genome.fa.s295.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000295.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000541_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2017499

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  7  of  9  ( 1002 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1266173--1266216	17	2.6	17	100	0	88	29	15	11	43	1.82
1266173--1266236	17	3.7	17	91	2	83	28	23	9	39	1.86
1268987--1269054	23	3.0	22	83	10	75	51	0	2	45	1.16
1269000--1269097	23	4.6	21	72	20	71	52	0	1	46	1.07
1269059--1269090	17	1.9	16	93	6	55	50	0	0	50	1.00
1270338--1270367	3	10.0	3	92	0	51	33	30	0	36	1.58
1271671--1271777	51	2.1	51	82	6	128	36	3	12	47	1.59
1272997--1273167	51	3.4	51	91	5	260	32	19	7	40	1.80
1273318--1273439	40	3.0	40	100	0	244	32	27	17	22	1.96
1276079--1276164	2	43.0	2	100	0	172	50	0	0	50	1.00
1276599--1276625	12	2.2	12	100	0	54	70	7	0	22	1.12
1277773--1277815	19	2.2	19	87	8	59	58	2	2	37	1.24
1277765--1277816	21	2.5	21	77	22	56	55	3	1	38	1.29
1277942--1278353	110	3.7	110	93	1	666	23	20	16	39	1.92
1279161--1279228	13	5.5	13	81	16	58	4	16	0	79	0.89
1279173--1279232	7	8.7	7	79	17	72	3	13	0	83	0.77
1279185--1279232	22	2.2	21	89	10	71	4	12	0	83	0.79
1279161--1279231	14	5.8	13	76	18	64	4	15	0	80	0.86
1291309--1291342	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
1292828--1292899	12	5.8	13	73	19	50	59	1	4	34	1.25
1292838--1292897	22	2.6	22	80	12	68	58	1	5	35	1.30
1297687--1297876	51	3.8	51	87	9	261	30	20	7	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1297649--1297875	51	4.7	46	85	8	226	30	21	7	40	1.79
1297790--1297888	44	2.3	40	80	13	101	29	22	8	40	1.82
1297979--1298100	40	3.0	40	100	0	244	32	27	17	22	1.96
1300719--1300801	2	42.0	2	97	2	159	50	0	0	49	1.00
1300873--1300921	2	25.0	2	95	4	91	48	0	0	51	1.00
1301121--1301213	46	2.0	46	100	0	186	51	10	13	23	1.73
1301298--1301338	13	3.2	13	100	0	82	70	7	0	21	1.11
1302477--1302520	21	2.1	21	87	8	63	54	2	2	40	1.25
1307600--1307785	51	3.7	52	88	9	264	31	21	7	39	1.81
1307558--1307785	51	4.7	49	84	9	258	31	21	7	39	1.81
1307558--1307785	95	2.3	95	83	10	275	31	21	7	39	1.81
1307892--1308013	40	3.0	40	98	0	235	33	27	16	22	1.95
1310807--1311392	290	2.0	290	95	1	1068	38	13	16	32	1.87
1312506--1312759	43	5.9	43	89	0	373	31	20	25	22	1.98
1317775--1317809	3	11.7	3	87	0	52	25	5	0	68	1.11
1318173--1318226	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
1327668--1327807	48	3.0	48	85	3	187	23	42	9	25	1.84
1328433--1328544	21	5.3	22	84	6	108	35	11	16	35	1.86
1328455--1328544	42	2.1	42	85	4	119	33	12	18	35	1.88
1328979--1329027	3	16.3	3	91	0	80	32	4	0	63	1.13
1334058--1334096	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
1339825--1339882	20	2.6	22	86	10	75	31	18	22	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1344430--1344490	29	2.1	30	81	9	72	32	14	4	47	1.66
1344769--1344803	16	2.2	16	95	5	63	28	11	5	54	1.59
1346985--1347207	48	4.7	48	82	6	251	26	22	13	37	1.92
1347128--1347259	44	3.0	43	92	3	203	25	21	12	40	1.89
1361602--1361640	21	1.9	21	89	5	62	25	12	20	41	1.88
1364195--1364274	2	40.0	2	100	0	160	50	0	0	50	1.00
1364694--1364739	21	2.1	23	84	8	60	23	13	10	52	1.71
1365040--1365236	85	2.3	85	85	3	254	28	16	21	33	1.95
1369368--1369595	44	5.0	43	80	10	233	25	20	13	41	1.88
1369366--1369595	96	2.5	87	82	9	230	25	20	13	41	1.88
1371969--1372022	24	2.2	24	100	0	108	33	22	14	29	1.94
1373231--1373286	10	5.3	10	83	14	60	78	0	21	0	0.75
1373231--1373287	21	2.7	21	89	8	80	78	0	21	0	0.74
1373224--1373282	28	2.1	28	78	15	59	77	0	22	0	0.76
