24690	134	4.2	136	81	7	628	33	21	14	29	1.94
24872--24908	3	12.3	3	88	11	58	32	0	0	67	0.91
26992--27027	14	2.6	14	87	12	56	36	0	0	63	0.94
26995--27026	15	2.2	14	94	5	55	34	0	0	65	0.93
27815--27909	23	4.3	22	82	9	79	30	21	20	28	1.98
27843--27893	23	2.2	23	96	0	93	23	21	21	33	1.97
27843--27910	23	3.0	23	88	0	82	26	20	23	29	1.99
28547--28598	20	2.6	20	84	6	70	25	26	13	34	1.93
31953--32006	20	2.9	19	84	10	67	68	1	0	29	1.00
32162--32201	19	2.1	19	85	0	53	30	12	0	57	1.36
32995--33096	29	3.5	29	75	9	82	36	4	2	55	1.36
36344--36368	13	1.9	13	100	0	50	40	0	16	44	1.47
36923--36963	20	2.0	20	95	0	73	17	39	29	14	1.89
39179--39220	17	2.5	17	96	0	75	21	33	26	19	1.97
45099--45201	41	2.5	42	84	4	120	31	23	19	26	1.98
45617--45970	54	6.6	54	82	4	329	37	16	12	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45648--45966	107	3.0	107	85	2	433	36	15	13	33	1.87
45653--45977	54	6.0	54	85	2	429	36	16	13	33	1.88
48441--48493	12	4.2	12	77	17	63	60	0	7	32	1.25
76747--76788	9	4.6	9	86	13	59	0	9	0	90	0.45
76750--76786	5	7.8	5	90	3	51	0	10	0	89	0.49
76747--76788	15	2.8	15	88	0	66	0	9	0	90	0.45
77504--77561	5	11.4	5	77	18	50	75	1	1	20	0.97
77510--77561	8	5.8	9	74	17	54	76	1	1	19	0.97
77513--77556	11	4.2	10	80	8	52	77	2	2	18	0.98
77504--77556	16	3.4	15	80	17	63	75	1	1	20	0.99
77510--77561	20	2.6	21	87	6	72	76	1	1	19	0.97
77601--77689	30	3.0	30	81	6	99	37	7	0	55	1.29
77589--77659	30	2.5	28	77	16	76	39	7	0	53	1.28
77612--77805	29	6.5	29	75	14	144	39	6	1	53	1.36
77612--77824	91	2.4	87	73	13	191	38	6	1	53	1.36
77612--77825	30	7.1	29	75	10	135	38	6	1	53	1.36
77830--78011	29	6.1	30	79	8	176	50	1	8	39	1.43
79152--79206	14	3.9	14	83	9	67	12	9	10	67	1.43
81373--81450	2	39.5	2	97	2	149	50	0	0	50	1.00
82334--82364	16	1.9	16	93	0	53	19	25	0	54	1.44
84057--84090	13	2.6	13	100	0	68	17	8	5	67	1.37
87188--87220	16	2.0	17	94	5	59	78	0	12	9	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87230--87272	21	2.0	22	91	8	72	67	4	4	23	1.28
87224--87270	21	2.3	19	85	10	58	68	4	4	23	1.26
87522--87560	20	2.0	20	94	0	69	38	30	17	12	1.88
87522--87560	9	4.1	9	81	12	51	38	30	17	12	1.88
87567--87641	29	2.6	29	86	0	105	16	28	32	24	1.96
87958--88008	25	2.0	26	84	3	68	49	13	31	5	1.66
88164--88252	41	2.2	41	78	8	92	42	1	10	46	1.45
88232--88322	44	2.0	46	87	8	134	39	0	12	48	1.40
88363--88439	34	2.3	33	81	14	88	40	0	12	46	1.42
88485--88511	8	3.4	8	100	0	54	25	0	11	62	1.28
88485--88531	16	3.0	16	87	9	62	31	0	8	59	1.27
88506--88536	15	2.1	14	94	5	53	38	0	6	54	1.26
90688--90720	17	1.9	17	93	0	57	45	12	6	36	1.66
90705--90773	22	3.0	22	73	19	77	47	7	4	40	1.51
90912--91292	12	30.5	13	71	15	105	45	8	2	43	1.47
90912--91033	48	2.5	48	81	9	138	50	4	2	43	1.34
90915--91292	26	15.2	25	76	15	254	45	8	2	43	1.48
90934--91350	124	3.4	124	93	2	682	45	9	2	42	1.47
94675--94740	28	2.4	28	85	10	98	54	12	0	33	1.37
94696--94758	21	3.0	21	83	4	74	52	15	0	31	1.44
95120--95191	21	3.3	21	76	14	83	31	23	26	18	1.97
95170--95231	32	1.9	32	96	0	115	30	27	24	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95336--95373	20	1.9	20	94	0	67	21	50	13	15	1.78
95459--95562	29	3.6	29	94	0	181	18	36	30	14	1.90
96735--96780	21	2.2	21	88	7	67	67	0	0	32	0.91
97026--97186	84	1.9	85	84	3	218	22	17	24	36	1.95
97253--97297	22	2.0	22	86	0	63	35	11	22	31	1.89
98100--98316	106	2.0	105	85	10	287	22	18	23	35	1.96
98276--98745	240	2.0	240	94	0	834	30	15	19	34	1.93
101131--101159	13	2.1	14	93	6	51	62	6	20	10	1.50
102254--102295	21	2.0	21	90	9	68	66	4	4	23	1.30
112650--112682	6	5.5	6	100	0	66	15	15	36	33	1.88
119220--119348	32	4.1	32	80	6	113	27	20	11	41	1.86
119666--119724	7	8.4	7	100	0	118	44	0	13	42	1.44
130039--130077	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
132848--132872	13	1.9	13	100	0	50	40	0	16	44	1.47
134234--134326	41	2.3	41	83	3	116	25	11	24	37	1.90
135694--135729	5	7.2	5	93	6	56	77	0	0	22	0.76
137275--137317	21	2.0	21	81	4	50	18	34	2	44	1.63
137339--137382	14	3.2	14	87	12	65	0	11	2	86	0.66
137329--137373	19	2.3	19	88	3	63	4	11	2	82	0.91
142710--142742	14	2.4	14	94	0	57	30	3	0	66	1.06
144471--144531	32	1.9	32	93	0	104	22	16	18	42	1.89
145490--145550	29	2.1	28	82	8	70	14	21	19	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167706--168783	67	16.1	67	84	3	1346	30	14	25	29	1.95
167706--168783	135	8.1	134	85	3	1391	30	14	25	29	1.95
167706--168783	202	5.4	201	84	2	1346	30	14	25	29	1.95
168807--169311	91	5.5	92	84	2	653	47	9	20	22	1.78
168807--169311	46	11.1	46	83	2	572	47	9	20	22	1.78
168807--169315	137	3.7	137	86	2	693	47	9	20	22	1.78
174594--174623	13	2.3	13	94	0	51	16	26	40	16	1.90
174602--174646	18	2.5	18	96	0	81	11	22	48	17	1.78
177774--177912	67	2.1	67	94	0	242	30	16	25	27	1.97
178496--178672	45	3.9	45	96	1	311	31	22	6	40	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9