genome.fa.s295.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000295.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000541_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2017499

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
644414--644461	19	2.5	19	82	0	60	27	12	35	25	1.92
646110--646239	27	4.8	26	73	7	107	47	28	4	19	1.69
646114--646239	54	2.3	54	84	2	164	46	29	4	19	1.70
653006--653060	28	2.0	28	83	13	71	40	7	3	49	1.48
659888--659942	28	2.0	28	83	13	71	41	7	1	49	1.41
663308--663362	28	2.0	28	83	13	71	41	7	1	49	1.41
666729--666783	28	2.0	28	83	13	71	41	7	1	49	1.41
670168--670222	28	2.0	28	83	13	71	41	7	1	49	1.41
687747--687800	27	2.0	26	82	10	65	40	7	1	50	1.41
693448--693502	28	2.0	28	83	13	71	40	7	3	49	1.48
696611--696687	31	2.5	31	82	2	100	28	31	25	14	1.95
696564--696687	63	2.0	63	82	6	153	26	29	27	16	1.97
703867--703943	31	2.5	31	82	2	100	28	31	25	14	1.95
704812--704849	7	5.4	7	100	0	76	26	28	28	15	1.96
704846--704902	5	10.8	5	77	17	53	7	22	50	19	1.71
704818--704902	43	2.0	43	84	9	111	14	24	43	17	1.86
704851--704903	17	2.8	18	88	11	72	9	22	49	18	1.76
704839--704902	21	3.0	22	95	4	121	9	23	48	18	1.77
704899--704997	9	10.3	9	77	10	90	29	28	27	15	1.96
704901--704998	19	5.1	19	80	13	101	29	28	25	16	1.97
704924--704998	29	2.5	31	91	8	129	29	28	26	16	1.96
706342--706396	28	2.0	28	83	13	71	40	7	3	49	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
709422--709452	16	1.9	16	93	0	53	35	0	9	54	1.33
712645--712710	3	22.0	3	90	6	98	62	0	0	37	0.96
712951--713009	17	3.4	17	66	25	50	16	22	11	49	1.78
713063--713508	113	3.9	113	81	11	519	27	19	14	38	1.91
725401--725440	20	2.0	20	85	9	55	42	0	7	50	1.30
727628--727685	3	19.0	3	89	3	89	62	1	0	36	1.06
733251--733305	28	2.0	28	83	13	71	40	7	3	49	1.48
734147--734224	31	2.5	31	78	2	84	28	29	26	15	1.96
741198--741258	24	2.5	24	83	0	77	40	16	13	29	1.86
741959--742143	29	6.4	28	72	10	113	41	21	5	31	1.77
742009--742171	89	1.8	88	89	3	256	40	20	7	31	1.80
742182--742224	22	2.0	22	95	0	77	9	20	48	20	1.77
744676--744746	29	2.4	29	92	0	124	33	26	7	32	1.83
748650--748703	27	2.0	27	86	10	76	40	7	3	48	1.49
750619--750704	42	2.0	42	95	0	154	23	24	17	34	1.96
754778--754848	28	2.6	28	82	6	92	43	5	0	50	1.25
758916--759218	149	2.0	149	97	0	572	42	5	8	43	1.58
762861--762892	16	2.0	16	93	0	55	34	0	9	56	1.32
766285--767287	138	7.3	137	82	4	1117	44	14	13	28	1.82
771264--771350	42	2.1	42	91	0	138	16	18	18	47	1.83
771555--771617	23	2.6	24	78	19	60	52	0	0	47	1.00
771572--771635	22	2.9	23	84	6	71	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
771583--771642	30	1.9	32	90	6	97	48	0	0	51	1.00
771672--771782	30	3.8	30	76	8	104	44	1	1	52	1.22
771771--771815	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
772116--772156	14	2.9	14	88	0	55	36	19	14	29	1.92
772168--772224	15	3.9	15	83	2	80	35	19	7	38	1.79
772159--772234	30	2.6	29	87	4	116	35	15	6	42	1.73
772687--772898	107	2.0	107	93	0	361	27	6	21	43	1.77
776178--776268	23	4.0	23	82	1	121	35	24	21	18	1.96
779157--779317	66	2.5	63	85	5	205	29	23	18	27	1.98
785091--785163	21	3.3	22	78	5	85	26	24	23	26	2.00
785091--785166	23	3.5	22	80	5	100	26	25	23	25	2.00
785069--785163	44	2.2	42	87	7	129	27	25	21	26	1.99
785091--785188	44	2.3	42	81	8	117	26	26	23	23	2.00
787753--787963	64	3.3	63	81	7	226	30	23	18	27	1.98
787803--787963	66	2.5	66	86	5	220	30	22	19	27	1.98