1373228--1373282	6	9.7	6	84	11	71	78	0	21	0	0.76
1373228--1373287	27	2.2	28	93	3	104	78	0	21	0	0.75
1376565--1377119	98	5.7	98	86	3	719	34	17	10	37	1.83
1376916--1376963	24	2.0	24	84	15	64	35	16	6	41	1.74
1377031--1377102	36	2.0	36	83	0	90	36	12	8	43	1.73
1377033--1377110	36	2.2	36	80	0	84	35	12	10	41	1.77
1377549--1377636	43	2.1	41	82	14	101	35	27	15	21	1.94
1381337--1381404	33	2.1	33	88	0	100	27	14	23	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1381482--1381588	45	2.4	44	87	4	151	39	8	22	29	1.83
1382080--1382125	20	2.3	21	81	11	60	19	23	8	47	1.77
1386902--1386965	33	1.9	33	96	0	119	26	18	25	29	1.98
1387053--1387150	45	2.2	45	90	0	151	39	8	23	28	1.83
1388258--1388327	20	3.8	20	68	29	64	34	17	24	24	1.96
1388963--1389018	21	2.7	20	74	17	51	26	12	19	41	1.87
1389034--1389164	23	5.7	23	80	3	104	18	21	21	38	1.93
1389065--1389174	23	4.8	23	83	0	139	16	22	22	38	1.93
1392070--1392118	14	3.5	14	94	0	89	22	16	8	53	1.69
1392861--1392887	11	2.5	11	100	0	54	59	7	0	33	1.25
1408485--1408534	17	3.0	17	76	5	57	34	0	2	64	1.05
1410736--1410779	13	3.4	13	80	0	52	15	2	13	68	1.31
1415830--1416059	64	3.6	63	79	6	212	27	17	25	29	1.98
1415958--1416008	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
1415852--1416059	65	3.2	63	78	14	210	27	17	25	29	1.97
1420126--1420178	14	3.7	14	82	7	63	26	22	30	20	1.98
1423425--1423696	81	3.4	81	89	2	397	31	26	21	20	1.98
1426620--1426664	21	2.1	21	95	0	81	8	17	62	11	1.53
1426759--1427156	199	2.0	199	99	0	787	33	22	27	16	1.95
1429781--1429815	15	2.2	16	90	5	54	48	0	8	42	1.33
1430312--1430338	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
1434525--1434572	15	3.2	15	82	11	62	37	25	20	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1435222--1435283	27	2.2	28	83	8	74	29	6	9	54	1.57
1438958--1438998	14	2.7	16	88	7	59	34	17	26	21	1.95
1440815--1440866	18	2.8	18	94	5	86	44	0	7	48	1.31
1441558--1441587	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
1442289--1442337	20	2.5	20	90	9	82	14	6	6	73	1.22
1443038--1443378	137	2.5	139	84	4	442	25	18	15	40	1.90
1443298--1443624	123	2.7	123	89	0	494	25	17	14	42	1.87
1443663--1443862	36	5.5	36	71	2	166	36	12	19	32	1.88
1443653--1443862	73	2.9	73	91	0	357	36	11	20	31	1.89
1444553--1444631	22	3.6	22	92	0	131	39	12	15	32	1.85
1451962--1452047	43	2.0	44	83	2	111	34	23	12	29	1.92
1452502--1452570	36	1.9	36	90	0	111	28	13	17	40	1.87
1453421--1453461	15	2.8	16	78	14	52	75	2	0	21	0.92
1453420--1453480	26	2.4	25	81	10	61	68	1	1	27	1.08
1456152--1456183	14	2.3	14	94	0	55	37	31	9	21	1.85
1456621--1456716	46	2.1	46	90	0	147	30	16	20	32	1.95
1459861--1459895	13	2.7	13	90	0	61	22	40	31	5	1.78
1459871--1459919	18	2.7	18	83	0	62	20	40	34	4	1.71
1462577--1462682	31	3.5	30	83	8	133	14	27	30	28	1.95
1467452--1467592	62	2.3	62	81	2	158	14	22	29	32	1.94
1467508--1467597	31	2.9	31	75	9	85	17	23	27	31	1.97
1470313--1470436	62	2.0	62	100	0	248	30	20	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1478688--1478744	23	2.5	23	97	0	105	29	21	26	22	1.99
1482511--1482562	24	2.2	24	82	0	59	50	17	11	21	1.77
1482527--1482645	24	5.0	24	83	10	120	41	17	16	24	1.90
1482534--1482645	48	2.3	48	86	6	147	40	17	16	25	1.91
1485152--1485191	18	2.2	18	90	0	62	15	15	52	17	1.75
1487577--1487607	15	2.0	16	93	6	55	45	0	6	48	1.28
1490742--1490838	24	4.0	24	83	0	122	49	17	13	19	1.79
1490750--1490839	12	7.5	12	68	9	58	47	17	14	20	1.82
1493177--1493214	20	1.9	20	88	0	58	18	21	44	15	1.86
1496376--1496445	12	5.8	12	78	6	70	51	18	14	15	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9