787935--787983	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
791228--791285	23	2.5	23	91	0	89	36	27	22	13	1.92
793766--793890	4	32.2	4	67	23	56	76	0	1	20	0.91
793764--793888	10	12.9	9	71	18	74	76	0	1	20	0.91
793765--793886	38	3.1	37	74	19	113	77	0	1	20	0.91
793742--793915	48	3.6	49	77	14	164	71	1	3	23	1.08
793712--793975	97	2.7	95	79	11	234	70	1	3	23	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
793936--794000	30	2.2	30	83	5	78	67	3	3	26	1.20
795067--795150	35	2.5	34	84	3	116	30	8	17	42	1.79
795168--795236	36	1.9	36	93	0	120	43	11	20	24	1.85
795177--795259	36	2.4	35	85	4	105	45	15	15	22	1.84
795335--795621	36	8.3	36	65	17	133	37	14	19	28	1.91
795433--795505	37	2.0	37	88	0	110	38	15	20	26	1.92
795317--795673	102	3.5	102	91	0	554	35	13	19	31	1.91
795535--795621	37	2.4	36	84	1	102	40	16	19	24	1.91
795902--796148	105	2.3	106	80	6	284	22	19	25	32	1.98
796706--796779	32	2.3	32	79	2	87	37	21	13	27	1.91
797844--797880	14	2.7	14	91	4	58	0	18	5	75	0.99
800990--801075	19	4.4	19	75	16	68	77	1	3	17	0.96
800999--801108	8	13.1	8	67	16	62	76	0	2	20	0.96
801154--801204	2	26.5	2	86	7	70	52	1	0	45	1.12
801166--801215	24	2.0	24	88	3	73	56	4	2	38	1.30
803804--803835	15	2.0	17	88	11	50	31	15	6	46	1.71
805601--805626	11	2.4	11	100	0	52	34	7	7	50	1.60
809446--809519	30	2.5	31	72	18	75	43	9	16	31	1.79
810701--810746	24	1.9	24	86	0	65	28	17	13	41	1.86
812907--812942	17	2.1	17	94	0	63	38	0	27	33	1.57
814781--814901	24	5.0	24	73	6	102	22	19	18	39	1.92
814783--814899	48	2.4	49	81	5	141	23	20	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817867--818134	45	6.5	44	71	18	243	27	23	13	35	1.92
817813--818010	79	2.5	79	94	0	333	28	24	12	35	1.91
817867--818134	124	2.2	124	91	0	428	27	23	13	35	1.92
817980--818144	79	2.1	79	89	2	260	26	24	12	37	1.90
820084--820163	40	2.0	40	97	0	151	38	20	13	27	1.90
821886--821955	12	5.8	12	73	6	61	51	18	12	17	1.76
821891--821978	24	3.7	24	76	3	88	48	17	12	21	1.79
821884--821975	48	1.9	48	88	4	141	50	16	13	20	1.78
821884--821992	48	2.3	48	84	9	134	49	16	13	20	1.79
824258--824298	17	2.4	17	95	0	73	26	31	29	12	1.92
827007--827102	46	2.1	46	94	0	165	20	25	11	42	1.85
827066--827122	20	2.8	20	97	0	105	24	28	10	36	1.88
827020--827146	66	1.9	66	93	0	218	21	26	11	40	1.88
827262--827405	45	3.5	44	74	20	173	29	25	11	34	1.91
827128--827415	79	3.6	79	87	3	427	27	22	11	37	1.89
829477--829598	40	3.0	40	97	0	226	13	14	13	58	1.64
841555--841780	55	4.1	54	86	1	292	28	15	18	37	1.91
844459--844600	46	3.1	46	88	1	214	24	22	7	45	1.79
844627--845025	81	4.9	81	90	1	597	31	21	11	36	1.89
844979--845357	67	5.6	67	86	1	517	27	25	16	30	1.97
845537--845736	57	3.5	57	83	2	233	35	18	8	39	1.80
848618--849019	55	7.3	55	89	1	585	27	15	19	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851076--851182	23	4.7	23	72	7	85	31	24	19	24	1.98
851328--851394	28	2.4	28	92	0	107	29	22	13	34	1.92
854329--854526	101	2.0	101	79	4	220	31	3	11	54	1.52
856712--856754	22	1.9	23	85	4	61	48	9	6	34	1.62
856784--856856	27	2.7	27	95	0	137	39	16	2	41	1.63
859503--859541	16	2.4	16	91	4	60	46	2	7	43	1.46
859578--859662	45	2.0	41	92	2	107	42	11	2	43	1.54
859566--859735	46	3.7	46	86	7	206	41	11	2	45	1.53
859658--859751	46	2.0	47	87	2	136	40	9	5	44	1.60
859879--859910	17	1.9	17	93	6	57	53	0	0	46	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9